作为我正在尝试创建的管道的一部分，我需要从一个进程获取输出，该进程是一个.tab结果文件，用作在Nextflow中运行一系列后续条件进程的变量。我可以在Perl中使用类似下面的内容来管理它，尽管我似乎不能将该变量添加到Nextflow脚本中： my $resultsfile = 'path/to/resultsfil
浏览 17提问于2020-07-22得票数 1
我目前正在编写我的第一个Nextflow管道，我试图在脚本中声明一个新的Nextflow变量，但我无法做到这一点。我希望设置一个变量min_length，它在文本文件中读取一个值(用awk解析)，并在以后的管道中使用该值作为参数。/foo.tab"
val leng
浏览 2提问于2022-01-26得票数 1
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假设我们从Nextflow中调用一个模板脚本。我们如何把参数传递给那个脚本呢？例如，这样定义的过程，没有任何参数，工作正常： path(someinput)
template 'myscript.py'
但是，如果我向模板字符串中添加了一个参
浏览 12提问于2022-07-07得票数 1
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我有一个Nextflow进程，它使用bash (check_bam.sh)生成文本文件。该文本文件内容的唯一选项是0或任何其他数字。我希望提取该0或其他值，并将其保存到Nextflow变量中，以便能够使用条件，如果文件的内容为0，Nextflow脚本应该跳过一些进程，如果它是任何其他不是零的数字，则应该完全执行执行。我在使用Nextflow条件和
浏览 1提问于2021-08-23得票数 4
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在流水线执行期间，我试图访问nextflow.config文件中的变量。我希望在run.nf中将image_standard作为字符串提供，并希望接收eu.gcr.io/proj_name/image1:latest作为输出。我找到了一种在nextflow脚本中获取.config文件内容的方法，但是我不知道如何访问这个特定的属性。这是我
浏览 21提问于2020-11-23得票数 2
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我有一个Powershell脚本要合并到Excel VBA宏中。"<my path>\temp.txt"Shell(“powershell.exe -ExecutionPolicy Unr
浏览 1提问于2013-06-11得票数 0
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我是nextflow的新手。我们希望使用nextflow构建我们的工作流，并让nextflow将该工作流部署到我们使用的大型多机构Kubernetes集群中。在这个集群中，我们没有管理权限，我们有一个我们工作的命名空间。此外，我们集群中的pod资源有限，但作业的资源是无限的。在寻找nextflow + kubernetes<em
浏览 21提问于2020-09-22得票数 0
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这里是NextFlow的新手，并在一些基本概念上苦苦挣扎。我正在将一组bash脚本从转换为NextFlow工作流。我正在转换 (为了方便起见)，它完成了一些基本的准备工作，并为每次迭代向集群调度程序提交了一个新的作业。终极问题：将此脚本集成到NextFlow工作流(最好使用新的DSL2模式)的最类似NextFlow的方法是什么？
可能的子问题：可以根据bash<e
浏览 5提问于2022-01-15得票数 3
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使用NextFlow (DSL=2)，我想使用文件的每一行作为我的工作流的流输入。nextflow.enable.dsl=2
input: val data exec:我
浏览 20提问于2021-03-01得票数 0
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有什么方法可以在document.querySelector中获得JavaScript中的字符串参数吗？例如，假设我有一个现有的选择器：有没有办法让"div[some-complicated=selector]"从myElement那里得到？我知道理论上我可以将
浏览 1提问于2021-11-17得票数 0
我有一个nextflow脚本，它有一个用于配对文件输入的通道。我正在尝试从文件输入中提取一个子字符串，作为shell调用的一部分。我试图使用Groovy的regex匹配来提取子字符串，但是由于它是基于输入值的，所以执行匹配时遇到了困难。另一种选择是将bash中的regex<e
浏览 9提问于2022-09-13得票数 1
我的问题是workorder/index7.html.erb作为一个独立的页面工作得很好。但是，我想在主页的Bootstrap选项卡中使用它。对于我的所有其他Bootstrap选项卡列表，我使用的是同一控制器中的部分。但是，在本例中，我需要使用来自Workorder控制器而不是Home控制器的视图。如果我将文件名改为_index7.html.erb，代码将不会执行来获取j
浏览 3提问于2013-06-29得票数 0
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我有一个nextflow脚本，它从文本文件中创建一个变量，并且我需要将该变量的值传递给命令行顺序(这是一个bioconda包)。这两个进程发生在“脚本”部分中。我尝试使用'$‘符号调用变量，没有任何结果，我想是因为在nextflow脚本的脚本部分使用该符号是为了调用输入部分中定义的变量。为了让自己更清
浏览 4提问于2021-03-10得票数 2
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在我的一个__init__.py文件中：This is a package for blablahblah.It contains blahblah.字符串变量只是为了在其他模块中使用，我不希望它被sphinx识别并作为文档提取出来。有没有办法做到这一点？
浏览 0提问于2014-06-14得票数 0
我在windows中运行了一个批处理脚本。每次调用批处理脚本时，都会提供输入路径作为参数。我需要从path.For中提取文件夹名，从路径中获取"/“的最后一个索引，然后从该路径提取一个子字符串，直到字符串结束。假设我有一个字符串/home/home 1/home
浏览 11提问于2016-09-17得票数 0
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我想通过Docker容器运行Nextflow管道。作为管道的一部分，我想推拉从AWS。为了达到这个目的，我需要将AWS凭据传递给容器，但是我不想将它们写入图像中。Nextflow有一个通过envWhitelist选项作为Docker作用域的一部分传递环境变量的选项，但是在这样做时我还没有找到正确语法的示例。我尝试了以下语法，并获得了一个访问拒绝错误，这表明我没有正
浏览 7提问于2022-09-07得票数 1
我正在尝试编写一段代码，通过使用powershell中的schtasks.exe从.ini文件中提取信息，自动创建计划任务。但是，starttime参数的格式为HH:mm。它不接受字符串格式的时间(无效的starttime值)，并且:会干扰将其转换为整数。我将小时和分钟作为单独的变量提取(并将它们转换为整数)，并尝试用一个:将它们“连接”起来，这
浏览 14提问于2019-10-23得票数 1
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作为主题，我对变量的内容有一个问题。在这个变量中插入一个文件的base64 (从xml中提取)，并使用PHP这个base64将文件保存到文件系统中。我之所以说似乎，是因为如果我转到debug显示变量的值，我会看到所有的base64字符串。
问题不在于保存文件，因为文件
浏览 1提问于2013-01-30得票数 3
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以前，我能够将一个文件夹作为卷附加在我的桌面上，在我的容器中，如下所示：
docker run -it --rm -v /Users/me/Desktop/Jupyter:/home/jovyan/workdocker run -it -v /Users/me/Desktop/nfscripts:/usr nextflow/nextf
浏览 2提问于2019-05-15得票数 0
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我是Nextflow的新手，我试图在一个工作流中处理多个文件。这些文件的数量超过300个，所以我不想把它作为一个选项粘贴到命令行中。因此，我已经创建了一个文件，其中包含我需要处理的文件的每个文件名，但我不知道如何将它传递到进程中。txt;
echo ${id} > ${id}
浏览 17提问于2022-09-13得票数 1
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