首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往

查找手性中心rdkit

手性中心是有机化合物中的一个原子,它与四个不同的基团相连,从而使得该原子存在两个非重叠的立体异构体。手性中心也被称为立体中心或手性碳原子。在化学中,手性中心的存在导致了手性分子的产生,这些分子可以存在两种镜像异构体,即左旋和右旋。

手性中心在药物合成、农药合成、天然产物合成等领域具有重要的应用价值。通过控制手性中心的构建,可以合成具有特定立体结构的化合物,从而调控其生物活性、药效和毒性等性质。

在化学领域,rdkit是一种常用的开源化学信息学工具包,用于分子建模、药物设计和化学数据分析等任务。rdkit提供了丰富的功能和算法,可以用于处理化学结构、计算分子描述符、进行化学反应预测等。在云计算领域,可以利用rdkit进行大规模的化学计算和分析,以加速药物研发和化学领域的研究工作。

腾讯云提供了一系列与化学计算相关的产品和服务,可以帮助用户在云端进行高效的化学计算和分析。其中,腾讯云的分子模拟引擎(Molecular Simulation Engine)是一款基于云原生架构的高性能分子模拟软件,可以用于分子动力学模拟、蛋白质折叠预测、药物筛选等任务。用户可以通过腾讯云的分子模拟引擎快速进行复杂的化学计算,提高研究效率和准确性。

更多关于腾讯云化学计算产品的信息,可以访问以下链接:

请注意,以上答案仅供参考,具体产品和服务选择应根据实际需求进行评估和决策。

页面内容是否对你有帮助?
有帮助
没帮助

相关·内容

Knowledge-based BERT: 像计算化学家一样提取分子特征的方法

预训练任务1-原子特征预测(图1A):对RDKit计算所得的分子中每个重原子的原子特征进行预测。...原子特征将包括度、芳香性、氢、手性手性类型等,因此可看作是一个多任务分类任务; 预训练任务2-分子特征预测(图1B):对RDKit计算所得的分子特征进行预测。...Pre-training:每个重原子的原子特征和每个分子的分子特征都通过RDKit计算,并分别用于预训练任务1和2。...使用RDKit 计算 CHEMBL 中每个分子的一个canonical SMILES和4个随机生成的 SMILES,用于预训练任务3。...CHIRAL1中的每个分子只有一个四面体中心,根据中心手性分为R和S。在本研究中,共有204778个分子用于进一步的预训练,使得K-BERT能学习到手性信息。

97731

FindKey-CADD-交流群-半月结-No.1-2021.03.31

Q1:没有编程基础,就能够切割从zinc数据库下载的smi格式的分子文件的方法 A:1,rdkit+Knime;2,随便一个文本编辑器,打开,编辑就可以,用记事本打开 剪切出来-再粘贴到新文件就好了...Q2: ,在分子动力学模拟如何确定手性分子的构象,使其保持r或s,是要改itp文件参数吗?...就是我的配体小分子是手性的,但是对接,模拟,我没法确定它一定是r还是s A:初始构象弄好,然后再计算就好了,一般都是这样做手性,约束不能保证完全是R型,先换成手性再加氢,薛定谔换手性, ?...A:看目的吧,最好的自己生成20条出来,一般图省事是用gly代替的 Q10:有没有适合新手的基础的蛋白质结构软件 A:PyMol,Chimerax Q11:请问大家知道怎么产生手性分子的描述符嘛?...A:分子描述符,1.rdkit;2.openbabel;3CDK;4:padel descriptor;5,pydpi Q12:如何把sdf格式的小分子转换成pdb格式 A:openbabel Q13:

99720
  • RDKit相关文章汇总

    子结构搜索; 标准SMILES; 手性支持;化学转化;化学反应;分子序列化;相似性/多样性选择;二维药效团;分层子图/片段分析; Bemis和Murcko骨架;逆合成组合分析程序(RECAP); 多分子最大共同亚结构...---- RDKit安装: Linux(CentOS 7_x64位)系统安装RDkit RDKit相似性图: RDKit toolkit实战:Generating Similarity Maps RDKit...描述符计算及可视化: RDKit toolkit实战:描述符计算及可视化 RDKit分子间RMSD计算: RDKit:计算不同分子或构象之间的RMSD RDKit:计算不同小分子构象之间的RMSD...RMSD:通过旋转计算两个分子间的最小rmsd RDKit分子格式转换sdf转smiles: 基于RDKit的Python脚本:SDF格式转SMILES格式 RDKit小分子聚类: 聚类小分子数据集...(基于RDKit的Python脚本) RDKit形状相似性: RDKit:运用RDKit计算USRCAT(形状相似性) RDKit化合物骨架分析: RDKit:化合物骨架分析 基于RDKit的QSAR

    56040

    NeurIPS 2021|分子的三维构象集的扭转几何生成

    首先,我们通过将自注意层和MPNN与手性中心的确定性相结合,预测每个非末端原子的局部3D结构(LS),键距和键角由预测的LS计算得出。...四面体手性校正 四面体手性是立体化学的一种常见形式,它限制了具有四个不同邻域的中心原子的相邻取代基的三维位置。仅使用分子图不能区分手性中心(图4),但存在解决方案。...因此,在为四面体中心生成LS时,我们计算定向体积,这确保了所有手性中心的准确生成。...图4 手性:即使两个显示的图形是同构的,它们也具有独特的3D结构,可以按顺序区分碳中心的邻居 2.3扭转角表示和LS组装 一旦预测了每个原子的LS,我们就将它们成对地组装起来,对应于分子图中的每个非末端键...我们的模型是考虑的基线方法中最快的,比CGCF或ETKDG/RDKit快得多。此外,对于旋转键数量不断增加的分子,GEOMOL更适合缩放。

    79221

    RDKit | 化学信息学与AI(专辑)

    RDKit | 化学信息学与AI 介绍RDKit相关知识点和运用以及RDKit作为处理化学、生物、药学和材料学科中分子数据作为可输入机器学习和深度学习模型的重要工具应用。...; 标准SMILES; 手性支持;化学转化;化学反应;分子序列化;相似性/多样性选择;二维药效团;三维维药效团;分层子图/片段分析; Bemis和Murcko骨架;逆合成组合分析及分子碎裂(RECAP)...3 ‘’RDKit | 化学信息学与AI”专栏介分类整理 RDKit安装 Linux(CentOS 7_x64位)系统下安装RDkit https://blog.csdn.net/u012325865.../81784517 RDKit | 基于SMILES查找化合物的MACCS密钥 https://blog.csdn.net/u012325865/article/details/101697880 RDKit...与化学反应 RDKit | 基于RDKit绘制化学反应 https://blog.csdn.net/u012325865/article/details/103687862 RDKit | 基于RDKit

    2.2K61

    RDkit&mol2vec :靶标抑制剂活性二分类模型对比

    RDKit RDKit是用C ++和Python编写的化学信息学和机器学习的工具包。...RDKit提供各种功能,如不同的化学I/O格式,包括SMILES/SMARTS,结构数据格式(SDF),Thor数据树(TDT),Sybyl线符号(SLN),Corina mol2和蛋白质数据库(PDB...子结构搜索; 标准SMILES; 手性支持;化学转化;化学反应;分子序列化;相似性/多样性选择;二维药效团;分层子图/片段分析; Bemis和Murcko骨架;逆合成组合分析程序(RECAP); 多分子最大共同亚结构...mol2vec安装 pip install git+https://github.com/samoturk/mol2vec RDkit&mol2vec 分别采用RDkit计算的分子指纹和mol2vec产生的分子矢量作为输入特征...import Chem from rdkit.Chem import Drawfrom rdkit.Chem import Descriptorsimport warningswarnings.filterwarnings

    1.2K50

    J. Chem. Inf. Model. | 基于物理信息的类药物分子构象生成模型

    后者是使用嵌入到RDKit化学信息学库中的算法得到的。所有的氢原子都被当作显式处理,手性和顺/反异构原子通过添加为此目的保留的全局向量来标记。...对适当的扭转、手性和顺反异构组件的探测也同样揭示了一些信息。 图 7 图7展示了使用确定性生成方法、在500个步骤以及QMugs(PIDM[QMugs])上训练的模型生成的随机构象例子。...这个分子有一个中心芳香环,连接着四个大的取代基。这个芳香环通常无法生成为平面结构,这可能是因为平面性对两个连接的苯基的方向施加了严格的约束,这些约束难以满足。...如果MMFF94力场中的键长参数进行了重新拟合,那么像PubChem3D、RDKit后接MMFF94以及Balloon这样的构象方法可能会优于这里呈现的生成模型。...使用RDKit的TFD实现得到的结果在图20中显示,比较了CSD和PDB数据集生成的十对构象。基于这一标准,排斥项确实改善了扭转采样,但改善幅度有限。

    12310

    DGL & RDKit | 基于GCN的多任务分类模型

    RDKit RDKit 是一款开源化学信息学与机器学习工具包,提供C++ 和python 的API 接口。...RDKit提供各种功能,如不同的化学I/O格式,包括SMILES/SMARTS,结构数据格式(SDF),Thor数据树(TDT),Sybyl线符号(SLN),Corina mol2和蛋白质数据库(PDB...子结构搜索; 标准SMILES; 手性支持;化学转化;化学反应;分子序列化;相似性/多样性选择;二维药效团;分层子图/片段分析; Bemis和Murcko骨架;逆合成组合分析程序(RECAP); 多分子最大共同亚结构...mdtraj安装 pip install mdtraj 基于GCN的多任务分类模型 环境准备 PyTorch:深度学习框架 DGL:基于PyTorch的库,支持深度学习以处理图形 RDKit:用于构建分子图并从字符串表示形式绘制结构式...MDTraj:用于分子动力学轨迹分析的开源库 ---- 导入库 import os from rdkit import Chem from rdkit import RDPaths import numpy

    2K60

    开源化学信息学工具包(Open Access Cheminformatics Toolkits)

    RDKit 官网:http://www.rdkit.org/ RDKit在2000-2006年期间在Rational Discovery开发和使用,用于构建吸收、分布、代谢、代谢、毒性和生物活性的预测模型...目前,RDKit的开源开发由诺华积极贡献,其中包括诺华捐赠的源代码。...子结构搜索; 标准SMILES; 手性支持;化学转化;化学反应;分子序列化;相似性/多样性选择;二维药效团;分层子图/片段分析; Bemis和Murcko骨架;逆合成组合分析程序(RECAP); 多分子最大共同亚结构...它依赖于Pybel、RDKit、Open Babel和MOPAC等其他几个软件包,以提供其完整的功能。它计算出大约16个由19个各种特征组成的特征组,这些特征总共包含大约1,135个描述符。...其中一些功能和指纹是使用Open Babel和RDKit派生的。使用MOPAC,ChemoPy计算大量的3D分子描述符。

    2.2K31

    . | 新药批准药物的手性(2013-2022年)趋势与展望

    最常见的分子手性类型是由于分子中存在一个或多个立体中心而产生的。碳原子是最常见的立体中心类型,可产生手性。许多药物都是手性的,其手性决定了它们的活性或效力。...FDA 新药审批中的手性类型 图 4 图4表明,在最近三年中,FDA批准的新手性药物全部包含碳立体中心,显示出大多数手性药物设计倾向于简化的结构,即包含单一立体中心。...然而,也有一定比例的药物展现出较高的结构复杂性,即含有四个或更多立体中心,这可能反映了对于某些疾病而言,更复杂的手性分子可能提供额外的治疗优势。...EMA 新药审批中的手性类型 图 7 过去十年EMA批准的手性小分子新活性物质表现出多样化的手性特征,包括外消旋体、单一对映体以及含有不同数量立体中心的分子。...这些数据反映了手性在药物设计和开发中的重要性,以及对于保持或改变分子手性的细致考虑。如图7所示,有36种含有≥4个立体中心

    31810

    分子的信息传递网络与手性

    也就是说,手性中心的立体化学指定限制了可访问构象的范围,但并不限定一个单一的3D结构。因此,作者认为使用3D表示来处理四面体手性对于构象灵活的分子来说过于受限。...由于立体异构体具有相同的图连接性,对称聚合器在两个不同的手性中心上操作将会将它们的邻居节点折叠为相同的表示,无论手性如何;也就是说,聚合函数是有效实现MPNN架构中手性的主要障碍。...然而,虽然共享相同的全局描述符,但四面体中心的局部配置对于每个“R”结构是不同的。 另一种方法是通过局部手性描述符来捕获相关信息,图1中用CW/CCW标签表示,这在SMILES表示法中使用。...手性中心根据相对于其空间方向的邻近原子的顺序(例如在提供的SMILES字符串中)而接收奇偶标签(CW或CCW),将它们分配给12个等价排列方式中的一个局部手性组。...我们作者进一步定义了两个额外的子集:一个子集中,对映异构体的对接得分相差超过5 kcal/mol(DIFF5),另一个子集中,分子具有单个四面体中心(CHIRAL1)。

    26220

    生化小课 | 三维结构由构型和构象描述

    构型由以下两个因素决定:(1)双键,其周围几乎没有旋转的自由,或(2)手性中心,其周围的取代基以特定方向排列。 立体异构体的识别特征是,如果没有一个或多个共价键的暂时断裂,它们就不能相互转化。...一个有四种取代基的碳原子被称为不对称碳,不对称碳被称为手性中心(chiral centers)(希腊语chiros,“手”; 有些立体异构体在结构上是相互联系的,如右旋与左旋)。...对于具有多个手性中心的化合物,最有用的命名系统是RS系统。 在这个体系中,每个基团都有一个手性碳基团的优先级。...这样,每个手性碳都被命名为(R)或(S),在化合物的名称中包含这些名称提供了对每个手性中心立体化学的明确描述。 立体异构体的另一种命名体系,即D和L体系,将在第三章进行描述。...具有单一手性中心的分子可以被任意一个系统明确命名,如下图所示。 这两种命名系统基于不同的标准,所以在这个例子中,L同分异构体和(S)同分异构体之间不能建立一般的关联。

    2K10

    RDKit | 基于主成分分析可视化(DrugBank)类药性的化学空间

    数据库是唯一将详细的药品数据(即化学,药理学和制药)与综合药物靶点信息(即序列,结构和作用通路)相结合的“生物信息学和化学信息学”资源.DrugBank由加拿大卫生研究院,亚伯达省创新 - 健康解决方案和代谢组学创新中心...(TMIC)提供支持,该中心是国家资助的研究以及支持广泛的尖端技术代谢组学研究的核心.DrugBank数据库查询包含以下信息:药品类型,药品简介,化学结构,药品成分,临床试验,药物靶点,酶,转运体,载体...RDKit | 基于PCA的类药性化学空间分析 导入库 import pandas as pd import numpy as np from rdkit import rdBase, Chem from...rdkit.Chem import AllChem, Draw, PandasTools, Descriptors from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole...from rdkit.Chem import BRICS print(rdBase.rdkitVersion) 使用RDKit计算每个原子的Gasteiger电荷 Chem.rdPartialCharges.ComputeGasteigerCharges

    1.4K50

    生化小课 | 氨基酸具有共同的结构特征

    因此,α-碳原子是手性中心(第61页)。由于α-碳原子周围成键轨道的四面体排列,四个不同的基团可以占据两个独特的空间排列,因此氨基酸具有两种可能的立体异构体。...所有具有手性中心的分子都是光学活性的——也就是说,它们会旋转平面偏振光的平面。 已经发展出特殊的命名法来指定不对称碳原子的四个取代基的绝对构型。...对于所有手性化合物,具有与L-甘油醛构型相关的立体异构体被称为L,与D -甘油醛构型相关的立体异构体被称为D。...根据Fischer的惯例,L和D只是指手性碳周围四个取代基的绝对构型,而不是指分子的光学性质。...另一种指定手性中心周围构型的系统是RS系统,它用于有机化学的系统命名法,更精确地描述了具有多个手性中心的分子的构型(第17页)。

    54130

    可解释的手性感知图神经网络在药物发现中的定量构效关系建模中的应用

    尽管将图神经网络应用于该任务取得了一定成功,但重要的化学信息,如分子手性,被忽略了。...模型从中心相似性、邻域相似性和边缘相似性三个不同方面量化相似性,计算方式如图3所示。首先,模型通过计算原子与卷积核中的中心节点的相似性来捕捉原子本身在子图中的化学性质。...除了中心节点外,原子的化学性质还受其邻域上下文的影响,模型进一步量化子图和卷积核之间的以下相似性:1)子图中的相邻节点和卷积核中的相邻节点之间的相似性,以及2)子图边和卷积核种边之间的相似性。...图 4 在通过量化上述三种不同方面的相似性来捕捉每个原子周围邻域子图的化学信息模式后,模型仍然是对手性无感知的。然而,手性是分子生物活性的关键决定因素,这促使模型需要在下一步对分子的手性进行表征。...随后利用向量叉积公式确定方向,这个过程类似SMILES中如何确定手性的方法。倘若子图和卷积核方向相同,不改变图3中分子卷积的结果,倘若方向相反,则取负。模型由此来获得手性感知能力。

    22520
    领券