我使用了JGAp的java遗传算法库。当我评估染色体时,我在总体样本运行中有重复的染色体:
evaluation 0
A B C
A D F
S F W
evaluation 1:
A B C
A D F
A D F
evaluation 2:
A D F
A D F
A D F
我使用的配置是:
conf.setKeepPopulationSizeConstant(true);
conf.setRandomGenerator(new StockRandomGenerator());
conf.verifyStateIsValid();
有没有什么配置可以用来获得独特的染色体?
描述
为矩形及其尺寸找到最小的周长。我不知道如何在python中实现这一点,因为这个区域不是一个完美的正方形。
样本输入
单位面积
100
15
195
样本输出
Minimum perimeter is 40 with dimensions 10 x 10
Minimum perimeter is 16 with dimensions 3 x 5
Minimum perimeter is 56 with dimensions 13 x 15
我的代码
只有当面积是一个完全平方根时,我的代码才能找到最小值。
如果输入0,代码将接受多个输入并终止。
import math
zero = Fal
我是Python的新手,需要使用一个基于python的工具,称为染色体,它可以导入一些python包,包括生物格式。Bioformats有许多模块,包括床。在运行染色体时,我得到了错误:
smeeta:~$ python
Python 2.7.6 (default, Jun 22 2015, 17:58:13)
[GCC 4.8.2] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> impo
我的数据有层次关系。让我们想象一下人类的染色体。我们有24条染色体,每条染色体都是双链的(即+/-),在每条链上我们有多个区域。让我们假设不同链和染色体上的区域是独立的。目前我存储的所有区域如下:
List<List<List<Region>>> regions;
第一个列表表示染色体,第二个列表表示链,第三个列表表示区域。
出于我的处理目的,需要对这些列表进行各种插入/删除操作,以及大量的顺序和随机访问。由于可能有大量的区域(数十亿),因此在速度和内存消耗方面的效率至关重要。人类的染色体数目是24条,只有2条,因此: 24 x 2 x 1E+9是regi
我有一个程序,它与遗传算法一起工作,并生成一个8位二进制字符串(由8个基因组成的染色体)。
我想知道如何改变,改变/,翻转的第一个基因/位。
例如:
Original chromosome:
01010101
Changed chromosome:
11010101 //First bit has been changed
如果第一个位的值为1,我想“翻转”它使它成为一个0;而且,很明显,如果数组/染色体中的第一个位是0,我想把它“翻转”到一个1。
谢谢。
我正在尝试编写一个shell脚本,以便在Sun Grid引擎上使用。我希望能够将两个任务数组合并到脚本中。一个是文件名列表,另一个是数字(指染色体1至22)。如果我要把它写成一个循环,我就会这样做(例如):
readarray -t QTL < QTL_file_list.txt
for i in ${QTL[@]}
do for j in {1..22}
do echo '"$i"_"$j"'
done
done
但是,我希望能够作为一个数组来完成这个任务。我试过的是:
#!/bin/bash -e
#$ -cwd
#$ -pe
您好,我有一个关于在python中链接子进程的输入和输出的问题。我试图通过跳过一个步骤的输出来简化程序,将其传递给另一个子进程,而不是将其输出到文件中。然后打开另一个进程在该文件上运行。
例如,第一个过程使用SAMTOOLS从一个大的bam文件中输出一个特定的染色体。所以..。bigfile.bam被读入并输出染色体22.bam
下一个子过程使用BEDTOOLS将染色体22.bam转换为染色体22.bed,因此...染色体22.bam被读入并输出染色体22.bed
我想要做的是将第一个进程的stdout传递给第二个进程,这样就不需要中间文件了。
到目前为止我有这个..。
for x in 1,