热图生成R中出现cut.default错误 - 腾讯云开发者社区

欢迎关注R语言数据分析指南 ❝最近有朋友需要绘制环状热图叠加多层注释，本节来通过一个例子来简单介绍一下如何实现，主要通过「ggtreeExtra」来实现，聚类分析使用「ape」包来进行更加适用于生物信息相关的数据...❞ 加载R包 library(tidyverse) library(ggtree) library(treeio) library(ape) library(magrittr) library(ggnewscale

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R中轻松绘制聚类热图

❞ 加载R包 library(tidyverse) library(ggtree) library(treeio) library(ape) library(magrittr) library(ggtreeExtra

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如何在R中创建日历热图

首先，我们运行Paul Bleicher创建的calendarHeat函数以显示日历热图。其次，我们创建一些随机的时间序列数据。最后，我们在两个调色板中绘制时间序列。...Sessions") calendarHeat(df$dates, df$sessions, varname = "Sessions", ncolors = 99, color = "r2b...values, ncolors=99, color="r2g...CA0020") #red to blue r2g...red to green w2b <- c("#045A8D", "#2B8CBE", "#74A9CF", "#BDC9E1", "#F1EEF6") #white to blue g2r

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R中轻松绘制树状热图的若干方法

欢迎关注R语言数据分析指南 ❝本节来介绍如何在R中绘制树状热图，通过「sourmashconsumr」 & 「metacoder」两个R包的案例来进行介绍，更多详细的内容请参考作者官方文档。..., groups = metadata) 设置随机种子 set.seed(1) 绘制树状图热图...layout = "davidson-harel", initial_layout = "reingold-tilford") 进行组间比较，并绘制树状热图...calc_taxon_abund(obj, "tax_data", cols = hmp_samples$sample_id) 计算taxon出现次数...calc_n_samples(obj, "tax_abund", groups = hmp_samples$body_site, cols = hmp_samples$sample_id) 绘制树状图热图

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R中优雅的可视化WGCNA模块热图

欢迎关注R语言数据分析指南加载R包 library(tidyverse) library(ggthemes) library(magrittr) library(WGCNA) library(linkET...datExpr0,minFraction = 1/2) #基因的缺失数据比例阈值 datExpr <- datExpr0[gsg$goodSamples, gsg$goodGenes] WGCNA绘制模块热图...zlim = c(-1,1), main = paste("Module-trait relationships")) 绘制模块热图...Cd_CK=3,Cd_treatment=4, CK_elo=5,CK_mat=6)) %>% mutate(rd=cut(r,...2)) + scale_colour_manual(values = color_pal(3)) + guides(size = guide_legend(title = "Mantel's r"

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浅谈R中相关性网络热图绘制小细节

❝最近在绘制相关性网络热图的时候突然有一个小的发现，可以使用相关性热图的数据来结合「linkET」来绘图，以前一直认为为必须使用「mantel_test」才行；果然绘图还得多思考；本节就来通过一个案例将两份数据结合起来进行绘图...；加载R包 library(tidyverse) library(linkET) library(RColorBrewer) library(ggtext) library(magrittr) library...as.data.frame() 相关性分析 pp <- corr.test(table1,table2,method="pearson",adjust = "fdr") 整合数据 cor r...,"p","p_signif")) 转换数据格式 ❝在此处以前一直以为必须使用「linkET::mantel_test」函数生成特定格式才能用于后面绘图，直到某次看了数据才明白导入外部的相关性分析数据也能用于后期绘图...(-Inf, 0.01, 0.05, Inf), labels = c("= 0.05"))) 绘制相关性网络图

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画图手册 | ImageGP：今天你“plot”了吗？

R语言 - 基础概念和矩阵操作热图绘制 R语言 - 热图美化 R语言 - 线图绘制 R语言 - 线图一步法 R语言 - 箱线图（小提琴图、抖动图、区域散点图） R语言 - 火山图 R语言 - 富集分析泡泡图...）选择是否聚类，以及计算聚类的方法和距离矩阵计算方法热图； Annotation matrix（注释矩阵）导入注释矩阵信息，注意注释矩阵的第一列需要和数据矩阵的第一列一致热图；结果生成：成功操作上面两步...，并且没有出现任何提示信息，比如ERROR或错误等字符，就可以点击PLOT来得到自己的结果图 (图谱单击可放大)。...上图报错是因为热图绘制过程中，数据矩阵和注释矩阵信息未匹配。...和您同行 Code wall：设置代码墙是想同时展示图和核心代码，主要是想整理一些复杂的组合图，一步生成，方便用户更好理解学习绘图思路，增强结果可操作性。

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qiime2-2019.4更新学习笔记

--help 现在“超级贪婪”，如果它出现在命令中的任何地方，将显示帮助文本(不管存在多少错误)。...2.maturity-index 生成的热图现在可以限制显示的重要功能的数量。...更新了引用信息，以便在“开放源码软件杂志”中包含描述此插件的报告。 q2-feature-table 1.添加了一个特性，允许在创建热图时禁用样本轴和特性轴上的聚类！...docs 1.修复了其中一个概述教程图像中的拼写错误。 2.将一个使用q2-sample-classifier分类器的新热图流程示例添加到了q2-sample-classifier 教程。...这将生成QIIME2插件操作和类型的有向NetworkX图。图是二部图，类型在概念一侧，动作在另一侧。它们之间的边表示参数。

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NeurIPS 2023 | 神经网络图像压缩：泛化、鲁棒性和谱偏

为了了解压缩方法在未见过的部署场景中的 OOD 性能，提出了傅立叶误差热图——一种可视化工具，用于突出压缩方法的重建性能对频域中不同扰动的敏感性。...文章中出现的符号和公式由于论文涉及较多的符号和公式，在这里进行总结，方便读者进一步阅读。...图 1. OOD 图像数据集根据谱分析，将损失后的图像数据集分为高、中、低频三类。例如脉冲噪声，指的是它“包含大量高频内容”。在图 1 左傅里叶热图可以看到不同类型的损坏对原始图像频谱带来的影响。...图 4 顶行是泛化误差 \mathcal G 的傅里叶热图，低行是去噪误差 \mathcal R 的傅里叶热图。图 4....OOD 数据集的傅里叶热图通过对图 4 的分析可以得到以下结论：对于低频偏移和干净的图像，傅里叶热图是相似的。

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【R语言】热图绘制-heatmap+RColorBrewer配色方案

前面给大家介绍了如何使用R自带的heatmap函数+R自带的配色方案来绘制热图 ☞【R语言】热图绘制-heatmap函数+默认配色方案 ☞R语言中的颜色(一)-自带的调色板也给大家介绍了如何使用R自带的...heatmap函数+gplots的配色方案来绘制热图 ☞【R语言】热图绘制-heatmap+gplots配色方案 ☞R语言中的颜色(二)-gplots包也给大家介绍了如何使用R自带的heatmap函数...#通过colorRampPalette生成渐变色，PiYG中本身就有11中个颜色 #后面括号中的数字是要生成渐变色的个数，也为11，所以效果跟上图一样 barplot(1:11,col=colorRampPalette...】热图绘制-heatmap函数+默认配色方案 ☞【R语言】热图绘制-heatmap+gplots配色方案 ☞【R语言】热图绘制-heatmap+grDevice配色方案 ☞R语言中的颜色(一)-自带的调色板...☞ R语言绘制基因表达热图（简易版） ☞ 一个R函数搞定风险评估散点图，热图 ☞ R绘制甲基化和表达谱联合分析热图

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爬取微博热搜榜并进行数据分析

再讲数据保存到CSV文件中，进行数据清洗，数据可视化分析，绘制数据图表，并用最小二乘法进行拟合分析。...主题页面的结构特征分析 1.主题页面的结构与特征分析 :通过观察页面HTML源代码，可以发现每个热搜名称的标题都位于"td",class_='td-02’标签的子标签中，热度和排名则分布在"td",class..._='td-03’和"td",class_='td-01’标签中，他们的关系是 class>a>span。...按照标签的从属关系可从标签中遍历出我们所需要的内容。...df= pd.DataFrame(list,columns = ['排名','热搜内容','热度']) df.to_csv('resou.csv') 生成文件 2.对数据进行清洗和处理读取文件

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R语言学习 - 热图绘制 (heatmap)

热图绘制热图是做分析时常用的展示方式，简单、直观、清晰。可以用来显示基因在不同样品中表达的高低、表观修饰水平的高低等。任何一个数值矩阵都可以通过合适的方式用热图展示。...本篇使用R的ggplot2包实现从原始数据读入到热图输出的过程，并在教程结束后提供一份封装好的命令行绘图工具，只需要提供矩阵，即可一键绘图。...上一篇讲述了Rstudio的使用作为R写作和编译环境的入门，后面的命令都可以拷贝到Rstudio中运行，或写成一个R脚本，使用Rscript heatmap.r运行。...我们还提供了Bash的封装，在不修改R脚本的情况下，改变参数绘制出不同的图形。生成测试数据绘图首先需要数据。通过生成一堆的向量，转换为矩阵，得到想要的数据。...# 具体错误可查看 http://blog.genesino.com/collections/R_tips/ 中的记录 > data2 <- read.table(text=txt,sep=";", header

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地平线提出AFDet：首个Anchor free、NMS free的3D目标检测算法

在本文的实验中，使用PointPillars将整个点云编码成伪图像或鸟瞰图（BEV）中类似图像的特征图。然而，AFDet可以与任何点云编码器一起使用，它可以生成伪图像或类似图像的2D数据。...（1）生成伪图像首先在俯视图的平面上打网格（H x W）的维度；然后对于每个网格所对应的柱子中的每一个点都取（x,y,z,r,x_c,y_c,z_c,x_p,y_p）9个维度。...Object localization in BEV 对于热图head和偏移head，预测关键点热图和局部偏移回归图。关键点热图用于查找目标对象中心在BEV中的位置。...其次，它在完善热图目标对象中心的预测方面起着重要作用，尤其是当热图预测错误的中心时。...具体来说，一旦热图预测到一个错误的中心，该错误的中心距离ground truth中心几像素远，则偏移head就具有减轻甚至消除相对于ground truth目标对象中心几像素误差的能力。

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LDO产品的基础知识解析

选择 LDO 时要考虑的最重要特性之一是其热阻 (RθJA)。RθJA 呈现了 LDO 采用特定封装时的散热效率。RθJA 值越大，表示此封装的散热效率越低，而值越小，表示器件散热效率越高。...防止出现反向电流在大多数低压降稳压器 (LDO) 中，电流沿特定方向流动，电流方向错误会产生重大问题！反向电流是指从 VOUT 流向 VIN 而不是从 VIN 流向 VOUT 的电流。...应用于汽车中的 LDO（如 TI 的 TPS7B7702-Q1）使用此方法防止出现反向电流。电源抑制比低压降稳压器 (LDO) 最受欢迎的优势之一是，能够衰减开关模式电源生成的电压纹波。...4.3V 电压轨上因开关生成的纹波为 ±50mV。LDO 的 PSRR 将确定在 TPS717 的输出端剩余的纹波量。为确定衰减程度，首先必须了解出现纹波的频率。...相反，您必须参考图 2 中的 PSRR 图。在以下条件下，1MHz 时的 PSRR 指定为 45dB。

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【R语言】热图绘制-heatmap+grDevice配色方案

前面给大家介绍了如何使用R自带的heatmap函数+R自带的配色方案来绘制热图 ☞【R语言】热图绘制-heatmap函数 ☞R语言中的颜色(一)-自带的调色板也给大家介绍了如何使用R自带的heatmap...函数+gplots的配色方案来绘制热图 ☞R语言】热图绘制-heatmap+gplots配色方案 ☞R语言中的颜色(二)-gplots包今天我们接着来聊heatmap这个函数绘制热图，这次我们使用grDevice...","yellow", "red")) #生成25中颜色 heatmap(data, cexCol = 1,scale="row",col = b2p1(25)) 3.利用colorRamp生成颜色函数...】热图绘制-heatmap函数+默认配色方案 ☞【R语言】热图绘制-heatmap+gplots配色方案 ☞R语言中的颜色(一)-自带的调色板 ☞R语言中的颜色(二)-gplots包 ☞R语言中的颜色...(三)-grDevice包 ☞ 超详细的热图绘制教程(5000余字)，真正的保姆级教程 ☞ R语言绘制基因表达热图（简易版） ☞ 一个R函数搞定风险评估散点图，热图 ☞ R绘制甲基化和表达谱联合分析热图

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七种常见计数器总结（格雷码计数器、环形计数器、约翰逊计数器、FLSR、简易时分秒数字秒表等|verilog代码|Testbench|仿真结果）

在某些应用中，格雷码具有排除歧义和减少数据传输错误的功能。四位格雷码和自然二进制数关系如下图所示：图片自然二进制如何转换成格雷码？...在数据传输过程中，如果使用二进制码，由于两个相邻的数值可能会有多位不同，数据在传输过程中可能会因为电磁干扰等原因而发生错误。而使用格雷码则能够避免这种情况，因为任何相邻的两个数值之间只有一位不同。...什么是独热码？所谓的独热码是指对任意给定的状态，状态向量中只有1位为1，其余位都是为0。独热码经常用在状态机的状态编码中。n状态的状态机需要n个触发器。...当状态机的状态增加时，如果使用二进制编码，那么状态机速度会明显下降，且由于翻转的寄存器较多容易出编码错误。而采用独热码，虽然多用了触发器，但由于状态译码简单，节省和简化了组合逻辑电路。...格雷码计数器：格雷码因翻转的次数少，因此具有减少数据传输错误的作用。格雷码广泛应用在FIFO、跨时钟域的通信(CDC）、RAM地址寻址计数器、数据纠错等电路设计中。

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8种方法可视化你的单细胞基因集打分

偶尔逛朋友圈发现一年前跟着我们生信技能树学生信的研究生开发了自己的单细胞数据分析相关R包，4（热图，气泡图，upset图，堆叠条形图）+4（密度散点图，半小提琴，山峦图，密度热图）美图吸引了我的注意力...其中，热图、upset图、密度热图主要由ComplexHeatmap包生成；气泡图和柱状图主要由ggplot2包、ggtree包、aplot包生成；密度散点图主要由Seurat包和Nebulosa包生成...全局展示 ①.热图热图展示了综合评价中具体基因集在每个细胞亚群是否具有统计学意义差异；其中，浅蓝色的格子无统计学差异，红色的格子具有统计学差异。...密度热图展示了具体差异基因在不同细胞亚群中的表达和分布水平。...，找出在大部分方法中都具有差异的基因； 3.寻找合适的可视化方法（例如热图、散点图、气泡图等）可视化展示综合评估的结果；再举个例子，你可以做一个计算TCGA中不同分子亚型免疫浸润差异的R包： 1.收集多种免疫浸润的计算方法

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Objects as Points：预测目标中心，无需NMS等后处理操作 | CVPR 2019

[1240] CenterNet将输入的图片转换成热图，热图中的高峰点对应目标的中心，将高峰点的特征向量用于预测目标的高和宽，如图2所示。...Preliminary *** 定义输入图片$I\in R^{W\times H\times 3}$，预测关键点热图$\hat{Y}\in 0, 1 ^{\frac{W}{R}\times \frac...{H}{R}\times C}$，其中$R$为热图的缩放比例，设定为4，$C$为关键点的类型。...，即根据像素位置到关键点的距离赋予不同的权值，得到GT热图$Y\in 0,1 ^{(\frac{W}{R}\times \frac{H}{R}\times C)}$，$\sigma_p$为目标尺寸自适应的标准差...Hourglass [1240] Hourglass结构如图a所示，框中的数字为特征图的缩放比例，包含两个hourglass模块，每个模块有5个下采样层以及5个上采样层，上采样和下采样对应的层有短路连接

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生信学习入门常见错误可能的原因分类总结和求助指南

同时也截取下对应目录的文件列表，方便他人一起看下是不是文件名中字符没分辨清楚，如1与l或空格等特殊字符的存在。如下面这个-在 R 中做了转换，致使匹配不上。...：之前运行过命令，对应的图已经生成并且正处于打开状态，程序不能覆盖，一般只发生在Windows平台下。...单句一个个点运行时就容易出现下面的问题，多点了导致参数赋值出错。更多的时候，会出现这样的错误，中间少点了某一句，致使程序一直未能如期运行。...cp: illegal option — 1 R的错误 Error: unexpected numeric constant in: "if (0 !...---- Error: cannot allocate vector of size 15.2 Gb Execution halted 热图矩阵太大。

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R包reshape2 |轻松实现长、宽数据表格转换

下面来一个错误示范，这次我们不再将day作为变量： dcast(aql, month ~ variable) ## month ozone solar.r wind temp ## 1 5...Graphpad，经典绘图工具初学初探维恩(Venn)图绘制工具大全（在线+R包）在R中赞扬下努力工作的你，奖励一份CheatShet 别人的电子书，你的电子书，都在bookdown R语言 -...入门环境Rstudio R语言 - 热图绘制 (heatmap) R语言 - 基础概念和矩阵操作 R语言 - 热图简化 R语言 - 热图美化 R语言 - 线图绘制 R语言 - 线图一步法 R语言 -...R中的实现一文看懂PCA主成分分析富集分析DotPlot，可以服基因共表达聚类分析和可视化 R中1010个热图绘制方法还在用PCA降维？...快学学大牛最爱的t-SNE算法吧, 附Python/R代码一个函数抓取代谢组学权威数据库HMDB的所有表格数据文章用图的修改和排版 network3D: 交互式桑基图 network3D 交互式网络生成

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