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我正在尝试使用gplots::heatmap.2() .There绘制热图，它有很多行，与图像相比，树状图的线条似乎很细。我想知道是否有什么技术可以加厚pheatmap输出的this post中提到的树状图线条。谢谢
浏览 30提问于2019-09-21得票数 1
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我已经使用heatmap.3生成了这个热图。聚类是基于树状图执行的，但为了演示的目的，我想重新排序节点，以便在维护树状图的同时，使深蓝色位于左侧，深红色位于右侧。我读过关于重新排序的文章: newdendro<-reorder(as.dendrogram(myclust(mydist(heatdata.scaled))),10:1，agglo.FUN=colSums)
但colSums(heatdat
浏览 0提问于2016-05-30得票数 1
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用R's用树状图绘制聚类热图
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我遵循关于如何使用R的plotly创建带树状图的集群热图。library(ggplot2)library(plotly)
x <- as.matrix(scale(mtcars))这意味着：我稍微修改了代码，以便在我的示例中使用plotly而不是ggplot生成热图，因为它在实际<em
浏览 1提问于2017-05-05得票数 12
我有一个基因表达数据集，并想显示一个热图的，一些的基因。首先，我想对所有的基因进行分层聚类，然后创建一个树状图，然后在这些基因的子集上创建一个热图。显式地说，heatmap将具有与已经创建的树状图相同的列，但显示的行较少。我试着使用下面的代码，但是它似乎是基于缩减矩阵对集群进行重新排序。scale = "none",
浏览 2提问于2019-02-20得票数 0
我正在尝试使用heatmap3来可视化我的细菌社区数据。我已经对我的样本进行了聚类，并且有一个来自hclust的树状图，我想用它在热图中排序我的样本，同时也显示树状图。但是，我要放入heatmap3中的数据文件已经崩溃到了属级，所以我以前的结构在heatmap3中并不是立即显现出来的，因此我不希望heatmap3尝试自己进行集群。我尝试使用我的h
浏览 5提问于2017-11-29得票数 0
我用多个变量分析多个观测的某些数据，并通过热图将它们可视化，通过聚类和树状图来执行行和列的重新排列。我使用R图形库中的heatmap.2()函数。然而，某些观察行(通常是最后几行)将被排除在分析之外，因为它们是一些部分和，但它们需要包含在其位置的树状图中。namesdf<-df[,-1]df.matr<-data.matr
浏览 0提问于2017-08-16得票数 1
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用树状图和样品标签绘制热图
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本例中的标签是与热图第一次和顶部行相邻的正方形，用于表示每个样本的标签，以便人们可以看到标签是否与热图/树状图所显示的聚类相对应。在这个特定的图中，他们选择使这些标签与树状图簇的颜色完全对应，但不必是这样，我正在寻找的方法只是在样本中添加一个通用的列和一行标签，这可能与应用树
浏览 1提问于2013-07-25得票数 4
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下面的代码用树状图创建1.Dendgram和2.heatmaphclustfunc <- function(x) hclust(x, method="completecutree(fit, k=5)
rect.hclust(fit, k=5, border="red")现在我想用树状图创建一个热图# plot
浏览 6提问于2013-12-03得票数 5
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我使用heatmap函数( heatmap(heatmap_16m, col=redgreen(75))在R中生成热图，以获得以下结果：正如你所看到的，它有一个正态分布的红色，黑色和绿色。由于heatmap函数不能提供任何图例，所以我切换到heatmap.2函数(heatmap.2(heatmap_16m, col= redgreen(75), trace="none"))并得到以下内容：这里的颜色分布主要是红色。那么，我<e
浏览 0提问于2018-09-05得票数 0
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我已经创建了一个热图，并使用树状图进行了聚类，以获得以下结果：你在行树形图上看到的亮点基本上就是我想要区分的。我需要一种方法来获取这些特定行的值，或者找到一种方法来获取与这些行相关联的所有行名。或者，是否可以为每一条线设置特定的颜色。我不知道有什么方法可以做到这一点。这样做的原因是我创建了一个与热图相关的散点图。本质上，每一行(未包括在热</e
浏览 1提问于2013-08-17得票数 1
我正在尝试用R中的树状图制作热图，我也在尝试制作它，这样颜色矩阵就在热图的底部。我知道我必须为此更改lmat的值。到目前为止，我已经为lmat准备了类似的东西。lmat=rbind(c(0,3,0), c(2,1,0), c(0,4,0)).
在我运行它之后，它要求我更新lhei和lwid的值。看完文档后，我了解到这些是列宽和行高的向量。但我不理解它们的<
浏览 0提问于2017-07-08得票数 4
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控制海运热图中的个别线宽
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在海运热图中，是否有可能扩大纵横列和行的线宽？例如，这个热图可以吗import seaborn as sns; sns.set()ax = sns.heatmap(uniform_data, linewidths=1.0)
浏览 2提问于2017-03-28得票数 6
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我已经创建了一个热图，其中包含基于层次聚类的相应树状图，使用 pheatmap 包。现在，我想要更改树状图中树叶的顺序。最好使用 最佳叶子 方法。我到处寻找，但没有找到任何关于如何改变实现这一点的解决方案。 我非常感谢关于如何使用最优叶子方法改变叶子顺序的建议。下面是我的随机数据示例代码： mat <- matrix(rgamma(1000, shape = 1) * 5,
浏览 71提问于2019-02-19得票数 3
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我使用下面的R代码来获得一些数据的热图；热图在列的顶部显示一个树状图，但我宁愿树状图的长度更短，以便在热图的底部留出足够的空间来放置一些长的列标签。有没有办法调整树状图的长度？<- heatmap.2(t(mully), scale=
浏览 1提问于2012-08-13得票数 1
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如何计算一个人在两棵树内(而不是在两棵整棵树之间)的同素距离？
我要计算两个树状图中每个个体位置上的相似/不同，并使用R包密度和热度在组合热图和树状图的行颜色中显示结果。
浏览 0提问于2018-08-31得票数 0
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这里是新的R用户。我正在尝试将树状图添加到我使用ggplot2创建的热图中。我该怎么做呢？我已经将我的代码添加到下面的热图中。#Mtcars using ggplots and reshape2 library(ggplot2)
intall.packages("reshape
浏览 2提问于2016-08-03得票数 2
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我试图在一个网格中绘制图像，其中有几个是4倍的大小。我确信这是一个众所周知的布局算法，但我不知道它叫什么。
浏览 4提问于2011-06-24得票数 2
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在调用NMF包aheatmap或heatmap.2时，如何使R绘制树状图标度(以便解释每个树状图的高度)和热图？这些树状图显示了规模：，这是执行plot(hclust(...))的默认行为，我想仿真一下，但不确定如何通过heatmap函数来实现。
浏览 0提问于2014-03-17得票数 1
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我使用下面的代码为我的大型数据集制作了这个热图。现在我想要获取第二个集群的行名(基因的名称)(红色在左边，绿色在右边)。首先，我试图按照this page上的说明来划分集群，但由于y轴上树状图的复杂性，解决方案对我来说并不实用。然后，我尝试在制作热图之前进行聚类，希望得到相同的结果。this page上的代码没有生成相同的热<e
浏览 57提问于2020-09-03得票数 1
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