对42种趋化因子的无监督分层聚类结果显示与CXCR2这个受体相关的趋化因子CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL5和CXCL8在CESC中存在相似的表达模式（图3a），而这些趋化因子在高LS组中相对于低...除趋化因子以外，作者还研究了中性粒细胞与单核细胞的集落刺激因子CSF1(M-CSF)、CSF2(GM-CSF)和CSF3(G-CSF)，发现高LS组肿瘤的CSF2和CSF3相对于低LS组显著高表达（图3c...）从以上结果我们可以得出结论——高LS组肿瘤展现了对中性粒细胞与MDSC的趋化潜能，以及相对于低LS组出现某些细胞集落刺激因子的高表达。...图5d.泛癌队列的生存分析结果 我们可以简要梳理一下作者的研究思路：先从文献中获知TRL阳性可能对应更差的预后，为验证这一点，作者先找了4名TRL阳性和4名TRL阴性CESC患者进行RNA测序并收集基线和随访资料...但是文章也存在一些不足之处，例如文章中的免疫治疗疗效相关研究部分，同时存在“显著”，“临界”（P=0.0581）以及“不显著”的结果，提示这部分的研究尚有继续深入的空间。
在本项研究中，研究人员首次提出了模块化的深度学习框架Monoqlo来自动识别细胞集落，并从细胞成像中识别克隆性。 ? 研究背景 单克隆化是指从培养群体中分离和扩增单个细胞，是细胞培养中的一个重要步骤。...用于事后评估克隆性的自动化、标准化方法的缺乏，也将使得单克隆化的方法无法在不加剧细胞系技术变异性的情况下可靠地扩大规模，从而给研究带来严重的障碍。...全局检测模块目的是在全孔图像中检测集落是否存在；局部检测模块是在不同放大倍数下对不同孔区域图像进行裁剪并进行集落检测任务；单细胞检测模块是在完全放大、裁剪的图像中对单细胞进行计数；形态分类模块是对集落区域周围裁剪的图像进行形态分类任务...如果工作流能够继续精确地检测一个集落，直到到达day 0的扫描，结果图像将被放大，并在（祖先）细胞周围精确地裁剪。然后可以将该图像传递给单细胞检测模型，提供起始细胞数的计数。...Monoqlo作为一个统一的模块化的工作流程，研究人员先在人工管理的类平衡测试数据集上测试其特定类别克隆性识别性能，然后在一个原始的、未过滤的数据集上评估其克隆性识别性能，其结果如图4b所示。 ?
培养10天后，作者没有观察到集落强度的差异，因为野生型和Mof +/- HSCs均可产生多能（全部三个种群），双能（两个种群）和寡聚（仅一个种群）集落，每个集落大小和总细胞数相似（图1，D和E）。...检测到典型的dHSC表达模式，例如Myc和Tal1网络的调节减少，Erg和Hoxa9网络激活，以及与各自的分子重叠强相关性MoLO基因和高视黄酸模式。...作为补充数据集，作者在造血前体细胞7（HPC7）中生成了MOF和H4K16ac ChIP-seq图谱。...这些数据与HSC数据高度吻合，并进一步证实了MOF和H4K16ac在特定于细胞类型的靶位点上的特定重叠，而其他KATs不存在（图4C）。 ?...集落形成试验表明，在两种情况下，红系轨迹均被完全恢复（图6，G到M和图S9，从F到H）。
因此，scRNA-seq与空间转录组学的整合可以产生组织中细胞亚群的高分辨率图谱。...去卷积旨在根据单细胞数据，从每个捕获点的mRNA转录物的混合物中分离出离散的细胞亚群；映射有两方面：将指定的基于scRNA的细胞亚型定位到HPRI图谱上的每个细胞和将每个scRNA-seq细胞定位到组织的特定生态位或区域...去卷积有两种主要方法：推断一个特定spot的细胞亚型比例和对一个特定的空间转录组spot进行评分，以确定它与单个细胞亚型的对应程度。 基于推理的去卷积技术涉及估计每个细胞类型在特定捕获点的比例。...除了改进去卷积和绘制图谱的算法外，一个需要关注的焦点是开发更多的深度学习模型，以帮助区分特定空间转录组的哪些特征是最有生物学意义的。 定义三维空间转录组和实时细胞追踪为未来的研究提供了新的领域。...一旦这些患者组织数据被整合，深度学习模型可以帮助识别与生存结果或治疗反应最相关的空间表达模式，潜在地突出有利的靶标，以便在治疗期间重现或补充干预节点。
因此，scRNA-seq与空间转录组学的整合可以产生组织中细胞亚群的高分辨率图谱。...去卷积旨在根据单细胞数据，从每个捕获点的mRNA转录物的混合物中分离出离散的细胞亚群；映射有两方面：将指定的基于scRNA的细胞亚型定位到HPRI图谱上的每个细胞和将每个scRNA-seq细胞定位到组织的特定生态位或区域...去卷积：从单个捕获点中分离出离散的细胞亚型。去卷积有两种主要方法：推断一个特定spot的细胞亚型比例和对一个特定的空间转录组spot进行评分，以确定它与单个细胞亚型的对应程度。...除了改进去卷积和绘制图谱的算法外，一个需要关注的焦点是开发更多的深度学习模型，以帮助区分特定空间转录组的哪些特征是最有生物学意义的。 定义三维空间转录组和实时细胞追踪为未来的研究提供了新的领域。...一旦这些患者组织数据被整合，深度学习模型可以帮助识别与生存结果或治疗反应最相关的空间表达模式，潜在地突出有利的靶标，以便在治疗期间重现或补充干预节点。
这一模式与之前功能性研究一致，表明功能性HSC的两种不同细胞状态。 接下来研究tMPPs，它是移植后HSCs快速分化而来的主要成分。tMPP1-5不同亚群的变化过程(图5d)。...tMPP2和tMPP3的频率增加伴随着S/G2/M细胞周期信号的百分比升高。 GSEA利用特定基因进一步研究tMPPs的分化谱，并与相应的对照在稳态条件下进行比较(图5e)。...与新鲜HSC相比，供体细胞的集落形成率降低(第1、3、5和7天，供体细胞的集落形成率分别为12.93±5.85%、23.95±6.66%、10.05±3.95%和21.2±4%，而新鲜HSC的集落形成率为...与外周血(PB)血清中稳态对照相比，红细胞生成素(EPO)和粒细胞集落刺激因子(G-CSF)这两种主要的生长因子分别参与红细胞分化和髓系分化，在移植后红细胞生成素(EPO)和粒细胞集落刺激因子(G-CSF...综上，本研究基于免疫表型、转录组特征和功能三个方面更加全面地定义了造血系统21个细胞群体，建立了稳态下造血细胞转录组图谱，首次揭示了HSC移植后早期动态变化过程。
因此作者使用二代单细胞方法，放大根转录组排序与特定的标记，选用了一种更加精细的分辨率图谱去解析韧皮部细胞。...图片尽管PPP和相关的维管系统被认为是非维管组织，但它们在基因表达上有很高的相似性，并且在大小和超微结构上不同于木质部中的中柱细胞(XPP)群体，在早期阶段的出现特定基因表达，反映了拟南芥维管组织中的二原型模式...在共聚焦成像中，被逮捕的幼苗的根部分生组织看起来更短且发育不良（扩展数据图9d）图片PAPL基因在这个阶段在蔗糖和非蔗糖条件下都有表达，显示出与在更成熟的幼苗中观察到的类似模式（扩展数据图10a）。...使用基于液滴的技术也使我们能够收集更多的细胞，并且比平板相关方法的分辨率更高。韧皮部极细胞图谱允许对韧皮部有一个整体的了解。虽然PPP和CC有特定的基因，但这些细胞类型共享其发展轨迹的第一个阶段。...PSE的分化包括去核和依赖邻近细胞生存。以APL表达为标准，我们绘制了图谱中的去核点。
目前对于很多高分文章其实好多都是组学+实验的方式来做的。只不过各自比重不一样。好一些的可能只是那组学数据当作一个引子，中等的可能就是大部分是数据分析后面的实验只是来简单的拔高一下文章的分数。...进一步的，作者对这三个数据集的基因进行了聚类可视化。关于这个部分的目的，作者也没有进行详细的说明。估计也就是想来展示一下三个数据集当中的差异基因的表达情况吧。...为了鉴定7个蛋白质在胰腺腺癌中的潜在生物学作用。进行了软琼脂集落形成实验和transwell实验，以研究这7个蛋白对胰腺腺癌细胞的增殖和侵袭的影响。在人胰腺癌细胞系中敲减七个基因。...集落形成实验显示，与对照组相比，7个蛋白敲低组均显示细胞克隆数减少，同时侵袭能力减弱。 ? 写到最后 基本上文章的主要内容就是这些。总的来说，其实前面的分析以及后面的实验都是很基础的实验。...相对来说要做的话还是很简单的。所以大家还是可以借鉴一下的。当然相同的东西能不能发相同的分数就另说了。
在这里，作者给出的一个关键见解是，分布必须只在对应的约束条件下进行匹配。这些对应关系本质上是反映在每一种模式中的基础系统的不变性。在以前的工作中，作者为每个数据集使用定制的对应关系损失。...（MDA-MB-231），其转录组的测量结果是由空间RNA-seq模式和缺乏空间信息的scRNA-seq模式共同完成的。...在图5A中，可以看到在使用scMMGAN之前，这两个数据的分布是完全不重叠的。由于原始数据在联合空间中是完全可分离的，任何下游分析都只能发现两种模式之间的差异，而不能发现其中细胞之间的差异。...在图5C中，可以看到相反的映射方向，即采取scRNA-seq数据并用它生成空间RNA-seq。通过将scRNA-seq点映射到这些生成的坐标，可以看到特定细胞类型的空间组织。...例如，在图5D中，作者为SLC2A1和CDK11A含量高的细胞绘制了生成的空间坐标，并看到这两类细胞之间的空间分化。
然而，这些方法丢失了有关肿瘤免疫微环境的空间信息，例如细胞位置和细胞间相互作用组。 早在空间组学发展之前，人们就知道肿瘤内的某些组织学模式与患者预后高度相关。...例如，结直肠癌患者的瘤周T细胞和B细胞浸润与阳性预后相关，而肿瘤核心中淋巴细胞的耗竭是预后不良的指标。此外，T细胞的间质浸润与特定类型乳腺癌的良好预后有关。...空间转录组学数据还表明，M1免疫巨噬细胞与癌细胞亚群相关，该亚群富含应激反应基因并与免疫成纤维细胞相关。 在乳腺癌中，已使用空间转录组学方法和scRNA-seq绘制了癌相关成纤维细胞（CAF）的图谱。...肿瘤内细胞拓扑结构与患者预后相关 为了理解组织中的拓扑细胞相互作用模式，对高维多组学数据进行了计算分析，以确定特定类型细胞位置之间的相关性。某些细胞协调模式与各种癌症患者的生存或预后有关。...TIME的空间拓扑也与总体生存相关，肿瘤免疫结构的分区通常与更好的生存呈正相关。Colombo等人的研究表明，与分散亚型相比，更结构化的生发中心B细胞亚型与更好的总体生存率相关。
，血管周围和成骨细胞群的单细胞转录组图谱。...鉴于LEPR+群体的多谱系分化潜能和间充质干细胞活性(通过成纤维细胞集落形成单位的形成来检测)，这个隔间的异质性一直是一个开放的问题18。...脂肪细胞偏置的P1和P2 (VCAM1highCD63low)群体在成纤维细胞集落形成单位中显著富集，并占了总LEPR+细胞中成纤维细胞集落形成单位的大部分活性(扩展数据图4f)。...然而，贯穿骨髓的特定Notch配体的身份和作用仍不清楚，JAG1是一个明显的例外，最近发现JAG1支持星状细胞自我更新。...+),但没有证据表明特定的胸腺细胞分化发育区块(扩展数据图9 eg)。
在这里，我们提出了一种揭示胚胎心脏在三个发育阶段的细胞图谱的分子方法，并将特定细胞类型的基因表达映射到特定的解剖结构域。...这些数据定义了在单细胞分辨率下常见哺乳动物细胞类型的调控基因组的体内图谱。...转录结果通过多光谱免疫荧光分析和基于空间邻近性的推定细胞-细胞通讯来进行背景分析。这些分析定义了与CD4 + T卵泡辅助细胞相关的基因表达特征，该基因表达特征与HNSCC患者的无进展生存期较长有关。...我们详细阐述了细胞类型特异性的基因表达模式，揭示了特定细胞亚群的转录组变化与 AD 的关系。...我们的分析揭示了肿瘤微环境的多细胞特征和与不同临床结果相关的乳腺癌新亚群。因此，空间分辨的单细胞分析可以以疾病相关的方式描述肿瘤内表型的异质性，并有可能为患者提供特定的诊断信息。
重要性评分还提供了一种严格的方法，可以仅将统计相关的基因保留在最终列表中。这些特性使该方法在许多环境下都具有强大的吸引力。...结果 5种遗传标志物的表达水平与生存预后相关，遗传标志物高表达患者的总生存时间短于低表达者（P <0.001）。...GSE3268数据集是鳞状细胞肺癌患者的细胞系数据。每对样本代表一名患有鳞状肺癌的患者。一种来自癌细胞，另一种来自正常细胞。有五个病人，每个病人有两个阵列。...人类蛋白质图谱 人类蛋白质图谱（https://www.proteinatlas.org/）在特定的人体组织中提供了大量的转录组学和蛋白质组学数据，由组织图谱，细胞图谱和病理学图谱组成。...另外，正常人组织和肿瘤组织中基于免疫组织化学（IHC）的蛋白质表达模式被用于通过使用来自人类蛋白质图谱的数据来生成表达图。
“时空组学技术的出现，实现了生命在时间和空间维度上细胞‘地图’的全面绘制，让我们可以在细胞甚至亚细胞分辨率下，观察到正常状态和疾病状态下分子和细胞的分布及细胞之间的互作情况，真正实现了从高精度结构的角度去理解功能...，构建了斑马鱼和果蝇胚胎发育的时空图谱，为胚胎发育过程中的模式形成及相关分子机理研究提供重要的数据参考，也为进化过程中胚胎演化的研究提供了可能。...该数据库分析了91个胚胎切片，涵盖了发育的前24小时内的6个关键时间点，获得了10x10x15µm3（接近细胞大小）分辨率的152,977个点的空间坐标。 同时确定了特定组织组织的空间模块和共变基因。...时空图谱 Flysta3D旨在管理由Stereo-seq生成的果蝇胚胎和幼虫所有阶段的三维空间转录组数据，通过可视化和分析感兴趣的基因空间表达模式、聚类和注释3D重建组织特异性的空间转录组，模拟组织发育过程中的发展轨迹...同时此研究证明了从主脉到叶缘存在细胞类型特异性空间基因表达梯度。重建这些梯度，首次根据特定细胞类型的空间分布显示其发育轨迹。
SCALEX在没有过度修正的条件下整合了部分重叠的数据集 许多最近的单细胞数据集，特别是Atlas级数据集，具有高度的样本异质性和复杂的细胞类型组成。...为了系统地描述不同方法在部分重叠的数据集上的性能，作者构建了具有一系列常见细胞类型的测试数据集，这些数据集是根据胰腺数据集中六种主要细胞类型的下采样产生的。...常见的细胞类型在细胞空间的同一位置排列整齐，包括所有组织中的B、T和内皮细胞，以及特定组织中的近端肾小管、尿路细胞和肝细胞。...这种整合还支持对特定的细胞亚群进行更精确的表征。例如，巨核细胞群在SCALEX COVID-19 PBMC图谱或SC4图谱中都没有区分，在SC4投影后，在联合图谱中被分为两个亚群（图5h）。...图3 将异质数据投射到一个共同的细胞嵌入空间中。 图4 构建一个可扩展的小鼠单细胞图谱。 图5 在线整合COVID-19 PBMC图谱。
导语 GUIDE ╲ HPA是一个集 组织图谱、细胞图谱、病理图谱、大脑图谱、血液图谱、代谢图谱 为一体的数据资源，小编不允许你错过这个资源宝库！...这里以肝脏为例，点击liver后，可弹出如下界面： 02 点击CELL， 进入到细胞图谱 点击‘细胞’后，进入到如下界面： 在这里，我们可以看到感兴趣基因在细胞的定位，HPA数据库提供了RNA表达，...RNA表达：主要是不同细胞间该基因的表达差异，有助于选择敲低和过表达细胞系。 免疫荧光细胞：主要是不同细胞系的免疫荧光染色，它可以告诉我们基因表达的空间位置以及表达强度。...03 点击PATHOLOGY，进入到病理图谱 点击右上角的“病理”后进入该页面： 不仅有基因的描述，还有生存曲线，旁边对应的是患病不同时期的生存时间。...05 点击BLOOD，进入到血液图谱 免疫细胞是通过血液在身体的各个部位传输，了解血液中的免疫细胞有助于对肿瘤免疫治疗的理解，另外，也有助于我们对血液系统疾病的研究。
DNA碱基，为H2O2诱导的氧化鸟嘌呤和高锰酸盐诱导的氧化胸腺嘧啶定义了序列特异性模式。...论文链接：https://www.nature.com/articles/s41467-022-30391-8 3、 Nat Comput Sci | 利用图神经网络对空间转录组数据进行细胞聚类 该文章提出了一种基于图卷积神经网络的算法对空间转录组中的细胞进行聚类分析的方法...相对于大部分算法基于“同种细胞在空间上相互临近”的假设，CCST方法并不依赖于局部特征，而是可以从细胞的全局空间分布中学习节点嵌入。...在脑前额叶皮质和人乳腺癌细胞ST数据集上的实验表明，CCST在ARI、NMI和FMI等多个聚类评价指标上均体现出优势，为分析空间转录组数据提供了新角度和新算法。...在某些情况下，要求测试遭受特定基因突变并在其他给定基因中具有高表达（过表达）的受试者的总体生存期。为了可视化组间生存曲线的Kaplan-Meier估计值的差异，首先执行连续变量的离散化。
这篇文献的研究思路可以说是单细胞研究中非常严谨，是值得学习的研究模式，下面就让我们先整体了解一下全文的脉络吧！...值得注意的是，肿瘤上皮细胞巢中CD8 + T细胞的浸润相对高于其他免疫细胞类型，表明肿瘤内不同免疫细胞亚型的空间异质性。[Fig3] Fig3....鼻咽癌免疫微环境的单细胞表达图谱及细胞类型注释 2.恶性细胞瘤内转录异质性特征识别 恶性细胞的聚类分群显示出肿瘤间异质性。...转录因子分析结果显示：巨噬细胞和单核细胞在许多TF上具有相似的表达模式，这表明巨噬细胞可能源自募集到NPC TME的单核细胞。...生存分析结果显示，生存率与巨噬细胞，pDC，DC1，NK细胞和浆细胞的特征之间存在显著的正相关。提示这些特征可作为鼻咽癌的潜在预后标志物! [图9] Fig9.
空间分辨转录组学技术ST为理解胚胎发育过程和定义特定发育器官、早期定位和迁移的关键基因提供了新的见解。与scRNA-seq相比，ST能更好地观察发育的细胞谱系中的细胞位置和异质性。...例如使用Slide-seq技术，以单细胞分辨率捕获并生成小鼠和人类受试者的空间基因表达模式。STARmap分析了3D大脑空间的复杂性，在小鼠初级视觉皮层的30000多个细胞中使用了23个细胞类型标记。...每种类型的细胞都有特定的基因标记，其中一些在基因表达（图6c）、肠细胞类型特定基因和相互作用网络（图6d）方面存在位置和时间点差异。...靠近肿瘤区域的淋巴区的基因表达模式与肿瘤微环境相似。转录组图谱的空间定位有助于我们了解肿瘤进展、转移的分子机制，并确定治疗靶点。...精确选择方法是优化呈现疾病特定分子相互作用图谱的关键步骤之一。
导语 GUIDE ╲ 最近的研究主要集中在m6A修饰与特异性肿瘤浸润性免疫细胞之间的相关性上。然而，m6A修饰在肿瘤免疫图谱中的潜在作用仍难以捉摸。...今天，小编给大家带来了一项透明细胞肾癌中m6A修饰模式和肿瘤免疫图谱的研究，这篇文章于2021年发表在《Journal of immuoTherapy of Cancer》期刊上，影响因子13.751，...图2 03 不同m6A修饰模式下的免疫特征 作者研究了不同m6A修饰模式下的免疫特征。如图3A-C所示，m6Acuster-C1增殖率高、ITH高，非整倍体和整体ITH水平较低。...图3 04 免疫图谱与m6A调控因子的表达显著相关 作者采用斯皮尔曼相关分析，探讨各m6A调节因子与免疫细胞浸润之间的特异性相关性。...与预期的一样，高Th2细胞浸润也与PD-1阻断后的低生存率相关(图4E)。 图4 05 m6A基因signature的构建 作者定义了m6Ascore来准确评估个体ccRCC患者的m6A修饰模式。
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