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生信入门第1课

我写公众号的最初目的就是督促自己学习,分享一些教程,和专门搞生信的大佬们比起来,自己也就是菜鸟一枚,公众号更新也比较佛系,也不做推广,你能自行关注到,完全靠缘分。我就是分享一些生信基础的生信分析技能,以满足大家在科研工作中的生信需求。说实话,大家需要给你自己以定位,自己做纯生信的还是只是借助生信为大家在湿实验中提供思路,或者文章中添加一些生信内容。如果你是做纯生信,那也是分档次和研究方向的,如果只是分析别人的数据,比如预后模型这种,属于比较低端的水平。有的做开发,比如开发一个R包或者一些其他生信分析工具,又或者是建数据库,这些属于开发类。另外,这个也和研究领域有很大关系,植物的,人的,微生物的,是有区别的,当然,很多基础工具都差不多,但需要相关的知识背景。我自己主要是做药,癌症,所以我会的技能主要和自己研究方向相关的,我也不是什么都掌握,因为我觉得,具备基础知识储备后,自己用到什么就去现学现卖,而不是一下子学会很多东西等着以后用,我个人认为这是效率极其低下的。

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Python高阶函数

函数是Python内建支持的一种封装,我们通过把大段代码拆成函数,通过一层一层的函数调用,就可以把复杂任务分解成简单的任务,这种分解可以称之为面向过程的程序设计。函数就是面向过程的程序设计的基本单元。 而函数式编程(请注意多了一个“式”字)——Functional Programming,虽然也可以归结到面向过程的程序设计,但其思想更接近数学计算。 我们首先要搞明白计算机(Computer)和计算(Compute)的概念。 在计算机的层次上,CPU执行的是加减乘除的指令代码,以及各种条件判断和跳转指令,所以,汇编语言是最贴近计算机的语言。 而计算则指数学意义上的计算,越是抽象的计算,离计算机硬件越远。 对应到编程语言,就是越低级的语言,越贴近计算机,抽象程度低,执行效率高,比如C语言;越高级的语言,越贴近计算,抽象程度高,执行效率低,比如Lisp语言。 函数式编程就是一种抽象程度很高的编程范式,纯粹的函数式编程语言编写的函数没有变量,因此,任意一个函数,只要输入是确定的,输出就是确定的,这种纯函数我们称之为没有副作用。而允许使用变量的程序设计语言,由于函数内部的变量状态不确定,同样的输入,可能得到不同的输出,因此,这种函数是有副作用的。 函数式编程的一个特点就是,允许把函数本身作为参数传入另一个函数,还允许返回一个函数! Python对函数式编程提供部分支持。由于Python允许使用变量,因此,Python不是纯函数式编程语言。

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学习一门新的语言

虽然我大学本科读的不是计算机专业,但当时正处在计算机信息化的时代,工科学生都会安排学习一些计算机相关知识。我学的第一门计算机编程语言是 FORTRAN,此后在学校陆续学习了 C 、汇编、PASCAL 等语言。毕业之后,学习的编程语言更多,总共算下来有十几门。这些语言,有的是自己主动去学习,更多的则是工作需要,边学边做项目。其实我也很羡慕有些同学可以专精一个领域,将某个语言学到极致。不过人在江湖飘,很多时候也是身不由己。做项目的时候,哪个语言做起来快,做起来简便,就会选择哪门语言。此外,不同的公司有不同的语言偏好,如果中间换过几家公司,少不了要去学习新的语言。

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领券