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批量运行多个R脚本

一个小技巧分享,假如有人写了很多绘图脚本,比如文献:《Preoperative immune landscape predisposes adverse outcomes in hepatocellular...里面就有很多R代码 : 代码文件很多 如果把这些R代码文件一个个打开,然后一个个运行,工作量也不小,所以我们推荐一个技巧: fs=list.files('..../',pattern = '*.R$') fs lapply(fs, function(x){ print(x) source(x) }) 这个技巧有一个小问题,就是有一些脚本可能是缺包或者里面有小...其实理论上应该是在运行每个脚本的时候加上try catch,不过咱们的目标是批量运行每个代码并且保证成功,所以跳过那些运行失败的解决不了问题,反而应该是勇往直前解决问题。...,然后批量运行成功为止。

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批量运行多个R脚本代码

今天,我们利用健明老师推荐的批量运行多个R脚本代码,见证一下该代码的优势。...patients with liver transplantation》的 GitHub (https://github.com/sangho1130/KOR_HCC) ,我们发现其共包含19个R脚本...然后,我们一个一个打开脚本检查了一下其所用到的R包,下载好所要用到的所有R包。但是在下载R包过程中我们发现RGtk2和rsgcc这两个包一直报错,没有解决掉这个问题。...所以,我们把包含这两个包的5个脚本剔除,把剩下的14个R脚本进行批量运行。 #这两个R包下载失败了,如果你们下载成功了,也欢迎分享以下方法!.../',pattern = '*.R$') fs lapply(fs, function(x){ print(x) source(x) }) #正常运行结果 [1] "Figure_1A.R

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批量运行多个R脚本并打印运行状态

曾老师曾经有一篇推文《批量运行多个R脚本》,介绍了批量运行R脚本的思路,同时也提出了一些问题,今天就这个学徒作业,我们来探究一下。 首先前往github[1]下载R脚本。...打开以后可以发现这里有19个R脚本,如果把这些R代码文件一个个打开再运行,无疑增加了很多工作量。...实测在我的R环境下,运行到第3个代码遇到了报错,此时Fig 1A和Fig 1B的结果已经产生。 这个时候我们希望脚本继续运行,同时打印各个脚本运行情况。...我们参考教程R语言tryCatch使用方法:判断Warning和Error[2]和中断运行 r 忽略报错 继续运行[3](这个教程中的代码有些问题,需要自己修改调试),使用「tryCatch」来解决这个问题...,再用for in循环依次执行tryCatch,依次运行每一个脚本,如果运行过程中有warning,就会提示「warning @ 脚本名 @ warning的具体内容」,如果运行中有error,就会提示

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R &Python 在云端运行可扩展数据科学

下面就列出几条: 需要运行可扩展的数据科学:让我们回到几年前。在2010年,我进入一家跨国保险公司组建数据科学部门。其中的一项工作就是采购了一台16GB RAM的服务器。...因此即使数据量增长几倍,现在的脚本和模型依旧能够正常运行。 成本:可扩展性是一方面,成本也是一方面。假设你有一个问题需要解决,问题不常现,但是需要更高配的计算基础框架。...这篇文章教你如何在机器上运行 R或者RStudio。如果云端的机器是Linux系统,那么Python是预装的。也可以自己安装额外需要的库函数和模块。 ?...他们提供的服务基于R、Python、Spark、Julia和Impala,成员之间灵活地合作和共享分析结果。...目前,若想在云端运行R或者Python,不妨也试一试DataJoy。 ?

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R & Python在云端运行可扩展数据科学

下面就列出几条: 需要运行可扩展的数据科学:让我们回到几年前。在2010年,我进入一家跨国保险公司组建数据科学部门。其中的一项工作就是采购了一台16GB RAM的服务器。...因此即使数据量增长几倍,现在的脚本和模型依旧能够正常运行。 成本:可扩展性是一方面,成本也是一方面。假设你有一个问题需要解决,问题不常现,但是需要更高配的计算基础框架。...这篇文章教你如何在机器上运行 R或者RStudio。如果云端的机器是Linux系统,那么Python是预装的。也可以自己安装额外需要的库函数和模块。 ?...他们提供的服务基于R、Python、Spark、Julia和Impala,成员之间灵活地合作和共享分析结果。...目前,若想在云端运行R或者Python,不妨也试一试DataJoy。 ?

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shell脚本后台运行

使用&符号在后台执行命令 你可以在Linux命令或者脚本后面增加&符号,从而使命令或脚本在后台执行,例如:. $ ./my-shell-script.sh & 2....使用nohup在后台执行命令 使用&符号在后台执行命令或脚本后,如果你退出登录,这个命令就会被自动终止掉。要避免这种情况,你可以使用nohup命令,如下所示: $ nohup ....使用at将一个命令作为批处理执行 使用at命令,你可以让一个命令在指定的日期和时间运行,例如要在明天上午10点在后台执行备份脚本,执行下面的命令: $ at -f backup.sh 10 am tomorrow...To Capture Unix Top Command Output to a File in Readable Format Unix bc Command Line Calculator in Batch...Mode How To Execute SSH and SCP in Batch Mode (Only when Passwordless login is enabled) 5.

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后台运行python脚本

在Linux系统中,可以使用nohup命令将一个进程放到后台运行,并将该进程的输出重定向到一个文件中。以下是在后台运行Python脚本的步骤: 打开终端,并进入Python脚本所在的目录。...输入以下命令: nohup python script.py > output.log & 其中,script.py是要运行的Python脚本的文件名,output.log是输出日志的文件名。...&符号表示将该命令放到后台运行,nohup命令可以保证即使关闭终端,该进程也能继续运行。 执行完上述命令后,可以关闭终端。...Python脚本将在后台继续运行,同时将输出重定向到output.log文件中。 如果需要停止后台运行的Python脚本,可以使用ps命令查找进程ID,然后使用kill命令停止该进程。

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Java中运行shell脚本

exceShell(String pathOrCommand) { List result = new ArrayList(); try { // 执行脚本...(参数为脚本路径) 参数为脚本路径,脚本内容就不贴了 ShellUtils.exceShell("/opt/project/firewalld_status.sh"); package com.example.portinterpretationplugin.utils...br.close(); } catch (Exception e) { e.printStackTrace(); } return result; } } 前提是:你的脚本有权限去运行...,即在linux上有权限去运行,否则不通; 如果不满足,如果不满足,下下策为执行脚本之前先执行以下赋予权限的命令 ,在执行你的命令 ShellUtils.exceShell("chmod -R 777...(在jar包里) (1)复制sh到操作系统的某个目录下(亲测,可用) 从jar包内复制文件到系统目录内_CBeann的博客-CSDN博客_java将jar包中文件复制到 (2)方式二执行脚本

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