第一阶段的Biopython错误

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python、python-3.x、biopython

所以我尝试使用BioPython。fasta_string = open("myseq.fa").read()这将返回错误read()这是否意味着它没有正确安装，或者myseq.fa是一个独立的文件

浏览 0提问于2017-06-05得票数 0

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Biopython SeqIO错误:在赋值之前引用了局部变量'qual‘

biopython

我给一家商业机构送了一些Sanger测序的样本。我可以使用下面的命令读取他们发送的文件 from Bio import SeqIOrec = SeqIO.read("isolation-round4/3dr23现在，如果我尝试在输出上运行相同的命令，我会得到一个错误： File "C:\Users\Anaconda3\lib\site-packages\Bio\SeqIO\AbiIO.py", line 462, in AbiIterator

浏览 27提问于2020-08-15得票数 0

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安装Biopython需要帮助

python-2.7、biopython

我下载了biopython版本1.59，并尝试用python运行设置代码，但它不起作用。我遗漏了什么？当我尝试在idle中运行安装文件时，我得到了这个错误消息：File "/Users/Cliff/Downloads/biopython

浏览 2提问于2012-05-27得票数 2

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我在安装BioPython时遇到错误，模块无法打开

python、python-3.5、biopython

我按照开发人员提供的安装说明安装了biopython，如下所示: Python我得到了以下错误(参见下面的消息)，我认为所有问题的主要问题是python3.5 -m pip install biopython完整输出： $ python3.5 -m pip install biopython profiling:/media/biosys5/bigDisk/Users/Programs/Python-3.5.9/fil

浏览 18提问于2020-03-27得票数 0

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Spyder中的ModuleNotFoundError

package、spyder、biopython

我尝试在Spyder中导入biopython包，得到错误消息：尽管已经安装了biopython。我还检查了PYTHONPATH:有一个路径设置到存储包的目录中。有人能帮帮忙吗？我错过了什么吗？谢谢你的帮忙!

浏览 0提问于2018-04-18得票数 2

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如何在PyPy上使用Biopython？

python、bioinformatics、pypy、biopython

我知道PyPy在Biopython中与Numpy和其他东西有问题，但是并不是所有的BioPython模块都使用这些东西.有人知道如何将模块Bio导入和使用到PyPy?中

浏览 5提问于2012-12-07得票数 2

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pip卸载-什么被删除了？

python、pip、wildcard、delete-file、biopython

我有一条使用生物工程的管道。我安装了一个不同的软件，它也使用了biopython，它覆盖了我现有的biopython版本，给了我最新的版本。我的一些管道现在不再工作了，我怀疑这是因为它们使用了以前的biopython管道中已经过时的元素，这些元素不再可以使用。

浏览 10提问于2022-08-18得票数 0

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biopython没有名为Bio的模块

python、python-3.x、pip、bioinformatics、biopython

在运行我的python代码之前，我在cmd提示符中安装了biopython：然后，当我尝试在python中导入它时，我得到了一个错误提示'No modulenamed Bio‘同样的事情也发生在需要注意的是，我已经更新了PIP并运行了python 3.5.2。我感谢任何人的帮助。

浏览 12提问于2018-04-16得票数 14

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肌肉命令行包装器

python、command-line-interface、bioinformatics、biopython

我正在使用biopython模块作为基础，但是用于biopython的命令行包装器意味着语法： print(muscle_cline)muscle -in Example.fasta -out Examplealn.fasta这意味着，当我

浏览 2提问于2022-01-19得票数 1

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anaconda中的biopython，而不是jupyter笔记本

python、jupyter-notebook、biopython

我正在尝试在Jupyter Notebook，Anaconda，Ubuntu 16.04中安装biopython。我遵循biopython website中的过程，它在python上运行。Traceback (most recent call last) 1 # biopython2 from Bio.PDB.PDBParser import PDBParser ModuleNotFoundErr

浏览 25提问于2019-03-21得票数 0

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Biopython无法在UNIX、Ubuntu或Mac OS中工作

python、ubuntu、biopython

我一直收到的错误如下：我已经尝试重新安装Biopython，重新构建它，并更改路径(正如Stackoverflow上所有建议的那样，但我仍然收到此错误消息。我根据pypi.python.org站点的说明构建了Biopython：python setup.py test sudo pytho

浏览 2提问于2016-06-14得票数 0

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警告: Xcode的命令行工具似乎没有安装；大多数端口可能无法构建

python、macos

我正试着在我的新mac上安装biopython。其中已经安装了Python 2.7。要安装biopython，我发现与macports一起安装是很好的。然后尝试使用以下命令安装biopython : sudo port install py27-biopython，但最终得到如下警告:警告: Xcode的命令行工具似乎没有安装；大多数端口可能无法构建。->计算py27的依赖关系错误:无法执行端口:无法读取"build.

浏览 24提问于2012-03-28得票数 16

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Biopython安装问题："ImportError:没有名为bio的模块“

python、biopython

我正在尝试在Windows8 x64上安装Python2.7.5和最新版本的Biopython (以及必备的NumPy)。我已经尝试运行所有这些程序的安装程序文件，虽然每次安装似乎都很顺利，但当我测试Biopython是否已安装时(根据biopython wiki的说明)，我得到一个错误：TracebackImportError: No module named bio对于这

浏览 4提问于2013-08-27得票数 1

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Biopython错误-系统找不到指定的文件

python、eclipse、pydev、biopython

我遇到了一个我无法解决的错误。query=qr, out=output, evalue=e, outfmt=7) 我所犯的错误是the file specifiedEclipse版本:3.7.1PythonVersion2.7OS: 64位Windows 7 我也在32位Windows上尝试过这一点，它也会产生同样的错误.Biopython包应该

浏览 1提问于2012-01-19得票数 1

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Biopython CodonTable错误？

python、biopython

我正在写一些代码，旨在将模棱两可的DNA代码翻译成可能的氨基酸，我看到了来自Biopython1.56包的一些奇怪的翻译。它似乎正在将模棱两可的DNA代码转换为'J‘，而’J‘并不是作为任何东西的代码存在的。我在Mac OS 10.6.6上运行python 2.6.1。ARAWTAGKAMTA')'XJXJ' 我已经查看了Bio.Data

浏览 1提问于2011-02-19得票数 1

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如何在anaconda中安装biopython？

python、syntax、anaconda、biopython

我得到SyntaxError:无效语法你能帮我在anaconda (3)中安装biopython吗？

浏览 12提问于2018-08-31得票数 2

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安装biopython时出现问题

python-2.7、biopython

我正在遵循Biopython网站()的说明，但在安装过程中不断收到错误。我的笔记本电脑上安装了python2.7。python2.7 -m pip install biopythonNo module named pipsudo apt-get installpython-pipsudo: apt-get: command not found

浏览 41提问于2017-07-12得票数 0

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在Mac上更新python版本

python、macos-catalina、biopython

我刚买了一台python，预装的MacBook版本是2.7.x，我正在尝试安装biopython，但这需要Python3.6或更高版本。我怎么才能让它识别3.8.5或3.6以上的版本呢？

浏览 7提问于2020-09-19得票数 2

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Biopython的马尾和肌肉

python、biopython

我在使用biopython时遇到了问题，我有PythonVersion3.3，我安装了biopython-1.61.win-AMD 64-py3.3，我想将Clustalw或Muscle的DNA序列对齐对于Clustalw:我得到以下错误：对于Muscle>>> muscle_cline = MuscleCommandline(input=

浏览 1提问于2014-01-20得票数 1

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