目前基于热图的绘制需求越来越高，让我们想到的事情逐渐成熟，却已经有人开始实现了这个功能，并上传到了CRAN。...复杂热图的绘制长期以来都是基础包omplexHeatmap来实现，现在可以使用了tidyHeatmap了.但是这也不是基于ggplot的版本，所以差强一步。...安装tidyHeatmap 遗憾的是，cran中包存在问题，我检查发现是版本问题，因此在github上的例子只能安装github版本的tidyHeatmap。...treate~ Ant2 2575 treated paire~ Intracel~ 0.329 ## # ... with 494 more rows 复杂热图...首先一定要明白，R语言是以长格式的数据来绘图的； 参数解释： .data “tbl”格式的数据框 .horizontal ：在热图中水平显示的列的名称 .vertical 在热图汇总垂直展示的列名称
当我们想要在一幅图中展示多个热图时，采用传统的一页多图的方式，会导致排版的混乱，第一个例子，同时展示两幅热图以及对应的图例，代码如下 >>> import matplotlib.pyplot as plt...可以看到，默认的宽高比情况下，图例的高度大大超过了热图的高度，这种情况相下，可以通过调节figure的宽高比来使得图形显示比例正常。...此时排版同样很混乱，而且无法通过简单的调整输出图像的宽高比来解决问题。 对于多副热图的排版问题，在matplotlib中，可以通过ImageGrid方法来调节。...通过ImageGrid，不仅可以解决图例的排版问题，还可以排版多副大小不一的热图，代码如下 >>> data1 = np.random.rand(50).reshape(5, 10) >>> data2...对于多副热图的排版而言，通过ImageGrid可以大大提高处理的简便性。 ·end· —如果喜欢，快分享给你的朋友们吧— 原创不易，欢迎收藏，点赞，转发！
前言 1.1 项目地址 项目地址：imsyy/DailyHotApi: 今日热榜 API，一个聚合热门数据的 API 接口，支持 Vercel 部署 Docker-API：liwangsheng/dailyhot-api...展示： 1.2 准备 官方的部署方式是不需要docker的，我们这里使用第三方的docker进行部署。具体安装见：【docker】在服务器上安装 docker/docker-compose 2....GitHub地址：imsyy/DailyHotApi: 今日热榜 API 2.1.2 部署API 在 Vercel 官网点击 New Project 点击 Import Git Repository 并选择你...API接口的页面。...，API的URL后面不要加/，如果是本地部署的API，填http://ip:6688 - ICP=夜梦的dailyhot没有备案捏 # 有就填 restart: always 最后启动即可
导语 GUIDE ╲ 热图是一种流行的可视化高维数据的图形方法，其中一个数字表被编码为彩色单元格的网格。矩阵的行和列按顺序排列以突出显示模式，并且通常伴随有树状图。...背景介绍 热图可以说是我们在日常可视化中最常用到的图形之一了，绘制热图的R包和工具也是数不胜数，我们也介绍过许多常见的工具，比如pheatmap、complexheatmap等等，今天小编给大家介绍一个可以交互式绘制热图的...R包--heatmaply，交互式热图允许通过将鼠标悬停在单元格上来检查特定值，以及通过在相关区域周围拖动矩形来放大热图的区域，使用起来非常灵活方便。...heatmaply( mtcars, cellnote = mtcars ) 将热图保存到文件中 由于我们的图片是交互式的，我们可以用以下代码将热图的交互式版本保存到 HTML 文件中： dir.create...R包中的一员，heatmaply可以绘制交互式的热图，其许多参数设置也和ggheatmap、pheatmap等常用的R包有联动，在色彩的美观度上也是非常优越，通过zoom in/zoom out也可以让我们方便的查看热图的细节
寒假偷了个小懒，把法定的初七上班拖到了元宵节，又抓住机会拖过了情人节，这种无视规矩挖坑不填的做法让我身心愉悦，所以乘着自己心情好决定恢复更新。 今天打算简单谈一下条形图里的交互动画。...PPT的动画功能很强大，动画不仅可以加到文字和图像上，还可以加到图表上，适当的动画可以起到强调的作用，吸引观众的注意力。 我们拿前面的火箭图做例子示范一下。...首先选中图表，在动画里添加一个“飞入”动画，这个动画是对图表整体添加的，效果如下图 ? 如果我们想针对图表中的单独元素添加动画呢？例如让火箭一个一个升起，我们该如何做？...这时候我们再看一下这个图表的数据，注意一下数据的title，是不是立马明白动画效果中“按类别”、“按系列”的含义了。 ? 经过测试，PPT大部分内置动画可以加到图表中，所以大家可以放心食用。...上面就是一些简单的条形图动画效果，如何你想实现更高级的交互动效，例如鼠标移动到数据上时实现数据弹动，局部图表缩放和动态展示，这些都需要逐个添加或借助VBA编程来实现，如果你有一定的编程基础，可以学习一下百度的图表开源库
大家对热图应该都不陌生，但是混合的复杂热图在我们的应用中并不是太多见。今天给大家介绍一个绘制复杂热图的R包ComplexHeatmap。...我们看下包的主要功能，其主要通过以下布局将箱线图、散点图等整合到一起。 ? 这是其中主要的两个进行布局的功能类： HeatmapAnnotation()主要是构建绘图的annotation部分。...#下面是中间的热图提供数据，此处直接可以不绘制热图只绘制我们想要结合在一起的图。...其中主要的函数是： oncoPrint（）其为绘制热图的核心函数，其主要可以对热图的中的cell进行分割，更加细致显示数据的分布。其主要参数如下： ?...运行这个函数可以允许我们在绘制的图形中进行选择对应的区域以及此区域包含的值。 ?
我在生信技能树多次写教程分享WGCNA的实战细节，见： 一文看懂WGCNA 分析(2019更新版) 通过WGCNA作者的测试数据来学习 重复一篇WGCNA分析的文章（代码版） 重复一篇WGCNA分析的文章...（解读版）（逆向收费读文献2019-19） 关键问题答疑：WGCNA的输入矩阵到底是什么格式 其中有一个是“老米”投稿：手把手10分文章WGCNA复现：小胶质细胞亚群在脑发育时髓鞘形成的作用 , 里面是有...TOM矩阵热图，就是配色很奇怪。...奇怪的配色 但是官网配色是： ? 官网配色 首先，这个差异其实并不重要，当然了这个TOM矩阵热图本身就可有可无，仅仅是因为教程里提到了而已，大部分情况下，就是凑图。...或者说是搜索技巧： https://www.biostars.org/p/394615/#394743 简单的配色代码即可解决： TOMplot(plotTOM, geneTree, moduleColors
seurat.object_copy), levels= my_levels) VlnPlot(seurat.object_copy, features = c("some_gene")) 因为顺序变了，要是想保持原来每个样本对应的颜色的话...，也要改变小提琴的颜色.如： 原始的样子 VlnPlot(=combined,features = T,log = F,slot = "data",pt.size = 0) ?...如果不知道原来的颜色： library(scales) show_col(hue_pal()(4)) Heatmap调整热图颜色为scale_fill_gradientn() DoHeatmap(object...image.png Heatmap调整上面bar的颜色 DoHeatmap(subset(combined_copy,downsample = 100), features = combined.markersTop50...image.png 如果要修改gene的顺序的话，修改level后重新运行FindAllMarkers.
今天小编向大家介绍一下使用gapmap和dendsort包生成带间隙的热图绘制方法及效果。...gapmap包通过调整每个叶子的位置来编码两个节点之间的相似性， 两个相邻节点相似性的信息都体现树状图的分支高度中，基于相似性对叶片进行定位。...gapmap在树状图和热图的可视化中都引入了间隙，以指数方式将两个节点的距离（不相似）映射到间隙大小的比例。...install.packages("dendsort") library(dendsort) 1.绘制排序后的热图 gapmap(m = as.matrix(dataTable), d_row...小编总结： R语言中绘制聚类热图的方法有很多，比如pheatmap、heatmap还有我们今天介绍的gapmap等，小伙伴们可以比较优势，选择适合自己作图的R包哦~
热图是最常见的基因表达量数据的可视化方式，将每个单元格的表达量按照数值高低映射为不同的颜色，可以直观展示表达量在不同样本间的分布，再综合聚类的结果和基因/样本的注释信息，进一步丰富了展示的信息，一个经典的热图如下...图中提供了两大类的信息，第一大部分也是热图的主体部分，即表达量信息，上图中，每一列表示样本，每一行表示基因，用不同颜色表征表达量的不同数值；第二部分为行或者列的注释信息，对应上图中顶部的样本注释信息...那么这样的一幅图如何来做？...表达量的基本信息已经有了，对照文献中的图，需要进行以下调整 1.调整颜色梯度，默认的颜色梯度和文献中的不同 2.调整行和列的文字大小，缩小基因名字使其不至于重叠，同时不展示样本名 3.调整聚类结果，不展示列的聚类结果...= FALSE, + annotation_col = group, # 添加列的注释 + fontsize_row = 10 + ) 效果图如下 可以看到，只需要提供列注释的数据框
转自景禹 小禹禹，你们好呀，景禹今天给你们说一说图的遍历方法！ 小禹禹： 好呀好呀，图的遍历方法都包含哪些呢？ 景禹： 图的遍历方法包括 深度优先遍历（搜索） 和 广度优先遍历（搜索） 两种方式。...为了更清楚的理解图的深度优先搜索和二叉树的前序遍历、中序遍历、后序遍历均属于一类方法，我们对最终的遍历结果图做一定的位置调整： ? 细心的小禹禹一定发现，这就是我们的前序遍历过程呀！...，我们一起来看一看下面的动画（配合动画看代码）： 动画演示： 实现代码： void DFS_Stack(MGraph G, int i) { int node; int count = 1;...动画演示： 实现代码： // 邻接矩阵的广度遍历算法 void BFSTraverse(MGraph G) { int i, j; Queue Q; for( i=0; i < G.numVertexes...既然要构建图，免不了谈及存储结构，对于这道题目最好的存储结构就是邻接表（关于图的存储结构可以参考之前的文章：图解：什么是图？（以“图”话图） ）。
，更多的时候，我们需要活学活用，比如课程学员提到的问题，就是因为做不到活学活用，他想知道下面的拟时序分析的热图提取基因，学员把基因按照发育顺序绘制了热图，而这些基因被他分成了3组，想拿基因去做GO/KEGG...我这里不能拿学员真实项目数据来演示，所以还是用我们的老朋友，拿scRNAseq包的表达矩阵测试，见：使用monocle做拟时序分析（单细胞谱系发育） 首先根据细胞发育谱系来绘制热图 因为前面的教程 使用...然后解析热图函数返回对象 根据帮助文档，我们修改参数，这样monocle的plot_pseudotime_heatmap函数就有返回值了，是一个对象。...实际上学员提问是有问题的 因为学员之间丢出这个热图，然后咨询如何在图片里面提取基因名字，所以大家只能是问是pdf还是png的图片呢？是不是可以AI或者PS解析它，拿到基因名字呢？...如果学员是直接问：使用monocle的plot_pseudotime_heatmap函数绘制的热图里面的基因聚集成为3类，该如何提取基因名字，其实就很简单了。
而像智慧医疗、智慧临床、云上医疗、AI 辅助诊断等的不断应用，即让医疗机构能够拥有更高的服务效率，更优的资源配置，更低的运营成本。同时也可以为患者提供更便捷和人性化的服务。...2D数据面板包含： 左侧的每日统计数据，该数据显示最近一段时间每天的确诊人数，并根据疫情变化定时刷新。同时，该部分还与地图及右侧数据联动。切换不同的日期后，地图颜色及右侧详细信息会跟着显示历史数据。...表格详细信息，该表格用来显示各省及各市的疫情详细信息。包括疑似，确诊，治愈，死亡数据。该表格数据根地图及每日统计数据联动。 疫情增长柱状图，该柱状图由康复，确诊，死亡三部分组成。...显示近7日的疫情数据。 3D地图包含： 各省颜色随动变化，即各省区域颜色根据该省确诊人数变化，确诊人数越多，颜色越深。 疫情地区人口输出动画，即武汉地区输出人口到各省的比例。...这些人员的去向也是大家关心的问题。这里增加了武汉到国内各省的人口流动动画。另外，每个城市点也增加了动画来进行位置展示。
思路来源 刚刚在水群的时候一下子发现博客背景图的图床死了，这就很苦恼啊，我的4k壁纸就这么没了，所以便想找一个不会死的图床，后来一想还是算了吧，不如用必应的每日一图。...format=js&idx=0&n=1 然后访问一波，看他返回的正好是一个json，正好方便我们了。他的那个图片的地址明显是url，但是好像还得拼接一下主域名。...我的图床呢？ 诶，不对啊。我好像最开始目的是搞一个必应的图床吧，怎么搞上api了。没事，别慌，我们改一下上面的代码。 <?...$data['images'][0]['url']); ); 然后我们的必应每日一图图床就弄好了，如果自己不想占服务器内存可以用我的。...https://api.moleft.cn/bing/images.php 这次文章是真的结束了，感谢大家 (这篇文章的封面就是用的api哦) 如无特殊说明《利用Api获取必应的每日一图》为博主MoLeft
❝最近在进行绘图实战颇有感触，今天来介绍一下如何使用「ggplot2绘制组合热图」，有时我们如果只想对部分数据进行热图形式的展示可以用到这种类型的图表；绘图过程倒也简单主要是选择好合适的展示场所 library...sample=as.character(sample)) #定义因子 df$sample % unique()) 绘制文本热图..."black",hjust=0.5,vjust=0.5)+ labs(x = NULL,y = NULL,color=NULL,fill=NULL)+ theme_niwot() 绘制组合热图...❝此处将数据数据拆分成两份进行图形绘制，本想借助「ggh4x」 的分面功能，但是此份数据不太适合，关于ggh4x后面再做介绍 ❞ p2 % filter(group=="A") %>%
欢迎关注R语言数据分析指南 ❝本节来介绍如何在R中绘制树状热图，通过「sourmashconsumr」 & 「metacoder」两个R包的案例来进行介绍，更多详细的内容请参考作者官方文档。..., groups = metadata) 设置随机种子 set.seed(1) 绘制树状图热图...layout = "davidson-harel", initial_layout = "reingold-tilford") 进行组间比较，并绘制树状热图...tax_data进行处理 obj$data$tax_data <- zero_low_counts(obj, dataset = "tax_data", min_count = 5) 检查没有reads的行...calc_n_samples(obj, "tax_abund", groups = hmp_samples$body_site, cols = hmp_samples$sample_id) 绘制树状图热图
存在混杂因素：蝉叫得越响，屋子里越觉得热。并不是蝉的叫声大导致屋子里气温升高； ▲ 3....在这里也是一样的，正是因为潜在感染人数增多，所以需要更多的检测，而不是因为加大了检测才导致确诊数上升的。一张来自约翰·霍普金斯大学统计的美国每日检测数和确诊率图也说明了这一点。[3] ?...由图可以看到，美国新冠病毒每日检测数确实一直在上升，5月21日到6月20日每日平均检测数为452922，6月21日到7月7日每日平均检测数上升为599142。...陷阱二、确诊数上升，死亡数反倒下降 特朗普的多篇推文都在重复一个点：虽然你们看现在每日的确诊数突破5万，但是死亡数一直都在下降啊，比起最高峰时一日死亡2749人（4月21日）来说，现在每日死亡人数都下降...如果我们去看美国新冠病毒每日新增死亡病例的数据，会发现确实如特朗普所描述的那样：比起4月21日报告死亡了2749人来说，7月5日报告的死亡人数为262人，确实下降了“十倍”。 ?
# 转置 datExpr0 <- t(gene_exp) # 缺失数据及无波动数据过滤 gsg <- goodSamplesGenes(datExpr0,minFraction = 1/2) #基因的缺失数据比例阈值...datExpr <- datExpr0[gsg$goodSamples, gsg$goodGenes] WGCNA绘制模块热图 MEs2 % dplyr::select(1:20)...zlim = c(-1,1), main = paste("Module-trait relationships")) 绘制模块热图
超详细的R语言热图之complexheatmap系列1 前几天介绍了ggplot2版本的韦恩图，说到现在R语言画图都在ggplot2化,热图当然也不能例外！...今天介绍的ggheatmap，国产R包，必须支持！ 支持图层语法，也是把热图分为好几个部分，然后再拼起来，得到一个ggplot2对象，最大的好处是方便拼图，因为生信文章里就喜欢把热图和其他图片拼一起。...") 简介 library(ggheatmap) ## 载入需要的程辑包：ggplot2 主要提供了三大主函数： ggheatmap()：画热图的主要函数 ggheatmap_theme()：设置各组件的主题...ggheatmap_plotist()：提取热图各组件 github主页上把ggheatmap()这个函数的所有参数都列出来了，大家看看，我就不翻译了，名字非常直观！...这个热图和前面介绍过的aplot拼热图类似，也是可以拆分成不同部分的，然后可以对每个部件进行自定义，支持ggplot2的theme()。
ComplexHeatmap包可提供灵活的热图展示及高度自定义的注释图形。 1.1 设计理念 一个完整的热图由热图主体和热图组件构成。...热图主体可以被分为不同的行和列，热图组件包括行/列标题，聚类树，行名/列名，行注释条/列注释条。...热图列表由多个热图主体和热图注释组成，但不同的热图主体和注释被有序排列，使得彼此之间具有较好的可比性。...单个热图 介绍单个热图的组成 3. 热图注释 热图注释概念，如何绘制简单注释和复杂注释，简单注释和复杂注释的不同 4. 热图列表 如何绘制多个热图和注释，它们的位置排布是怎样安排的 5....交互式热图 12. 更多例子 第二章 单个热图 单个热图是最常见的可视化图形，虽然ComplexHeatmap包的闪光点是可以同时绘制多个热图，但是作为基本图形，对单个热图的绘制也是很重要的。
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