脚本所用到的参考基因组可以从hisat2官网下载，参考基因组注释文件可以从gencode数据库下载 脚本如下 #!.../bin/bash #把sra文件都存放在Sra文件夹里面 #参考基因组和注释文件都在hg19文件夹里面 #qiujunhui 1801963472@qq.com mkdir Fastq_out #创建一个存放...hisat2比对的输出文件夹 mkdir Sorted.bam #创建一个存放用samtools将sam文件排序的生成的bam文件的文件夹 mkdir Counts #创建一个存放用HTseq-count计算基因表达量的输出文件夹...samtools sort -n -@ 5 -o $d.bam $y mv ~/Sam_out/*bam ~/Sorted.bam done #用HTseq-count进行基因表达量计算
SUM ：该函数计算组中表达式的累积和，求值后通常用于帕累托图分析 MIN ：在一个组中的数据窗口中查找表达式的最小值，配合partition和order可以进行复杂的最小值求解 MAX ：在一个组中的数据窗口中查找表达式的最大值...，配合partition和order可以进行复杂的最大值求解 AVG ：用于计算一个组和数据窗口内表达式的平均值，配合partition和order可以进行平均的最大值求解 COUNT ：对一组内发生的事情进行累积计数...row_number()：返回的是行信息，不会跳跃； dense_rank()：返回的相关等级不会跳跃； rank()：返回的相关等级会跳跃； count()：返回的该窗口计算规则内的数量，简单排序会产生跳跃...LEAD可以取跨行值，减少自连接访问 ROW_NUMBER ：返回有序组中一行的偏移量，从而可用于按特定标准排序的行号 STDDEV ：计算当前行关于组的标准偏离 STDDEV_POP：该函数计算总体标准偏离...，并返回总体变量的平方根 STDDEV_SAMP：该函数计算累积样本标准偏离，并返回总体变量的平方根 VAR_POP ：该函数返回非空集合的总体变量（忽略null） VAR_SAMP ：该函数返回非空集合的样本变量
因为 **A/B Test 从本质上来说是一个基于统计的假设检验过程 **，它首先对实验组和对照组的关系提出了某种假设，然后计算这两组数据的差异和确定该差异是否存在统计上的显著性，最后根据上述结果对假设做出判断...「样本统计量 :」 它本身是个很宽泛的概念，可以是样本均值，可以是比率或方差，或其他通过样本计算出来的某个关系式。...( ) 的范围内 (中心极限定理和正态分布的运用)。...观察实际提升」 对比实验组相比对照组的指标在实验周期内的累积提升值。比如我希望实验组相比对照组在某核心指标上有正向提升，实验累积结果确实出现了正向提升。 「3....观察统计显著性」 若实验周期结束后的累积 ，或置信区间不包含 0， 则拒绝原假设，说明实验组和对照组有差异，实验具有统计显著性。反之，则不拒绝原假设，说明实验组和对照组没有统计上的显著差异。
例如，在一个3行的组中，返回的累计分布值为1/3、2/3、3/3 SAMPLE：下例中计算每个部门的员工按薪水排序依次累积出现的分布百分比 代码如下： SELECT department_id,...）函数类似，对于一个组中给定的行来说，在计算那行的序号时，先减1，然后除以n-1（n为组中所有的行数）。...PERCENT_RANK，如果没有正好对应的数据值，就通过下面算法来得到值： RN = 1+ (P*(N-1)) 其中P是输入的分布百分比值，N是组内的行数 CRN = CEIL(RN) FRN = FLOOR...1998年每月销售量中已开发票数量和总数量的累积回归线决定系数 SELECT t.fiscal_month_number, REGR_R2(SUM(s.amount_sold), SUM(s.quantity_sold...260和270在1998年2月周末销售量中已开发票数量和总数量的累积REGR_SXY, REGR_SXX, and REGR_SYY统计值 SELECT t.day_number_in_month,
KS值计算方法： 将所有样本根据预测得分从低到高排序均分成N组，分别计算这N组的实际好样本数、坏样本数、累积好样本数、累积坏样本数、累积好样本数占比、 累积坏样本数占比，差值。...其中，实际好坏样本数分别为该组内的好坏样本数，累积好坏样本数为该组累积的好坏样本数，累积好坏样本数占比为 累积好坏样本数占总好坏样本数的比值，差值为累积坏样本数占比减去累计好样本数占比。...feature = GreedyAlgorithm(dataSet = data) load("/data/workspace/Rworkspace/featureSelect.RData") # 数据量较大
3.针对处理运算量特别大的计算，将一个任务分成多部分，即利用并行性。 优化编译器的能力和局限性 GCC优化指令 **-Og:**默认配置，不优化。...最大吞吐量：发射时间的倒数。给出了CPE的最小界限。 循环展开 循环展开是一种程序变换，通过增加每次迭代计算的元素的数量，减少循环的迭代次数。循环展开能够从两个方面改进程序的性能。...每次迭代内的第一个乘法都不需要等待前一次迭代的累积值就可以执行。因此，最小可能的CPE减少了2倍。这种改进方式几乎达到了吞吐量的极限。 在执行重新结合变换时，我们又一次改变向量元素合并的顺序。...AVX指令可以对这些寄存器执行向量操作，比如并行执行8组数值或4组数值的加法或乘法。...例如，下面的代码片段展示了在10×10循环展开的内循环中，累积变量acc0是如何更新的： # Updating of accumulator acco in 10 x 10 unrolling vmulsd
最近根据基因表达量对病人进行分组后，使用KM生存分析的logRNAK法来检查两个组的病人的生存差异，得到了如下的图： ?...可以很明显看到，根据基因表达量把病人分成高表达组合低表达组，经过log rank 检验，可以看到两组病人的生存是有统计学显著差异的，而且我们可以看到，基因表达量越高，病人死亡风险越高，所以我们可以把这个基因在表达水平上看做是风险因子...有趣的是他也不确定是否正确，所以我找到的链接其实是他在向广大网友求助： ?...，他计算的是基因低表达量组的hazard ratio值，也就是说，如果hazard ratio值小于1，表明这个低表达是保护因子，所以这个基因高表达就是风险因子，是不是听起来有点绕口，这个其实就有点类似于我们的差异表达分析...研究结束终点事件未发生或患者死于规定的终点事件以外的原因而终止观察，不能确定具体生存时间的一类数据； 生存概率，表示某时段开始存活的个体到该时段结束仍存活的概率，p=活满某时段的人数/该时段期初有效人口数； 生存率，为观察起点起到研究时间点内各个时段的生存概率的累积概率
在第二个例子中，AVG_NEARBY_PRICE计算了当前PRICE值前后10个单位范围内的平均价格（注意，实际范围可能包括更多的行，因为RANGE会包含所有在这个范围内的行，即使它们的物理位置不是紧挨着的...窗口函数（Window Functions） 窗口函数作用于查询结果集的每一行，但它们的计算是基于一个“窗口”范围内的其他行。窗口函数不会减少结果集的行数，而是为每一行添加额外的计算结果。...分布窗口函数 分布函数用于计算值在窗口内的相对位置或分布。 PERCENT_RANK(): 计算行的百分比排名。 CUME_DIST(): 计算行相对于所有其他行的累积分布。...cume_dist 列显示了使用 CUME_DIST() 函数计算的累积分布。它表示当前行的值小于或等于当前行的值的行数占总行数的比例。...选择适当的窗口大小：过大的窗口会增加计算开销，而过小的窗口可能无法提供所需的分析深度。根据具体需求选择合适的窗口大小。 使用索引：确保查询中涉及的列已正确索引，这有助于加速数据访问和计算过程。
COUNT 功能描述：对一组内发生的事情进行累积计数，如果指定*或一些非空常数，count将对所有行计数，如果指定一个表达式，count 返回表达式非空赋值的计数，当有相同值出现时，这些相等的值都会被纳入被计算的值...PERCENT_RANK 功能描述：和CUME_DIST（累积分配）函数类似，对于一个组中给定的行来说，在计算那行的序号时，先减1，然后除以n-1（n为组中所有的行数）。...ROW_NUMBER 功能描述：返回有序组中一行的偏移量，从而可用于按特定标准排序的行号。...SUM 功能描述：该函数计算组中表达式的累积和。...SUM 功能描述：该函数计算组中表达式的累积和。
再比如计算某用户的累积在线时长。...将同一用户的所有数据加载到内存中来计算，这就需要事先将数据按用户分成多个组。比如按零售店会员分组，每个组就是某个会员对应的多条采购记录;或按用户编号分，每个组是某个用户对应的网页访问记录。...SQL的集合是无序的，事先按索引重新插入排好序的数据往往不能被优化器正确优化，具有很大的偶然性，无法保证查询时可以按排好的次序查询出需要的数据。...针对组内计算复杂，集算器具有完备的批量化数据计算类库，可以轻松实现各类复杂的有序计算。。 集算器支持灵活自由的多节点并行计算，可以进一步优化性能。...组内计算复杂：esProc具有完备的批量化数据计算类库，可以轻松实现各类复杂的有序计算。 ? 完整的代码如下： ?
简介 比特币是完全去中心化的，不需要中央银行或权威机构，它的安全性取决于分布式体系结构和两个假设：其大多数节点是诚实的和实质性的工作量证明可以阻止Sybil攻击。...认识到这些风险，许多服务提供了较短的洗涤时间，这导致最小的交易量并因此限制了匿名性。...只要结构正确且携带正确的货币金额，所有用户都将接受 。为了兑换她的硬币C，Alice 首先扫描公告板，以获取到目前为止系统中所有用户都张贴的一组有效承诺 。...输入 和一组质数 ,计算累加器 等于 。...相反，她只能参考当前块的累加器检查点 并从其 之前的检查点开始计算见证（而不是从T0开始），因为计算见证相当于累积 。 新交易类型 通过添加一条新指令来扩展比特币： 。
1.3.3 实验室组和对照组 数据不均匀 参考文章【广告中增益模型理解】 实验室组和对照组流量数据不均匀时，分两种情况讨论： 一是如果数据量本身不大，再加上实验室组和对照组数据分布不均，则其中一组数据必然很少...二是如果数据量本身很大，即使分布不均，两个组的数据量分别还是很大，由于都是计算比例，所以计算结果还是可靠的。...，以图中左下角的图为例，我们有T和C两组样本，绿色的样本代表正样本，红色的代表负样本，可以看到在分裂之前T和C两组正负样本的比例比较接近，但是经过一轮特征分裂之后，T和C组内正负样本的比例发生了较大的变化...分别对实验组和对照组中每个十分位内的用户求期望，即预测分数的均值，然后相减，作为这个十分位bin内的uplift，绘制柱状图，如下图（这个图是由低到高排序，排序反了）： 这种方法只能定性分析，无法计算出一个具体的值来整体评价模型的好坏...计算方式如下： 3.4 累积增益曲线（Cumulative Gain curve） 累积增益曲线计算如下： 各符号含义与Qini系数符号含义相同。
我们知道当一个新站建立的时候，快速累积权重很重要，它有利于提高搜索引擎的信任评级，最重要的一点就是有利于友情链接交换，快速的积累相关行业资源。...201801111515635090786300.jpg 那么，我们如何在短期内，快速累积权重呢？...②独立博客：与企业站相似，新站上线不要优先发布用于排名的核心内容，选择搜索量相对较小的词。...③将每一组的10篇内容，利用特定长尾关键词做内链，有效链接，形成闭环，可以理解为简单的站内链轮。 ④将5组关键词组中的相对搜索量较高的内容页，进行互联，形成闭环。...但你需要确保每日在自然搜索排名，都会有一定的少许点击量，因此，接下来的10天内，你可能需要： ①在新媒体分发相关内容，并针对已经收录的页面，做引导性的搜索，有必要的情况下，可以进行付费推广。
一般情况下，统一进程内的线程间共享和独享资源的划分如下表所示： ?...（2）目的 线程同步的目的就在于不管线程之间的执行如何穿插，其运行结果都是正确的。换句话说，就是要保证多线程执行下结果的确定性。与此同时，也要保持对线程执行的限制越少越少。...而能够将信号累积起来的操作系统原语就是信号量。 （2）信号量 信号量（Semaphore）是一个计数器，其取值为当前累积的信号数量。它支持两个操作：加法操作up和减法操作down。...具体来说，管程就是一组子程序、变量和数据结构的组合。...该院与主要用来对一组线程进行协调，因为有时候一组线程协同完成一个问题，所以需要所有线程都到同一个地方汇合之后一起再向前推进。 例如，在并行计算时就会遇到这种需求，如下图所示： ? 参考资料 ?
分析函数主要分为四类： 1.聚合分析函数 2.排名分析函数 3.数学分析函数 4.行比较分析函数 一.聚合分析函数 SUM ：该函数计算组中表达式的累积和...COUNT ：对一组内发生的事情进行累积计数 MIN ：在一个组中的数据窗口中查找表达式的最小值 MAX ：在一个组中的数据窗口中查找表达式的最大值 AVG...：用于计算一个组和数据窗口内表达式的平均值。...三.数学分析函数 STDDEV ：计算当前行关于组的标准偏离 STDDEV_POP：该函数计算总体标准偏离，并返回总体变量的平方根 STDDEV_SAMP：该函数计算累积样本标准偏离，并返回总体变量的平方根...VAR_SAMP COVAR_POP ：返回一对表达式的总体协方差 COVAR_SAMP ：返回一对表达式的样本协方差 CORR ：返回一对表达式的相关系数 CUME_DIST ：计算一行在组中的相对位置
2.8 留存率 实验报告中的留存率指的是“按进组时间拆分的留存率”，是根据【用户首次进实验组的时间】作为起始，用户回到App作为回访，计算用户n日留存。...假设我们从总体中抽取样本，计算其指标的均值，每一次计算，样本均值都会受抽样误差影响。...试错成本大：假设我们拿50%用的户来跑实验，但不幸的是，一周后结果表明实验组的总收入下降了20%。算下来，你的实验在一周内给整个公司带来了10%的损失。这个试错成本未免高了一些。...红线图A和B表示我们的处理组和对照组之间观察到的累积相对差异。红线带是 累积相对差异的置信区间。...相比于CR，RR通过牺牲计算时间，能在一定概率上得到符合要求的分组。重分组次数与输入的实验对象样本大小相关。样本量越大，需要进行重分的次数一般较少。
产品经理可以使用XP平台收集以下指标：处理组和对照组的指标提升平均值（处理效应），提升是否显着以及样本量是否足够大以产生高统计功效。 ?...由于我们的样本量很大，并且中心极限定理可以应用于大多数情况，因此我们使用正态分布作为混合分布 ? 。这样可以简化计算并生成封闭形式的表达式 ? 。...具有FDR控制的方差估计 为了正确地应用序贯检验，我们需要尽可能准确地估计方差。...图6.序贯检验方法表明，在图B中确定了我们的处理组与对照组之间的显著差异。相反，在图A中未发现显着差异。 随着时间增加，我们会累积更多的样本，并且置信区间会变窄。...红线图A和B表示我们的处理组和对照组之间观察到的累积相对差异。红线带是 ? 累积相对差异的置信区间。 连续实验 ? 图7.
CNVseq相比CMA有很多优势： 低成本，高通量，可与NIPT、NIPT+同测低DNA样本量 能检测全基因组范围的CNV，相比CMA覆盖范围更广，灵敏度更高 可检测超过300种染色体疾病（含CNV和非整倍体...采用PCR free WGS文库构建方案，减少偏好性，数据表现更稳定 严格的数据校正流程，屏蔽重复序列区域和CNV多态性区域，可重复性好，保证精确度和稳定性 平滑稳定的算法、更细致的数据可视化展示 累积的阳性样品案例...假如我们把测序深度提高到10x，按目前60￥/G的测序成本计算，测30G，大概需要1800￥的测序成本。加上样本处理大概2000出头的成本价了，市场价格也许与CMA差不太多了。...但这增加的测序量，优势就非常明显了。...，每50kb内就有167条fragments，每100kb内就有333条fragments。
（嗯，有神经突触内味了） △图中的边都有方向，并且不存在任何循环路径；每个有向边是一个推导步骤 这也就意味着，它可以将所有历史上正确的推理结果存储于内存中，以便在当前搜索分支中探索。...最终CR方法的正确率甚至能达到98%（ToT为74%），且平均访问状态数量要比ToT少很多。 也就是说CR不仅有更高的搜索正确率，也有更高的搜索效率。...实验结果表明，CR在两种不同的实验设定下，正确率均超出当前已有方法，总体正确率可达58%，并在Level 5的难题中实现了42%的相对准确率提升，拿下了GPT-4模型下的新SOTA。...清华叉院姚期智、袁洋领衔研究 这篇论文来自清华交叉信息院姚期智和袁洋领衔的AI for Math课题组。...2012年毕业于北京大学计算机系；2018年获美国康奈尔大学计算机博士学位；2018-2019年前往麻省理工学院大数据科学学院做博士后。 他的主要研究方向是智能医疗、AI基础理论、应用范畴论等。
首先，我们需要使用 percentile 函数计算两组的四分位数。...所以我们可能在一个差异非常小但样本量很大的实验中获得显着的结果，而在差异很大但样本量小的实验中我们可能会获得不显着的结果。 解决这个问题的一种解决方案是标准化平均差 (SMD)。...合并所有数据点并对它们进行排名（按升序或降序排列） 计算 U₁ = R₁ - n₁(n₁ + 1)/2，其中 R₁ 是第一组数据点的秩和，n₁ 是第一组数据点的数量。 类似地计算第二组的 U₂。...为了更好地理解，让我们绘制累积分布函数和检验统计量。首先计算累积分布函数。...F 检验统计量由下式给出 其中 G 是组数，N 是观察数，x̅ 是总体平均值，x̅g 是组 g 内的平均值。在组独立性的原假设下，f 统计量是 F 分布的。
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