好像没有现成的函数来做这个事情,在不知如何下手之际突然想到之前看过一篇文章Top 50 ggplot2 Visualizations - The Master List (With Full R Code...), 应该会有对应的内容,果不其然,发现了 ggplot2 包中的 geom_count() 函数,以下内容记录自己重复计数图的代码 绘制散点图的时候如果数据较多会出现散点重叠的情况,这样图中展示的数据看起来会比实际数据显得少一些...其中一种解决办法是用 jitter plot (这个jitter自己也不知道如何翻译)来代替 Scatter plot(散点图)ggplot2 对应的函数为 geom_jitter(),他可以让重叠的点随机分布在原始位置的周围...R语言自带的数据包 mpg 另外一种解决办法就是文章开头提到的Counts Plot(计数图),散点重叠的位置只画一个点,用这个点的大小来代表这个位置重叠点的多少(there is more points...aes中size参数控制点的大小,互相之间可能是按比例来的,并非是实际大小,如果想整体放大应该怎么做?突然想到scale_size是否可以,尝试了一下遇到点小问题,有时间再来探讨
RepelLayout 通过成对排斥迭代移动圆圈来搜索非重叠布局。圆的位置被限制在一个矩形区域内。为避免边缘效应,可以将边界区域视为环面,例如,推到左侧边缘的圆将重新进入右侧边缘的边界区域。...第一个例子 我们将首先创建一组不同大小的圆,然后找到可以用 ggplot 显示的非重叠排列。 首先,我们创建一组随机圆,位于边界正方形的中心部分,较小的圆比较大的圆更常见。我们将圆的大小表示为面积。...为了说明这一点,我们首先将所有圆圈放置在边界区域的一个角附近。 lLayout(dt.nt) 接下来我们使用 ggplot 显示初始和最终布局。...为了说明这一点,我们将从更早使用的数据集中选择几个圆圈,将它们放大并通过将它们的权重设置为 0.0 来固定它们的位置。...<- cirtt.t dgfal <- circes(es$aut) plot(dta = da,as(x, y, grp=d, fl=ste)) + gen(coor) 请注意,在初始布局中重叠的固定圆在最终布局中仍然重叠
type2, label = counts), position = position_dodge(0.9), vjust = -0.8) 本来想颜色让你们自己调的发现,还有一个技术点:...重叠的颜色ggplot 会变成两种颜色对应的合成色,这样就和legand 中的不符了。...原因在于,这个图层的映射,不应该是矮的在高的下面,而应该是高的在矮的下面(先画a2 再画a1): ggplot() + geom_col(data = a2, aes(type1, counts,...,你就看legend 颜色和真实颜色是否对应的,比如第一个出图结果里的,颜色,明显不对; 在text 中,建立的映射要考虑fill(对应col 中的,如果是color 则也是color); 在https...当然你要非头铁的话,ggtext 的label 调整一下,反正我不教你了。 后话 感觉我有点像王刚啊,喜欢做完菜来个技术总结,hhh。
先后顺序 但也正和图层的叠加一样,R中ggplot 的叠加也有先后顺序,后来的图层会覆盖在原来的图层上。...散点图 jitter 通过为本来重叠在同一位置的点添加随机的“抖动”,使重叠的点产生错位,也因此能够完全地显示在图像里。 柱状图 dodge 可以让组中的直方图并列显示。...我们可以使用ggplot 内建的theme。...在使用labs 属性定义图像时,还可以使用expression 语句,生成绘图中的希腊字母、特殊符号或公式,但该包的语法比较奇怪,比如: expression(paste("Temperature ("...点图覆盖在箱线图上。后设定的图层在更靠近顶层的位置。
一 绘制基础图 library(ggplot2) p <- ggplot(mtcars, aes(x = wt, y = mpg)) + geom_point() ?...更多参数ggplot2|详解八大基本绘图要素,主题ggplot2|theme主题设置,详解绘图优化-“精雕细琢”,图例ggplot2 |legend参数设置,图形精雕细琢 可参考。...如果待注释的text太多,可使用ggrepel包解决标签太多导致的重叠问题 ggplot2-plotly|让你的火山图“活”过来 2.2 点注释 1)添加点 p + annotate(geom = "...额,,我想到的是图层叠加,有其他办法的欢迎告知 ? 。..., arrow = arrow(length = unit(2, "mm")) ) + annotate(geom = "text", x = 4.1, y = 30.1, label = "关注这个点?
,在刚开始上手的时候可能稍有难度(而且官网的帮助内容比较不友好),而本文也是我在日常使用和与别人交流中摸索和总结出来的,将对ggplot2的绘图语法和绘图部件进行介绍,并附以常用的一些图形示例; 下面我们就来探索...,因此并不能正确的体现数据的情况,好在qplot中提供了控制散点透明度的参数alpha,通常会传入I(分数)形式的参数代表基础图形的透明度,在散点图形重叠的地方会进行透明度的无损累加使得其颜色变得很深:...3.2.3 关于aes映射需要注意的一些情况 1、aes中设置colour与aes外设置colour不同 在aes外面设置colour时,是正常的参数,没有强制标度转换的过程,如下: p <-...'darkblue')) p 由此你可以看出,aes中的参数都是会依据变量类型进行标度转换的; 2、每次新图层中的数据都是在ggplot()中默认值的修改 在ggplot()中已经设置过aes...,并多次使用过,它控制生成的图像类型; 3.2.5 位置调整 位置调整指的是对该层中的元素位置进行微调,ggplot2中所有可用的位置调整参数如下: 名称 描述 dodge 禁止重叠,并排放置 fill
ggplot2-plotly|让你的火山图“活”过来 火山图只标示指定基因?这需求都遇到过吧。...了解一下ggplot2绘图的方式,标示的基因就是各个基因的text,然后想办法将其赋予到一个 aes 中即可。 三 标示指定基因 和上面类似,将指定基因添加到绘制数据中即可。...增加了geneList列,为了后面使用text的方式添加上基因。...3.3 标示文件中的指定基因 ggplot(data = data2, aes(x = logFC, y = -log10(adj.P.Val), color = change)) + geom_point...3.4 ggrepel 解决重叠问题 如果目标标示基因太多会导致重叠,可使用ggrepal函数 library(ggrepel)ggplot(data = data2, aes(x = logFC,
#ggplot2学习笔记##第一节:尝试ggplot library(ggplot2) #使用的是R内置数据(mpg) qplot(displ,hwy,data=mpg,colour=factor(cyl...##第二节:ggplot参数说明 #使用mtcars数据 rm( list = ls ( all = TRUE))#清除内存数据 p <- ggplot(mtcars,aes(mpg,wt,colour...height<-predict(model,preds)#通过混合线性模型预测排列组合的身高 oplot+geom_line(data=preds,colour="#3366FF",size=0.4)#在原来黑色图层上增加蓝色预测数据...#改变点的类型 norm+geom_point(alpha=1/3)#使用透明度参数 #案例2 diamonds数据库 td<-ggplot(diamonds,aes(table,depth))+xlim...(50,70)+ylim(50,70) td+geom_point() td+geom_jitter(position = position_jitter(width=0.5))#使用扰动解决重叠数据
一 载入 R包 使用内置数据集 library(ggplot2) #加载ggplot2包 library(dplyr) #加载dplyr包 library(ggpmisc) #加载ggpmisc包 #展示...注:此处仅为展示 ,label.y.npc 为另一种调整位置的方式 ,用label.y可完全避免重叠 如担心方差表和公示与图重叠,可以通过ggplot2 的 ylim和xlim适当调整,然后调整位置即可...5,细节优化方差表 上述方差表中的行名,列名,以及NA,,,稍加调整后,看起来更“专业”!...以上,使用ylim 和 label.y后,公示和方差表不重叠,也不遮挡点图!...其他:既然是ggplot2的扩展包,ggplot2的一些参数亦可使用: ggplot2|详解八大基本绘图要素 ggplot2|theme主题设置,详解绘图优化-“精雕细琢” ggplot2 |legend
label: 可选列,一般用于在图中标记出感兴趣的基因的名字。非-行的字符串都会标记在图上。...六个点少了只剩下了3个,重叠在一起了,而且也不知道哪个点代表什么样品。这时需要把点抖动下,用到一个包ggbeeswarm,抖动图的神器。...# check_overlap检查名字在图上是否重叠 p <- p + geom_text(aes(label=ID), position=position_quasirandom(),hjust=0,...如果横纵轴为字符串,且有重复, 则需指定参数-J TRUE以错开重叠的点,具体如下 # -O: 指定X轴变量的顺序, 默认是字母顺序 # 其它列或其它属性的顺序也可以用相应的方式指示,具体看程序的帮助提示...# 但对jitterplot,会有些冲突,所以在`-J TRUE`且出来的图中点的标签不符合预期时,设定 # 次参数为FALSE,使用geom_text标记点。
坐标轴 在老版本中,坐标轴的刻度间隔比较近,文本较长的情况下,经常会出现重叠的现象: library(ggplot2) p <- ggplot(mpg) + geom_bar(aes(x...image 在新版本中可以将相邻的labels错开: p + scale_x_discrete(guide = guide_axis(n.dodge = 2)) ?...image 也可以移除重叠的labels: ?...image 2. bin scale 原来ggplot只有两种scale的类型,即continuous和discrete,在新版本中加了一种新的类型,可以将连续型的数据根据bin变成离散型的。...image 此外还有一点别的内容,可以参考https://www.tidyverse.org/blog/2020/03/ggplot2-3-3-0/ 中的内容。 欢迎关注公众号! 生信编程日常
” emmm……你们是不是还在怀疑为什么关注列表中还有一个这样的up主。在这里和大家汇报一下,大猫前几个月在奋斗自己的博士毕业论文,现在终于通关啦,而且再过十几天就要迎来毕业典礼!...稍微对ggplot2有所了解的小伙伴都知道,ggplot2中是无法同一张图中画出两个y轴的,也即,下面这张图用“正常”的ggplot是画不出来的(大猫会在最后给出一个奇技淫巧的实现办法): ?...为什么强大的ggplot2无法做到这种看似简单的任务呢?毕竟在几乎所有其他的统计软件中,两个y轴都很好的支持。例如SAS中,不仅可以画两个y轴,通过offset参数,这两个轴还可以拥有不同的起始高度!...毕竟广大网友的智慧是无穷的,最终还是有人想出了一套使用ggplo2来画dual-y-scales的方法。只不过这个办法需要用到gtable和grid两个包,而且代码非常非常的长。...由于代码比较复杂,大猫把代码不做讲解直接粘贴到文章中,感兴趣的小伙伴可以根据关键字在 StackOverflow 上搜索相关资料。 ?
当然是有办法的,我们可以把void *强制类型转换为char *的指针,而char *的指针每次解引用恰好能访问一个字节的内容。...是在两块不同的内存块进行操作的。 那我们能不能在同一个数组中,把前面的数据拷贝到后面的空间中呢?(也就是说,源空间和目标空间是有重叠的) 这样可以吗?...那有没有什么好的解决办法呢?当然有,我们接着往下看。...2.2 memmove的模拟实现 我们来继续讨论上面的那个问题: 在同一个数组中,把前面的数据拷贝(移动)到后面的空间中,或者把后面的数据拷贝(移动)到前面(即源空间和目标空间是有重叠的)。...Visual Studio 对memcpy的实现 大家有没有注意到: 刚才在 1.3 测试把arr中的1,2,3,4,5放到4,5,6,7,8的位置。
可以看到,ggplot2图形对象禁止同时在一个图形中使用两个或者两个以上的标度,否则最后的标度将会覆盖前面的同名标度。...这个问题已经困惑了我将近一年了,最初的疑惑是在这篇文章里: R语言可视化——多图层叠加(离散颜色填充与气泡图综合运用) 好在如果是多边形和气泡图同时使用颜色填充的时候,我们可以通过将气泡图使用1~5号仅有...colour属性的点进行映射来规避颜色标度冲突,因为scale_colour_xxx和scale_fill_xxx是两个不同属性的标度。...数据地图多图层对象的颜色标度重叠问题解决方案 但是针对本例而言,这个问题没法直接解决,因为我要填充的两个图层都是fill属性,但是并不是一点儿也没有解决办法,我将其中一个图层(polygon)的颜色类别变量因子拆开成了三个图层分别映射...,虽然费事了,暂时没有办法,这是唯一的办法。
介绍memmove函数: 君子性非异也,善假于物也。想要了解一个函数,首先可以利用工具,了解它的基本用法 这里我用www.cplusplus.com这个网站进行查找。...arr1, arr1+2, 20); print(arr1, sz); return 0; } 像我这样*source是arr1+2,*destination是arr1,拷贝20个字节,可以发现数组中3...,4,5所占的字节重叠了,这就是重叠的内存。...:当进行到重叠部分的拷贝时,可能原始数据已被修改,导致拷贝出错,最简单的解决办法就是将原始数据再放入一块空间记住下来,但是这样就又多占了一块内存,有没有其他更高效的方法呢?...*destination在*source前面: 这个时候我们像memcpy一样拷贝可以拷贝完成。 2.
ggplot2包提供了分组和小面化的方法。分组指的是在一个图形中显示两组或多组观察结果。小面化指的是在单独、并排的图形上显示观察组。需要注意,ggplot2包在定义组或面时使用因子。...实际的观察值(教师)是重叠的,因而给予一定的透明度以避免遮挡箱线图。它们还抖动以减少重叠。最后,一个地毯图设置在左侧以指示薪水的一般扩散。...接下来我们将使用几何函数创建广泛的图表类型。让我们从分组开始吧——在一个图中展示多个分组观察值。 分组 在R中,组通常用分类变量的水平(因子)来定义。...分面 如果组在图中并排出现而不是重叠为单一的图形,关系就是清晰的。我们可以使用facet_wrap()函数和facet_grid()函数创建网格图形(在ggplot2中也称为刻面图)。...mytheme.png 多重图 基础绘图中,我们使用图形参数mfrow和基本函数layout()把两个或多个基本图放到单个图中,同样,这种方法在ggplot2中不适用。
一般要尽量避免行或列名字以数字开头,会给后续分析带去一些困难;另外名字中出现的非字母、数字、下划线、点的字符都会被转为点,也需要注意,尽量只用字母、下划线和数字。...在使用ggplot2作图时,有一种长表格模式是最为常用的,尤其是数据不规则时,更应该使用 (这点,我们在讲解箱线图时再说)。...p <- p + geom_tile(aes(fill=value)) # ggplot2为图层绘制,一层层添加,存储在p中,在输出p的内容时才会出图。...p ## 如果你没有使用Rstudio或其它R图形版工具,而是在远程登录的服务器上运行的交互式R,需要输入下面的语句,获得输出图形 (图形存储于R的工作目录下的Rplots.pdf文件中)。...热图出来了,但有点不对劲,横轴重叠一起了。一个办法是调整图像的宽度,另一个是旋转横轴标记。 # theme: 是处理图美观的一个函数,可以调整横纵轴label的选择、图例的位置等。
二 ggplot2绘制火山图 2.1 绘制简单的火山图--点图 ggplot(data = data, aes(x = logFC, y = -log10(adj.P.Val))) + geom_point...和文献中的差距较大,以下几个方面可改进: A:上下调基因的区分; B:横轴,纵轴的阈值线; C:重点基因的标示。...2)添加阈值线 使用geom_hline() 和 geom_vline( )参数添加阈值线 ggplot(data = data, aes(x = logFC, y = -log10(adj.P.Val...4) 解决基因名重叠问题 基本和paper一致,但是因为差异表达基因太多,存在重叠情况,现使用R语言的ggrepel包解决标签太多导致的重叠问题。...那可不可以在“paper”级静态火山图的基础上,实现交互式呢?当然可以!!! ?
今天给大家介绍一个好看又简单的散点图展示方法,叫做Beeswarm图(也称为列散点图或小提琴散点图),是一种绘制会重叠的点的方法,使它们从重叠变成彼此相邻。...值绘制散点图 pch = 16, pwcol = 1 + as.numeric(event_survival), #pch点的形状,pwcol 根据event_survival分组颜色 #使用pwpch...col = 2:4, main = 'Default') #默认 beeswarm(distributions, col = 2:4, side = -1, main = 'side = -1') #点集中在左侧...beeswarm(distributions, col = 2:4, side = 1, main = 'side = 1') #点集中在右侧 beeswarm(distributions, col...col = 2:4, priority = "density", main = 'priority = "density"') 二、ggbeeswarm包绘制蜂群图 ggbeeswarm提供了两种使用
这个是很长时间之前写的内容了,忘记了有没有在公众号发过,正好有人在公众号留言问这个环形的柱形图应该如何实现,就想到了这篇笔记,在公众号发一下 一下是笔记的内容 偶然间找到了一份教程利用ggplot2绘制环状柱形图...Rplot05.png 环状图中间搞成空心,看起来好像美观一点 p+ylim(-100,120)+coord_polar() #添加标签 p+coord_polar()+ylim(-100,120)+...Rplot07.png 标签看起来有些乱,自己没有想到解决办法,模仿教程中的解决办法:为参数hjust和angle赋予数据来调控标签的位置 df$angle<-96-df$id*6 ggplot(df,...Rplot08.png #在完善一下 df$angle1<-ifelse(df$id<=30,96-df$id*6,96-df$id*6+180) df$hjust<-ifelse(df$id<=30,0.2,1...Rplot10.png ######小知识点:ggplot2更改绘图区空白大小 https://ggplot2.tidyverse.org/reference/element.html theme(plot.margin
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