构建后编辑奇点.sif容器的运行脚本 - 腾讯云开发者社区

我开发了一个会运行很长时间的构建脚本，这个脚本中包含了很多的步骤。这个脚本会运行1-2个小时。它会从网络下载比较大的文件（超过300M）。后面的构建步骤依赖前期构建的库。...大部分独立的操作都可以撤销，例如将文件移动到其它地方后，你可以将文件恢复到原来的位置。但我们不会通过快照的方式来将它恢复到原始状态。这篇文章我将会介绍如何在耗时较长的脚本中充分利用快照这一特性。...生成脚本的快照使用快照可以帮助构建一个长时运行的脚本。...当你辛辛苦苦等待了一个半小时后，脚本却构建失败了，我想除了少部分有耐心的人外，很多人是不想再来一次了，当然，你也会尽最大努力把系统恢复到失败前的状态，比如可以删除一个目录或运行make clean。...现在，我已经完成了构建脚本，我可以回去解决这个问题了，但是，在某种意义上，它会破坏最初的目标。我将不得不从头开始运行构建脚本看看这种变化是否能成功。

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Singularity — 生信流程搭建好帮手

Runscript 是容器的默认执行脚本，当使用 singularity run 命令或直接运行容器文件时会执行 .sif 是 Singularity Image Format 的缩写，这是 Singularity...:latest ## `wttr.sif`：指定下载后的容器映像文件的本地文件名。...##查看容器的默认执行脚本 singularity inspect --runscript wttr.sif 从Docker Hub下载并保存为 Singularity 映像文件 ##从Docker...根据定义文件构建容器并进行测试运行：一旦定义文件编写完成，就可以用它来构建一个不可变的容器映像文件。测试运行构建的容器映像，如果遇到问题，返回到步骤 1 重新开始。...%files：这个部分允许你复制文件进入容器。这在程序编译完成后，你想将其移动到第二阶段容器中时非常有用。 %environment：这个部分允许你定义运行时会设置的环境变量。

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从零开始制作PyTorch的Singularity容器镜像

构建sif文件在完成上述步骤的镜像配置文件后，可以用如下的指令进行镜像的构建： sudo singularity build pytorch.sif pytorch.def 在执行的过程中会有大量的信息弹出...INFO: Build complete: pytorch.sif 一般如果有报错的话中途就会停下来，如果看到上面的这个指令，基本就构建成功了，并且可以在当前目录下看到一个新生成的sif文件： dechin...* 这个就是我们构建好的pytorch的镜像了。...Tricky的配置使用容器化的方案来运行的话，在运行环境的隔离上面是做的非常好的，但是有一个缺点就是运行的指令太长了，虽然容器镜像的位置是固定不变的，但是每次执行这么一大串指令总觉得麻烦，因此就想到了在环境变量配置文件...python3' 写入到.bashrc文件后，需要source ~/.bashrc指令来使得配置生效，然后我们就可以使用pytorch这样的指令来运行一些pytorch的代码或者命令： dechin@

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快速上手使用Singularity进行生物信息分析

生信分析流程往往需要消耗数以万计的电脑计算资源。另外，生信分析过程中会用到大量的分析程序以及脚本，还需要对运行环境进行配置与管理。这会导致分析的可重复性变低，导致流程的升级、管理等都会成为问题。...将应用组件分别放置在不同的容器当中后，开发人员即可对个别组件进行更新，而无需重复运行整个应用。 Docker的缺点？ Docker是目前最热最成熟的容器，但是它却不是很适合生信分析的 HPC 环境。...和现有系统无缝整合：系统用户权限、网络等均直接继承宿主机配置，并且无需进入某个镜像后再执行命令，可以直接在外部调用镜像内的指令，就像执行一个本地安装的指令一样。...bwa 通过singularity运行软件： singularity exec bwa.sif bwa 如果操作没有问题，bwa的帮助文档就会弹出来。...参考资料： Docker和Singularity双剑合璧构建生物信息分析流 http://tiramisutes.github.io/2019/08/29/docker.html

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Singularity入门之持久化Overlay

介绍在 Singularity 中运行容器，当容器退出时，对容器做的修改均会丢失，那怎么保存对容器的修改呢？此时我们可以通过 Singularity 的 Overlay 实现。...$ mkdir my_overlay 然后使用 --overlay 选项运行容器，由于安全原因，使用 --overlay 必须要具有 root 权限，所以可以使用 sudo 来运行。...然后退出容器，并使用下面命令再次运行容器，就会发现刚才安装的工具已经在容器中了。.../data/singularity-study> whereis zip zip: /usr/bin/zip 如果我们使用下面的命令运行容器，就不会使用我们上面创建的 Overlay。...INFO: Creating SIF file... INFO: Build complete: my_overlay.sif 创建镜像后，我们使用此镜像来创建容器，此时会提示运行报错。

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singularity容器使用心得

拷贝文件,可以从host拷贝到容器,或者从容器的某个步骤拷贝,格式是两列,source dest post....centos7 # 定义文件模式 sudo singularity build -F my_container.sif simple.def 运行镜像拿到sif文件之后,就可以测试运行了可以直接运行...exec命令可以更灵活的执行镜像中安装的软件 # 直接运行,由于设置了python命令,则会进入python的交互界面 $ ....python3 -c "print('hello world')" hello world 在容器中运行服务这里模拟下如何使用supervisor软件在容器中运行redis服务准备supervisor...-9 ID 杀掉进程实际使用过程可以把命令封装成脚本调用,使用户使用起来更加简洁容器加密正常情况下打包的容器镜像,用户可以通过shell命令进入容器内部,如果想限制别人的使用,就涉及到容器的加密

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Singularity入门之通过镜像定义文件创建镜像

startscript /redis-5.0.0/src/redis-server %runscript /redis-5.0.0/src/redis-cli 其中： %startscript 是指容器启动时运行的命令...，见下面：启动 Redis Server %runscript 是指容器执行时运行的命令，通过 run 子命令或者直接运行容器镜像来执行，见下面：运行 Redis Client 具体配置文件说明，可以参考...$ singularity instance start redis.sif redis INFO: instance started successfully 运行 Redis Client 运行...# 通过 run 子命令运行 Redis Client $ singularity run redis.sif 127.0.0.1:6379> ?...# 通过直接执行镜像来运行 Redis Client $ ./redis.sif 127.0.0.1:6379>

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Manjaro Linux安装singularity-container

... (1/1) 正在安装 singularity-container [##################] 100% :: 正在运行事务后钩子函数... (1/1)...，并且修改完相应的配置之后，可以运行如下指令来打包镜像文件： $ sudo singularity build ubuntu.sif ubuntu/ [sudo] dechin 的密码： INFO:...INFO: Build complete: ubuntu.sif 打包完成后，拉起容器的方式就不再是通过文件夹的名字来拉起，而是通过镜像名来拉起： $ singularity shell ubuntu.sif...等待一段时间后，运行完成，可以在当前路径下查看到一个sif文件： [dechin@dechin-manjaro ~]$ ll | grep mindspore -rwxr-xr-x 1 dechin...而且这个容器还支持非root的安装以及非root的使用方法，当然在基于RH的系统下有一些默认的配置项还是需要用root权限去修改后，才能够用非root的账户使用Singularity容器，最典型的就比如要将

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Singularity入门之乱七八糟

Singularity 运行容器的时候默认会使用当前用户来运行容器，但是对于有些由于安全问题必须使用root来运行的容器，默认就是root了，对于这种情况，可以通过 --security 来指定用户来运行容器...这里我们启动一个容器来运行 nginx 服务，如下： $ singularity pull docker://nginx $ sudo singularity run --writable-tmpfs...--net --network-args "portmap=8080:80/tcp" nginx_latest.sif 然后另开一个终端来通过访问宿主机的 8080 端口来测试 $ curl http...路径绑定在 Singularity 中，默认在启动容器的时候会绑定下面这些路径 $HOME /sys:/sys /proc:/proc /tmp:/tmp /var/tmp:/var/tmp /etc.../resolv.conf:/etc/resolv.conf /etc/passwd:/etc/passwd $PWD 我们可以在启动容器的时候通过 --bind 选项来绑定自己的路径，比如：绑定一个目录

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云原生背景下的运维价值思考与实践

2.7.1 数据营销开发者平台-奇点（ODP）中CI的设计与实践经验 1）构建镜像构建镜像是指业务代码打包或者编译打包所需的环境，包括编译工具、编译命令、编译参数等部分，所有的构建任务都是在使用构建镜像的容器内完成的...人工触发模式：使用者可以在奇点的部署列表中选择分支或tag以及构建流水线（奇点支持同一服务配置多条流水线）自动化完成构建、部署。...CI构建任务和自动部署测试环境快速发布模式：快速发布流程如下图所示，针对非编译型服务，如PHP或者Python等服务，修改某个静态文件或者脚本文件，无需重新执行一遍流水线，将变更的文件下发到容器内对应位置...2.7.2 奇点(ODP)中的CD设计与实践经验 1）可运行多种镜像镜像是服务运行所依赖的环境，包括第三方库以及操作系统版本。...目前也支持公共运行镜像和业务自定义运行镜像，可以在集成配置页面选择运行镜像 2）支持修改/增加系统环境变量服务编译构建时、服务启动时，需要根据当前部署版本来做相应的参数配置或者配置加载，此时需要通过环境变量来标识

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在CentOS上安装Singularity高性能容器

什么是singularity容器 Singularity是劳伦斯伯克利国家实验室专门为大规模、跨节点HPC和DL工作负载而开发的容器化技术。...除了兼容docker的镜像之外，singularity还有一个不太明显的优势：可以通过非root帐号来拉起容器，这样对于某些安全性要求比较高的场景来说还是有用途的。...INFO: Build complete: ubuntu 在执行结束后可以在当期目录下生成一个名为ubuntu的目录，通过拉起该目录为容器，可以修改镜像配置，制作自己的容器镜像 [root@centos...INFO: Build complete: ubuntu-base.sif 创建好sif镜像之后，会在本地生成一个sif文件，可通过该sif文件拉起一个容器，这里我们可以用一个非root帐号来拉起...[dechin@centos /]# singularity shell ubuntu.sif 这里我们不过多赘述容器的使用方法，后续会出一些源码安装的方案以及更多的使用和配置场景。

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基于Python TensorFlow Estimator DNNRegressor的深度学习回归

每执行一次，便会在指定路径中保存当前运行的模型。...为保证下一次模型保存时不受上一次模型运行结果干扰，我们可以将模型文件夹内的全部文件删除。...函数，删除上一次运行所保存的模型 DeleteOldModel(MyModelPath) 需要注意，以上代码仅删除指定路径下的文件，文件夹不删除。...模型优化方法即模型中的optimizer，其可以在模型结构构建时输入；但有时优化方法较为复杂（例如引入了学习率下降），那么在构建模型时配置优化方法的话就会有些不方便。...lambda——因为InputFun函数要把处理后的数据分多次传给train。

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【第3版emWin教程】第30章 emWin6.x的SIF格式全字库生成和使用方法（Unicode编码，QSPI Flash方案）

这里强烈推荐看：第83章 STM32H7 的内部 Flash 和 QSPI Flash都运行程序的混合方式（强烈推荐）。 5、下载本章节相关例子前，务必先添加好QSPI Flash的下载算法。...mod=viewthread&tid=86980 ）编译例子：V7-060_QSPI Flash的MDK下载算法制作，生成的算法文件位于此路径下：生成算法文件后，需要大家将其存到到MDK安装目录，有两个位置可以存放...点击OK后，弹出如下窗口：再点击确定后弹出FontCvt界面变成如下效果： 2、第2步：点击File->Save As 弹出如下窗口：生成字体的过程中，左下角会有一个Unicode编码值从0x0000...开始递增的过程，转换结束后显示Ready。...FontCvt创建时用的哪种字体类型，实际使用时就必须使用哪种类型。 3、第3步：加载到emWin动态内存并创建了SIF字体后，使用就比较简单了。

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构建Docker镜像指南及实战案例

指令说明 FROM 镜像名：指定新的镜像所基于的基础镜像 MAINTAINER 名字：说明新镜像的维护人，留下作者名和邮箱标记 RUN 命令：容器构建时需要运行的命令。...源文件和Dockerfile位于同一目录 VOLUME [“目录”] ：在容器中挂载一个数据卷，用于数据保存和持久化工作 CMD [“要运行的程序”，“参数1”,“参数2”] : 指定启动容器时要运行的命令或脚本...CMD会被docker run指令后的参数替换 ENTRYPOINT [“要运行的程序”，“参数1”,“参数2”] ：和CMD一样，指定启动容器时要运行的命令或脚本。...ENTRYPOINT不会被docker run指令后的参数替换，而是在其后追加参数 ONBUILD 命令：指定所生成的镜像作为一个基础镜像时所要运行的命令。...USER 用户名 /UID ：指定运行容器时的用户 Base镜像（scratch） Docker Hub几乎所有的镜像都会通过base镜像中安装和配置需要的软件构建的。

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Cerebral Cortex:额顶控制网络的网络间作用可以很好地预测记忆抑制能力

不做平滑，因为最近的研究报道，平滑对功能连接的构建存在负相关。对FC分析进行了其他的降噪步骤。...功能网络的构建数据预处理完成后，使用Brainnetome Atlas（包括210皮层和36个皮下节点）构建全脑rs-FC矩阵。对于每个参与者，通过提取体素的平均值作为每个节点内的BOLD时序。...与SIF相关（P的阈值以上的簇（如，模型特征）归为正网络（预测得到高SIF）和负网络（预测得到低SIF）。...其次，使用岭回归构建一个预测模型，以拟合已选特征的模式和训练集中SIF得分之间的关系（构建模型，将每个网络的平均FPCN连接与SIF关联）。...图2 额顶叶控制网络功能连接模型的稳定性为了确保所选rs-FCs与行为测量相关，在构建MS预测模型时，保留与SIF相关的超阈值模型特征。结果选取P的阈值。

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关于dos启动的一些知识

，似乎都无法运行。...（这样就神不知鬼不觉了），以及指定xpinstall为解压后运行的程序用makecab压缩该文件，并把文件拷贝到i386文件夹中在[SourceDisksFiles]中添加 xp_patch.exe...，必须去掉winnt.sif的[Unattended]段，从而导致了OEM的设定无效，对应的文件夹无法自动拷贝系统盘中，但winnt.sif中和该段无关的设置依然是有效的，所以可以设定程序自动运行，剩下的问题也就是程序文件的定位了...，利用txtsetup.sif就可以很好地完成这一任务了（当然大部分情况下也可以利用cmdlines.txt来实现，不过某些程序的安装还是建议系统装完后才执行） 2、制作 n in 1 的光盘时，安装程序应该是根据...ISO的方法 1、找到bcdw.ini，编辑内容如下： /BootCD1.iso ;My Bootable CDRom1 /BootCD2.iso ;My Bootable CDRom1 （”/

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腾讯云Lighthouse同地域组建Kubernetes集群

本文中的脚本针对同地域的腾讯云服务器组建Kubernetes集群进行优化。...环境要求所有节点须为全新安装的Debian11/12或Ubuntu22.04操作系统脚本使用了腾讯云的metadata获取IP，所有节点部署在腾讯云上同个地域（CVM、Lighthouse均可）多账号、...CVM、Lighthouse 混用，请先使用云联网打通内网使用的组件K3s 一个轻量级的Kubernetes发行版，专为生产环境而设计Flannel 一个虚拟网络层，用于为容器化工作负载创建网络隔离和通信...INSTALL_K3S_SKIP_DOWNLOAD=trueexport DOWNLOAD_K3S_BIN_URL=https://github.com/k3s-io/k3s/releases/download/v1.28.2%2Bk3s1/k3sif...sh -s - agent \ --server https://$SERVER_IP:6443 \ --token $SERVER_TOKEN验证集群在主节点执行下面的命令，查看节点和容器状态

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基于Python TensorFlow Keras Sequential的深度学习神经网络回归

2.6 原有模型删除我们的程序每执行一次，便会在指定路径中保存当前运行的模型。为保证下一次模型保存时不受上一次模型运行结果干扰，我们可以将模型文件夹内的全部文件删除。...2.7 最优Epoch保存与读取在我们训练模型的过程中，会让模型运行几百个Epoch（一个Epoch即全部训练集数据样本均进入模型训练一次）；而由于每一次的Epoch所得到的精度都不一样，那么我们自然需要挑出几百个...找到最优Epoch后，将其传递给CallBack。...可以这么理解，假如一共有三次Epoch，所得到的误差分别为5，7，4；那么我们保存的Epoch就是第一次和第三次。 2.8 模型构建 Keras接口下的模型构建就很清晰明了了。...相信大家在看了前期一篇推文后，结合代码旁的注释就理解啦。

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Cytoscape中文教程（1）

原文地址 ---- 直接从第三部分开始 3 命令行参数 Cytoscape可以识别很多可选的命令行参数，包括network，节点，边和会话文件等数据文件运行规范，这些文件是可以输出的（有h或help flag...指定为一个网络 cytoscape.sh -N [http://example.com/myNet.sif](http://example.com/myNet.sif). 4 Quick Tour of...File-recent session可以列表你最近打开过的会话文件。File-run可以让你运行一个cytoscape脚本。Print current network可以打印。...一些不同格式的样品网络文件在cytoscape的samleData里都有。选择文件后，会打开一个会话窗口，这时，你可以选择创建一个新网络合集或载入已经存在的网络。...也可以选择后，edit-deletd selected nods and edges.

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生信自动化流程搭建 07 | 配置文件

temp 将选择的路径挂载为/tmp容器中的目录。auto每次创建容器时，都使用特殊值创建一个临时目录。 remove 执行后清理容器（默认值：）true。...singularity exec noHttps 旋转此标志可true使用http协议（默认值：）拉出奇点图像false。自动挂载当trueNextflow自动将主机路径安装在执行的容器中时。...去掉执行后清理容器（默认值：）true。 runOptions 此属性可用于提供命令支持的任何其他命令行选项。podman run 注册表从中提取容器映像的注册表。它仅应用于指定私有注册表服务器。...uploadMaxAttempts 分段上传后返回错误的最大尝试上传次数（默认值：5）。 uploadRetrySleep 上载失败尝试重试零件上载后要等待的时间（默认值：100ms）。...它允许与pod process指令相同的设置。 pullPolicy 定义用于拉出容器图像的策略，例如。pullPolicy: 'Always' runAsUser 定义用于运行容器的用户标识。

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