用R包“生存”和“rms”校准Cox PH模型:时间单位混淆

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r、survival-analysis

我用R包"rms“构建了一个Cox比例风险模型，并试图对其进行交叉验证。将数据分成训练集和测试集是我想做的，但我对生存分析是个新手，除了rms::calibrate之外，我在文献中找不到任何东西。::calibrate(model, B = 40, u = 1) 'time.inc‘是时间增量(1年)-看看model$surv.summary，我可以看到这20年中每一年的存活率和

浏览 161提问于2021-06-26得票数 2

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获取每个个体的Kaplan-Meier生存风险

r、data-mining、probability、survival-analysis

问题我的方法我正在使用检索我的数据的生存风险百分比。km <- survf

浏览 7提问于2013-12-19得票数 2

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Xgboost生存时间条目

xgboost、survival、cox

在xgboost 0.81中cox ph生存模型的新实现中，如何指定事件的开始和结束时间？谢谢cph_mod = coxph(Surv(Start, Stop, Status) ~ Age + Sex + SBP, data=data)

浏览 0提问于2018-11-30得票数 4

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在R？

r、curve-fitting、cox-regression

我用权重和时间自变量的时间依赖变量拟合了coxph模型，如下所示：1 0 1 0 60 60Surv(start, stop, death) ~ weight + age + factor(smoke) + cluster(id), 我想绘制体重对生存曲线的影响，该图可能有两条生存曲线，一条是体重60，另一条是体

浏览 0提问于2018-09-19得票数 0

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从coxph得到预测

r、cox-regression、survival

status) ~ x + sex, test1) 基本上，我所做的是制作一个名为test1的假数据，然后拟合一个简单的coxph模型然后，我要做的是得到预测的概率和置信带的生存概率的性别分开。我希望的数据集'y‘将包括:年龄，生存概率，较低的置信区间，上置信区间，和性别，等于'0’或'1‘。

浏览 0提问于2019-06-16得票数 1

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正态回归和生存回归的预测限

linear-regression、cross-validation、survival-analysis、cox-regression

我正在尝试预测燃气管道泄漏所需的时间。我使用了15个特性，其中最重要的一个是“管道安装年”。我拥有的最新泄漏数据是2017年发生的泄漏，该管道是在2009年安装的。我知道，我建立的普通ML模型无法很好地预测2009年后安装的管道的泄漏持续时间。我这么说的原因是因为我首先根据他们的“安装年”对数据进行了排序，然后做了一个训练测试拆分，看看它如何在预测测试数据集中发挥作用，我得到了%93R平方，但当我在火车测试拆分中关闭了混洗功能时(这意味着与正常的火车测试拆分不同，子集是随机选择的，数据将按第一个%80训练和</em

浏览 0提问于2019-01-28得票数 0

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如何绘制survreg (R的包生存)生成的生存曲线？

r、plot、survival-analysis、weibull

我试着用一个威布尔模型来拟合和绘制一个生存数据。这些数据只有一个协变量，队列，从2006年到2010年。那么，有什么想法可以添加到下面的两行代码中，以绘制2010年队列的生存曲线？s <- Surv(subSetCdm$dur,subSetCdm$event)用CoxPH模型实现同样的效

浏览 4提问于2012-02-06得票数 34

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用校正群预测法预测生存曲线

r、data-visualization、survival-analysis、cox-regression

如何用在R中实现的校正组预测方法绘制连续协变量(假设数值的第20和第80百分位数)的预测生存曲线？bladder ) 现在，这是有用的，因为我得到了两条生存曲线然而，假设我想使用边际方法，而不是分层，而是在第20和第80值处绘制我的连续协变量，但同时也重新平衡了子种群。希望朝正确的方向迈出任何一步。对于再状态，我有一个具有连续预测因子的<em

浏览 0提问于2019-09-02得票数 2

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使用Python和R创建在线预测工具的有用包(提供的示例)

python、r、statistics、tkinter、rpy2

我正在建立一个Cox PH统计模型来预测乳腺癌患者复发的概率。我想为病人或医生创建一个在线界面，让他们能够输入相关的病人特征，并计算复发的概率。下面是一个完美的例子，尽管它适用于前列腺癌：我需要哪些与Python和R相关的软件<em

浏览 7提问于2012-07-11得票数 0

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对R中生存数据的左截截尾

r、survival-analysis

我想执行生存分析(Kaplan和Cox PH模型)的数据，这是左和右审查。我正在观察发生心律失常(AF)的时间与没有特定基因的情况(基因0或1)。我读过生存包文件，但不知道如何解释左边的审查。下面有些人提供了示例数据。被试1和3在基线处有房颤，因此应该被审查。主体2没有体验到事件的后续行动，所以是正确的审查。实验对象5和6均经历了这一事件(分别为8个月和3个月)。

浏览 4提问于2017-01-31得票数 5

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使用tidyr运行多个Cox-PH模型

r、survival-analysis、tibble、tidy、survival

我有一个来自survival包的常规Surv对象；和多变量矩阵； var2 = rnorm(5),我需要分别为每个变量拟合一个Cox-PH模型。我的代码当前使用循环，如下所示： for (v in colnames(df)

浏览 2提问于2020-08-19得票数 0

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如何生成协变量调整的cox生存/风险函数？

r、survival-analysis、cox-regression、survminer

我正在使用survminer包为纵向学生级数据集生成生存和危险函数图，该数据集有5个感兴趣的子组。我已经成功地创建了一个模型，它可以显示生存函数，而不需要使用ggsurvplot来调整学生级别的协变量。正如你所看到的，这些是根据某些因素变量调整的生存曲线。有谁能在R中得到这样的图吗？

浏览 8提问于2022-01-20得票数 1

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用游侠计算一致性指数(R包)

r、random-forest、survival-analysis

我试图使用随机生存森林的预测，使用游侠计算，在特定的时间点计算c-索引。我知道，对于coxph模型，使用以下代码可以很容易地做到这一点： c_index_test除了pec cindex()函数(它不适用于类"ranger“的对象)之外，我还尝试了concordance.index函数( survcomp包的一部分)，并尝试了使用predict.ranger函数来生成

浏览 1提问于2018-06-02得票数 1

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cox.zph如何处理随时间变化的协变量？

r、cox-regression

我有一个有5个时间相关变量和2个时间自变量的coxph模型.我想检验比例风险假设，除了鞅和偏差残差，使用cox.zph。我的问题是，这个函数如何处理随时间变化的协变量？在阅读之后，我不确定这是否是建议的适合度测试来评估时变协变量的PH假设。+CODE_06+factor(clima)+TP_media7 > c

浏览 5提问于2014-06-30得票数 6

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cox模型不支持"mright“生存数据

r、regression、survival

早上好,clogit(am~vs+strata(cyl),data=test) 以我的理解，阻塞函数创建了时间参数，而R似乎有一个问题。顺便说一句，我使用的是R<

浏览 4提问于2017-09-08得票数 4

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我如何找到最佳的生存分析分类？

survival-analysis、lifelines

我有个关于生存分析的问题。然而，我有以下数据(只是一段摘录)：现在，我尝试使用Python生命线包进行生存分析。例如，我想知道T细胞是否影响整体生存(OS).但据我所知，我需要把T细胞的数目分为不同的类别，例如高T细胞和低T细胞.是那么回事吗？但我该怎么找出最合适的人选呢？但是，我如何才能找到最好的截断值来区分高T细胞和低T细胞，从我这里得到的数据。有人有主意吗？

浏览 19提问于2021-03-26得票数 1

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坚持使用R中的包示例代码-模拟数据以适应模型

r、survival-analysis

我正在尝试理解spBayesSurv包中的函数indeptCoxph。此函数符合贝叶斯比例风险模型。我对R代码的某些部分以及考克斯模型理论的理解有点困难。我正在研究作者的例子(如下所示)。他们首先模拟了生存时间数据，而我在跟踪他们的代码时遇到了麻烦。问题1- lambda的这种定义/形式是否源于Cox危险模型？在这个例子中，作者是否对生存分布做了特殊的假设？z“的协方差矩阵也是由作者从代码中的两个行向量s1和</e

浏览 1提问于2016-12-27得票数 0

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Cox PH，R3.1.3保险中违反比例风险假设的处理方法

survival-analysis

我正在使用“生存”软件包和coxph在R中执行生存分析。我的目标是比较不同慢性病患者之间的存活率。我刚开始使用生存分析。查看如下模型的cox.zph输出：两种疾病水平均违反PH假设，p值<0.05.绘制Schoenfeld残差随时间的变化表明，一种疾病的危害随着时间</

浏览 3提问于2015-06-25得票数 2

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如何在多变量Coxph中得到特定变量的wald检验？

r、survival-analysis、cox-regression、multivariate-testing

我使用R生存包拟合了一个多变量Cox模型，如下所示：data(lung)res.cox1coxph(formula = Surv(time, status) ~ sex + ph.karno模型(**s

浏览 4提问于2020-06-02得票数 2

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coxph.detail$hazard的公式是什么？

我一直试图确定在coxph.detail(fit)$hazard中使用的公式。我不清楚如何从coxph.detail文档中计算它：

浏览 2提问于2017-04-11得票数 0

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