阅读pdb结构2a65我面临的情况下,一个氨基酸残基,应该被认为是一个“配体的蛋白质”,而不是“蛋白质的一部分”。
在PDB文件和cif文件中,这个LEU.601残差被标记为HET,不幸的是,它的名字LEU,它似乎Biojava标记自动作为原子。有人知道如何区分“蛋白链A”和配体“the 601”吗?
2a65.pdb样本:
HETATM 4149 N LEU A 601 24.537 32.416 18.866 1.00 15.26 N
HETATM 4150 CA LEU A 601 25.812 31.696 18.815 1
我正在尝试识别3D蛋白质结构中接触的氨基酸残基。我是BioPython新手,但我发现这个网站很有帮助
遵循他们的线索(我将在这里重现以完成;但是请注意,我使用的是不同的蛋白质):
import Bio.PDB
import numpy as np
pdb_code = "1QHW"
pdb_filename = "1qhw.pdb"
def calc_residue_dist(residue_one, residue_two) :
"""Returns the C-alpha distance between two res
总的来说,我对VMD和编程非常陌生。我需要将两个子单元的pdb文件合并成两个子单元的组合pdb和psf文件。我使用了Namd教程,使用了两个名为BChain270VerCTrue.pdb和barn_noH2o_ChainD.pdb的pdb文件,并在VMD中运行了这个pgn:
package require psfgen
topology top_all27_prot_lipid.inp
pdbalias residue HIS HSE
pdbalias atom ILE CD1 CD
segment A {pdb BChain270VerCTrue.pdb}
segment