相关性散点图在生物信息学数据分析里面比较高频，比如RNA-seq和ATAC-seq数据整合分析，详见：RNA-seq和ATAC-seq数据整合分析怎么少的了相关性散点图 再比如前面笔记两次单细胞差异分析后的结果进行相关性散点图绘制提到的两次差异分析结果的对比...后来发现了一个更好的解决方案，就是ggpubr包的stat_cor函数： # https://github.com/LKremer/ggpointdensity # ggpubr to add the...比如我们想看看g1这个数据其它的10个数据的相关性： library(reshape2) df=melt(m) head(df) df$g1=rep(g1,10) library(ggpubr) ggplot...一张统计图就是从数据到几何对象（点、线、条形等）的图形属性（颜色、形状、大小等）的一个映射。...✦ 统计转换（Statistical trassformations, stats）是对数据进行某种汇总，例如将数据分组创建直方图，或将一个二维的关系用线性模型进行解释。
在分享完即可统计又可可视化绘制的优秀可视化包后(具体内容可看统计绘图 | 既能统计分析又能可视化绘制的技能 。就有小伙伴私信问我“需要绘制出版级别的可视化图表有什么快速的方法？“。...鉴于我是一个比较宠粉的小编，几天就给大家推荐一个技巧，让你快速绘制出符合出版要求绘图技能。...具有边际直方图的散点图 「比较均值并添加p值」 compare_means(): 均值比较 stat_compare_means(): 将均值比较P值添加到ggplot stat_pvalue_manual...():手动将P值添加到ggplot stat_bracket()、geom_bracket(): 将带有标签的括号添加到GGPlot 其他更多优秀函数，小伙伴们可自行查阅官网进行探索。...」实现极少代码绘制出符合期刊要求的可视化图表，极大省去了绘制单独图表元素的时间，为统计分析及可视化探索提供非常便捷的方式，感兴趣的小伙伴可探索更多的绘图函数哦~~
在分享完即可统计又可可视化绘制的优秀可视化包后(具体内容可看统计绘图 | 既能统计分析又能可视化绘制的技能 。就有小伙伴私信问我“需要绘制出版级别的可视化图表有什么快速的方法？“。...鉴于我是一个比较宠粉的小编，几天就给大家推荐一个技巧，让你快速绘制出符合出版要求绘图技能。...具有边际直方图的散点图 「比较均值并添加p值」 compare_means(): 均值比较 stat_compare_means(): 将均值比较P值添加到ggplot stat_pvalue_manual...():手动将P值添加到ggplot stat_bracket()、geom_bracket(): 将带有标签的括号添加到GGPlot 其他更多优秀函数，小伙伴们可自行查阅官网进行探索。...table2 总结 今天推文我们介绍了「R-ggpubr」实现极少代码绘制出符合期刊要求的可视化图表，极大省去了绘制单独图表元素的时间，为统计分析及可视化探索提供非常便捷的方式，感兴趣的小伙伴可探索更多的绘图函数哦
在前面scRNA分析|使用AddModuleScore 和 AUcell进行基因集打分，可视化中，基因集评分使用小提琴图或者箱线图进行展示，那如何进行统计检验以及添加P值呢？...本文主要解决以下几个问题 （1）指定统计检验方式（2）指定比较组并添加P值（3）任意比较（4）分组比较 （5）使用星号代替P值 等 一 载入R包 数据 使用本文开始的基因集评分的结果 和 ggpubr...包进行统计检验以及可视化的展示。...library(tidyverse) library(ggpubr) load( "sce.anno.RData") df <- sce2@meta.data head(df) 二 ggpubr可视化...1，指定比较的组 ggpubr 中使用stat_compare_means函数进行统计学检验，需要是list形式。 假设感兴趣的是Epi，T 和 Myeloid 与 un之间 ，是否有统计学差异？
的R语言可视化绘图工具包，它提供了一系列简单易用的函数，用于创建高质量的出版级别的统计图形。...ggpubr提供了一系列简单易用的函数，使用户能够快速创建各种常见的统计图形，如线图、散点图、柱状图、箱线图、直方图、小提琴图、QQ图、核密度图、热力图和配对图等。...可以支持多组数据，自动添加置信区间和显著性标记。 ggscatter()：创建散点图，用于展示两个连续变量之间的关系。支持添加回归线、椭圆和置信区间。...ggbarplot()：创建柱状图，用于展示不同组别之间的比较。可以设置分组、堆叠和分面。 ggboxplot()：创建箱线图，用于展示不同组别之间的分布差异。支持分组、分面和添加自定义标记。...支持分组、分面和添加自定义标记。 ggqqplot()：创建QQ图，用于检验数据是否符合正态分布。支持添加参考线和自定义颜色。 ggdensity()：创建核密度图，用于展示单一变量的分布情况。
工具地址 Galaxy中国（UseGalaxy.cn）> Graph/Display Data > Ggpubr 小提琴图 功能描述 这个工具可以绘制出版级小提琴图，是在线版的 ggpubr::ggviolin...小提琴图是一种统计学中常用的图表，用于展示数据分布及离散程度。 图形中的细长箱体表示数据分布，中间的线表示中位数，有助于观察数据的集中趋势和散布情况。...测试数据 测试数据：数据共享 > 数据库 > Table data > ToothGrowth.tsv。...实战演示 数据表：ToothGrowth.tsv 位置美学： X 轴变量：dose Y 轴变量：len 重新运行上一步（右边 History 中，单击上一步输出的结果文件名称，点击”向右转圈的箭头”，下同...统计检验： 添加全局 P 值：YES 添加分组 P 值：YES 分组比较 P 值显示方式：p 值 全局 P 值 Y 坐标（与数据的单位一致）：42 重新运行上一步 颜色美学： 主题：theme_light
Class 6#本文引用自生信技能树【知识拓展】【1.当不确定自己输入的代码是否正确时，可以用attach（）括号内填入你想使用的数据，这样当你想用a数据里面的某列名字时，可以直接用Tab打出他的名字并且不会出错如图片...，不可能直接传递数据出图，只是往上面添加东西。...、带括号的是函数Eg.ggplot(data = iris)+ geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length, y = Petal.Length))【ggplot2...，是列名【color = Species图的颜色按species中的数字来分配，同种类的同个颜色】【映射—与数据有关是aes，根据数据的某一列的内容分配颜色【自动分配颜色，修改颜色】】图片比较：映射与手动设置...10统计变化：Diamond是内置数据，---用柱状图统计一列有多少取值，出现多少次可用table统计1）如果要画出柱状图：有两个函数可以使用View(diamonds)table(diamonds$cut
, y = Petal.Length)) + facet_wrap(~ Species) ###单分面，括号内要加～ 双分面 dat = iris...，stat_count()是统计变换的函数 ###没有纵坐标y ，因为不需要设置y，y是自动计算的结果，表示x的个数。...统计变换使用场景 场景1: 使用表中数据直接做图，而不统计。...增加组间比较P值 ggpubr可以给箱线图增加组间比较P值，ggplot2不能。...() ； 比较对象需要提前定义，my_comparisons 就是需要提前设置的比较对象。
功能描述 这个工具可以绘制出版级箱线图，是在线版的 ggpubr::boxplot 工具。 箱线图是一种数据可视化工具，用于展示数据集的分布情况和统计特征。...测试数据 数据共享 > 数据库 > Table data > ToothGrowth.tsv 实战演示 数据表：ToothGrowth.tsv 位置美学： X 轴变量：dose Y 轴变量：len 重新运行上一步...统计检验： 添加全局 P 值：YES 重新运行上一步。 统计检验： 添加分组 P 值：YES 重新运行上一步。 统计检验： 全局 P 值 Y 坐标（与数据的单位一致）：42 重新运行上一步。...统计检验： 分组比较 P 值显示方式：p 值 重新运行上一步。 统计检验： 全局 P 值 Y 坐标（与数据的单位一致）：10 高级设置： X 轴分组顺序：2, 1, 0.5 重新运行上一步。...高级设置： 添加元素：jitter 重新运行上一步。 颜色美学： 调色板：JCO 重新运行上一步。 位置美学： 分面：supp
常用可视化R包-（1）作图：base包、ggplot2、ggpubr（ggpubr对ggplot2进行了简化和美化，适用于新手入门，可操作空间较小）#示例体验#1.基础包 略显陈旧 了解一下plot(iris...-（2）低级绘图函数用于给图片添加点/线/标注；不能单独运行；plot(iris[,1],iris[,3],col = iris[,5]) #画图#给图片加标注text(6.5,4, labels =...#这两个函数都能画出来一个柱状图#只指定了x，纵坐标是统计得到的数量#6.1.不统计，数据直接做图fre = as.data.frame(table(diamonds$cut))freggplot(data...-（2）ggpur特色的方便功能——组间比较：比较前，comparisons参数的数据要求：把三组需要两两比较的数据两个两个组成一个向量，放到一个list里面；my_comparisons <- list...【一个patchwork的使用教程】patchwork特点：支持p1+p1直接拼图，比任何包都简单；复杂的布局代码易读性强；可以给子图添加标记，如ABCD，I II III IV；可以统一修改所有子图；
作图baseggplot2 ★ggpubr拼图par里的mfrowgrid.arrange cowplotcustomLayoutpatchwork ★导出经典三段论ggsave ★（属于ggplot2...（可以导出为ppt）ggplot2语法入门级绘图模板ggplot(data=)+ (mapping=aes()) #ggplot() 括号里面是数据...= fre) + geom_bar(mapping = aes(x = Var1, y = Freq), stat = "identity")不统计count，统计比例（prop）ggplot(data...color = "Species", shape = "Species", add = "jitter")#可以做组间比较...系列ggsave(p,filename = "iris_box_ggpubr.png")或者 ggsave（"文件名称.后缀"）#后缀是有意义的方法2：三段论pdf("test.pdf") #保存的格式及文件名
在一些常见的统计图表中经常需要在一些图表中添加P值，那么今天小编给大家汇总一下关于统计图表中P值的添加方法。...今天推文的主要内容如下： P值简单介绍 可视化绘制中P值绘制 P值简单介绍 P值是指在一个概率模型中，统计摘要（如两组样本均值差）与实际观测数据相同，或甚至更大这一事件发生的概率。...本次，小编就使用R-ggpubr和R-ggsignif包进行P值添加及定制化操作。...直接上干货~~ R-ggpubr 添加P值 在使用ggpubr包进行P值添加之前，我们需导入R-rstatix包进行必要的统计操作(T检验等)，这里我们直接通过例子进行解释说明。...设置P值的具体添加位置。
在一些常见的统计图表中经常需要在一些图表中添加P值，那么今天小编给大家汇总一下关于统计图表中P值的添加方法。...本次，小编就使用R-ggpubr和R-ggsignif包进行P值添加及定制化操作。...直接上干货~~ R-ggpubr 添加P值 在使用ggpubr包进行P值添加之前，我们需导入R-rstatix包进行必要的统计操作(T检验等)，这里我们直接通过例子进行解释说明。...Add P Value in ggpaired example 「柱形图P值添加」：统计计算如下： # 统计计算 stat.test % t_test(len ~ dose)%>% add_xy_position...设置P值的具体添加位置。
定义 单因素方差分析是两个样本平均数比较的引伸，它是用来检验多个平均数之间的差异，从而确定因素对试验结果有无显著性影响的一种统计方法。 因素：影响研究对象的某一指标、变量。...image-20190506133842005 但是，这个时候还没有进行统计分析，可以添加的统计学检验包括： ?...image-20190506134047019 可以看到，跟网页工具结果一模一样，而且出图更漂亮，下面我们就手把手带领大家完成这个分析，把这个ggpubr一步就完成的工作拆解开来。...Tukey (John Wilder Tukey) for multiple comparisons 主要应用于3组或以上的多重比较。...比如说一共有4组数据，两两比较产生6个统计值，Tukey test用于生成一个critical value来控制总体误差（Familywise error rate，FER）;与Tukey test相类似的是
多个图形进行组图展示，既可以展示一个“事情”的多个角度，也可以进行异同的比较，同时也是发表paper所必须的。...可以利用PS或者AI进行处理，但是图形的大小，位置，布局，字体等的调整也不是一个小工程。本文利用R包-ggpubr函数从0开始介绍组图的合并方式，也许。。。比AI或者PS更简单易学呢。...Sportabout Hornet Sportabout 3.440 18.7 8 Valiant Valiant 3.460 18.1 6 创建单图 创建用于图形组合的图...= 1, nrow = 2) #添加图形的注释信息（标题，副标题，坐标轴，字体，颜色等） annotate_figure(figure, top = text_grob...5）添加统计图表及文本信息 绘制变量“Sepal.Length” 的密度图以及描述性统计（mean，sd，...）的汇总表。
，ggplote画图的类型和细节比较多ggpubr#新手友好型 ggplot2简化和美化 褒贬不一 > library(ggpubr) > ggscatter(iris,s,...Sepal.Length, y = Petal.Length), #记得这里有个小括号...color = "blue") 映射按照数据框的某一列来定义图的某个属性这些要写在 aes小括号里映射vs手动设置...,))+ geom_violin(aes(fill = Species))+ geom_boxplot()+ geom_jitter(aes(shape = Species))ggpubr.Rggpubr...Sepal.Length", color = "Species", shape = "Species",add = "jitter") > p组间比较
「ggpubr」 包中的 stat_compare_means() 函数是非常常用于对 ggplot 图形添加统计比较结果的方法，近期有粉丝问到了如何对其展示的 P 值进行格式化，这里简要地做一个记录。...这里我们直接使用官方示例： library(ggpubr) #> Loading required package: ggplot2 data("ToothGrowth") head(ToothGrowth...P 值的，那么该如何修改它呢？...这里需要注意的是 ..p.format.....stat_compare_means 提供的说明修改 P 值的位置： p + stat_compare_means(aes(label = paste0("P = ", round(as.numeric
library(tidyverse) library(GGally) library(patchwork) library(ggpubr) # 载入 ggpubr 包，提供了添加统计注释的功能...", "#E6956F")) + # 手动设置颜色 ggpubr::stat_cor(aes(label = paste(..rr.label.., ..p.label.., sep = "~`,`...~"), group=1), color="black", label.x.npc = "left") + # 添加统计相关性标签 theme_classic() + # 使用经典主题...theme(legend.position = "none") # 隐藏图例 定义函数 ❝定义函数的目的在于批量出图可以简化代码 ❞ # 用于创建带有相关性标签的散点图 plot_scatter...), group = 1), color = "black", label.x.npc = "left", label.y.npc = "top", size=3) + # 添加统计相关性标签
，可能是bar；3）统计变换 （stat_）比如求均值，求方差等，当我们需要展示出某个变量的某种统计特征的时候，需要用到统计变换。...2.名称：ggpubr 简介：R包是 ggpubr，它是一款基于ggplot2的可视化包，功能异常强大，能够简单的一行命令就可以绘制出符合出版物要求的图形。...ggpubr包可绘制几乎60%的sci图形类型多，有直方图、柱状图、饼图、棒棒糖图、Cleveland 点图、箱线图、小提琴图、点图、散点图、误差棒图，并且方便拼图，加上统计分析的结果 p值标记。...6.名称：patchwork包 拼图的极致！命令可读性极强！通过+、|和/三个操作符即可轻松实现拼图，配合圆括号( )实现更加复杂的拼图！...有组间比较-ggbetweenstats、配对比较、ggwithinstats组内比较等功能。
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