近年来，这种技术得到不断的发展和完善， 帮助研究者判断在细胞核中基因组的某一特定位置会出现何种组蛋白修饰，也可结合微阵列技术在染色体基因表达调控区域检查染色体活性，是深入分析癌症、心血管疾病以及中央神经系统紊乱等疾病的主要代谢通路的一种非常有效的工具。
我们前面说过，科研论文的三大元素——疾病、表型和分子，从差异到表型，这是科研最基本的要素，属于现象差异，是什么或者怎么样的问题，但没有回答为什么的问题，用学术语言来说，就是机制是什么。
ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing） 是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的用于研究染色质可及性（通常也理解为染色质的开放性）的方法， 原理是通过转座酶Tn5容易结合在开放染色质的特性，然后对Tn5酶捕获到的DNA序列进行测序。 真核生物的核DNA并不是裸露的，而是与组蛋白结合形成染色体的基本结构单位核小体，核小体再经逐步的压缩折叠最终形成染色体高级结构（如人的DNA链完整展开约2m长，经过这样的折叠就变成了纳米级至微米级的染色质结构而可以储存在小小的细胞核）。而DNA的复制转录是需要将DNA的紧密结构打开，从而允许一些调控因子结合（转录因子或其他调控因子）。这部分打开的染色质，就叫开放染色质，打开的染色质允许其他调控因子结合的特性称为染色质的可及性（chromatin accessibility）。因此，认为染色质的可及性与转录调控密切相关。 开放染色质的研究方法有ATAC-seq以及传统的DNase-Seq及FAIRE-seq等，ATAC-Seq由于所需细胞量少，实验简单，可以在全基因组范围内检测染色质的开放状态，目前已经成为研究染色质开放性的首选技术方法。
3、添加与目标蛋白质特异的抗体，该抗体会与目标蛋白形成免疫结合复合体沉淀，收集这些沉淀
早期，人们就发现在细胞的生命活动中，DNA复制、mRNA转录与修饰以及病毒的感染等，都涉及基因-蛋白质相互作用，很多生理学家都探讨了这种现象的发生过程。
链霉亲和素 (Streptavidin/SA，分子量≈65 kDa，等电点≈6.0)，是从链霉菌 Streptomyces Avidinii 培养物中提取的一种分泌性蛋白质。链霉亲和素是四聚体蛋白，也是一种生物素结合蛋白，包含四个亚基，每个亚基都有一个生物素结合位点。一分子链霉亲和素可以高度特异性地与四分子生物素结合 (图 1)，二者的解离常数 (kd) 约为 10-15，这种紧密而特异的结合非常快速且能够承受极端的 pH 值、温度、有机溶剂和变性试剂。
今天给大家介绍的是加拿大不列颠哥伦比亚大学和哈佛大学、加拿大CIFAR AI高级研究院合作发表在PNAS的一篇论文。作者借助深度学习中的卷积神经网络提出一个训练网络“ AI-TAC”，该模型通过从头开始发现已知调控因子和一些未知调控因子的结合DNA功能域（Motifs），学习推断细胞型特异性的染色质可及性（染色质开放性）。经过小鼠数据训练的AI-TAC可以解析人的DNA，最终揭示了免疫系统完全分化的调节机制。
Hi-C 技术源于基因组捕获技术（Chromosome conformation capture，3C），用于分析染色质三维空间结构的一种测序方法。1
ChIP-Seq（Chromatin Immunoprecipitation Sequencing）因能真实、完整地反映靶蛋白与DNA序列的结合情况，因而成为研究DNA-蛋白相互作用的经典方法。但ChIP-Seq继承了ChIP的难点与局限性：需要大量细胞投入（106-107），甲醛交联易导致假阳性或假阴性，对染色质的完整性、免疫沉淀抗体的特异性较为敏感，整体实验步骤复杂耗时长，测序数据背景信号高等，这些难点使得低投入量、低丰度的靶蛋白、弱结合DNA-蛋白质的研究变得较为困难。
Cut&Tag 相较于 Chip-seq 来说整体步骤简单，耗时比较短。文章中是这么描述的：” 靶向和标记切割(CUT&Tag) 是一种抗体导向的原位染色质分析策略，正在迅速取代基于免疫沉淀的方法 ” 。而是否能够完全取代个人拙见肯定是需要基于做的实验吧，各有利弊。
英文标题： ChIP-Atlas: a data-mining suite powered by full integration of public ChIP-seq data
全外显子(Whole-exome sequencing)测序是啥？转录组(RNA-seq)测序是啥？ChIP-seq又是啥？它们之间有什么差别么？傻傻分不清，不用怕，多学习下就会了，下面让我们一起来从平均测序深度和区域覆盖度的角度来区分它们吧！ 1 基础概念 平均测序深度： 指定区域内得到的所有碱基数目与该区域的长度的比值，如果是全基因组，就是整个测序的碱基数目除以基因组的大小。比如人类的基因组大小是3G(30亿个碱基)，我的全基因组测序共8.9亿条150bp的reads，那么全基因组范围的平均测序深度就是
一、实验方案设计 二、高分文献解析 三、分子生物学技术 四、细胞生物学技术 五、转录组、代谢组、蛋白组测序 六、生物医学实验方法PDF汇总
英文标题： Partitioning circadian transcription by SIRT6 leads to segregated control of cellular metabolism
DNA-RNA杂交体在细胞过程中起着生理作用，但通常，它们代表的是非计划的共转录结构，对转录、复制和DNA修复产生负面影响。越来越多的证据表明，它们构成了复制应激、DNA断裂和基因组不稳定性的来源。反过来，DNA断裂通过释放双螺旋构象，促进了DNA-RNA杂交体的形成。细胞通过防止或直接清除杂交体，或通过与DNA修复耦合的机制，避免DNA-RNA的积累。鉴于R环对染色质和基因组组织的影响，以及其与遗传疾病的可能关系，我们将对R环的稳态以及其生理和病理角色进行回顾。
今天为大家介绍的是来自Nehad M. Alajez团队的一篇综述。了解非编码RNA（ncRNA）在我们的DNA中扮演的重要角色对于理解癌症的许多方面至关重要。这些ncRNA是一大类分子，它们不参与制造蛋白质，但在控制我们细胞的各种过程中有着重要的作用。这些过程就像规定我们细胞如何运作的规则。这些ncRNA的工作方式之一是与另一种分子，称为RNA结合蛋白（RBP），进行互动，这种互动在不同类型的癌症中都有详细的了解。它们一起可以影响ncRNA和RBP的稳定性，RNA分子的修改方式，它们在细胞中的位置，以及在癌症中发挥作用的许多其他机制。
RNA最近几年可火了，RNA小鲜肉F4：miRNA、lncRNA、circRNA、piRNA，它们直接或者间接调节mRNA的翻译、基因转录，这些科研热点也成为做实验发paper的最爱，不管核心还是SCI，不管是CNS还是低分SCI，不管是灌水还是酝酿大招，不带个非编码RNA（noncoding RNA）研究机制在里面都不好意思投稿，不拉上miRNA感觉故事讲不下去，可以编码蛋白、正经干活的mRNA被冷落，大家纷纷开始喜欢遍布细胞各处的监工：非编码RNA(ncRNA)
顺式调控密码的最小单位——类似于遗传密码的密码子——是转录因子结合位点（TFBS）。转录因子通常包含结构化和进化保守的DNA结合域（DBD），它们识别并结合一个6-12个碱基对的DNA序列，称为转录因子的“基序”。转录因子基序通常用序列标志或位置权重矩阵（PWM）描述，以表示转录因子结合特异性的退化性。DBD的保守性和高通量测量转录因子序列特异性的方法使得约有1600个已编目的转录因子在人类中被识别，并确定了这些已知转录因子的结合基序。然而，转录因子结合基序无法完全预测大多数转录因子在体内的DNA结合。虽然大多数TFBS至少包含对其首选基序的部分匹配，但大多数转录因子仅在基因组的一小部分基序上发生结合。尽管可以通过包括核苷酸围绕核心基序或使用更复杂的序列偏好表示（如二核苷酸基序和DNA形状），来提高对某些转录因子基因组结合的预测，但对于大多数转录因子来说，对体内结合的最佳预测因子是染色质的可访问性，可以通过DNase-seq或ATAC-seq等高通量测序方法来测量。这种观察结果主要归因于DNA上核小体的存在，这些核小体必须被称为“先驱”因子或共结合转录因子组合所取代或排除。
通观2021年国自然基金项目指南，其中研究主题涉及基因表达调控的热点就有8个，其中表观遗传学、转录因子、以及组蛋白修饰等受到越来越多人的关注。
布鲁顿酪氨酸激酶（BTK）抑制剂依鲁替尼（ibrutinib）为慢性淋巴细胞白血病（CLL）患者主要的治疗药剂。
英文标题：The chromatin accessibility landscape of primary human cancers
长久以来，多孔的琼脂糖珠(也称琼脂糖树脂)作为免疫沉淀实验中的固相支持物常用的材料。
2022年8月，浙江大学医学院/良渚实验室钱鹏旭、黄河团队在Leukemia上发表了题为Single-cell ATAC-seq maps the comprehensive and dynamic chromatin accessibility landscape of CAR-T cell dysfunction的研究论文【7】。该研究利用scATAC-seq技术在单细胞水平描绘了在体外培养和多发性骨髓瘤病人体内的CAR-T细胞在杀伤肿瘤细胞过程中的染色质可及性动态变化。研究发现，无论是在体外模型或者体内环境下，转录因子BATF和IRF4都会特异的在终末耗竭CAR-T细胞中激活，而且抑制BATF和IRF4的表达可以有效增强CAR-T细胞的存活、提高抗肿瘤活性。
乳腺癌是当前影响女性生命健康最重要的一种癌症，根据神刊CA杂志发布的2018年癌症统计报告，在过去的一年中，新增的女性癌症患者大约有860万，其中有24.2%为乳腺癌；因为癌症死亡的女性有420万，其中乳腺癌患者占据15%。由此可见，乳腺癌是众多癌症中新增病例最多，死亡率最高的癌症。
基因表达调控 基因调控是现代分子生物学研究的中心课题之一。因为要了解动植物生长发育规律、形态结构特征及生物学功能，就必须搞清楚基因表达在时间和空间上的调控机制，掌握了它，就等于掌握了一把揭示生物学奥秘的钥匙。 基因表达是一个多阶段进程（multi-level process）。DNA（脱氧核糖核酸）在转录为RNA（核糖核酸）后，RNA需要经过一系列转录后调控（post-transcriptional regulation）而被翻译为功能蛋白。先前来自多家实验室的研究结果清晰地显示，RNA转录水平至多能够解释
荧光共定位是很常见的实验方法，一般用来验证2种或3种蛋白是否存在共定位关系。在常规Protocol的指导下进行实验操作，很容易得到双荧光或多重荧光染色图像。
前一段时间在Bioart论坛上听了林圣彩院士的一个有关代谢研究的报告，感悟很多。特别是林老师提出的要想从代谢的角度控制肿瘤生长，不应该是去研究肿瘤细胞的代谢，而是应该把正常细胞的代谢搞清楚。因为肿瘤细胞的代谢已经是混乱的了，里面的代谢已经没有任何规律可循。虽然小编是做免疫的，对代谢本身了解不多，但是没有办法，代谢确实是细胞发挥功能的一个关键因素，特别是最近的一些研究都表明了代谢不仅可以调控免疫细胞的发育过程，还对免疫细胞的功能异常所引起的各种免疫性疾病至关重要。
转录因子结合到DNA上，通过激活或抑制靠近基因启动子的转录因子结合位点，从而调节基因的表达，无论是医学、动物还是植物领域都拥有重要的研究价值。据报道，转录因子在癌症、自身免疫、糖尿病和心血管疾病等疾病中具有关键的生物学作用，因此它被认为是极具潜力的治疗靶点。目前，转录因子小分子药物开发是一个新兴领域，前景不错。利用DNA蛋白互作技术探究转录因子调控机制，成为了不少科研项目的切入点。
细胞（cell）是生物体基本的结构和功能单位。除病毒之外的所有生物均由细胞所组成。一般来说生物体所有细胞中包含相同的遗传物质 DNA，但会进行不同的转录表达，最终分化为不同的细胞。这些细胞相互作用并扮演不同的角色，在更大的体系中构建并驱动多个过程。传统的测序都是基于多细胞进行测序，对组织进行 DNA 或 RNA 提取，然后进行测序。
转录因子(Transcription Factors, TFs)指能够以序列特异性方式结合DNA并且调节转录的蛋白质。转录因子通过识别特定的DNA序列来控制染色质和转录，以形成指导基因组表达的复杂系统。尽管众多科学家对理解转录因子如何控制基因表达有着浓厚的兴趣，精准定位转录因子在基因组上的特异性结合位点，以及转录因子结合后最终如何参与转录调节仍然具有挑战性。
CS0: ChIPseq从入门到放弃 接下来要出一个ChIPseq系列，讲一讲ChIPseq和我的ChIPseeker包，从入门到放弃是我自己的个人写照。我做ChIPseq总共也就3个月的时间，做的事
北京时间2021年11月13日凌晨0时，美国加州大学圣地亚哥分校任兵教授课题组在国际学术期刊《细胞》（Cell）发表论文 ——“ A single-cell atlas of chromatin accessibility in the human genome”。
每一条染色单体由单个线性DNA分子组成。细胞核中的DNA是经过高度有序的包装，否则就是一团乱麻，不利于DNA复制和表达调控。这种有序的状态才能保证基因组的复制和表达调控能准确和高效进行。
据我所知，绝大部分课题组都是组员们挑选最近一个月或者半年内的比较新的CNS及其子刊水平的文献进行交流，当然了，也会是围绕着课题组的研究方向，但是并不会细化到如此多的专题。
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染色质免疫沉淀，然后进行深度测序 (ChIPseq) 是一种成熟的技术，可以在全基因组范围内识别转录因子结合位点和表观遗传标记。
2019年12月25日，中国科学院生物物理研究所生物大分子国家重点实验室的李国红课题组与感染与免疫院重点实验室的朱明昭课题组合作，在Nature上发表了题为“H2A.Z facilitates licensing and activation of early replication origins”的论文。
基因调控在很大程度上是由顺式调控元件决定的，顺式调控元件指导基因的表达，以响应特定的发育和环境因素。与复杂疾病相关的遗传变异在假定的顺式调控元件中高度富集。调控元件的活性通常局限于特定的细胞类型和/或细胞状态。
.近年来，单细胞和空间组学技术快速发展，多年被Nature Methods评为年度技术，且在生命科学领域得到广泛应用。为了帮助大家更高效、更快速地了解单细胞空间组技术研究和应用的科研前沿，华大时空联合国家基因库生命大数据平台（CNGBdb）联合推出《时空月速览》专栏，每月分享单细胞空间组学技术及其在生命科学领域的研究进展，遴选重要研究成果并解读分享。
上期推文中，我强调了荧光共定位定量分析的三大要点。→【操作篇】荧光共定位的定量分析！
「英文标题：Identification of the tumour transition states occurring during EMT」
将磁珠充分混悬，取 25-50 μL 磁珠，置于 1.5 mL EP 管中，加入 400 μL 结合/洗涤缓冲液，充分混悬，置于磁力架，磁性分离，弃上清；重复以上洗涤步骤 2 次。
2022年12月15日，中山大学史俊鹏副教授、中国科学院遗传与发育生物学研究所田志喜研究员、中国农业大学赖锦盛教授和上海师范大学黄学辉教授共同撰文，在Molecular Plant杂志发表了题为“Plant pan-genomics and its applications”的长篇综述。该论文对植物中泛基因组产生的源动力、表征、分析方法以及在植物遗传学和育种中的应用进行了系统总结和展望。
造血干细胞（HSCs）的自我更新和分化受转录因子和表观遗传调节因子的精细调控。这里，作者探索了组蛋白H4赖氨酸16乙酰转移酶MOF调节红细胞生成的机制。单细胞RNA测序和染色质免疫沉淀测序发现MOF通过动态募集染色质来影响红系发育轨迹，其单倍剂量不足会导致短期的HSC细胞群积聚。由MOF，RUNX1和GFI1B组成的调控网络对于红系命运至关重要。GFI1B充当Mof激活剂，它的表达对于特异性细胞诱导Mof表达是必需和定量的。Mof耗尽HSCs的可塑性可以通过下游效应Gata1的表达或通过组蛋白去乙酰基酶抑制剂的重塑乙酰化平衡来挽救。Mof表达的准确时机和剂量可充当前馈转录因子网络的变阻剂，从而保证沿红系命运的发展。
跨模态的单细胞数据的可用性越来越高，推动了新的计算方法的发展，以帮助科研人员获得生物学见解。近日《Nature Reviews Genetics 》发表了一篇综述文章，总结了单模态和多模态单细胞数据分析的独立基准研究，为最常见分析步骤提供全面的最佳实践工作方案。
小胶质细胞：是脑中固有的免疫细胞，是脑中重要的免疫防线，保护大脑免受病毒细菌的入侵和破坏；在大脑的损伤，炎症和神经退行性疾病方面扮演者重要角色；除了在成年生理病理条件下发挥作用外，还在在脑发育的整个阶段都发挥着重要作用。
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