组合phylo对象中的冗余节点

文章/答案/技术大牛

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r、phylogeny、ape-phylo

我有一个phylo对象，在R中，如果绘制，它看起来像这样： library(phytools) plotTree(zphylo) + nodelabels() ? 只有标记为85和56的节点才能提供系统发育结构的信息。其他节点妨碍了我，我想合并落在同一分支上的所有其他节点。(例如，我想组合{31，83，84}，{89..92}，{86..88}和{35..44})。你能帮上忙吗？下面是可重现性的</e

浏览 46提问于2019-02-21得票数 0

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R phylo对象:如何连接节点标签和节点编号

r、tree、nodes、phylogeny、ape

R中的phylo对象可以具有内部节点标签(phylo_obj$node.label)，但许多R函数使用节点编号而不是节点标签。甚至phylo对象本身也使用节点编号来描述边(phylo_obj$edge)，并且似乎没有将内部节点标签直接映射到这些用于phylo_obj$edge的节点编号。如何将节点</e

浏览 67提问于2018-08-06得票数 2

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图树式数据与时间(包括一个子节点)

r、ggplot2、recursion、tree

我有一些简单的树状边缘数据(例如下面的数据)，具有以下特点：我想把这些数据绘制成一棵树，沿一维绘制时间，这样边的长度与dt成正比(例如，下面的草图)。，我如何在R?中做到这一点？我研究了ape和data.t

浏览 1提问于2022-08-11得票数 0

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在R中查找Phylo* / Phylo4对象中的分支长度总和*

r、tree、statistics、bioinformatics

我现在正在解决的问题要求，给定R中的一个系统发育树对象和该树的一个特定末端，我需要找到该末端之前所有分支长度的总和。在phylo或phylo4对象中找到它将是等效的，因为我可以在这两种对象之间自由转换。我想这不应该太复杂了。"“包提供了一个查找预先指定节点的所有祖先节点的函数，我们可以使用phylo

浏览 0提问于2011-08-07得票数 1

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如何使用R中的变量为未根树的分支着色

r、phylogeny、ape-phylo、ggtree

我想从输入的单倍型数据中生成无根邻居加入树，然后根据变量对树的分支进行着色。我正在使用软件包Ape和ggtree。单变量和协变量(元数据)位于两个具有匹配样本名称的单独文件中。via neighbour joining method我可以在Ape中绘制这棵树：plotTRUE, edge.width=1.

浏览 9提问于2020-02-19得票数 2

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在R中将cutree与phylo对象(无根树)一起使用

r、phylogeny、hclust

我想使用cutree()函数将一个系统发育树聚类到指定数量的分支中。但是，phylo对象(无根的系统发生树)不是不可测的，因此在使用as.hclust.phylo()时会返回错误。目标是在保留最大多样性的同时对树的尖端进行子采样，因此希望通过指定数量的分支进行聚类(然后从每个分支中随机采样一个分支)。这将针对具有不同数量的所需样本的多个树进行。在将无根树强制为hc

浏览 3提问于2015-12-18得票数 5

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如何在R中以NEWICK格式附加集群(树)节点的引导值

r、tree、cluster-analysis、dendrogram、pvclust

作为输入文件(或字符串)，该工具使用，这是一种用括号和逗号表示图论树边长的方法。此外，还可能支持其他信息，例如集群节点的引导值。numOutlier=5, numReplicate=2, fileName="chk1")之后，我使用pvclust包进行了集群分析，并通过引导来评估对集群节点的支持method.dist="correlation",nboot=100)下面是集群和引导值：

浏览 8提问于2014-03-30得票数 4

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将PHYLIP文本文件转换为PNG图像

perl、tree、bioinformatics、scientific-computing、bioperl

有人知道我如何用perl编程将文本格式的文件转换为PNG映像吗？树文件：B:6.0, A:5.0, E:4.0) D:11.0); 我尝试过使用模块，但它将不正确的节点写入SVG文件。

浏览 3提问于2014-12-18得票数 1

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有没有办法在Biopython Phylotree中从头开始构建树？

python、bioinformatics、biopython、phylogeny

我正在尝试使用Biopython Phylo构建一个二叉树，但是我不能向当前节点添加新的子节点，并且我没有XML文件或任何类型的类似数据可供读取。我只想写代码，这样它就可以构建和绘制具有不同边大小的树。下面是我的代码： from Bio.Phylo.BaseTree import Tree, Clade lengths = [10, 12, 32, 44]branch_length=len

浏览 45提问于2020-07-02得票数 1

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->树状图-> phylo？

r、bioinformatics、hierarchical-clustering、dendrogram、dendextend

我有具有数百个节点和长标签的hclust层次化集群对象。例如，一个家族中多个基因的同义词。见下文。我看不出有什么方法可以把切割的树状图转换成phylo对象。> as.phylo(as.dendrogram(hc)) Error in UseMethod(&q

浏览 8提问于2015-08-12得票数 0

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BioPython中系统发育树的子树

python、tree、bioinformatics、biopython

我有一个newick格式的系统发育树。我想根据终端节点的标签拉出一个子树(因此基于物种列表)。我正在使用的树的副本可以在这里找到：from Bio import Phylotree= Phylo.read('dm6.27way.nh', 'newick')sp

浏览 25提问于2016-08-19得票数 1

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使用data.frame中的变量设置phylo对象中的edge.lenth

r、phylogeny、ape-phylo

我想使用data.frame中的一个变量来设置phylo对象中的"edge.length“。phylo对象中的"node.label“"tip.label”对应于data.frame中的行名。在确保数据正确匹配的同时，如何使用data.frame中的变量设置edge.length？在下面的代码<em

浏览 3提问于2018-11-27得票数 0

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用ape绘制R中的相同序列

r、plot

你好，我有系统发育树的深层测序数据。问题是，很多序列是相同的，所以我想让那些有x个相同序列的节点用一个大小为x的圆来表示，这在R中很容易用APE软件包来表示。问题是，我有两组序列，我想要不同的颜色。例如，在节点1，30%的相同序列来自第1组，70%来自第2组。理想情况下，节点上的这些圆圈实际上是饼形图，显示不同的表示，但我不知道如何计算矢量来喂养猿。有什么想法吗？

浏览 3提问于2014-04-02得票数 0

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ape包-打印生成树

r、phylogeny、ape-phylo

我使用R中的ape包来生成系统发育树。我想打印出生成的树以png格式，以便我可以管道的图像到一个网站。我似乎找不到打印生成树的命令(如果可能的话)。如有一些建议/见解，将不胜感激。

浏览 1提问于2018-04-09得票数 0

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显示图像中的相互作用簇

r、cluster-analysis、igraph、hierarchical-clustering

我有一个交互网络，我使用以下代码创建一个邻接矩阵，然后计算网络节点之间的不同，然后将它们聚在一起形成模块：dissADJ1<-1-ADJ1plot.igraph(g)phylo_tree = as.phylo(hierADJ)

浏览 6提问于2016-07-02得票数 2

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系统发育节点的顺序

r、plot、phylogeny

我正在使用语言发展史在R中绘制一些情节。我想在系统发育图的末端节点之后画一排方块，并给它们着色，以表示一些变量。谢谢, 相同的

浏览 0提问于2014-10-23得票数 1

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在给定容差截止值的情况下折叠树状图

r、dendrogram、dendextend

我想在给定容差截止值的情况下折叠dendrogram的分支。dend %>% ladderize %>% plot(horiz = TRUE); abline(v = .2, col = 2, lty = 2)与dendextend的中的dendrogram不同，我想将所有折叠的分支(即，垂直红色虚线上的任何分支)替换为三角形，类似

浏览 5提问于2017-01-26得票数 2

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如何用引导值注释ggtree对象？

r、ggplot2、bioinformatics、phylogeny、ggtree

我有一个phylo类的系统发育树，有24个提示和23个内部节点。我使用boot.phylo对这棵树和数据进行了引导分析，其中返回了23个引导值的向量。我从原始树创建了一个ggtree对象，现在正在尝试将引导值添加到节点中。我做错了什么，但我不知道是什么。isTip, label=bphylo$BP))length(which(gg.tr$data$isTip

浏览 0提问于2018-10-23得票数 2

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随机化中的cor_cophenetic行为

r、hclust、dendextend

我在R中工作，使用dendextend包，尝试将hclusts对象与cop_cophenetic进行比较。cor_cophenetic(as.phylo(clusts), as.phylo(clusts1))cor_cophenetic(as.dendrogram(clusts), as.phylo.hclust

浏览 18提问于2017-07-10得票数 1

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Ape包-提取节点之间的距离

ape

我的想法是提取对应于每个节点的提示标签以及节点之间的距离。我该怎么做呢？非常感谢你的帮助

浏览 11提问于2017-02-22得票数 0

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