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blast2go本地化-2017教程

Blast2go本地化教程网上也有不少，但是都是13年之前的，由于最近有这个需求，我也重新收集了下资料，然后整理了下： 主要参考： http://blog.shenwei.me/local-blast2go-installation...GO: 基因本体论注释数据库 这里我们就讲解如何本地化Blast2go完成蛋白序列到GO数据库的注释。...这个肯定不用说了，必须的要的，我的是ubuntu 14.04，用apt默认安装的，然后将默认数据库目录改到自己的空间大的目录下，我是改到home目录下了，可参考修改mysql默认数据库目录 Java，这个教程里面说是...1.6 or 1.7，但我试了下1.8也是可以用的，那肯定就是用1.8咯，教程点明必须要Oracle JDK版，我也没试过open版到底行不行，所以还是听教程的，安装步骤很简单，使用add-apt进行安装....zip，其实也是之后正式使用的执行文件 修改配置文件b2gPipe.properties，如下： // GO and B2G Data Access Basic Dbacces.dbname=b2gdb

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建立本地的Blast数据库

主要的BLAST程序有以下几种： BLAST的在线版https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi可以方便的进行单一的同源性序列搜索，但是不方便进行大批量的数据操作，...接下来小编就要教大家如何建立本地的BLAST数据库。 基于BLAST优秀的算法，BLAST程序可以轻松的在普通的个人电脑中运行。...BLAST程序的官方下载地址：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST 在网页中我们可以看到很多文件，其中*.md5是效验文件...R 输入cmd命令，再通过cd 命令进入当前的bin 文件夹，或者直接在bin文件夹内按住shift和鼠标右键，选择在此文件夹打开命令提示符 我们通过makeblastad -help命令，查看创建本地数据库的帮助文件...并复制到bin文件夹下 之后执行命令 makeblastdb in sequence.fasta -dbtype mucl -out sesameESTdb 这里取名为sesameESTdb是受某教程误导

6.4K91
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blast+本地化中blastp操作(基于PDB库)—linux

blast+本地化的构建对于流程化处理大量数据序列很方便，blast+是将blast模块化，分为了蛋白质序列比对蛋白数据库(blastp)、核酸序列比对核酸数据库(blastn)、核酸序列比对蛋白质数据库.../blast/executables/blast+/LATEST 得到最新版本的blast+压缩包：ncbi-blast-2.9.0+-x64-win64.tar.gz 对安装包进行解压: [wangh...@master Softbacks]$ tar -zxvf ncbi-blast-2.9.0+-x64-linux.tar.gz [wangh@master Softbacks]$ cd ncbi-blast...-2.9.0+ [wangh@master ncbi-blast-2.9.0+]$ vim ~/.bashrc # 对blast+进行环境配置,进入变量配置环境中后，按i或者o切换到插入(编辑模式下)输入下列路径...# ncbi-blast export PATH=/path/ncbi-blast-2.9.0+/bin/:$PATH #######按Esc键退出编辑环境，再输入 ：wq 命令进行写入保存(w)

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使用HBuilder离线本地打包ipa教程

AppID一致； Version为应用版本号，在App Store中显示的版本号，推荐与manifest.json中version下的name值一致； Build为编译版本号，App Store判断升级使用...注意：在使用Launch Screen File方式作为启动界面时，需要把一张或几张清晰的图标拷贝到工程的根文件夹下并引入到工程中， 用来给启动界面加载图标。...(注意别少了点); 如何配置启动时是否注册Push 1、如果希望在应用启动时不弹出”发送通知”系统授权框，可以不向系统注册要使用消息推送功能，配置方法如下： 找到工程里的info.plist文件，然后配置...值相同） 5、确保control.xml文件里的appid的值和apps目录下的第一个文件夹的名称一致 6、确保HBuilderX里要调试的代码的appid和control.xml的appid值一致 7、使用...9、在HBuildX里，找到之前appid相同的js工程准备调试，点击“运行” –“运行到手机或模拟器“–“使用自定义基座运行（iOS）”，等待连接成功之后就可以了。

4.3K10

iconfont字体图标本地引入使用教程

之前写过一篇文章，关于如何使用阿里巴巴矢量图标，但是之前使用的是直接调用阿里巴巴的cdn文件，而这篇教程说的是本地引入使用。...阿里巴巴矢量图标使用教程 大部分网站一直使用的图标是奥森图标，而阿里巴巴出品了矢量图标库以后有很多站长就更换使用了阿里的图标，不过阿里的图标......你可以先看一下上面这篇文章，前面的方法都差不多，从注册账号到查找图标再到添加项目，都是一样的方法和步骤，接下来不同的是需要你下载到本地操作。...点击下载至本地后你会下载得到一个压缩包 download.zip，将压缩包解压出后得到一个文件夹，文件夹内包含以下部分： 这里建议给文件夹重命名为 iconfont方便后面引入。

1.7K10

Python使用plotly生成本地文件教程

本人在学习使用Python和plotly处理数据的过程中，发现了官网教程和网上一些教程无法正常使用的情况，可能是因为更新导致的，所以我在尝试成功之后想自己写一个教程，便有了下面的文章。...本教程主要还是依据官网教程+翻译实践。 首先是安装plotly，这个比较简单，网上其他教程也没什么错误，提供一个方法，使用pip安装。...如果你使用不是本地，而是在线的话，那么你还得再交互模式下设置几个地方，下面就放一下官网的内容： import plotly plotly.tools.set_config_file(world_readable...Data([trace0, trace1]) py.plot(data, filename = 'basic-line') 大家可以尝试一下官网的代码，我一直报错，不能通过，必须是在下面这行代码时才能使用

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教程：使用 .NET CLI 安装和使用 .NET 本地工具

本文适用于： ✔️ .NET Core 3.0 SDK 及更高版本 本教程介绍如何安装和使用本地工具。 使用在本系列的第一个教程中创建的工具。 先决条件 完成本系列的第一个教程。...在本教程中，安装和使用面向 .NET Core 2.1 的工具，因此需要在计算机上安装该运行时。...使用引用本地工具的 CLI 命令时，SDK 会在当前目录和父目录中搜索清单文件。 如果它找到清单文件，但该文件不包含所引用的工具，则会通过父目录继续向上搜索。...将 botsay 作为本地工具安装 从在第一个教程中创建的包中安装该工具： dotnet tool install --add-source ....dotnetsay 疑难解答 如果在学习本教程时收到错误消息，请参阅排查 .NET 工具使用问题。

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使用LM Studio在本地运行LLM完整教程

在开源类别中， 出于以下的原因，你可能会考虑过在本地计算机上本地运行LLM ： 脱机:不需要互联网连接。...尽管在使用GPT-4、Bard和claude 2等基于云的模型时，隐私问题可能被夸大了，但在本地运行模型可以避免任何问题。...对许多人来说，运行本地LLM需要一点计算机知识，因为它通常需要在命令提示符中运行它们，或者使用更复杂的web工具，如Oobabooga。...但是请记住，LM Studio并不开源，只是免费使用 但是LM Studio是我目前见到最好用，也是最简单的本地测试工具，所以如果是本机测试使用的话还是推荐试一试他。...这个也是需要根据本地计算机进行设置。 完成这些更改后，就可以使用本地LLM了。只需在“USER”字段中输入查询，LLM将响应为“AI”。

2.6K11

使用 Docker 高效搭建本地开发环境（详细教程）

本地开发之痛苦 在开发之前，首先你需要安装各种开发工具和服务支持到你的开发环境当中，可能会出依赖问题，环境变量问题，端口冲突，经编译库问题等等。...然后上线之前，可能你在本地开发调试都可以完美运行，一但部署到服务器，就会出现各种问题。因为大多数情况下，我们的开发环境和生产环境并不相同。 可能你下次又有要用到一个新的开项目的开发环境。...容器是完全使用沙箱机制，相互之间不会有任何接口。...如果生产环境也使用的Docker的话，你甚至可以直接打包一套环境，直接丢上去就可以运行了，再也不用担心开发-生产环境之间的差异了。...laravel开发的博客项目，所以我就直接拷贝laravel.conf.example，然后使用vim打开 cp laravel.conf.example blog.conf vim blog.conf

2.3K10

Rfam 12.0+本地使用 （最新版教程）

最新版本的Rfam (12.2)，包含2588个RNA家族，其在线网站提供了便捷的查询使用功能，http://rfam.xfam.org/，尤其是对小批量数据。...对已经注释好的物种，建议在ENSEMBLE或UCSC直接下载官方的注释文件，直接下载GTF或使用bioMart或TableBrowser都可。具体可在本博客或微信公众号后台回复关键字获取使用方法。...最后确定要在本地使用了，如果是用之前的版本，请在线搜索，有几篇教程可用。如果用新版本，请参考此教程，目前是独此一家。...考虑到基因组为双链和下一步用到的参数的单位为Million，我们使用公式3000000 * 2 / 1000000计算得出结果为6，作为下一步参数-Z的值....结果解释 my-genome.cmscan cmscan命令的标准输出，使用>重定向。

1.7K50

使用 Docker 高效搭建本地开发环境（详细教程）

用户小程序，支持 RBAC 动态权限、多租户、数据权限、工作流、三方登录、支付、短信、商城等功能 项目地址：https://gitee.com/zhijiantianya/ruoyi-vue-pro 视频教程...容器是完全使用沙箱机制，相互之间不会有任何接口。...用户小程序，支持 RBAC 动态权限、多租户、数据权限、工作流、三方登录、支付、短信、商城等功能 项目地址：https://gitee.com/zhijiantianya/yudao-cloud 视频教程...如果生产环境也使用的Docker的话，你甚至可以直接打包一套环境，直接丢上去就可以运行了，再也不用担心开发-生产环境之间的差异了。...laravel开发的博客项目，所以我就直接拷贝laravel.conf.example，然后使用vim打开 cp laravel.conf.example blog.conf vim blog.conf

2.7K10

RNA-seq数据分析完全指北-04：创建本地blast库分析物种组成

1、创建本地blast库 平常来说，我们使用NCBI的在线blast功能就能解决绝大多数问题。但是，当我们有大量序列需要对比时，在线查找已经不能满足我们。因此，我们需要构建一个本地blast库。...1.1、安装ncbi-blast+ NCBI的本地blast软件已经构建的非常好了，只需要下载就可以直接使用。...如果不会使用vim编辑器，那就运行如下命令 echo "export PATH=/home/csw/biosoft/blast/bin:\$PATH" >> ~/.bashrc ## 让配置生效 source...SRR11178353_1.rd.fa seqkit sample -n 10000 SRR11178353_2.fastq.gz | seqkit fq2fa - > SRR11178353_2.rd.fa 2.2、使用本地...本文部分代码及思路来自以下文章，在此致谢 《使用本地nt数据库对reads和Trinity结果进行blast》——周小钊【简书】 《Linux系统中NCBI BLAST+本地化教程》——不知道怎么取名字

1.5K21

git使用教程1-本地代码上传到github

前言 不会使用github都不好意思说自己是码农，github作为一个开源的代码仓库管理平台，对代码的管理确实很方面。 问题来了：为什么越来越多的小伙伴喜欢开源的github？...2.下载到本地电脑后，一路傻瓜式安装Next->Next->-Next ? 3.安装完成后，本地随便建个文件夹，如github，在文件地址栏输入cmd ?...三、本地仓库 1.回到之前的github界面，下面有几个指令告诉我们如何把本地代码上传： git init git add README.md git commit -m "first commit"...：git commit -m "first commit" --提交到本地缓存（“引号里面是说明提交了什么东西”） ?...四、遇到问题与解决方案注意：初次使用的话，在输入上面指令过程中会遇到以下几个问题： 1.要是cmd窗口看到提示以下这两个信息 $ git config --global user.name "John

1.1K90

H5本地存储详细使用教程--上

不管是哪一个，都是基于JavaScript语言来使用，接下来我就教你怎么使用H5本地存储，本文篇幅较大，JS代码较多，请耐心阅读。...一、Web Storage教程 1、概述： 对于Web Storage来说，实际上是Cookies存储的进化版。...6、兼容问题： 有人会说本地存储是H5的新贵，但是对于老、旧的浏览器来说怎么办？那就不用老古董浏览器呗，或者使用cookie作为替代。...二、Web Storage应用 1、基本使用： 我们先把上面的四个函数整理一下，并加入一段验证代码用于检测本地的数据存储的存在情况。...三、Web SQL教程 1、概述： H5的本地存储中，其实localStorage并不算是很强大的存储，而Web SQL Database才是牛逼的存在，在浏览器或客户端直接可以实现一个本地的数据库应用

2.6K70

使用本地缓存

,但是对于一些并发不是很大,但是频繁访问数据库也会影响性能和带来压力的一些场景,我们可以是用本地缓存来 提高程序响应速度和缓解服务器和数据可压力,常用的本地缓存有guava的本地cache,以及各个公司自己封装的本地缓存插件...(本质上本地缓存是使用Map实现的,差别在于实现方式和性能) ,此篇就使用guava实现本地缓存展开叙述: 一、新建maven项目&添加依赖 新建一个通用的maven工程,并添加一下guava依赖:...方法的重载,可以传进来一个callable,也就是我们首先根据key去本地缓存中取查看数据,如果没有查到就根据传进来的callable逻辑去查询并返回结果,常见的就是callable中使用DB查询 注意...:如果callable没有传就是用上一个方法get 这段代码有两个方法,都是失效本地缓存中的key,一个是单个失效一个是批量失效 三、测试本地缓存 编写单元测试类并测试本地缓存: package com.typhoon.demo1...总结 在有些场景下我们使用本地缓存更加方便和轻量级,但是任何一种事物都有其双面性,我们可以分析出本地缓存的优缺点: 优点:1)使用方便 2)更轻量级 缺点:1)不适合大中型项目中的高并发场景,如果强行使用

1.7K10

软件介绍之BLAST

咱们《生信技能树》的B站有一个lncRNA数据分析实战，缺乏配套笔记，所以我们安排了100个lncRNA组装案例文献分享，以及这个流程会用到的100个软件的实战笔记教程！...下面是100个lncRNA组装流程的软件的笔记教程 BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) 是我们常用的短序列比对工具，直接输入fastq格式的序列文件就可进行比对...一、软件安装 使用conda安装 conda install blast 二、blast类型 ? 三、blast的用法 1. 本地BLAST的基本步骤 1....具体以拟南芥基因组作为案例，介绍使用方法： # 下载基因组 wget ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/plants/release-36/fasta/arabidopsis_thaliana...-db：使用的数据库。 -evalue：设置输出结果中的e-value阈值。e-value低于1e-5就可认为序列具有较高的同源性。 -outfmt：输出文件的格式，一般设置为6。

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