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生物分子序列的人工智能设计

伴随着人工智能技术的快速发展,智能算法在复杂生物特征的挖掘与生物分子的设计中表现出巨大潜力。...近年来,人工智能技术的迅猛发展为生物序列的智能设计提供了新的机遇。...基于人工智能的设计模型,已逐渐被应用于药物研发、对未知化学反应的探索等方向,成功实现了小分子药物、基因调控序列新型人工蛋白质以及基于CRISPR编辑技术的guide RNA设计等的合成设计。...1 人工智能算法设计生物序列 从模式识别角度分析生物序列设计中的共性的问题:前人的研究发现,特定功能的生物分子序列会形成高维序列空间中的低维流形。...在人工智能领域中,深度生成式模型由于具有强大的模拟数据分布的能力,可通过从低维数据表示中采样和寻优设计全新的人工样本,因此近年来在生物序列的智能设计中有着广泛的应用。

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人工智能时代的生物医学文献搜索

生物医学研究产生了大量信息,其中许多信息只能通过文献获取。因此,文献搜索对于医疗保健和生物医学至关重要。...最近在人工智能(AI)方面的进步已经扩展了该功能,不再局限于关键词搜索,但这些进步可能对临床医生和研究人员来说不太熟悉。 在生物医学领域,文献是传播新发现和知识的主要手段。...大量通过生物医学研究积累的信息只能通过文献访问。因此,文献搜索——检索科学文章以满足特定信息需求的过程——对所有生物医学研究和病人护理的方面都很重要。...然而,生物医学文献的指数级增长使得识别相关信息变得具有挑战性。PubMed,最广泛使用的生物医学文献搜索引擎,目前包含超过3600万篇文章,每年新增超过100万篇。...DigSee接受基因、疾病和生物过程的三元组作为输入,并在PubMed摘要中找到将基因通过给定生物过程与疾病链接起来的句子。OncoSearch专注于检索基因表达变化和癌症进展状态的文献证据。

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艾伯维和Cerebras合作加速人工智能生物医药研究

2022年5月5日,AI计算领域的先驱Cerebras Systems和艾伯维 (AbbVie) 宣布,艾伯维的人工智能工作取得了里程碑式的成就。...在生物医学自然语言处理 (NLP) 模型上使用Cerebras CS-2,艾伯维实现了超过图形处理单元 (GPU) 128倍的性能,而能耗只有1/3。...艾伯维人工智能负责人Brian Martin称,艾伯维在编程和训练BERT LARGE模型时遇到的一个常见挑战是在足够长的时间内提供足够的GPU集群资源。...该服务使用大型、最先进的Transformer模型 (如BERT、BERT LARGE和BioBERT) 准确翻译并制作可搜索的180种语言的庞大生物医学文献库。...确保Abbelfish既准确又始终保持最新,需要使用特定领域的生物医学数据从头开始训练和重新训练NLP模型。然而,Abbelfish模型非常庞大,有60亿个参数。

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谷歌将把生物多样性研究人工智能引入Tensorflow Hub

机器学习算法在生物多样性研究中有很多,但大都没有正确的归因或监督。...为了提高学术水平,谷歌表示,它将发布与全球生物多样性信息基金(GBIF)、自然主义者和Visipedia合作开发的机构人工智能工作流程。...“机器学习用于物种识别的前景即将实现,这揭示了它在生物多样性研究中的变革潜力。”...这些竞赛产生的令人鼓舞的结果,会激励我们将生物多样性数据集和ML模型的可用性,从车间规模扩大到全球范围。”...更广泛地说,人们越来越意识到道德、公平和透明度在ML社区中的重要性……我们期待着与全球各地的机构合作,以实现机器学习在生物多样性方面的创新应用。”

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【干货】追本溯源:5种受生物启发的人工智能方法

【导读】1月15日,机器学习研究人员Luke James(简介见文末)发布一篇博文,介绍了5种受到生物启发的人工智能方法,包括人工神经网络(人脑神经元)、遗传算法(DNA染色体)、集群算法(蚁群优化和粒子群优化...)、强化学习(条件反射)、人工免疫系统(生物免疫),括号中表示受到的生物启发,这些算法分别属于搜索或预测模型。...这些明星生物就是那些受大自然启发的人工智能算法。 但首先,我需要向您介绍两个算法的概念。...前馈神经网络——最基本的神经网络 算法类型:预测模型 生物启发:认知脑功能(神经元) 用例:情感分析,图像识别/检测,语言纠错,机器人 我们从最常见的人工智能(AI)算法开始。...AIS是生物启发计算和自然计算的子领域,与机器学习和人工智能相关。

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Nature社论|结构生物学中的人工智能将会继续

在这个研究报告中,人工智能(AI)被用来预测超过2万种人类蛋白质的结构,以及由20种模式生物(如大肠杆菌、果蝇和酵母,以及大豆和亚洲水稻)产生的几乎所有已知蛋白质的结构。大约是36.5万个预测结构。...AlphaFold机器学习工具可以预测98%的人类蛋白质全蛋白链的三维结构 7月22日,谷歌母公司Alphabet旗下的位于伦敦的人工智能公司DeepMind的研究人员,以及位于英国剑桥附近的欧洲分子生物学实验室...另一种试图通过与密切相关的蛋白质进行比较,利用生物体的进化史来预测其形状。然后成像技术非常重要,从X射线晶体学开始,到现在的低温电子显微镜。 在结构生物学的基础科学中,关键问题仍有待解决。...大家的共识是,现在预测人工智能在生命科学领域的应用到底会产生什么影响还为时过早,除非任何影响都将是变革性的。 准确预测人工智能将如何改变生物学需要良好的训练数据,而我们现在还没有这种数据。...但是人工智能,结构生物学研究界以及它在其他领域的合作者拥有大量的新鲜数据。除了研究和数据之外,人工智能还为研究组织和管理模式(大学应该研究的)提供了一个窗口。

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人工智能生物学和神经科学中的应用

接下来,我们首先讨论人工智能工具在分析和解释生命科学数据方面的影响,特别关注神经科学。然后,我们关注人工智能的第二个应用,特定是神经科学,即神经网络被用作生物神经网络如何计算的模型。...这篇评论补充了最近几个关于人工智能生物学和医学上的应用的综述。用于分析和解释数据的人工智能工具人工智能的第一个重要应用涉及开发分析和解释数据的工具。...虽然这篇评论的主要焦点是人工智能在神经科学中的应用,但人工智能生物学的许多其他领域也有应用。例如,人工智能在蛋白质建模、基因序列分析、医学诊断和药物发现等各个领域都有重要的应用。...这是一种由海马体重新激活已经习得的记忆的生物学机制。另一种研究方向来自于人们认识到,许多动物(包括人类)的行为都是天生的,因此以某种方式嵌入到基因组中。...这激发了创建神经网络的尝试,其结构与生物网络的结构一样,必须通过“基因组瓶颈”。人们越来越认识到,神经科学在指导未来的人工智能创新方面可以发挥作用。

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Nature Medicine | 组学和人工智能推动肝病生物标志物的发现

取得这些进展的同时,人工智能(AI)也被采用,成为合成和分析大型数据集的有效工具。近年来,研究人员已经应用机器学习来改善肝病的筛查、诊断和预后结果。...正如Niu等人所展示的那样,人工智能和 "组学 "技术的综合力量提供了一个重要的机会,可以汇总和整合微创的数据模式,为整个肝脏疾病提供综合护理。...在将血浆样本与肝脏组织配对并与纵向临床结果数据整合后,作者产生了生物学见解,并验证了一组蛋白质生物标志物,以支持微创模型的开发,为ALD的早期识别和管理提供信息。...蛋白质组学和人工智能在满足早期ALD的诊断和预后的关键需求方面已经显示出影响。即便如此,对整个ALD的综合管理将需要整合多模态数据、创新的计算技术和开发新的数据基础设施,以适应规模化的吞吐量。...预计在肝病患者的护理中会出现更多的模式,包括代谢组、微生物组以及由一系列移动应用和可穿戴设备产生的新型生物标志物。

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Methods | 人工智能生物图像的应用提高科学发现速度

生物图像分析的未来越来越受深度学习和人工智能(AI)工具的发展和使用所影响。...在过去的十年中,人工智能已经彻底改变了生物图像分析。...许多常见的生物图像分析任务,如分割和去噪,现在都采用了人工智能。对于许多用例,这些工具在速度和准确性方面都远远超过了它们的传统竞争对手。...这些工具是生物发现的驱动力,有助于促进科学洞察力从原始图像数据中获得进展,这对于那些不依赖于人工智能的更传统的工具而言,要实现这些进展将会很困难或不可能。...前方的挑战 在未来的十年里,从用户和人工智能工具的开发者的角度来看,我们预见到生物图像分析中人工智能发展面临两个主要挑战。

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机器正在生物化&生物正在工程化

波林和人工智能的先驱、数学家马文·明斯基都有类似的观点:人类应该学会尊重机器人。 而神奇小子道格拉斯·英格巴特(文字处理技术、鼠标和超媒体的发明者)却提倡不同的理念。...将人工智能溯源至中国古代指南车的发明,到现代意义上控制的三个阶段: ❶由蒸汽机机所引发的能量控制; ❷对物质的精确控制,例如尺寸堪比微尘的马达; ❸对信息本身的控制,例如控制DNA信息的信息。...至此,所有的读者都不免心生隐忧:人工智能把人类的隐私曝露无余。这样的网络文化会兴旺吗?在后续的诸多章节,将讲述到加密技术和防伪数字签名等隐私技术。...第十五章 人工进化 还没有一个计算机科学家可以合成出符合预期的,无比强大的、能带来翻天覆地变化的人工智能。也没有一个生物化学家能够创造出人工生命。...人工智能也必将依托于并行计算机,然而问题来了:我们穷尽一生也没有能力编写出并行软件。所以我们需要的是软件能够进化。但是,人工进化的代价正如本书书名——失控。

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2020-2021年上市的15家人工智能驱动的生物技术公司

在2020-2021年期间,我们看到一些人工智能驱动的、专注于发现新的治疗方法的生物技术公司 (AI-driven Biotechs)上市。...这反映了人们对人工智能作为制药行业变革性技术的持续兴趣,以及对技术驱动的"新生物技术"浪潮的日益信任。 这里列出了一些最近上市的著名公司。...Biodesix的方法结合了多组学和人工智能的强大功能。 Biodesix拥有自己的CLIA认证实验室,可在72小时内完成测试处理,并与生物技术和制药公司合作。...Exscientia (EXAI) Exscientia是一家应用人工智能发现、设计和开发新型药物的生物技术公司。...这些疾病可以在细胞水平上进行建模,由于综合利用了生物研究、自动化和人工智能,它们可以得到有效的治疗。该公司将创新技术(包括人类细胞生物学图谱)整合到药物发现中,以获得对患者有益的新的治疗。

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人工智能与各种传感器和生物识别技术相结合,用于边境测谎

该技术依赖于传感器和生物识别技术,其检测谎言功能基于眼动或声音,姿势和面部姿势的变化。 国际旅客在不久的将来可能会发现他们在通过机场或边境口岸的海关时,需要与一个测谎亭交谈。...据该系统的开发人员之一,圣地亚哥州立大学人工智能实验室主任Aaron Elkins表示,尽管十年前,国防部或国土安全部门的原始工作的大部分资金主要来源于该技术,但该技术可能具有更广泛的应用。...AVATAR将人工智能与各种传感器和生物识别技术相结合,旨在通过眼动或声音,姿势和面部姿势的变化来标记不真实或有潜在风险的个体。...相反,人们会面对一个信息亭屏幕,与配有各种传感器和生物识别技术的虚拟智能体交谈,这些传感器和生物识别技术旨在通过眼动或声音,姿势和面部姿势的变化来标记有潜在风险的个体。...尽管如此,未来人工智能系统的进步可能会使该技术有一天会取代各种人类工作,因为类似机器人的机器可能更具生产力和成本效益,特别是在筛选人员时。

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生物识别新面貌

据加拿大市场研究公司Ontario的生物特征研究小组报告,到2015年底,有6.5亿人在移动设备上使用生物识别技术。...美国普渡大学生物特征研究国际中心主任Stephen Elliott解释称:“我们注意到有多种生物识别技术在发展传播。” 当前,有一个很显然的结论是墨水、纸张和密码已经不能胜任安全任务。...银行、零售商和其他机构不需要改装自动取款机来接受指纹或其他生物识别技术。Stephen Elliott指出,基于智能手机的生物识别技术基本上不需要任何学习、培训或知识就可以使用。...如果原始的生物特征数据被窃取,个人将无法生成一个新的指纹或人脸;它将被永久破解。Jain说,当前也存在对隐私和不道德使用生物特征数据的关注。...然而,“如果使用多因素生物识别或行为生物识别技术,也许不需要实用原始数据。”

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【远古生物复活】深度学习与生物大数据处理

深度学习加速生物大数据处理速度 随着生命科学的迅猛发展,生物医学领域的数据量呈指数形式增长,生物医学数据表现为数据量大(Volume)、多样化(Variety)、有价值(Value)、高速(Velocity...曙光公司联合中科院计算机所,在生物医学处理方面取得了长足进展,大大加速了生物大数据处理速度。 生物医学大数据独具特色 生物医学领域数据有其自身特点。 1.数据量大:生物医学领域数据量十分庞大。...如今,只需几千美元和几个小时,即可完成一个人基因组的解析,低廉高效的研究方式得到生物科学家们的青睐,大量的物种得以测序解析,使得生物研究进入的生物数据的海洋,而积累的原始数据也必将迅速增长。...3.价值高:随着生物信息学的发展,越来越多有价值的信息从生物数据中挖掘出来,这些价值不仅体现在生物科研领域,而且已应用于农业、健康和医学等领域。...深度学习在生物领域取得的进展让人振奋。现阶段XSharp的应用主要集中在高维多模式生物图像分布式数据系统、海量生物图像数据的深度挖掘流程和生物图像处理数据密集型算法加速等项目中。

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Nature:原核生物基因的生物地理学研究

接下来很可能会进入“后组学”时代,系统化分析生物数据以解决核心科学问题为大势所趋。本篇文章系统地整理了全球不同生境的微生物组数据,并以此分析基因的生物地理。...Towards the biogeography of prokaryotic genes 原核生物基因的生物地理学研究 作者:Luis Pedro Coelho, RenatoAlves, Álvaro...这些基因目录被广泛应用于人类肠道、宿主相关或环境的微生物组研究。...主要结果 全球微生物基因目录 本文作者整合宏基因组和完整基因组,调查不同生境的原核生物基因来获得关于其全球分布和分子功能的认识。...根据本文的数据,这甚至对生物多样性非常高的栖息地来说也是可行的,比如土壤。

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MIT科技评论2018最新全球十大突破技术:人工智能生物基因技术等上榜

图片来自DeepTech深科技微信公号 2018 年《麻省理工科技评论》全球十大突破性技术榜单包括:给所有人的人工智能(云端 AI)、对抗性神经网络、人造胚胎、“基因占卜”、传感城市、巴别鱼耳塞、完美的网络隐私...在不使用卵细胞或精子细胞的情况下,研究人员仅从干细胞中就可以培育出类似胚胎的结构,为创造人造生命提供了一条全新的途径 重要意义:人造胚胎将为研究人员研究人类生命神秘起源提供更方便的工具,但该技术将面临生物伦理争议...、宜居、环保 主要研究者:Alphabet 旗下的 Sidewalk Labs、多伦多 Waterfront等 成熟期:项目 2017 年 10 月对外公布,预计在 2019 年开始施工建设 4、云端人工智能...突破点:基于云端的人工智能正在降低这项技术的使用难度和价格 重大意义:目前,人工智能的应用是受到少数几家公司统治的。

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