Stanford 大学 在MOOC上面的公开课：PH525x series - Biomedical Data Science 还专门抽一个章节来讲解这个问题，...
以往的推文中我们没有对批次效应有个量化的概念，往往是画个PCA或者单细胞中做个UMAP、tSNE肉眼看看，上周组会我注意到师兄讲文献提到了这个（使用kBET检测批次效应）方法但没有解释，刚好我就自己学习学习...(Abstract) 使用kBET来评估常用的批次回归和归一化方法，并量化它们在保留生物变异性的同时消除批次效应的程度 ......观察到的拒绝率使用样品的实际批次标签，并描述了批次效应引起的偏差。默认情况下，kBET只测试样本的一个子集的良好混合性，并重复过程“n_repeat”次以创建显示的统计数据。...在这里，我们进一步显示一名患者的摘要信息： kBET中的零模型（null model）包括随机排列批次标签以估计预期的拒绝率，而观察到的拒绝率使用实际的批次标签来测量批次效应引起的偏差 我个人理解就是非参数方法...后面的部分作者使用kBET来评估常用的批次回归和归一化方法，并量化它们在保留生物变异性的同时消除批次效应的程度 得出normalization方法使得表达谱同分布来解决批次效应会下游分析产生不利影响，
这个工具除了基本的批次效应矫正，还可以对数据之间的批次影响的情况进行检测。 在这个数据库当中，主要是通过PVCA算法来评估批次对于分组的影响。...通过UMAP来可视化批次效应的影响，然后通过SVA包当中的Combat算法来去除批次效应。...在这里我们可以选择PCVA算法来数据来评估各个批次效应的影响程度。也可以选择UMAP 来计算可视化批次效应的影响。 需要注意的是，PCVA根据作者的介绍这个是用来评价芯片数据的批次效应的。...结果主要是包括三个内容 批次去除之后的热图 批次效应去除后的表达数据 批次效应去除后，差异表达分析的结果。...总的来说 以上就是两个用来去除批次效应的工具。其中 Batch Server使用的是经典的算法。除了基本的批次效应去除还可以在前期检测批次效应和后期检测去除后的结果。
而对于程序员而言，如何避免内存泄漏也是一门学问，倘若不加以控制，那么无论多大的内存都会有消耗殆尽的那天。...本文当然不是研究如何分析内存泄漏的产生原因与解决方案，而是在此之前的一步，通过简单的内存监测方式来预测内存泄漏的 潜在可能性 或者 偶发性 等。...我这边需要监测 系统内存 与 jvm堆内存 ，最终的结果会展示各个时间点的内存情况，所以需要一个时间类，表示每个切片的时间点。...timeMarkInterval是存储定时器id的，在销毁之前释放定时器；physicMemory和heapMemory获取图表div节点，用于echarts节点获取；systemInfo则会存储定时从服务器拉取到的数据...由图可见我这个系统堆内存通常消耗不到一百兆，后续可以将堆内存设定的再小一些，以提供给其它服务使用。总体内存是稳定状态，达到一定值会自动回收垃圾，占用率不会逐步提高，是个可控的系统。
早上到单位 发现服务器 mysql 服务器停了 然后起来了 查询日志 显示 内存满了 把mysql服务给杀了 linux 服务器如果 内存满了 会自动清理进程 防止服务器挂掉 选择的话 谁占的的内存大...就先杀谁 我的服务器里面 mysql服务占的内存是最大的 所以就把mysql就给杀了 image.png 然后 重启mysql 查询内存 image.png 在这说一下 怎么看linux的内存 举个例子...空闲的内存数: 232M shared 当前已经废弃不用，总是0 buffers Buffer 缓存内存数: 62M cached Page 缓存内存数:421M 关系：total(1002M) = used...记住内存是拿来用的,不是拿来看的.不象windows, 无论你的真实物理内存有多少,他都要拿硬盘交换文件来读.这也就是windows为什么常常提示虚拟空间不足的原因.你们想想,多无聊,在内存还有大部分的时候...,拿出一部分硬盘空间来充当内存.硬盘怎么会快过内存.所以我们看linux,只要不用swap的交换空间,就不用担心自己的内存太少.如果常常 swap用很多,可能你就要考虑加物理内存了.这也是linux看内存是否够用的标准哦
这意味着，对于启用了批次管理的物料，所有的库存移动都需要录入批次号（自动或人工指定），当为收入时还需要指定批次属性。 通常，批次管理依赖于分类系统保存批次属性，简单的配置过程如下 ?...1、激活批次管理并指定批次的级别：在此处激活系统的批次管理功能；批次级别是指批次号的生产范围，由小到大可以选择是工厂级别、物料级别或客户端级别，意义就是批次号在哪个级别是唯一的，比如选择了物料级别，那么当接受到物料时生产一个批次号...2、指定批次的字段选择（显示、隐藏、必输、可选） 3、激活批次的内部给号：如果批次是外部给号的，选择不激活内部给号即可，如果批次需要内部给号，系统可以自动生成批次号（流水号）或根据给定的逻辑生成批次号（...1.复制生产订单号至批次号码上。 2.复制销售订单号至批次号码上。 3.批次号码按物料类型来分配。 4.批次号码按物料号码来分配。 5.批次号码包括日期。 6.批次号码包括工厂号码。...5、设置批次特性值的分配规则：可以选择在前台或是后台为批次指定批次对应分类的特性值，并指定是否启用用户出口为批次特性分配值 批次评估-->激活 IM 中货物移动的批分类 ?
SAP 序列号里'主批次'与'库存批次'不同，如何修改？ 如下的序列号，'主批次'与'库存批次'字段值不相同， 这是错误的数据，会带来后续的发货过账，POD等报错。...如下图： 把主批次也改成4211913013，然后保存， 保存，系统报错，如下图： 必须使用如下方式修改， 选择'从库存'，回车，进入如下界面， 修改主批次字段值，跟库存批次字段值保持一致，保存， 点击按钮...继续IQ02, 输入物料号和批次号，进入修改界面， 选择'库存'选项， 然后回车， 啥都不做，直接保存， 再次提示序列号已被更改。...此时，才算是修改好了，'主批次'与'库存批次'字段值保持一致了，如下图: 2019-03-05 写于苏州市高新区。
(harmony) library(patchwork) library(tidyr) library(ggplot2) library(Seurat) pbmc.stim, pbmc.ctrl是2个批次的单细胞数据...## 未进行批次效应校正 library(cowplot) options(repr.plot.height = 5, repr.plot.width = 12) p1 <- DimPlot(object...bacth就是分组变量，相当于2个批次效应的单细胞数据分组信息pbmc@meta.data$bacth。...示例：如果数据集包含批次信息和其他变量，可以将批次信息放在一个变量中，并将该变量传递给group.by.vars参数，以便根据批次信息对数据进行整合。...harmony_embeddings <- Embeddings(pbmc, 'harmony') harmony_embeddings[1:4, 1:4] (7) 去除批次效应后的可视化 options
01 前言 正如我们所知道的，在系统还没有任何批次数据前，可以按需要指定批次级别，而无须特殊的转换操作： ? 通常来说，项目中常用的级别是工厂级或物料级。...其中，工厂级指的是可以按工厂来设置物料是否进行批次管理，且同一物料在不同工厂的批次主数据可以是不一样的；而物料级则仅能按物料来设置是否进行批次管理，即对于某个物料，一旦需要启用批次则需要在所有工厂中同时启用批次...，而且同一批次在不同工厂下的批次主数据是一致的。...在全新的系统中批次级别默认为物料级。通常来说，即使发生了业务，也可以将批次级别从工厂级转换为物料级，但反之则不允许。...以下是将批次级别从物料级转为工厂级的的测试，测试在具有批次数据的环境中执行。 02 转换程序 1、按NOTES：41715的要求准备程序：ZCHTCUCH、ZM07CHDX_TEXT。
小洁老师在去除批次效应的探索文件里给出了两种方法，一个是用R包limma中的函数removeBatchEffect(），另一个是R包SVA中的函数ComBat(）。...区别就在于，是先进行样本整合，然后去除批次效应，最后进行差异分析；还是，对每个数据集进行独立分析，然后RRA整合DEG，拿到多个数据集共有的DEG，所以我尝试比较了接触到的这两种方法的结果差异。...先整合所有数据集，然后用limma去除批次效应，再进行差异分析，然后拿top10 上下调基因与文章中给出top10进行对比，结果如下（带星标的为一致的基因）： ?...这么看起来，似乎是 我们的用limma去除批次效应，再进行差异分析，然后拿top10 上下调基因与文章的结果一致性好一点哦。
之前我有测试过很多整合去批次的算法，例如CCA，RPCA，harmony，LIGER等： CCA单细胞多样本整合和插槽选择（一） 单细胞多样本整合之RPCA 单细胞多样本整合之Harmony，LIGER...和LISI 也有用python做过BBKNN和harmony： 巧用Python加速单细胞分析 总体来说，在R语言环境下harmony相较其他算法还是比较优秀的，例如速度快，占内存小，整合的结果比较好。
本周收到业务的一个问题，MIGO投料的时候批次确定功能建议的数量不准确。在批次确定界面里，每个批次的可用数量都是无穷大，如下图示： ?...经验证批次可用数量都是正确的，看MMBE报表结果， ? 这让笔者很是意外，觉得很有总结的价值，是故写下这篇文字。 2019-03-15 写于苏州市。
1 <在一些行业的生产过程中，产品按照批次进行生产。WinCC 在批次生产过程中会对一些生产数据进行归档，以便于后期对批次生产进行分析或者追溯。...这就给这种希望根据批次名称进行批次数据查询的应用带来了一些不便。为了解决这个问题，本文将介绍如何能够通过生产批次名称来进行批次数据过滤查询的组态编程方法。...那么也就意味着只要能够在 WinCC 中归档批次名称的同时，将该批次的开始生产时间以及结束生产时间与批次名称一同进行归档。...当选择了需要查询的批次名称的时候也就能够获取到该批次的生产起始以及结束时间，再根据这两个时间即可过滤查询出该批次生 产过程中归档的所有历史数据。...2.5 <如图 06 添加 3 个按钮，开始批次生产、结束批次生产以及选择并查询。 为开始批次生产按钮编写脚本如图 07。 为结束批次生产按钮编写脚本如图 08。
在深入了解服务器 CPU 的型号、代际、片内与片间互联架构一文中我们了解了服务器 CPU 的内部架构。在其中我们看到有一个内存控制器。 关于CPU内存控制器中会有很多专技术细节。...而且不再像之前一样要求每个内存颗粒传输距离相等，工艺复杂度因寄存缓存器的引入而下降，使得容量也可以提高到 32 GB。主要用在服务器上。 下图是一个服务器RDIMM 32 GB 内存条。...这个服务器内存条不光正面有很多内存颗粒，连背面也有。可见服务器内存的颗粒数量比普通笔记本电脑、个人台式机的颗粒都要多很多。...另外一台服务器经常是连续要运行几个月甚至是几年。因此总的来说，服务器对稳定性的要求极高，不允许比特翻转错误发生。 ECC 是一种内存专用的技术。...服务器 CPU 支持 RDIMM（带寄存器双列直插模块）和 LRDIMM（低负载双列直插内存模块）内存。这两种内存单条都有更大的容量。
SVA适用于高维数据的批次效应校正，支持以下数据 1. 基因芯片 2. RNA-seq 3. 甲基化表达谱 4. 其他表达量数据 提供了两种方法来处理不同的批次效应 1....识别未知的batch effect,并校正，使用sva函数 需要注意的是，在校正批次效应之前，表达量数据必须经过归一化操作，而且去除了缺失的基因，比如在80%的样本中没有表达量的基因。...除了表达量矩阵外，还要求提供以下两种设计矩阵model matrix 1. null model，只包含adjustment variable, 即需要校正批次效应的变量 2. full model,...1.678983e-04 5.652893e-01 2.466591e-04 8.168562e-08 1294_at 2.035400e-02 通过这两种方法，可以快速的校正数据中存在的批次效应
Typecho博客系统显示服务器占用内存的插件，代码很简单，这插件作者是12年写的，我用了已经不能用，我通过自学的一丢丢的PHP基础，简单的整理了一下，又能用了，奇怪的知识又涨了 插件截图 调用代码
在整合来自多个批次的单细胞数据时，批次效应校正至关重要。...它将来自两个或多个批次的原始表达矩阵、标记基因列表及其相应的聚类标签作为输入，并为所有批次的每个单个细胞输出协调的聚类标签。...cluster标签信息执行批次效应校正。...matched.labels=c(1,2,3), k=20, sigma=1, cos.norm.in=TRUE, cos.norm.out=TRUE) 05 结果展示 SMNNcorrect函数将输出以下信息：(1) 每个批次的批次校正后的表达矩阵...在下面的示例中，我们将批次1视为参考批次，将批次2视为要校正的批次（这样批次2将针对参考批次1进行校正）。参考批次（即批次1）将仅应用余弦归一化。
同一个产品的配方每次生产就是一个批次，就会有一个批次号。 那么为了实现这种批次生产而部署的控制系统就是批次控制系统了。...02 批次控制系统标准 批次控制早在1995年美国国家标准协会就发表了批次Batch标准了:ANSI/ISA-88。也就是大家常说的S88标准。...由上图可见，批次控制的S88标准只是定义了一个批次控制的模型，而S95的标准定义了所有的控制类型除批次控制外，还有其他的连续控制，离散控制。...如下图使用biantaila的配方创建了一个biantaila_20200829的批次生产，选择用GUO1的一号锅进行生产。批次大小为100%。 可以选择具体的批次进行批次的控制和监视。...如在Rockwell的SCADA软件中进行显示的界面如下： FT Batch的其他服务 Batch Service Manager 批次服务管理器控制批次服务器以及数据收集服务器，电子流程Web服务器的启动停止或者暂停
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云
