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1
回答
尝试
使用
BLAST
在
本地
重现mirbase结果
我正试图在我的电脑上
本地
复制我
使用
BLAST
在他们的网站上运行mirbase得到的东西。“搜索序列”选项是:成熟的miRNA,我已经下载到我的计算机上,并
使用
以下命令将其作为
BLAST
数据库:.e值为10,我将其留在
本地
。
BLAST
命令行 .
BLAST
多得多的东西。你知道我应该在
本地
blast
命令行中
使用
哪些参数来匹配列出的mirbase参数,以便获得相同的答案吗?
浏览 3
提问于2017-11-20
得票数 0
2
回答
不同的
Blast
工具
、
我已经多次
使用
NCBI
blast
进行
本地
blast
搜索,但现在我正在寻找有趣的替代方案。在我的搜索过程中,我发现了一些有趣的结果,如CUDA-
Blast
,GPU-
Blast
,WU-
Blast
,BlastStation2,mpiBlast和Turboblast。有没有人
使用
过这些工具?有什么重要的商业或非商业
blast
工具我错过了吗?谢谢, Beeth
浏览 1
提问于2011-05-05
得票数 2
1
回答
在biopython中
使用
成对
blast
的问题
、
、
、
我尝试
使用
biopython
blast
工具在python脚本中的两个序列之间运行成对
blast
。通过向
blast
_cline添加参数db='
blast
_database',我可以在
本地
数据库上运行
blast
。我的代码: from Bio.
Blast
.Applications import NcbiblastnCommandline
blast
_cline = NcbiblastnCommandline(quer
浏览 32
提问于2019-02-08
得票数 0
2
回答
如何
使用
python regex将每个爆炸结果分离,并将其存储在列表中以供进一步分析
、
、
、
我正在研究一组生物序列,其中涉及ncbi-
blast
的
使用
。在
使用
python regex处理输出文件时,我需要一些帮助。Sbjct 1Lambda K aα0.317 0.134 0.389 0.792 4.96
使用
的有效搜索空间
浏览 0
提问于2018-03-21
得票数 1
回答已采纳
2
回答
是否可以将字符串变量传递给
BLAST
搜索而不是文件?
、
、
、
我
使用
Biopython的SeqIO将几个抄本名称存储为键,并将其序列存储为关联值。CTTCATTCTCGTTTAGCGGCTGCTCGTGGAAATTTCGAAAAAATCTGAAACTAG...TGC', SingleLetterAlphabet())} 现在,我想将字典中的序列信息解析为
blast
blastn -query " + transcript['var_F'] + ".txt" + " -subject " + transcript['var_B
浏览 6
提问于2016-11-03
得票数 5
回答已采纳
1
回答
建立
本地
BLAST
数据库后需要输入FASTA文件?
、
我已经下载了一个非常大的fasta文件,并建立了一个
本地
的
BLAST
数据库。我试图保持存储空间,并想知道输入fasta文件是否可以删除后,
本地
BLAST
数据库已经建立?
浏览 3
提问于2014-06-19
得票数 1
回答已采纳
1
回答
使用
Biopython通过NCBI运行BLAT搜索
、
、
、
如何
使用
Python运行这些BLAT查询? 我知道有一种
使用
BLAT的方法,但我不确定BLAT。
浏览 1
提问于2014-08-13
得票数 0
1
回答
如何比较蛋白质序列以找到最接近的匹配
、
、
、
、
目的是
使用
该现有质粒,并将其作为新质粒的克隆模板。Python能够做到这一点吗? 谢谢!
浏览 2
提问于2022-04-21
得票数 2
回答已采纳
1
回答
如何像instagram一样在localStorage中保存心脏点击计数?
、
、
我
使用
了谷歌的一些代码,但问题是,当用户点击心脏,它只是动画,但无法计数的价值,无法存储在
本地
存储。我希望将点击计数值存储在
本地
存储中,这样如果用户单击心脏,它将在刷新后将该值保存在他的浏览器中,并且他的单击值也应该保存在他的浏览器中,直到他保留单击的值以移除心脏为止。 cursor: pointer;} .heart-<
浏览 3
提问于2022-05-27
得票数 -2
2
回答
使用
BioPython运行
BLAST
查询
、
、
、
我想 我怎样才能在BioPython中做到这一点?
浏览 3
提问于2009-11-03
得票数 1
1
回答
如何在python/biopython中对
本地
数据库执行
本地
查询?
、
、
、
zip_ref: def menu2 () Please en
浏览 17
提问于2019-03-23
得票数 0
1
回答
从python脚本中爆炸两个序列
、
、
我有一个蛋白质对的列表,我想将"
BLAST
Two Sequence“的速度和准确性与Smith-Waterman程序进行比对。我知道在NCBI网站上有一个"
Blast
Two Sequence“选项,但我想从python脚本运行它。也许Biopython有这个能力?如果我不能
使用
Blast
两个序列,我将比较不同版本的Smith-Waterman,但这不会那么令人兴奋:)或者,如果有人对生物信息学中涉及比较蛋白质对的大四项目有其他想法,请不要犹豫让我知道!
浏览 1
提问于2012-04-15
得票数 1
2
回答
Biopython NcbiblastpCommandline无法工作:“没有这样的文件或目录:‘test.xml’
尝试
使用
NCBIBLAST+进行
本地
爆破,已经在上述路径中下载。我正在
使用
Win10和Spyder。from Bio.
Blast
.Applications import NcbiblastpCommandline blastp=r"C:\NCBI\
blast
-
BLAST
_VERSION+\bin\blastp.exeBos_transcript_and_prot\\bos_protein.fasta',outfmt=5,evalue=0.001, out="
浏览 2
提问于2022-03-17
得票数 1
1
回答
并行
BLAST
程序耗时太长
、
、
、
、
当我运行以下代码时,我甚至没有得到一个
blast
结果。有没有人能告诉我如果他们发现了bug?from Bio.
Blast
import NCBIWWWfrom Bio.
Blast
import NCBIXMLimport time result_handle = NCBIWWW.qblast("blastn&
浏览 35
提问于2021-03-10
得票数 0
1
回答
为什么
使用
< and >对排序函数没有任何影响?
、
下面是我的代码(我正在学习
教程
): const [aFirst, aLast] = lastOne.split(', '); return aLast <
bLast
?1 : -1;这显然是有效的,因为它来自本
教程
。但我不明白为什么会起作用。
浏览 0
提问于2018-03-12
得票数 1
回答已采纳
1
回答
在安卓系统上没有发出任何声音
、
、
、
我有这段代码,用于在我的游戏中
使用
Phaser构建声音,它在iOS和安卓应用程序(包装器)的浏览器中运行。我的代码: game.load.audio('
blast
', 'assets/audio/
blast
.mp3'); collect_coin=game.add.audio('collect_coin');
浏览 0
提问于2015-05-10
得票数 0
2
回答
NCBIblastPcommandline错误
、
、
、
、
我正在尝试从一个目录中的几个文件中自动执行
blast
输出。这里的变量是硬编码的,但稍后将由用户定义。我的目标是用几批较大的fasta文件的输入在
本地
运行
blast
,这样
blast
将按顺序运行每个批处理文件,输出到tsv中,我在tsv中解析数据并传递给clustalw
本地
对齐。import NcbiblastpCommandlineNcbiblastpCommandline.outfile=Filena
浏览 1
提问于2018-04-27
得票数 1
2
回答
基因集富集分析
、
、
、
我
使用
cummeRbund函数findSimilar()找到了与我用Cuffdiff识别的差异表达基因最相似的10个基因。这
使用
了Jensen-Shannon距离,并产生了一个排列有序的基因列表,我现在想要测试的是GO的富集。我正在研究海绵物种,所以我不能
使用
已经提供的数据库。 我怎样才能建立自己的基因库?它应该是什么样子的?
浏览 3
提问于2013-07-11
得票数 1
1
回答
用re解析.xml
blast
输出
、
、
、
我正在尝试
使用
re解析XML格式的
BLAST
输出,以前从未这样做过,下面是我的代码。
浏览 2
提问于2014-01-23
得票数 0
回答已采纳
1
回答
blast
.js示例在代码笔上工作得很好,但不是
本地
的。
、
这个示例在codepen上工作得很好,但是当我的机器在
本地
不能工作时。控制台报告警告和错误。会很感激社区的帮助。警告: jQuery.Deferred异常:$(.).
blast
不是函数TypeError:$(.).
blast
不是函数在j ()“文件名”:"““科诺”:31635 /
浏览 3
提问于2017-03-07
得票数 0
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