下面是墨眉 《共享我们的大脑 》 的投稿 全部的代码都是复制粘贴即可运行 在数据展示时为了体现各因素的比重（百分比），有时会用到堆叠柱状图，这里介绍下用 ggplot2 画堆叠柱状图的代码和相应的美化方法...# 因为后面想要做百分比的堆叠柱状图，先查看这个数据适不适合 statistics = apply(data_test, 1, sum) # 得到每个样本的观测值总和 plot(statistics...二、ggplot2作柱状图 作图前有个很重要的前置动作，要把宽矩阵转换为长矩阵（具体名词解释可以百度，关键原因是计算机和人的识别习性是不同的） library(reshape2) data_plot =...四、观测值和样本排序 然后是排序的问题，如果我想调整不同类型柱子的顺序，让他们按大小排序，可以用factor 函数 order_x = apply( data_percent[,1:7], 2, sum...# 看一下，是从大到小排着的 # 此时 data_plot数据框里面的 attitude 就按照给定的 levels 排序了 data_plotattitude = factor(data_plotattitude
一、前言二、初阶图形2.1 基本条形图2.2 水平柱状图2.3 带图例的堆叠柱状图2.4 带图例的分组柱状图2.5 ggplot作图2.6 plotly作图三、进阶图形3.1 水平柱状图3.2 显著性柱状图...3.3 堆积百分比柱状图3.4 分组柱状图四、讨论一、前言柱状图又称条形图，在统计分析中的使用频率最高，也是众多小白入门R最早绘制的可视化图形。...barplot(values,horiz = TRUE) #翻转图片2.3 带图例的堆叠柱状图#构建数据data 的分组柱状图...par('usr')[4], legend=rownames(rt), col=col,pch=15,bty="n",cex=1.3)dev.off()图片3.4 分组柱状图将刚刚初阶的分组柱状图设置为水平即可
值得一提的是，柱状图一般需要排序：如果分类型变量是有序的，按照它本身的顺序排列即可；如果分类型变量无序，那么则根据数值型变量的大小进行排序，使柱状图的高度单调变化。...（排序的宗旨是直观的表达出想展示的规律） 条形图 ? 条形图 只不过把柱状图坐标旋转一下，竖着的变成横着的，这个可根据版面自由选择。上图示例就是串列的堆叠条形图。 南丁格尔玫瑰图 ?...马赛克图 马赛克图比较复杂，与柱状图相比，它的分类变量就多了几个，而且还能实现交叉映射，所以比柱状图更抽象，更细化。 马赛克图隐含着大量的数据信息。...地球图 地图是二维的，三维的就是地球图。这种图形一般是交互的，也就是说你可以用鼠标实现地球的旋转和缩放等操作。 值得一提的是，不要仅仅为了3D就使用地球图，要看数据本身的情况。...ggplot2 R最擅长的除了统计建模就是可视化了，而ggplot2是最流行、最强大的绘图包（应该没有之一）。对于静态图，只要你有足够的创意，ggplot2基本都可以通过其系统完备的画图语法实现。
我想这应该是很多刚学习可视化的同学都会遇到的问题，今天这篇推文就给大家推荐一个非常好用的、可以一键绘制出版级别论文配图的可视化工具-「ggpubr」 「ggpubr介绍」 ggpubr是一个基于ggplot2...安装 在R中安装ggpubr可以使用以下命令： install.packages("ggpubr") 主要特点 ggpubr是一个基于ggplot2的扩展，因此它继承了ggplot2的所有功能，并添加了更多的实用功能和自定义选项...ggpubr提供了一系列简单易用的函数，使用户能够快速创建各种常见的统计图形，如线图、散点图、柱状图、箱线图、直方图、小提琴图、QQ图、核密度图、热力图和配对图等。...ggpubr支持处理多组数据、分组、堆叠、分面、添加回归线、椭圆、置信区间、自定义标记等功能，可以满足各种不同的数据展示需求。...ggscatter()：创建散点图，用于展示两个连续变量之间的关系。支持添加回归线、椭圆和置信区间。 ggbarplot()：创建柱状图，用于展示不同组别之间的比较。可以设置分组、堆叠和分面。
值得一提的是，柱状图一般需要排序：如果分类型变量是有序的，按照它本身的顺序排列即可；如果分类型变量无序，那么则根据数值型变量的大小进行排序，使柱状图的高度单调变化。...（排序的宗旨是直观的表达出想展示的规律） 条形图 条形图 只不过把柱状图坐标旋转一下，竖着的变成横着的，这个可根据版面自由选择。上图示例就是串列的堆叠条形图。...马赛克图 马赛克图 马赛克图比较复杂，与柱状图相比，它的分类变量就多了几个，而且还能实现交叉映射，所以比柱状图更抽象，更细化。 马赛克图隐含着大量的数据信息。...地球图 地球图 地图是二维的，三维的就是地球图。这种图形一般是交互的，也就是说你可以用鼠标实现地球的旋转和缩放等操作。 值得一提的是，不要仅仅为了3D就使用地球图，要看数据本身的情况。...ggplot2 R最擅长的除了统计建模就是可视化了，而ggplot2是最流行、最强大的绘图包（应该没有之一）。对于静态图，只要你有足够的创意，ggplot2基本都可以通过其系统完备的画图语法实现。
常用ggplot2扩展包介绍 该网站包含了很多ggplot2扩展包实现的案例,下面介绍在该网站中使用率高的扩展包。...ggstatsplot:“ggstatsplot”提供了一系列函数，用统计测试的结果增强“ggplot2”图。 patchwork:使用运算符轻松组合ggplot图。...ggh4x:定制刻面、多种色标和其他选项 ggbeeswarm 在较小的数据集中展示每个数据点的分布和密度。 survminer:利用ggplot2绘制生存曲线图。...ggalluvial:绘制流程图和分层桑基图 ggridges:绘制密度图和堆叠图，用于展示数据在一个连续变量上的分布。 ggside:用于创建分面图（faceted plots）的扩展包。...ggmosaic 通过 geom_mosaic在 'ggplot2' 中实现马赛克图。 ggfx “ggplot2”和“grid”的像素过滤器。
导语 GUIDE ╲ ggplot2是一个神奇的R包，可以可视化各种各样的统计数据。 背景介绍 ggplot2是一个神奇的R包，可以将自己的统计数据绘制成想要的图案。...从今天起小编计划为各位观众老爷们带来一个ggplot2的系列教程。那么首先呢，大家在可视化自己的科研数据时，最最最常用的就是绘制一个带误差或者显著值的柱状图。...install.packages("tidyverse") library(tidyverse) 02 最最基础的柱状图 我们首先随机生成一个用来画柱状图的数据框，这里小编以一个正态分布数据为例，用ggplot...由于数据比较复杂不方便自己创建，我们这里使用ggplot2自带的汽车数据集mpg为例绘制叠加柱状图。 如果我们直接绘制原始数据的柱状图，显示的是每种汽车种类及其个数。...ggplot(mpg,aes(x=class)) + geom_bar() 但是如果绘制堆叠图，就可以把多维度数据融合进来，例如汽车的年份（year），手动档还是自动档（trans）等。
「ggplot2中柱状图基本绘制函数常用geom_bar()」 参数介绍： 「data和mapping是ggplot的基本参数，数据和映射。」...✦ 统计转换（Statistical trassformations, stats）是对数据进行某种汇总，例如将数据分组创建直方图，或将一个二维的关系用线性模型进行解释。...✦ 分面（faceting）如何将数据分解为子集，以及如何对子集作图并展示。 ✦ 主题（theme）控制细节显示，例如字体大小和图形的背景色。...「position：」 位置调整，有效值是stack、dodge和fill，默认值是stack（堆叠），是指两个条形图堆叠摆放，dodge是指两个条形图并行摆放，fill是指按照比例来堆叠条形图，每个条形图的高度都相等...image.png 数据调整及误差线增加 在ggplot2中可以直接结合stat_summary函数快速进行数据统计->链接 所以stat可以设置为summary,将柱状图的高度设置为各组的均值并联合stat_summary
写在前面 在描述变量的分布情况时，我们可以根据变量的类型，采用不同的方式进行展示，如直方图、饼图、柱状图等。 本期使用ggstatsplot中的函数进行统计分析 ^_~ 2....饼图展示数据分布 当想要观察分类变量的分布情况,并通过卡方检验进行率的比较时，可以用ggpiestats函数 5.1 初步绘图 ggpiestats( data = dat, x = gender...}` commands ggplot2::theme( plot.title = ggplot2::element_text( color = "black", size...堆叠柱状图展示数据分布 这里用到的是ggbarstats函数, 功能与ggpiestats相似，只是展示方式不同 6.1 初步绘制 ggbarstats(dat, x = education..."category10_d3", ) + scale_x_discrete(labels = c("Male", "Female")) ---- 6.2 复杂分组绘制堆叠柱状图
写在前面 在描述变量的分布情况时，我们可以根据变量的类型，采用不同的方式进行展示，如直方图、饼图、柱状图等。 本期使用ggstatsplot中的函数进行统计分析 ^_~ 2....饼图展示数据分布 当想要观察分类变量的分布情况,并通过卡方检验进行率的比较时，可以用ggpiestats函数 5.1 初步绘图 ggpiestats( data = dat, x = gender...}` commands ggplot2::theme( plot.title = ggplot2::element_text( color = "black", size...堆叠柱状图展示数据分布 这里用到的是ggbarstats函数, 功能与ggpiestats相似，只是展示方式不同 6.1 初步绘制 ggbarstats(dat, x = education..."category10_d3", ) + scale_x_discrete(labels = c("Male", "Female")) 图片 --- 6.2 复杂分组绘制堆叠柱状图
面处理描述了应该使用哪些变量来分割数据，以及如何排列它们。刻面是一个强大的工具，可以研究不同的模式是否相同或不同于条件 ?...刻面是一个强大的工具，可以用来研究不同条件下的模式是相同的还是不同的。...刻面是在一个图中绘制多个图形。faceting的功能类似于lattice包中的panel。它经常出现在微生物组学研究的出版物上。在ggplot2中，刻面可以通过两种主要方式执行：网格刻面和包裹刻面。...使用facet_wrap(公式)将一大系列绘图分解为多个小绘图 wrap刻面将一系列大绘图生成单个类别的多个小绘图。此功能使包装分面特别适用于对多个级别的类别变量的分面组合进行分面。...要执行WRAP刻面，我们使用facet_wrap(FORMULA)函数。刻面变量可以以参数的形式列出，形式为Facet_wrap(x~y+z)。~符号左边的变量形成行，而右边的变量形成列。
此外，图形中还可能包含数据的统计变换（statistical transformation，缩写stats），最后绘制在某个特定的坐标系（coordinate system，缩写coord）中，而分面（...下面首先来复现Fig.1a(pie chart& rose chart)，用饼图呈现出不同组织的数量 Fig.1 一、数据载入 library(ggplot2) library(scales...开始选择合适的几何对象，就是用什么样的图片来直观表示我们的数据。...其中柱状图就用geom_bar函数。除此之外，ggplot2提供了众多几何对象geom_xyz()供大家选择，完整的几何对象可以下载RStudio公司总结的ggplot2 cheetsheet。...四、玫瑰图 然而，当我们的数据不是代表个体占总体的百分比，而是强调数据大小的对比时，可以用玫瑰图来展示，根据上面的代码做简单的修改即可。
为了方便清洗可重复数据和绘制图表，BBC数据团队用R对数据进行处理和可视化，经年累月下于去年整理绘图经验并开发了R包-bbplot，帮助我们画出和BBC新闻中一样好看的图形。...对于折线图而言，折线的颜色或条形图的颜色，并不是从bbc_style（）函数中直接实现的，而是需要在其他标准ggplot（ggplot2高效实用指南 (可视化脚本、工具、套路、配色)）图表函数中明确设置...它实质上修改了ggplot2主题功能（ggplot2学习笔记之图形排列）中的某些参数。 例如，第一个参数是设置图标题元素的字体、大小、和字体颜色。...legend.position = "top", legend.justification = "left") + guides(fill = guide_legend(reverse = TRUE)) 堆叠柱状图各成分连线画法...ggplot可以轻松创建多个小图表，这被称为构面。
一、常用的可视化包1）作图包base：ggplot2：ggpubr：2）拼图包par里面的mfrowgrid.arrangecowplotcustomLayoutpatchwork二、基础包绘图函数图片...Q2：‼️‼️区分fill 和color两种属性1）空心和实心的形状用color设置即可，因为只有一个颜色2）有两种颜色的形状，color设置边框、fill设置填充ggplot(data = iris)...，geom_function的映射只能在局部使用7）柱状图/直方图 （y轴无需映射）ggplot(data = diamonds) + geom_bar(mapping = aes(x = cut)...mapping = aes(x = Species, y = Sepal.Width,fill = Species)) + geom_boxplot()+ geom_jitter()图片b）堆叠直方图...",color = "Species",shape="Species",add="jitter")ps:在ggplot2用geom_jitter() ,在ggpubr用add="jitter"图片五、保存文件
Class 6#本文引用自生信技能树【知识拓展】【1.当不确定自己输入的代码是否正确时，可以用attach（）括号内填入你想使用的数据，这样当你想用a数据里面的某列名字时，可以直接用Tab打出他的名字并且不会出错如图片...（1）Plot（）多种图形plot(iris[,1],iris[,3],col = iris[,5]) 做一个横坐标用iris第一列的数据，纵坐标用第三列的数据，颜色用第五列数据的图> text(6.5,4...双分面facet_grid(Group ~ Species)Dat = irisdat$Group = sample(letters[1:5],150,replace = T)原表中没有的列名，用$可代表新增一列...10统计变化：Diamond是内置数据，---用柱状图统计一列有多少取值，出现多少次可用table统计1）如果要画出柱状图：有两个函数可以使用View(diamonds)table(diamonds$cut...，带有随机性，相当于geom_ponit2）堆叠直方图堆叠式直方图ggplot(data = diamonds) + geom_bar(mapping = aes(x = cut,fill=clarity
作图baseggplot2 ★ggpubr拼图par里的mfrowgrid.arrange cowplotcustomLayoutpatchwork ★导出经典三段论ggsave ★（属于ggplot2...画图是用数据画图。...2.5 统计变换（柱状图）View(diamonds) #diamonds是内置数据table(diamonds$cut)ggplot(data = diamonds) + geom_bar(mapping...prop）ggplot(data = diamonds) + geom_bar(mapping = aes(x = cut, y = ..prop.., group = 1))2.6 位置关系# 6.2堆叠直方图...1：ggplot2系列ggsave(p,filename = "iris_box_ggpubr.png")或者 ggsave（"文件名称.后缀"）#后缀是有意义的方法2：三段论pdf("test.pdf
php自带排序函数sort()和用自己用php实现的快速排序算法，速度比较。...php自带的排序函数 100000的数据 排序 平均耗时0.068s for ($i = 0; $i<100000;$i++){ $arr[] = rand(0,10000); } $t1 =...($t2-$t1); 自己写的快速排序 平均耗时1.0s $t1 = microtime(true); $returnAr = quickSort($arr); $t2 = microtime(...true); echo "快速排序耗时："....quickSort($right_array); return array_merge($left_array, array($base_num), $right_array); } 明显是php自带的函数排序速度快很多
一般我们实验记录的数据格式（大多习惯用宽表格记录数据）和我们后期用R绘图所用到的数据格式往往不一样，例如ggplot2、plyr，还有大多数建模函数lm()、glm()、gam()等经常会使用长表格数据来作图...12个ggplot2扩展包帮你实现更强大的可视化 编程模板-R语言脚本写作：最简单的统计与绘图，包安装、命令行参数解析、文件读取、表格和矢量图输出 R语言统计入门课程推荐——生物科学中的数据分析Data...、线性模型 1初识ggplot2绘制几何对象 2图层的使用—基础、加标签、注释 3工具箱—误差线、加权数、展示数据分布 4语法基础 5通过图层构建图像 6标度、轴和图例 7定位-分面和坐标系 8主题设置...聚类分析factoextra LDA分析、作图及添加置信-ggord 解决散点图样品标签重叠ggrepel 添加P值或显著性标记ggpubr Alpha多样性稀释曲线rarefraction curve 堆叠柱状图各成分连线画法...维恩(Venn)图绘制工具大全 （在线+R包） R包circlize：柱状图用腻了？
其实 ggplot2 并没有类似于 geom_pie() 这样的函数实现饼图的绘制，它是由 geom_bar() 柱状图经过 coord_polar() 极坐标弯曲从而得到的。...对于为什么 ggplot2 中没有专门用于饼图绘制的函，有人说：“柱状图的高度，对应于饼图的弧度，饼图并不推荐，因为人类的眼睛比较弧度的能力比不上比较高度（柱状图）。”...对于平面内任何一点 M，用 ρ 表示线段 OM 的长度（有时也用 r 表示），θ 表示从 Ox 到 OM 的角度，ρ 叫做点 M 的极径，θ 叫做点 M 的极角，有序数对 (ρ, θ) 就叫点 M 的极坐标...对于堆叠柱状图 g，把 y 值按照比例划分弧度，因此它们的弧度比等于各自的 y 值比例。...饼图中添加文字的位置控制 - 借助公式 绘制饼图的过程中，利用 ggplot2 的 geom_bar 结合 coord_polar 实现。
R有几种不同的系统用来产生图形，但ggplot2是最优雅而多变的那一种。ggplot2实现了图形语法，一种描述和构建图形的逻辑系统。通过ggplo2，我们能够快速学习，多处应用。...Scatter plot 2.png 我们依据对最初图形的解释，可以很清晰的观察到不同的函数执行了什么样的功能。 ggplot2包提供了分组和小面化的方法。...小面化指的是在单独、并排的图形上显示观察组。需要注意，ggplot2包在定义组或面时使用因子。 这里我们使用mtcars数据集查看分组和面，并进行绘图。 ?...分面 如果组在图中并排出现而不是重叠为单一的图形，关系就是清晰的。我们可以使用facet_wrap()函数和facet_grid()函数创建网格图形（在ggplot2中也称为刻面图）。...multiple pic.png 注意截面图（刻面图）和多重图的区别。 保存图形 可以使用标准方法来保存创建的图形，也可以使用ggsave()函数更方便保存它们。
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