Nucleotide数据库的搜索结果还是比较智能的,搜索结果前面推荐的就是我们的要的,我们做基因检测,做的PCR是定量PCR,设计引物是以基因的转录本为模板设计的,所以我们点击RefSeq transcripts。
通常我们上游分析得到的蛋白序列需要和主流的数据库进行比对,完成功能注释。常用数据库一共有以几种:
双序列比对可以采用是基于动态规划算法的Needleman-Wunsch(NW)和Smith-Waterman algorithm(SW)算法,虽然精度高,但计算消耗大。当与数据库比对的时候,该算法就显得不切实际。因此TASTA,blast采用启发式算法使得通过大幅度丢失灵敏度来减少运行时间。与FASTA软件相比,blast通过把搜索限制在狭隘的矩阵对角线条带上,来改进FASTA进行数据库搜索的速度。
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) 是我们常用的短序列比对工具,直接输入fastq格式的序列文件就可进行比对。
首先谷歌找到这个教程:http://nix-bio.blogspot.com/2013/10/installing-blat-and-blast.html
Blast(basic local alignment search tool) 局部序列比对基本检索工具,是NCBI开发的一款基于序列相似性的数据库搜索程序。主要的BLAST程序有以下几种: 📷 BLAST的在线版https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi可以方便的进行单一的同源性序列搜索,但是不方便进行大批量的数据操作,也不能建立自己的数据库。接下来小编就要教大家如何建立本地的BLAST数据库。 基于BLAST优秀的算法,BLAST程序可以轻松的在普通的个人电脑中运
最近有粉丝求助,说自己已经耗费十多天了还没有把一个NT数据库下载下来,不得已充值会员费希望可以加速,但是效果也很惨淡,如下图:
啊~~~本来是半个月的专栏不知道到底过了多久才又和大家见面,其中经历不足为外人道也
该程序明确地设计为,利用具有大内存容量和许多内核的现代计算机体系结构。那么为什么它那么快呢,因为它使用了种子和延伸方法。额外的算法成分是使用缩小的字母,间隔种子和双索引。算法简单了解一下就可以了,具体的算法的内容比较难懂就不深入讨论了。
2.一个新工具:qiime tools cast-metadata,允许用户通过命令行将元数据列转换为新的 q2:types
很多新手朋友对PyCharm的使用无从下手,于是花费了一点时间整理这份PyCharm操作手册,
内网就是你自己的网络环境,就你自己能访问,比如你本地测试进行的localhost;
咱们《生信技能树》的B站有一个lncRNA数据分析实战,缺乏配套笔记,所以我们安排了100个lncRNA组装案例文献分享,以及这个流程会用到的100个软件的实战笔记教程! 下面是100个lncRNA组装流程的软件的笔记教程 Aspera是IBM公司的一款高速传输软件,创造了新一代的传输技术(faspTM),并能不受文件大小、形态、传输距离、网络条件限制,以最高效的速度来协助用户迁移各地的数据。使用 fasp传输专利技术,充分利用现有的 WAN 基础设施和通用硬件,传输速度比 FTP 和 HTTP 快达数百倍
说起Real-Time PCR,大家都不陌生,毕竟是检测基因转录水平表达情况最基本的实验了。但是对于没有接触过的小伙伴来说,还是挺陌生的,所需试剂仪器就先不聊了,今天小编单就lncRNA/mRNA引物设计来说道说道。
一、log4j2 1. log4j使用教程详解(怎么使用log4j2) 2.Log4j2的基本使用 二、log4j 1.【转】最详细的Log4J使用教程 2.最详细的Log4j使用教程 3.log4j.properties 详解与配置步骤总结 4.Log4j.properties配置详解 3.易百教程——Log4j教程 4.Log4j使用教程
其实我现在已经不写软件教程了! fastqc对原始测序reads质控 NCBI的blast++软件使用说明书 SRA工具sratoolkit把原始测序数据转为fastq格式 目录 一:下载安装该软件 二:准备数据 三:运行命令 四:输出文件解读 正文 一:下载安装该软件 在NCBI的ftp站点里面可以找到blast++的下载链接 wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/LATEST/ncbi-blast-2.2.30+-x64-linux.ta
星际的兵种属性随着对平衡性的调节,会进行修改。如果这样的话,我们就要考虑减少一个事件和具体处理的关联性。
称为”复用“的主要原因是:这4种方式的本质原理都是多种多线程实现方式的复合/组合使用。Android多线程实现的复合使用包括:
有多少小伙伴和我一样,一直期盼着Qiime2更新的,在月末,qiime2新版本终于发布啦!小编敲黑板:
本文编程笔记首发 zbolg系统可用 使用教程请打开压缩包内的 使用教程.docx 查看 1.网站必须为zblog程序 2.网址必须备案 3.必须为https协议 4.zblog必须为伪静态 源码功能: 1.首页自定义轮播 2.首页自定义热门推荐 3.在线客服 4.自定义文章分类 5.查看文章详情 6.文章页分享朋友圈(限制安卓) 附带使用教程+小程序模板+zblog插件 📷 付费资源 您需要注册或登录后通过购买才能查看! 收藏 | 0点赞 | 0打赏
其中网页工具和云平台都不是针对专门的生物信息学工程师设计的,因为并不需要使用者会编程语言,所以使用起来非常简单。下面来一一介绍一下它们:
eclipse是一款常用的电脑java编程软件,能够安装各种各样的插件以辅助安装,从代码的录入、到代码的编译、运行等都可以在这款软件里完成,简而言之,eclipse是为了更方便进行java的开发而设计出来的。eclipse使用教程是什么?eclipse如何修改为中文?
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OrthoMCL (http://orthomcl.org/orthomcl/) 是现在用的最多的一款来找直系同源基因(Orthologs)以及旁系同源基因 (Paralog) 的软件。同源基因 (homolog) 的区别见下图,这里就不细说了。
方便实现异步通信,即不需使用 “任务线程(如继承Thread类) + Handler”的复杂组合
喜欢使用电脑的小伙伴们一般都会遇到win7系统串口调试助手使用教程的问题,突然遇到win7系统串口调试助手使用教程的问题就不知道该怎么办了,其实win7系统串口调试助手使用教程的解决方法非常简单,按照1:打开电脑浏览器,进入百度搜索 在输入框输入:友善串口助手 ,回车进行搜索,在第一条直接点击下载,安装即可.2:安装完成后,桌面上会有一个这样的图标 我们双击打开.来操作就行了,接下来小伙伴们就好好的看下win7系统串口调试助手使用教程的处理步骤:
往期精选 在开发中大型Java软件项目时,很多Java架构师都会遇到数据库读写瓶颈,如果你在系统架构时并没有将缓存策略考虑进去,或者并没有选择更优的缓存策略,那么到时候重构起来将会是一个噩梦。本文主要是分享了5个常用的Java分布式缓存框架,这些缓存框架支持多台服务器的缓存读写功能,可以让你的缓存系统更容易扩展。 1、Ehcache– Java分布式缓存框架 Ehcache是一个Java实现的开源分布式缓存框架,EhCache 可以有效地减轻数据库的负载,可以让数据保存在不同服务器的内存中,在需要数据的
步骤1:定义 IntentService的子类,需复写onHandleIntent()方法 步骤2:在Manifest.xml中注册服务 步骤3:在Activity中开启Service服务
required:请求参数中是否必须提供此参数,默认值:true 表示必须提供,如果不提供将报错
在开发中大型Java软件项目时,很多Java架构师都会遇到数据库读写瓶颈,如果你在系统架构时并没有将缓存策略考虑进去,或者并没有选择更优的缓存策略,那么到时候重构起来将会是一个噩梦。本文主要是分享了5个常用的Java分布式缓存框架,这些缓存框架支持多台服务器的缓存读写功能,可以让你的缓存系统更容易扩展。
合成测试程序根据统计的真实负载发生规律,如请求的读写比例,大小,频率和分布等信息。建立响应的io存取模型。在测试时产生符合存取模型的io请求序列。发送给存储系统。这类程序包括 IOMeter,IOZone 和 Bonnie++。
这篇文章要讨论的是目前一个非常热门的话题:渗透无线网络以及如何防止无线网络被入侵。WiFi通常都是网络环境中的一个薄弱环节,因为WiFi信号可以在范围内的任何一个地方被任何一个人捕捉到,而且只要有正确的工具以及合适的软件(例如Kali Linux),很多无线路由器中存在的安全漏洞都是可以被攻击者轻松利用的。 接下来,我们将会给大家介绍目前最热门的十大WiFi入侵工具,这些工具可以帮助我们测试无线网络环境中存在的潜在安全问题。 1. Aircrack-ng 官方网站:【传送门见原文处】 使用教程:【传送
用过网页版本 BLAST 的童鞋都会发现,提交的序列比对往往在几分钟,甚至几十秒就可以得到比对的结果;而通过调用 API 却要花费几十分钟或者更长的时间!这到底是为什么呢?
还在因为 变量中 包含不认识的单词 头大吗? 还在因为 看不懂 英文注释/文档 掉头发吗 ? 还在因为 各种机器翻译的内容 云里雾里吗 ? 您的救星来了!!!用了“会了吧”,轻松“学会啦” 安装 直接
之前用EMBL的双序列比对工具做全局比对,虽然很快就出结果了,但至少也要经历一两秒钟的时间。而数据库中有几百万条序列,全部比对一遍,耗时太长。因此,我们需要快速的数据库相似性搜索工具。目前世界上广泛使用的就是 BLAST。它可以在尽可能准确的前提下,快速的从数据库中找到跟某一条序列相似的序列。BLAST 是 Basic Local Alignment Search Tool 的首字母缩写,直译过来就是基本局部比对搜索工具。BLAST 的基本原理很简单,要点是片段对的概念。所谓片段对是指两个给定序列中的一对子序列,它们的长度相等,且可以形成无空位的完全匹配。
Ehcache是一个Java实现的开源分布式缓存框架,EhCache 可以有效地减轻数据库的负载,可以让数据保存在不同服务器的内存中,在需要数据的时候可以快速存取。同时EhCache 扩展非常简单,官方提供的Cache配置方式有好几种。你可以通过声明配置、在xml中配置、在程序里配置或者调用构造方法时传入不同的参数。
网格中布局图像、视频、文本等。Bootstrap 通过缩略图为此提供了一种简便的方式。使用 Bootstrap 创建缩略图的步骤如下: 在图像周围添加带有 class .thumbnail 的标签。 这会添加四个像素的内边距(padding)和一个灰色的边框。 当鼠标悬停在图像上时,会动画显示出图像的轮廓。
标题:The Long Intergenic Noncoding RNA (LincRNA) Landscape of the Soybean Genome
网址:https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 运行方式:本地或web
在开发中大型Java软件项目时,很多Java架构师都会遇到数据库读写瓶颈,如果你在系统架构时并没有将缓存策略考虑进去,或者并没有选择更优的缓存策略,那么到时候重构起来将会是一个噩梦。本文主要是分享了5个常用的Java分布式缓存框架,这些缓存框架支持多台服务器的缓存读写功能,可以让你的缓存系统更容易扩展。 1、Ehcache – Java分布式缓存框架 Ehcache是一个Java实现的开源分布式缓存框架,EhCache 可以有效地减轻数据库的负载,可以让数据保存在不同服务器的内存中,在需要数据的时候可以快速
blast+本地化的构建对于流程化处理大量数据序列很方便,blast+是将blast模块化,分为了蛋白质序列比对蛋白数据库(blastp)、核酸序列比对核酸数据库(blastn)、核酸序列比对蛋白质数据库(blastx)、蛋白质比对翻译后的核酸数据库(tblastn)、
序列比对是整个生物信息的核心,因为几乎每个生物信息分析过程都需要用到序列比对。判断两个基因或两段基因组片段是否相似是序列分析的基本工作。从序列数据库搜索,序列拼接到基因蛋白质功能注释,以及进化树构建等,都依赖于分子序列相似性的比较,也就是序列比对。
前几天由于个人需求,需要快速搭建一个英文履历表简历,一直没有头绪。找几个word简历模板做?排版太麻烦了,整个界面还挺不自然的。那试试latex模板吧,咨询了周师兄,给我推荐了下面网站:
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