我已经构建了一个奇点容器，并将其上传到我的HPC服务。
有没有一种方法可以在不重建整个容器的情况下更改.sif文件的运行脚本？我在服务上有一个shell。根据我对奇点的理解，这应该是可能的，但我找不到如何做到这一点。
浏览 32提问于2021-06-06得票数 3
对于snakemakev5.27+
有没有办法用指向本地镜像的容器指令来运行snakemake？例如，如果我将Docker容器存储在Dockerhub上，并且我在本地也有一个副本，当运行snakemake时，如果本地已经存在完全相同的副本，我不希望规则从DockerHub中拉出一个奇点镜像副本。使运行速度更快。
浏览 16提问于2021-01-10得票数 1
我想从dockerfile构建奇异容器。singularity pull docker://ubuntu:latest但是我想从dockerfile构建奇异图像。
任何人都知道怎么做。有可能吗?？
浏览 3提问于2020-02-20得票数 21
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是否有一种方法来跟踪运行的奇点容器像“码头ps”？或者奇点将任何开始/停止信息记录在某处。[vagrant@localhost ~]$ singularity exec hello-world_latest.sif sleep 600 &[vagrant@loc
浏览 2提问于2021-10-25得票数 1
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我构建了一个基于r基映像的奇点容器，并安装了像Seurat这样的自定义库。现在，我正尝试按以下方式运行我的.Rmd脚本：
singularity exec container.sif $(Rscript -e "rmarkdown::render('file.Rmd')")我理解奇异性使用我的主机库而不是容器中构建的库。我试
浏览 6提问于2022-03-16得票数 0
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我试图在脚本中运行奇点外壳，并在奇点图像中运行多个命令，包括conda。下面是我想要做的一个例子。运行下面的my_script.sh不起作用。在shell命令之后，其他一切似乎都运行在奇点图像之外。## my_script.sh ##source activate test_envconda deactivate我知道我可以把所
浏览 19提问于2021-01-06得票数 0
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奇点并行查询
、、、、
我刚接触奇点和基于容器的软件，我想知道是否有可能以并行方式使用奇点？例如，在一个虚拟示例中，我有一个带有如下命令的shell脚本： # using parallel to spawn multiple processesfor i in {1..20}singularity run image.sif<
浏览 20提问于2020-07-27得票数 1
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所以我有一个python程序，它通过os.system调用.sif文件上的奇异点exec。然后，在程序的下一行，我再次使用os.system尝试运行python脚本。我假设这将启动奇点，然后从它运行我的脚本，但是目前它只是运行exec命令，将我带到容器中，然后挂起(它不执行python命令)。谢谢。
浏览 6提问于2021-09-20得票数 0
/ubuntu.sif" shell: """ """ jobid: 0
我如何让snakemake在奇点
浏览 0提问于2022-07-10得票数 0
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我正在尝试构建一个基于预先构建的anaconda2镜像的奇点容器，例如：singularity exec hmmhc.sif python --version
Python 2.7.15 :: Anaconda, Inc我想知道如何
浏览 27提问于2020-02-29得票数 1
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我正在尝试从一个现有的docker镜像设置一个奇点容器，在这个镜像中，一个名为"tensorflow“的conda环境在我运行容器时立即被激活。我在这个话题上找到了一些答案。不幸的是，在这篇文章中，他们只解释了如何在默认情况下设置奇点.def文件来激活conda环境。然而，我只想修改我现有的Dockerfile，然后从它构建一个奇点镜像。为了从这个docker镜像构建一个奇点镜像，我使用：
浏览 290提问于2019-08-08得票数 2
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我喜欢使用奇异容器软件，以及使用字符串的R包‘string’。我无法理解的是，为什么奇点容器在本地(即在我的Ubuntu20.04计算机上)失败，而远程传递(即在GitHub操作上)，而这两个容器几乎是同时构建的。在这里，我运行了一个使用stringr的简单脚本(见下面的1)
singularity run --bind $PWD/scripts/ string
浏览 25提问于2022-02-24得票数 2
当我使用奇点版本3.2.0从沙箱文件夹创建.sif镜像时，在另一台使用奇点版本2.6的机器上运行时收到以下错误： ERROR : Unknown image format/type: container_name.sifABORT : Retval = 255 所以问题是： 有没有办法用版本3构建与版本2兼容的奇点镜像？
浏览 35提问于2019-12-27得票数 2
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我遇到过几个实例，其中包含conda环境对于长期的可再现性是非常有用的。由于我通常在高性能计算系统中运行，出于安全原因，它们需要成为奇点容器。这是如何做到的呢？
浏览 0提问于2019-02-13得票数 12
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我目前正在研究奇点和docker。我正在为MPI环境运行奇点。
我想为MPI使用奇点的优点，但是奇点文件非常大。因此，在运行奇点图像后，我想将其转换为docker图像，然后保存它，这将节省磁盘空间。这有可能将奇点图像转换为docker图像吗？
浏览 2提问于2020-02-28得票数 2
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我有一个用应用程序构建的奇点容器。我使用singularity run --app myapp image.sif运行容器，因此在容器中设置了环境变量SCIF_APPDATA=/scif/data/myapp。类似于：不幸的</e
浏览 11提问于2022-06-06得票数 2
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运行奇异点容器的统计信息
、、、
我不熟悉奇点(有一个小的docker/docker-swarm背景)。我想知道是否有可能找到一个运行的码头容器的大小？我觉得它和sif文件的大小不一样，对吧？此外，是否有工具/生态系统来监控运行中的奇点容器，并收集有关它们的统计数据？
问候
浏览 19提问于2020-11-17得票数 0
我想要求澄清在奇点图像中的磁盘使用情况( du )以及我所看到的明显的不匹配。例如：ls -s --block-size=M container.sif图像大小与显示的相同。但是，如果我检查一个目录，其中既没有挂载，也没有绑定到容器，并且是在构建阶段创建的，那么我将得到以下结果。singularity exec container.
浏览 7提问于2022-08-29得票数 -1
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我试图在后台模式的远程服务器上运行一个用于MongoDB的奇异容器。我用来构建mongo.sif的配方文件是：From: mongo:4.4.11
exec /usr/bin/mongo "$@"singularity instance start --bind
浏览 3提问于2022-01-17得票数 0
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问题if [ "${MY_DIR_PATH: -1}" = "/" ]; thenfi
它在我的机器上本机工作得很好，但是当从奇点容器的%post部分运行时，它会在Bad substitution
浏览 0提问于2019-05-30得票数 1
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