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QQ曼哈顿是嘛意思?

GWAS分析,QQ曼哈顿是标配,可是这两个具体是什么意思?怎么判断好坏,且听我一一道来。 QQ曼哈顿是嘛意思? 常见的是QQ曼哈顿。比如: 什么是QQ QQ,全称quantile-quantile plot,又称为「分位图」它是判断模型假阳性、假阴性的重要指标。 所以,好的GWAS分析,有结果的QQ,都是前期在直线上,后面上翘。有点翘的QQ才是好的QQ。 什么是曼哈顿 首先,曼哈顿是一个地名,是这样的: 因为建筑高低错落有致,我们将GWAS中不同染色体表示不同的位置,将不同SNP的P值比作不同的建筑,就会有种曼哈顿夜景的感觉: 「好的曼哈顿:」 GWAS分析中,原理就是SNP位点和控制性状的基因存在LD状态,即SNP的分型可以代表基因的不同分型,所以,真实的显著位点应该是在基因两侧分布的,有一个上升和下降的趋势,比如这样的: 「坏的曼哈顿

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    GWAS分析中QQ曼哈顿如何看?

    除了曼哈顿,还有QQ,它主要是从模型的角度看一下显著位点是否是假阳性。 显著性的位点,怎么能缺少LDblock(LDblock绘制连锁不平衡和单体型),倒三角缺不了的! 有时候还会绘制LD衰减(LD衰减绘制--PopLDdecay)。 做完GWAS只给出显著性位点和注释基因的汇总统计表格,没有几个绚丽的就不好意思出来见人,如何绘制曼哈顿和QQ? (颜值即正义 | 只知道qqman而不知道cmplot是不专业的),还可以将多个性状或者多个环境的曼哈顿合并(多性状GWAS结果如何合并做曼哈顿!) 好做,但是怎么看?怎么解读? QQ曼哈顿是嘛意思? GWAS分析中,会有一个结果,每个SNP的P值,可以根据这个值,以及SNP的染色体和物理位置,进行作图。 常见的是QQ曼哈顿。 什么是曼哈顿 首先,曼哈顿是一个地名,是这样的: 因为建筑高低错落有致,我们将GWAS中不同染色体表示不同的位置,将不同SNP的P值比作不同的建筑,就会有种曼哈顿夜景的感觉: 「好的曼哈顿:」

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    GWAS分析中可视化:QQ曼哈顿

    大家好,我是邓飞,对于GWAS分析结果,第一个要看的是曼哈顿,看看有没有显著性的点,没有显著性的点,项目白做了!第二个要看的是QQ,比较翘就非常理想。 我们一般使用qqman作图和cmplot两个包画GWAS的QQ曼哈顿,后者颜色更漂亮。 这篇博客,介绍一下这两个包如何画GWAS的结果可视化。 第一个是qqman, 因为这个软件函数很方便。 666 「曼哈顿:」代码: CMplot(dat,plot.type = "m",threshold = c(0.01,0.05)/nrow(dat),threshold.col=c('grey', 高级作图 「SNP密度」 CMplot(dat,plot.type = "d",bin.size = 1e6, col = c("darkgreen","yellow","red")) 「环形曼哈顿 合并密度和圆形曼哈顿: CMplot(dat,plot.type="c",r=0.4,col=c("grey30","grey60"),chr.labels=paste("Chr",c(1:22),

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    「R」数据可视化6 : 曼哈顿

    什么是曼哈顿 曼哈顿是一种散点图,通常用于显示具有大量数据点,许多非零振幅和更高振幅值分布的数据。该通常用于全基因组关联研究(GWAS)以显示重要的SNP(来源wiki)。 ? GWAS中常见的曼哈顿 在图中每个点代表一个SNP,纵轴为每个SNP计算出来的Pvalue取-log10,横轴为SNP所在的染色体。 好久没看过文章) 怎么做曼哈顿 用于做曼哈顿最常用的一个R包叫做qqman——an R package for creating Q-Q and manhattan plots。 当然qqman包由于是为曼哈顿服务所以其实有很多限制,如果想要完全DIY我们可以使用ggplot。本文将会介绍使用这两个R包进行绘图。 基础版曼哈顿 如果你想要标记其中一系列你感兴趣的SNP,怎么办呢?给出你感兴趣的snpsOfInterest列表即可。

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    3分钟掌握曼哈顿的绘制

    作为一种经典的可视化方式,曼哈顿使用广泛,在GWAS分析中随处可见,本文就来揭秘曼哈顿绘制的核心方法。 曼哈顿的命名得益于其形状,和纽约市曼哈顿区鳞次栉比的大楼非常相近,曼哈顿区是摩天大楼最多的城市,标志性的景观如下 ? 曼哈顿图示意如下 ? 每条染色体可以看做是一座高楼,整体看上去形似曼哈顿区的摩天大楼,所以称之为曼哈顿。 了解了曼哈顿的命名,再来看下它所展示的信息。 在实际分析中,通过qqman这个R包可以来实现曼哈顿的绘制,用法如下 ? 输出结果如下所示 ? 可以看到,只需要准备好同样格式的输入文件,绘制曼哈顿就是几秒钟的事情。 理解了曼哈顿的本质,就可以自已用R或者熟悉的软件来定制曼哈顿

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    曼哈顿就够了吗?你还需要LocusZoom

    GWAS分析的结果通常使用曼哈顿来进行展示,将所有的位点压缩到一张图上,好处是显而易见的,一眼可以看到染色体上所有位点的分布,其限制也很明显,分辨率不够高,对于感兴趣的染色体部分区域无法精细展示。 想要展示基因组的部分区域,比如某个基因上的关联分析结果,我们就需要用到locuszoom。从名字也可以看出,这个的本质就是对曼哈顿图中的部分基因组区域进行放大展示,可以提供更加详细的展示信息。 上述三个步骤到完成之后,点击plot data就可以出了,图片内容示意如下 ? 可以看到,locuszoom也没有什么神秘之处,就是在pvalue信息的基础上新增了基因注释和LD的信息。 通过LocusZoom,可以精细化的展示特定基因组区域的关联分析结果。

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    使用TASSEL学习GWAS笔记(66):TASSEL结果可视化:QQ plot,曼哈顿

    戳上面蓝字“育种数据分析之放飞自我”关注我呦 使用TASSEL学习GWAS笔记(6/6):TASSEL结果可视化:QQ plot,曼哈顿 #2021.9.04 笔记计划分为六篇: 第一篇:读取plink 基因型数据可视化:kingship,MDS,PCA 第四篇:一般线性模型进行GWAS分析(GLM模型) 第五篇:混合线性模型进行GWAS分析(MLM模型) 第六篇:TASSEL结果可视化:QQ plot,曼哈顿 TASSEL中的可视化 TASSEL有对结果进行可视化的模块,包括qq曼哈顿,但是不方便调整。这里用TASSEL的分析结果,使用R语言进行绘制qq曼哈顿。 3. tiff") qq(d1$p, main = "Q-Q plot of GWAS p-values : log") dev.off() 「曼哈顿:」 「QQ:」 其它两个性状的作图代码: d2 (d2) summary(d2) d2 = d2 %>% drop_na(p) summary(d2) tiff("y2-曼哈顿.tiff") manhattan(d2,chr="Chr",bp="

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    菱形 (曼哈顿距离)

    菱形 (曼哈顿距离) 原题链接 描述 输入一个奇数 n,输出一个由 * 构成的 n 阶实心菱形。 输入格式 一个奇数 n。 输出格式 输出一个由 * 构成的 n 阶实心菱形。 输出样例: * *** ***** *** * 分析: 循环n次,每一行按照规律打印" "和"*" 规律寻找 1.观察法 以(n+1)/2处为分界线分别向上下延申打印输出 2.利用曼哈顿距离 以中心点向边界打印,打印输出曼哈顿距离l <= (n-1)/2的点 曼哈顿距离:矩阵任意一点只通过横向或纵向移动到达中心点的距离 计算公式:x(x1,y1)到中心点m(x2,y2) l = abs endl; if(i>=(n+1)/2){ k--; } else k++; } return 0; } 2.曼哈顿解 : //曼哈顿解 #include <bits/stdc++.h> using namespace std; int main() { int n; cin>>n; for(

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