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我有两个基因组范围 g1<-GRanges(c("chr1:0-14","chr1:15-29"), score=c(20.2,10.4));g1
GRanges object with 2 ranges
浏览 36提问于2021-03-16得票数 0
我已经找到了其他关于在R iRanges中寻找重叠范围的帖子，但你能帮我解决这个额外的小问题吗?我有两个联系在一起的范围(一个可能的基因组重排，一个起始范围和一个结束范围)，我想过滤掉母亲基因组中相同的范围
我已经找到了如下的停止和开始范围(chr编号，间隔开始，间隔结束)，其中左侧的3列表示重排的开始，右侧的3列表示重排的结束(它们是名为SVDetect的程序的输出，该程序使用NGS数据来寻找与参考基因组<
浏览 3提问于2014-07-21得票数 2
我有两个基因数据集。一个是基因组的几行范围，每个范围都分配了一个测量值，另一个是基因组上的特定位置。我希望将第二个数据集与其基因组位置落在第一个数据集的任何范围内的行进行匹配。它们必须在范围内并且在同一染色体上。150 2 1067 2
浏览 16提问于2021-06-25得票数 0
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我想比较一小组基因组kmers (核苷酸串)和一个非常大的kmers列表来测试成员资格。由于该算法是针对大型真核生物基因组而设计的，因此大列表可以达到GB范围内的范围。较小的列表将仅在KB范围内，但可能会有数百万这样的列表！显然，我迫切需要一种有效的方法来搜索这张大名单。谢谢
浏览 7提问于2014-02-14得票数 2
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每一个指令都会比较两个物种的基因组。可以并行运行多个比较，但也有一个标志可以将比较拆分为N个块并并行运行。(当比较许多较小的细菌基因组和几个较大的真核生物基因组时，会出现这种情况)
编辑:这个问题可以简化为“如何从Shake中判断当前有多少Shake线程正在运行/排队？”
浏览 0提问于2017-06-19得票数 6
一些来源(链接如下)说，突变可以增加一个新节点或减少一个节点，或者增加两个现有节点之间的连接。但是，如果我们这样做，它不会改变整个种群中的基因数量。假设有两个生物，其中一个发生了变异，并在两个现有节点之间增加了一个连接，这个生物现在比另一个拥有更多的基因，对吧？这在我的脑海里已经有相当长的一段时间了。
浏览 5提问于2019-09-01得票数 1
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我有两个具有基因组坐标的DF (假设DF A和B)。我想让A和B相交。每个A条目都有多个B条目。我想要的是为A中的每一项输出B中与A重叠的特定列的最大值。
浏览 1提问于2016-03-11得票数 0
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我用对两种细菌进行了基因组比较。重要的是:数据帧"rango_vacio“和"cds_TIGR4”都使用与基本相同的引用，所以我可以比较两者。现在，我的问题的答案应该很容易完成，因为我只需要
浏览 0提问于2015-03-26得票数 2
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这是我的第一个问题，如果我做错了，很抱歉，很抱歉这么久…… 我有一个整个属的基因组表，我想在较小的水平上进行比较，例如在一个或多个物种中。我的表包含3列: p1、p2和percent。我的行是每个物种之间的比较。 和p2一样，p1也包含一个基因组列表。任何以最低数字开头的数字都放在p1中，数字最高的放在p2中。这个物种只有4个基因组，但有些有多达582个基因组可供比较。 到目前为止:它们是细菌基因组，所以基因的顺序不同，第三位数字对应于基因位置，所以我
浏览 24提问于2021-01-27得票数 0
我正在尝试写一个函数，它有两个字符串:一个是细菌的“基因组”，例如ATACGAGA或类似的东西。另一个字符串是DNA序列，例如必须在基因组中找到的ATA。该函数应该返回在将DNA序列与基因组进行比较时找到的最佳相似性分数。因此，由于ATA是3个字符，它会将ATA与基因组中的前三个字符进行比较，然后是第二个、第三个和第四个字符，然后是第三个、第四个和第五个字符，依此类推。例如，如果基因组字符串是ABCABC，而子字符串是ABC，它会准确地计算i=0处的s
浏览 17提问于2019-09-25得票数 0
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在一个文件夹中，我有我在GTF中的参考基因组在这个文件夹中，我有我的领结索引文件。在其他文件夹中，我有我的抄本的两个拆分的fasta文件。我放置了命令tophat，但似乎找不到bowtie索引文件。我用build命令创建了它们，并从.gff中的JGI下载了我的参考基因组，后来我将其转换为.gtf。
对我做错了什么有什么建议吗？
浏览 0提问于2014-12-13得票数 0
我很好奇为什么D开发人员会在这样的情况下提倡使用std.range.equal(isBidirectionalRange!Range) return range.retro.equal(range);为什么这里不使用相等运算符==呢？
浏览 2提问于2014-02-18得票数 5
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Public Function Compare(r1 As Range, r2 As Range) As Long For Each r In r1 If v <> 0 And v <> "" Then
ForEach rr In r
浏览 4提问于2016-02-08得票数 0
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我正在使用两个表:目标表有mid，gid和miRNA表有mid，miRNA_name。(mid是miRNA的ID，gid是基因的ID )。
我想列出最常见基因调控最多的10种miRNAs。
浏览 1提问于2015-02-18得票数 0
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我对R非常陌生，如果这个问题太过于补救，请提前道歉。我已经从一个在线数据库下载了两个表，并希望从两个列中确定共同的(和唯一的)条目。我想将表"HPMT“中的”基因组“列与表"TS_COG”中的“物种”列进行比较。
浏览 3提问于2014-10-06得票数 0
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我想比较两个数组。但是在数字的情况下，我想在指定的范围内进行比较。<?,"1,70");$result=array_intersect($array_1,$array_2);
print_r(&
浏览 0提问于2018-11-04得票数 0
我试图在python中实现一个整洁的(增强拓扑的NeuroEvolution)算法，但是在看了多个指南并阅读了原始论文之后，我只剩下一个问题。当一个新的节点/神经元被创建时，它是为它的节点基因提供一个全局数还是一个局部数？
浏览 1提问于2019-08-07得票数 0
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给定两个类似于GenomicRanges的GenomicRanges： makeGRangesFromDataFrame(mm <- findOverlaps(gr1,gr2)
.local(x，.)中的错误：“查询”必须是长度等于查询次数的范围
浏览 5提问于2016-01-14得票数 0
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我有一个数据集，其值代表列中的位置(这是SNPs/基因组学工作)。我也想计算连续观测的范围，但是一旦我发现了第一个问题，那就比较容易了。
浏览 4提问于2017-10-11得票数 1
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我使用GenomicRanges R包查找两组基因组范围之间的重叠。findOverlaps函数的输出提供了两个信息: 1.重叠形成列表A的范围的行号2.重叠于列表B的范围的行号。下面是一个可重复使用的示例，您可以直接在R中使用： chrA = c(7,3,22)
startA = c(127991052,37327681,50117297
浏览 48提问于2018-08-22得票数 1
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