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OTUASV和系统发育树不匹配的一个解决方案

最近好几个人遇到了同样的问题,就是在将OTU/ASV和系统发育树对齐的时候,报错: Warning message: In drop.tip(phylo, trimTaxa) : drop all tips...of the tree: returning NULL 意思是OTU/ASV名字和系统发育树的节点全都不匹配,导致树上的节点全都被去掉了,树就变成了NULL。...而单引号也会被当成树节点的一部分,因此就和OTU/ASV不一致,导致全不匹配。。。...解决的办法也很简单,把树节点单引号替换掉即可: tree$tip.label = gsub("'","",tree$tip.label) 完整的代码如下: # 读入树和OTU tree = read.tree...match.otu <- match.phylo.comm(phy.tree,t(otu)) # 得到匹配的树和OTU otu = match.otu$comm # 注意得到的是转至过的OTU phy

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虽然SHA-1遭遇碰撞攻击,但“天还没塌”

虽然工程师最终修复了问题,但WebKit团队不得不放弃在他们软件中检测SHA-1碰撞的想法。 SVN缺陷被确认 Google和Apache分别确认了SVN存在的问题。...Apache则在确认缺陷后不久发布了临时补丁,这个脚本可以在SVN checkout之前检查提交的源代码中有没有能够导致SHA1碰撞的文件。Apache表示会在将来提供更好的解决方案。...事实上SHA-1遭遇碰撞攻击后,人们就担心,使用SHA-1校验的代码仓库Git会不会存在被攻击的问题。...很多产品代码中可能会含有SHA1相关代码,比如CMS系统和代码控制系统会用SHA-1校验文件防止篡改,如果这些系统购买自第三方,那公司可以问问厂商是不是用了SHA-1、何时打算更换算法。...具体花费的时间与CPU和GPU有关,即使是拥有强大计算资源的Google,从研究、规划到计算也花了两年。

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    Git相关介绍

    在Git 中的绝大多数操作都只需要访问本地文件和资源,不必联网就可以看到所有的历史版本记录,而SVN 却需要联网。...用SVN的话,没有网络或者断开V**时,你当然也可以继续在本地开发,但是无法commit代码,因为SVN 每次commit都必须联网,长时间不commit代码会丢失大量开发进程的历史纪录。...因为Git 在commit(存储在本地)或者push(上传到远程仓库)之前,通过对文件的内容或目录的结构计算出一个 SHA-1哈希值,作为指纹字符串进行内容的校验,并将此结果作为数据的唯一标识和索引,在远处仓库接受到...Answer:不需要在以前支线修复,在最新待发版的支线修复,可能在功能分支上,可能在发版分支上。 测试怎么用Git 怎么Clone和查看输入法代码?...解决方案:通过自动化脚本对比SVN和Git所有的代码文件并进行MD5check,对被过滤掉的文件进行测试,保证功能不受影响。 欢迎添加我们的搜狗测试微信号,与我们一起聊聊测试。

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    【详解】svn提示:Invalidauthzconfiguration

    这个错误通常发生在配置文件 ​​authz​​ 中存在语法错误或配置不当的情况下。本文将详细介绍这个错误的原因、如何检查和修复它。1. 什么是 ​​authz​​ 文件?​​...路径错误:配置文件中指定的路径不存在或拼写错误。权限设置不合理:权限设置可能导致冲突或无法解析。3. 检查和修复3.1 检查语法错误首先,打开 ​​authz​​ 文件并仔细检查每一行的语法。...解决方法检查语法:确保每个路径和组定义都正确无误,特别是方括号的匹配。验证配置:可以使用SVN提供的工具来验证 ​​authz​​ 文件的语法。...示例代码已经修复了 ​​authz​​ 文件,并且现在需要通过脚本自动验证和应用新的配置。以下是一个简单的 Bash 脚本示例:#!...常见原因语法错误:​​authz​​ 文件中可能存在语法错误,例如缺少等号、括号不匹配、行尾缺少分号等。路径错误:​​authz​​ 文件的路径配置不正确,SVN 服务器无法找到该文件。

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    Git的艺术—分支管理

    在管理项目代码过程中,不知道大家有没有遇到这样的问题,这里举个例子:平台首页要开发 A 功能,因此修改了 index.css 这个文件,把文件提交到 SVN 同步给前端开发后,前端开发可以继续折腾 A...把带有 A 功能的文件重新命名为 index2.css,现网用的文件依然是 index.css,紧急 bug 修复的时候同时修改 index.css 和 index2.css; c....因为项目的历史问题,之前一直代码版本控制系统一直用的都是 SVN 。而下面的 SVN 和 Git 的区别,是你需要知道的: 1. SVN 是集中式的,Git 是分布式。 2....SVN 是把内容按文件方式存储,而 Git 是按元数据方式存储。 3. Git 分支和 SVN 的分支不同:分支在 SVN 中一点不特别,就是版本库中的另外的一个目录。 4....,毕竟版本开发的时间节点不一样,解决冲突也是代码版本管理的一个大学问,但这里不展开讨论,之后有机会可以再一起探讨写篇新的文章嘻嘻。

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    Prettier+Vscode setting提高前端开发效率

    前言 大家好,上一篇一文读懂 系列的文章中我们介绍了前端的代码格式化校验工具ESLient。代码格式是进行自动校验了,但你还要一个个的微调,很麻烦不是吗?...可选值:"none"(不添加)、"es5"(在 ES5 支持的地方添加)、"all"(在所有可能的地方添加)。...目录及其所有文件和子目录 *.extension 忽略特定文件扩展名的所有文件 *.log 忽略所有 .log 文件 **/directory/ 忽略所有子目录中与指定目录名匹配的内容 **/build...进行反向匹配,不忽略特定文件或目录 !...7.清爽界面 这部分就是 files.exclude中,在文件配置那 结尾 vscode设置中比较经常使用的应该就是编译器、搜索方位、自动保存、隐藏文件等几个项了 有了ESLient自动校验格式和

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    svn 钩子开启

    svn 钩子开启 svn 钩子开启 项目背景 操作步骤 存在问题 解决方案 项目背景 公司的Svn很多人在用,有不少人在作修改后不添加注释,所以需要强制用户填写注释。...提交规范 提交代码必须描述备注,备注格式必须如下:bug/task/doc-对应任务ID-问题描述(必须大于10个字) 示例 bug-0002-前端姓名不能为空的校验不生效。...task-1111-前端增加电话号码长度必须等于11位的校验。...的编码 AddDefaultCharset UTF-8 采用http发布,而不是https 结论:网上的解决方案只对svn://这种直接用svnserve发布出来的仓库才有效 解决方案 Subversion...1.8特性 SVNUseUTF8 On 它的作用就是使得Apache的mod_dav_svn模块,在和pre-commit等钩子通讯的时候,使用utf-8编码,可以参考mod_dav_svn (1)升级

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    Git 很难么?带你从头到尾捋一遍,不信你学不会!

    可参考:Git 从入门到精通 Git vs SVN Git 和 SVN 孰优孰好,每个人有不同的体验。 Git是分布式的,SVN是集中式的 这是 Git 和 SVN 最大的区别。...哈希值 Git 中所有数据在存储前都计算校验和,然后以校验和来引用。这意味着不可能在 Git 不知情时更改任何文件内容或目录内容。这个功能建构在 Git 底层,是构成 Git 哲学不可或缺的部分。...Git 用以计算校验和的机制叫做 SHA-1 散列(hash,哈希)。这是一个由 40 个十六进制字符(0-9 和 a-f)组成字符串,基于 Git 中文件的内容或目录结构计算出来。...使用命令行代替图形化界面 使用命令行来操作,简洁且效率高 提交应该尽可能的表述提交修改内容 区分 subject 和 body 内容,使用空行隔开 subject 一般不超过 50 个字符 body 每一行的长度控制在...不要直接在主干分支上面进行开发 在新建的分支上进行功能的开发和问题的修复 使用 release 分支和 tag 标记进行版本管理 使用 release 分支发布代码和版本维护(release/1.32

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    10 | 信息泄露:为什么黑客会知道你的代码逻辑?

    所谓“黑盒(Black Box Testing,功能测试)”,就是在不获取代码的情况下,直接运行应用,然后对应用的请求和响应进行扫描。...当你在登录应用的时候,应用的返回逻辑可能是这样的:如果输入的用户名和密码正确,则登录成功;如果应用没有这个用户,则返回“用户名不存在”;如果输入的用户名和密码不匹配,则返回“密码错误”。...解决方案也比较简单,直接将返回信息模糊化、统一化即可。比如,在上述登录的场景中,我们可以将两种登录失败的返回信息,统一修改为“用户名不存在或密码错误”。...在开发应用的过程中,你一定使用过版本管理工具(比如 SVN 和 Git),通过这些工具,你能够很方便地进行代码回滚、备份等操作。那你有没有想过,版本管理工具为什么这么方便呢?...比如,在 Apache httpd 中配置下面的内容,来禁止黑客对.svn 和.git 目录的访问。 <DirectoryMatch \.

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    Git与SVN的区别

    鉴于最近某些公司,某些人用着git做着svn的模式,觉得有意思,就随便找了篇帖子拿出来 SVN和Git的主要区别: Git是分布式SCM,而SVN是基于服务器的,也就是说每个开发者本地都有一套git库,...2、分布式的SCM更加安全和健壮,有没有想过,如果你的SVN版本服务器挂掉了(硬盘坏了或者网络不可用等等),你会咋样,能修复的好么,一旦修复不好,资料都完蛋了,而Git的分布式SCM,其中的几个节点挂掉影响并不大...,这里看看如何把git和svn结合起来一起使用。...1、比较笨的方法 同时使用Git和SVN,然后再各自的“忽略”列表里面加加上对方的版本库,比如在svn的忽略列表中加上.git,而同时在git的.gitignore中加上.svn;然后执行各自的命令。...2、比较靠谱的方法 使用git-svn应该算更加科学和靠谱的方法,安装好git-svn(这个是需要单独安装的)后,就可以使用啦,基本上是这样的: mkdir 1stlog cd 1stlog && git-svn

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    全网最详细的Linux搭建SVN服务端教程

    今日主题:Linux搭建SVN服务端 简介 相信程序员对SVN还是不陌生的,虽然现在用Git比较多,但是SVN也是用的,SVN可以做代码提交,多人合作,比较重要的,如果你没有云服务器,也可以了解一下,...因为SVN服务端在公司的话,都是放在服务器上的,我们只需要装一个客户端就好了,那么我们今天就来了解一下SVN服务端怎么搭建吧 环境 腾讯云 centos7.5 实现过程 1、安装SVN,如果你已经安装了...停止还可以采用杀死进程的方式: ? 7、客户端连接 这里使用TortoiseSVN,输入地址svn://你的IP 即可,不出意外输入用户名和密码就能连接成功了。...开放端口: # --zone 作用域 # --add-port=3690/tcp 添加端口,格式为:端口/通讯协议 # --permanent 永久生效,没有此参数重启后失效 [root@VM-4-12.../tcp 21/tcp 22/tcp 80/tcp 8888/tcp 39000-40000/tcp 888/tcp 6800/tcp 3690/tcp 连接成功,good,完美,这应该是最完美的解决方案了

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    拥有这些工具,还怕干不出好活?

    之前我都会采用 Eclipse 集成 FindBugs 的插件进行扫描一下,看看有没有潜在的 Bug,不过现在 IDEA 的代码规约校验插件(阿里开发规约插件)已经很好的满足了此需求。...我用过的代码版本管理工具,主要是 SVN 和 Git,但是逐渐开始都转向 Git。...另外,开发过程中,往往会进行合并代码,冲突时需要进行找不同,用 SVN 和 Git 这些代码版本管理工具可以做到,不过有些时候,紧急使用时,为了尽快定位不同,也会用 Beyond Compare 直接比较...代码评审的主要目的,在我看来主要是两方面。第一:看看需求理解实现上有没有问题;第二:看看代码实现上有没有潜在的 Bug。 代码评审时,为了记录 Review 中的问题,现在用的最多的是 Excel。...Bug 进行修复。

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    svn分支及版本管理操作说明

    再次如果新功能的开发和bug修复的代码都涉及到同一段代码冲突了怎么办 。...很显然不能在当前开发的代码基础上进行bug修复工作 完美的解决方案是:在当时完成的那个版本中进行bug fix 这样带来的好处是: 1:bug修复好之后可立即上线,不会因为新需求还没有完成或测试而延迟上线时间...branch(分支):分支开发和主线开发是可以同时进行的,也就是并行开发,分支通常用于修复bug时使用 tag(标记):用于标记某个可用的版本,可以标记已经上线发布的版本,也可以标记正在测试的版本,通常是只读的...,那么就需要打tags了 刷新svn就可以看到最新的tags了 4.如何切换分支 上次发布的V1.0.0版本有BUG需要修复,那么就需要从主分支代码切换到分支代码。...参考文章 SVN trunk(主线) branch(分支) tag(标记) 用法详解和详细操作步骤 http://blog.csdn.net/vbirdbest/article/details/51122637

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    持续集成八 sonarQube配置及使用

    当这些指标不达标时,在项目总览那里就会显示,并且只要一个不达标就会报错,如果你有配置build breader ,那么你的项目就不会编译通过 ? 对照指标和项目数据,其关系如下图 ?...) 修复所有漏洞问题的工作。...源码界面: 在左侧空白栏上和idea annotate功能一样,可以显示谁提交的代码,点击空白处,出现详细信息 ? ? 问题界面: 实现需求:在不登录的情况下就能看到问题的负责人是谁。 ?...注意:要出现上面问题界面的效果,即分配代码责任人,需要在soanrQube上配置用户,而且用户的名称和SVN上的也要一样,密码随便,在分析后就会匹配用户(图中2),然后在左侧条件栏中,会出现所有用户的统计信息...SVN的账号密码就用户名和密码,显示也比较清晰。而git我的是显示邮箱,找不到哪里可以配置(待补充) ? git集成通过纯Java实现,因此才执行分析的计算机上不需要安装git命令行工具。

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    日常IT技巧总结_it工作写经验总结

    假如你是双内存,而且是不同品牌的内存条混插或者买了二手内存时,出现这个问题,这时,你就要检查是不是内存出问题了或者和其它硬件不兼容。 如果都没有,那就从软件方面排除故障了。...保存的搜索,可从历史网页,永久保存的搜索任何URL链接可设置为书签,或与朋友共享。...其实质和Google实验室类似图片搜索是一样的。...如果未指定 keyUsage,默认情况下,它 是永久性的。 该命令需要管理员权限才能允许或禁止托管网络。...本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如发现本站有涉嫌侵权/违法违规的内容, 请发送邮件至 举报,一经查实,本站将立刻删除。

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    @RequestBody报400分析与解决方案

    今天就工作中 遇到的json格式的数据交互问题作出分析和解决方案....背景 由于刚到新公司时间不太长,难免会接受别人写的 不规范的代码和业务逻辑,以及非自己负责模块业务 逻辑出现问题后由于当事人不在或者已经离职, 就不得不去分析和修复测试环境和线上的各种问题, 今天简单介绍一个案例...方案二 写一个自定义的ObjectMapper注入到 MappingJacksonHttpMessageConverter中,可以永久性解决 开发测试阶段前后端参数约定不统一导致的参数解析失败的问题 自定义...;参数的格式 校验和类型转换比较在业务逻辑中实现,并且在参数非法时 能够自定义给前端更加人性化的响应(前后端分离时, 可以根据不同的参数错误给不同的错误码和错误信息)缺点:参数名称和类型不明确, 字段值后台统一解析成...Object类型,后台需要根据具体的业务去解析和校验; 被其他人接手后完全 不知所错,不知道返回的数据类型和字段名称.个人建议:我比较习惯使用Map接收json请求参数, 因为比较灵活,和参数校验和转换可是实现自定义

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    SVN Hooks的介绍及使用

    阅读此篇文章你可以: 对SVN Hooks有一定的了解 获取两个最常用的SVN Hooks案例 SVN hooks介绍 Hooks 钩子,主要实现的功能就是在特定事件发生之前或者之后自动执行事先定义好的脚本代码来实现某些功能...IE浏览器下样式错乱的问题 [ops-coffee活动][misc]活动Q&A文案调整,添加“运维咖啡吧”公众号二维码 [功能模块] 当前提交的功能模块名字,不固定,例如:新闻、评论、ops-coffee....+)$" # 判断提交log与预设的规则是否匹配 [[ ${LOGMSG} =~ ${LOGFORMAT} ]] || exit 1 exit 0 LOGFORMAT为我们根据规范写的正则表达式,...符合[xxx][(dev|bug|misc)]xxx这样的规则即可 通过svnlook命令拿到本次提交的log记录,然后与预设的正则进行匹配,通过则继续往下走,不通过则直接退出状态1 最终exit退出状态为...v:仓库名和p:版本号将代码发布到对应项目的生产环境上,如果不是则发送邮件通知 以上为演示代码,生产环境的发布各位根据自己实际情况调整 2.

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    Git 中文参考(六)

    例如,模式“foo*bar”匹配“fooasdfbar”和“foo/bar/baz/asdf”而不匹配“foobarx”。 -a --text 将所有文件视为文本。...但是,如果 SVN 权限发生更改,或者您更改了–ignore-paths 选项,则 fetch 可能会失败,并且“未在提交中找到”(文件以前未显示)或“校验和不匹配”(错过了修改)。...由于checkpoint可能需要大量的 CPU 时间和磁盘 IO(要计算整个包 SHA-1 校验和,生成相应的索引文件,并更新 refs),单个checkpoint可能需要几分钟命令完成。...如果不至少进行一次“修复”文件以匹配标记内容的提交,则无法在 Git 中导入这些标记。...hash mismatch 数据库有一个对象,其哈希值与对象数据库值不匹配。这表明存在严重的数据完整性问题。

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    有关测试流程中的问题

    问题1.2:需求评审的结果是怎样的,有没有例子。 A:需求评审是由产品经理主导的,所以测试人员参与在这样的会议主要去了解本次版本需求做哪些功能,以及每个功能的需求。...A:测试用例一般存放在公共平台,例如git或svn, 以前公司用的配置管理工具是SVN,现在公司用的是git做项目管理,但我们的文档基本都存放在腾讯的协作云平台(tapd),git存放代码和业务文档、接口文档...以上的问题 备选通过办法:如果还有严重级别及以上的bug没修复,或者是暂时无法修复的bug.那这时可以根据实际情况由软件开发部门的开发经理、项目经理和测试经理讨论是否结束本轮测试。...,这条曲线不仅反应了测试人员提交bug的情况,同时也反应了开发修复bug的情况。...5.测试范围:描述本次测试的内容 6.风险:分析出本次上线后可能会出现的风险,同时给出解决方案 以上几个方面就是测试报告的主要内容,基本有这些就行了,其他方面的可以根据公司实际情况进行增加。

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    linux安装svn服务器的两种方式(转载)「建议收藏」

    /configure,看看有没有报错, (1)如果没有报错则跳过下面的B步骤; (2)如果有报错则看下面的B步骤安装依赖包,每安装完一个依赖包,就要在# ....设置非鉴权用户无权访问、设置鉴权用户可读写、口令及权限配置参照conf目录下passwd和authz的配置。 重要提醒!!:首行不可以留空,要顶行,否则会造成SVN识别为配置错误。...0:00 grep --color=auto svn 如果 svnserve -d -r /mnt/svn 指定的仓库路径与实际仓库路径不匹配,杀掉该进程后重新指定正确的仓库路径 3、本人服务器实际仓库路径是...8089端口 firewall-cmd –zone=public –add-port=8089/udp –permanent #添加端口(–permanent表示永久生效,没有此参数重启后失效)...本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如发现本站有涉嫌侵权/违法违规的内容, 请发送邮件至 举报,一经查实,本站将立刻删除。

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