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脚本分享—从fasta格式文件中批量提取特定位置的序列

脚本简介: 这个脚本主要用于从FASTA格式文件中批量提取指定位置的序列,可以应用在很多不同场景,比如: 提取基因内部特定区域的序列,例如用于分析蛋白质或核酸的二级结构区域; 设计引物时,截取目标区域的序列作为模板...; 需要对特定区域进行比对或变异分析时,快速提取目标序列; 亚细胞定位预测后,提取对应区域的序列进行进一步研究; 根据BLAST比对结果,批量提取匹配到的特定序列; 批量提取UTR区域、基因间隔区等非编码序列...; 批量提取基因启动子区域序列,便于启动子分析; 从基因组中提取基因簇等大段连续序列; 提取各类移动元件序列或特定基因,比如基因组岛、前噬菌体、整合子、插入序列、操纵子区域,以及像16S rDNA这样的功能基因...总之,通过这个脚本,用户可以根据自己的研究需要,从FASTA文件中灵活、精准地提取指定区间的序列,广泛应用于各种生物信息学分析工作中。...2)fasta文件详解 3)提取位置文件详解 实战演习 python Extract_fasta_by_site.py sequence.fasta site_list.tsv output

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    使用PHP DOM解析器提取HTML中的链接——解决工作中的实际问题

    技术博客:使用PHP DOM解析器提取HTML中的链接——解决工作中的实际问题引言在日常的Web开发工作中,我们经常需要处理HTML文档,并从中提取特定信息,比如链接、图片地址等。...解决方案:使用PHP DOM解析器为了高效且稳定地解决这个问题,我决定采用PHP内置的DOM解析器。...DOM解析器允许我们将HTML文档加载为一个DOM对象,然后像操作XML文档一样,使用DOM API来遍历和查询文档中的元素。...这种方法不仅代码清晰,易于维护,而且能够自动处理HTML文档中的复杂结构,大大提高了数据提取的准确性和效率。代码解读下面是我用来提取HTML中所有标签href值的PHP代码示例:PHP DOM解析器,我成功地解决了从复杂HTML文档中提取标签href值的问题。这种方法不仅提高了数据提取的准确性和效率,还使得代码更加清晰和易于维护。

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    python爬虫入门(三)XPATH和BeautifulSoup4

    XML和XPATH 用正则处理HTML文档很麻烦,我们可以先将 HTML文件 转换成 XML文档,然后用 XPath 查找 HTML 节点或元素。...XPATH XPath (XML Path Language) 是一门在 XML 文档中查找信息的语言,可用来在 XML 文档中对元素和属性进行遍历。...谓语 谓语用来查找某个特定的节点或者包含某个指定的值的节点,被嵌在方括号中。 在下面的表格中,我们列出了带有谓语的一些路径表达式,以及表达式的结果: ? 选取位置节点 ? 选取若干路劲 ?  ...lxml和正则一样,也是用 C 实现的,是一款高性能的 Python HTML/XML 解析器,可以利用XPath语法,来快速的定位特定元素以及节点信息。  简单使用方法 #!...JsonPath 是一种信息抽取类库,是从JSON文档中抽取指定信息的工具,提供多种语言实现版本,包括:Javascript, Python, PHP 和 Java。

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    JSON与XML优缺点对比分析

    XML的缺点   A.XML文件庞大,文件格式复杂,传输占带宽;   B.服务器端和客户端都需要花费大量代码来解析XML,导致服务器端和客户端代码变得异常复杂且不易维护;   C.客户端不同浏览器之间解析...JSON的缺点   A.没有XML格式这么推广的深入人心和喜用广泛,没有XML那么通用性;   B.JSON格式目前在Web Service中推广还属于初级阶段。 3....XML已经被业界广泛的使用,而JSON才刚刚开始,但是在Ajax这个特定的领域,未来的发展一定是XML让位于JSON。...DOM DOM是把一个数据交换格式XML看成一个DOM对象,需要把XML文件整个读入内存,这一点上JSON和XML的原理是一样的,但是XML要考虑父节点和子节点,这一点上JSON的解析难度要小很多,因为...从总体来看,XML比较适合于标记文档,而JSON却更适于进行数据交换处理。 在解析方面。

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    JSON与XML的区别比较

    .XML的缺点   A.XML文件庞大,文件格式复杂,传输占带宽;   B.服务器端和客户端都需要花费大量代码来解析XML,导致服务器端和客户端代码变得异常复杂且不易维护;   ....JSON的缺点   A.没有XML格式这么推广的深入人心和喜用广泛,没有XML那么通用性;   B.JSON格式目前在Web Service中推广还属于初级阶段。...XML已经被业界广泛的使用,而JSON才刚刚开始,但是在Ajax这个特定的领域,未来的发展一定是XML让位于JSON。....DOM DOM是把一个数据交换格式XML看成一个DOM对象,需要把XML文件整个读入内存,这一点上JSON和XML的原理是一样的,但是XML要考虑父节点和子节点,这一点上JSON的解析难度要小很多...从总体来看,XML比较适合于标记文档,而JSON却更适于进行数据交换处理。 .在解析方面。

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    ajax ---- json 和 xml 区别

    .XML的缺点   A.XML文件庞大,文件格式复杂,传输占带宽;   B.服务器端和客户端都需要花费大量代码来解析XML,导致服务器端和客户端代码变得异常复杂且不易维护;   C.客户端不同浏览器之间解析...JSON格式,便于客户端的访问提取;   E.因为JSON格式能直接为服务器端代码使用,大大简化了服务器端和客户端的代码开发量,且完成任务不变,并且易于维护。....JSON的缺点   A.没有XML格式这么推广的深入人心和喜用广泛,没有XML那么通用性;   B.JSON格式目前在Web Service中推广还属于初级阶段。...XML有丰富的编码工具,比如Dom4j、JDom等,JSON也有json.org提供的工具,但是JSON的编码明显比XML容易许多,即使不借助工具也能写出JSON的代码,可是要写好XML就不太容易了。...XML已经被业界广泛的使用,而JSON才刚刚开始,但是在Ajax这个特定的领域,未来的发展一定是XML让位于JSON。

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    JavaScript 笔记

    *with 语句用于设置代码在特定对象中的作用域。   //扩充知识:         1....slice()     提取字符串的片断,并在新的字符串中返回被提取的部分。         *split()     把字符串分割为字符串数组。         ...substr()     从起始索引号提取字符串中指定数目的字符。         *substring()     提取字符串中两个指定的索引号之间的字符。         ...DOM 被分为不同的部分:       1.Core DOM          定义了一套标准的针对任何结构化文档的对象        2.XML DOM          定义了一套标准的针对...的 DOM     DOM (Document Object Model) 文档对象模型     1. document 文档  HTML XML 文件 (标记语言)

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    Python 网络抓取和文本挖掘 - 3

    XPath 是一种查询语言,用于在HTML/XML文档中定位和提取一些片段。XPath也是一个W3C标准。XPath只能处理DOM,所以必须先将HTML或XML文档加载解析成DOM。...在Python中可以用lxml保的etree来 执行DOM解析和XPath查询。 1. 示例文件 文件的DOM结构 ?...3. xpath路径 对于HTML文档 ,可以用到达该节点的顺序来描述它的位置,如示例文件中元素,它的XPath为"/html/body/div/p/i",提取该文档节点数据,这个是绝对路径...数字谓语,利用文档中的数字属性,如计数或位置,创建条件语句,如:'//div/p[position()=1]’  返回第一个位置的 文本谓语,根据文档中元素的名字、内容、属性或属性值中的文本选取节点

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    Python学习干货 史上最全的 Python 爬虫工具列表大全

    HTML/XML解析器 · 通用 § lxml – C语言编写高效HTML/ XML处理库。支持XPath。 § cssselect – 解析DOM树和CSS选择器。...· pangu.py – 格式化文本中CJK和字母数字的间距。 · Slug化 · awesome-slugify – 一个可以保留unicode的Python slugify库。...特定格式文件处理 解析和处理特定文本格式的库。 · 通用 · tablib – 一个把数据导出为XLS、CSV、JSON、YAML等格式的模块。...· textract – 从各种文件中提取文本,比如 Word、PowerPoint、PDF等。 · messytables – 解析混乱的表格数据的工具。...· pdftables – 直接从PDF文件中提取表格。 · Markdown · Python-Markdown – 一个用Python实现的John Gruber的Markdown。

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    Jsoup解析器

    Jsoup解析器_XML解析思想Jsoup 是一个 Java 库,用于从 HTML(包括从 Web 服务器检索的 HTML)中解析数据,并使用 DOM、CSS 和类似于 jQuery 的方法进行操作。...它提供了一种非常方便的方式来提取和操作数据,从单个的 HTML 文件到整个网站的数据。XML解析即读写XML文档中的数据。...以下是 Jsoup 的一些主要功能:解析 HTML:从字符串、URL、文件或输入流中解析 HTML 文档。...提取数据:从选定的元素中提取文本、属性、HTML 内容等。提供了处理表格数据(如从 标签中提取数据)的特定方法。修改文档:修改元素的内容、属性或样式。插入、删除或替换 HTML 元素。...处理相对 URL:将文档中的相对 URL 转换为绝对 URL(如果需要)。这在处理从 Web 页面中提取的链接时特别有用。性能优化:提供了用于解析和选择元素的优化选项。

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