有没有办法检查用户是否点击了JS打开的窗口中的按钮？

是的，可以通过JavaScript来检查用户是否点击了JS打开的窗口中的按钮。可以使用事件监听器来监听按钮的点击事件，并在用户点击按钮时执行相应的操作。

以下是一个示例代码：

// 获取按钮元素
var button = document.getElementById('myButton');

// 添加点击事件监听器
button.addEventListener('click', function() {
  // 用户点击按钮时执行的操作
  console.log('用户点击了按钮');
});

在上面的代码中，我们首先通过document.getElementById方法获取到按钮元素，然后使用addEventListener方法为按钮添加一个点击事件监听器。当用户点击按钮时，监听器中的回调函数会被触发，从而执行相应的操作。

这是一个简单的示例，实际应用中可以根据具体需求进行相应的处理。