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四行代码完成单细胞转录组的降维聚类分群

,我提到了一个很无聊的R包,名字是:scRNAstat ,它可以4行代码进行单细胞转录组的降维聚类分群,其实完全没有技术含量, 就是把 Seurat 流程的一些步骤包装成为了4个函数: basic_qc...clustree) library(cowplot) library(dplyr) x='check_pbmc3k_by_scRNAstat' dir.create( x ) 接下来 就是正餐啦, 四行代码完成单细胞转录组的降维聚类分群...细胞,而4是CD8的T细胞,第8群是NK细胞,第10群的DC细胞,而0,2,3,9都是CD4的T细胞,其中5,6,7都是髓系而且主要是单核细胞。...去除细胞效应和基因效应 06.单细胞转录组数据的降维聚类分群 07.单细胞转录组数据处理之细胞亚群注释 08.把拿到的亚群进行更细致的分群 09.单细胞转录组数据处理之细胞亚群比例比较 最基础的往往是降维聚类分群...,参考前面的例子:人人都能学会的单细胞聚类分群注释 总结一下 对任意的 Seurat 包需要的变量格式,sce,都是可以走下面的 四行代码完成单细胞转录组的降维聚类分群: sce = basic_qc(

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矩阵的三种存储方式---三元组法 行逻辑链接法 十字链表法

具体操作是:将非零元素所在的行、列以及它的值构成一个三元组(i,j,v),然后再按某种规律存储这些三元组,这种方法可以节约存储空间 。   如下图所示为一个稀疏矩阵,我们应该怎么样存储呢?...  使用三元组顺序表存储稀疏矩阵,我们每次访问其中一个元素都要遍历整个矩阵,效率比较低。...我们可以使用一个一维数组来存储每行第一个非零元素在一维数组中的位置,这样就可以提升访问效率。这样的表就叫做行逻辑链接的顺序表。   ...当我们访问矩阵的时候,就可以从行/列头指针数组中取出对应的指针,就可以访问这一行或者这一列的元素了。 ? ?   链表中节点的结构应如下图。...,我们每次从行/列头结点数组中取出每一行或者每一列的第一个节点依次往下访问就可以了,和普通的链表访问没有区别。

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    GreenPlum的角色权限及客户端认证管理

    为了记录和审计,允许每个允许登录Greenplum数据库的用户拥有自己的数据库角色。对于应用程序或Web服务,考虑为每个应用程序或服务创建不同的角色。 使用组来管理访问权限。...而CREATE USER创建的用户默认带有LOGIN属性 Greenplum数据库不支持行级访问或行级标记的安全性。...可以使用视图来限制所选行的行来模拟行级访问。 1.6.角色的成员关系 将用户组织在一起以简化对象特权的管理常常会很方便:那样,特权可以被授予给一个组整体或者从一个组整体收回。...例如: =# REASSIGN OWNED BY sally TO bob; =# DROP OWNED BY visitor; 3.行和列级访问控制 不支持行级或者列级访问控制,也不支持标记安全性。...可以使用视图来限制被选择的列或行来模拟行级和列级访问。可以对表增加一个额外的列来存储敏感度信息以模拟行级标签,然后使用视图基于这一列来控制行级访问。然后可以为角色授予这些视图的访问而不是基表的访问。

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    选择:成本和安全?我都要!

    行级安全策略 RLS(ROW Level Security) 是PostgreSQL 9.5版本之后的新增特性,提供了基于行的安全策略,限制数据库用户的查看表数据权限。...这样用户根据 SQL 特权系统具有对表的访问特权,对于查询或更新来说其中所有的行都是平等的。...当在一个表上启用行安全性时,所有对该表选择行或者修改行的普通访问都必须被一条行安全性策略所允许(不过,表的拥有者通常不服从行安全性策略。...同时腾讯云数据库结合云安全访问策略,使实例的隔离与下线接口掌握在不同权限的负责人手中。这样做可对高危操作进行管理隔离,避免单一人员风险导致的数据库安全问题。...除了通过访问控制策略之外,腾讯云数据库还可以基于商业流程服务BPaaS 与云函数SCF的结合形式,在云上实现审批流服务,使高危操作都受到审批流的管理。

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    数据库原理 笔记

    杂 在关系数据库管理系统中,创建的视图在数据库三层结构中属于模式。(×) 若在一个关系中,某一个属性或属性组的值能唯一地标识该关系的元组, 而其真子集不行,则称该属性或属性组为候选码。...数据库系统从哪些方面来保证数据的安全性?...①身份认证 ②用户操作对象的权限 ③视图 ④存储过程 在数据库设计中,将E-R图转换成关系数据模型的过程属于(逻辑设计阶段) 若系统在运行过程中,由于某种硬件故障,使存储在外存上的数据部分损失或全部损失...列次序 可 任意交换 √ - 3. 行次序 可 任意交换 √ - 4....一列 的值 可 来自不同域 × 候选码:候选码 都可 唯一标识 一元组 √ 关系操作:操作对象、结果 都是 集合 若存一职工表,有“性别”列,要求此属性值 仅“男”或“女”,此属于?

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    DBA | 炼气期,数据库技术基础知识概述!

    该阶段主要特点为: 数据可长期保存:数据可以长期保存在磁盘、磁鼓等存储设备中,可反复进行操作; 有文件系统管理数据:文件系统按一定规则将数据组织成一个个互相独立的数据文件,利用“按文件名访问,按记录进行存取...数据的安全性 (Security): 指存储介质的物理安全、数据的保密程度或是访问权限、网络安全等 数据的完整性 (Integrity): 是指在进行数据库设计时要站在全局需要的角度进行抽象和组织数据,...作用:存储结构变化,可修改映像使逻辑结构(模式)保存不变,从而使应用程序不必修改,保证了数据与程序的物理独立性。..., 数据以行(元组)和列(属性)形式的关系的二维表示,表中的每一行都具有相同的一组列。答: 关系数据库是将数据存储在关系(表)中的数据库。...关系模型主要有以下几个方面: 数据结构: 定义良好的对象存储或访问数据库的数据。 操作控制: 明确定义的操作使应用程序能够操作数据库的数据和结构。 管理机制:完整性规则管理对数据库数据和结构的操作。

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    从零开始学PostgreSQL (四): 数据库角色

    概述 在 PostgreSQL 中,角色(Roles)是用来管理数据库访问权限的一种机制。一个角色可以被认为是一个用户或一组用户。...创建角色:角色是否可以创建新的角色。 继承权限:角色是否可以继承其成员的权限。 永久连接:角色是否在连接建立时始终有效。 绕过行级安全性:角色是否可以绕过行级安全策略直接访问数据。...绕过表级安全性:角色是否可以绕过表级安全策略直接访问数据。 超级用户:角色是否具有超级用户权限。...创建不继承权限的角色: CREATE ROLE name NOINHERIT; 8.绕过行级安全 除了超级用户外,必须显式授予角色绕过所有行级安全(RLS)策略的权限。...创建具有绕过行级安全权限的超级用户角色: CREATE ROLE name BYPASSRLS; 9.连接限制 连接限制指定角色可以建立的并发连接数。-1(默认值)表示没有限制。

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    Extreme DAX-第5章 基于DAX的安全性

    使用行级别安全性保护 Power BI 模型。 为分层数据配置安全性。 保护属性或表中的单个列。 确保度量值的聚合级别。...图5.2 查找安全性选项 我们可以将人员单独添加到安全角色,通过添加电子邮件地址或作为(安全)组的形式。 请注意,将某人添加到安全角色并不能保证他正常访问数据集,必须同时满足下面两个条件才可以。...表级别安全性(Table-level security):在安全角色中使整个表从视图中消失。 列级别安全性(Column-level security):使表中的一个或多个列消失。...使用值级别安全性,可以授予用户访问某些行中列的值的权限,但不能访问其他行中的列值。...另一组行还包含EmpNr的所有值,但在私有列中是空白值(或你选择的任何其他显示方式),我们将这些行称为负行。附加列 Private 有助于区分正行和负行。图5.21示意性地显示了这一点。

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    Linux系统安全基础知识

    基本的系统安全 物理安全和登录安全 禁用root登录和sudo 可插拔认证模块(PAM) 基于PAM的口令安全和口令策略 基于PAM的访问控制 1、基本的系统安全 安全的磁盘布局 使用挂装选项提高文件系统的安全性...,使之能运行部分或全部由 root (或另一个)用户执行的命令 sudo 设计者的宗旨:给用户尽可能少的权限但仍允许完成他们的工作 当然系统只有单个系统管理员时也可以使用 六、/etc...4、可插播认证模块(PAM) 可插拔认证模块(PAM) 5、基于PAM的口令安全和口令策略 可插拔认证模块(PAM) 基于PAM的口令安全和口令策略 基于PAM的访问控制...基于PAM的口令安全和口令策略 6、基于PAM的访问控制 基于PAM的访问控制 5、基于PAM的口令安全和口令策略 可插拔认证模块(PAM) 基于PAM的口令安全和口令策略...基于PAM的访问控制 4、可插播认证模块(PAM)

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    Linux笔记

    为了保护系统的安全性,Linux系统对不同的用户访问同一文件(包括目录文件)的权限做了不同的规定 使用ll或者ls –l命令来显示一个文件的属性以及文件所属的用户和组 ?...-A :相当于 -vET 的整合选项,可列出一些特殊字符而不是空白而已; -b :列出行号,仅针对非空白行做行号显示,空白行不标行号!...用户的账号一方面可以帮助系统管理员对使用系统的用户进行跟踪,并控制他们对系统资源的访问;另一方面也可以帮助用户组织文件,并为用户提供安全性保护。...;一个组中可以有多个用户,一个用户也可以属于不同的组 当一个用户同时是多个组中的成员时,在/etc/passwd文件中记录的是用户所属的主组,也就是登录时所属的默认组,而其他组称为附加组 用户要访问属于附加组的文件时...,必须首先使用newgrp命令使自己成为所要访问的组中的成员 此文件的格式也类似于/etc/passwd文件,由冒号(:)隔开若干个字段 组名:口令:组标识号:组内用户列表 "组名"是用户组的名称

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    2020最新版MySQL数据库面试题(二)

    事务是一个不可分割的数据库操作序列,也是数据库并发控制的基本单位,其执行的结果必须使数据库从一种一致性状态变到另一种一致性状态。事务是逻辑上的一组操作,要么都执行,要么都不执行。...InnoDB支持行级锁(row-level locking)和表级锁,默认为行级锁 行级锁,表级锁和页级锁对比 行级锁 行级锁是Mysql中锁定粒度最细的一种锁,表示只针对当前操作的行进行加锁。...页级锁 页级锁是MySQL中锁定粒度介于行级锁和表级锁中间的一种锁。表级锁速度快,但冲突多,行级冲突少,但速度慢。所以取了折衷的页级,一次锁定相邻的一组记录。...视图使开发者只关心感兴趣的某些特定数据和所负责的特定任务,只能看到视图中所定义的数据,而不是视图所引用表中的数据,从而提高了数据库中数据的安全性。 视图有哪些特点?...可以给用户授予表的特定部分的访问权限而不是整个表的访问权限; 更改数据格式和表示。视图可返回与底层表的表示和格式不同的数据。 视图的优点 查询简单化。

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    2020最新版MySQL数据库面试题(二)

    事务是一个不可分割的数据库操作序列,也是数据库并发控制的基本单位,其执行的结果必须使数据库从一种一致性状态变到另一种一致性状态。事务是逻辑上的一组操作,要么都执行,要么都不执行。...InnoDB支持行级锁(row-level locking)和表级锁,默认为行级锁 行级锁,表级锁和页级锁对比 行级锁 行级锁是Mysql中锁定粒度最细的一种锁,表示只针对当前操作的行进行加锁。...页级锁 页级锁是MySQL中锁定粒度介于行级锁和表级锁中间的一种锁。表级锁速度快,但冲突多,行级冲突少,但速度慢。所以取了折衷的页级,一次锁定相邻的一组记录。...视图使开发者只关心感兴趣的某些特定数据和所负责的特定任务,只能看到视图中所定义的数据,而不是视图所引用表中的数据,从而提高了数据库中数据的安全性。 视图有哪些特点?...视图可返回与底层表的表示和格式不同的数据。 视图的优点 查询简单化。视图能简化用户的操作 数据安全性。视图使用户能以多种角度看待同一数据,能够对机密数据提供安全保护 逻辑数据独立性。

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    常见网络协议汇总(一)

    “网络协议”是指为完成特定的任务而制定的一套规则。网络协议通常用来表示数据传输中一组用于实现一个或多个OT模型级别的规则或规范。在通信时,网络协议定义了在通信时如何进行通信。...,然后将包含下一级域名信息的DNS服务地址返回给本地DNS服务器4.本地DNS服务器利用根域名服务器解析的地址访问下一级DNS服务器,得到再下一级域的DNS服务器地址5.按照上述递归方法逐级接近查询目标...延时的长度可包含在服务器的Retry-After头信息中 HTTP协议的特点支持服务器/客户端模式传输较快速,客户端向服务器发送请求,只需要传输请求方法和路径灵活,HTTP允许传输任意类型的数据对象无连接...HTTP1.X和HTTP2.0的区别增加二进制格式解析:HTTP1.X解析基于文本,而文本格式本身就具有多样性,很多场景下不方便,而引入二进制后,只有0和1组合,使解析更加方便也增强了健壮性多路复用:即每个...而换个角度如果使用两次非对称加密,即两组公钥,两组私钥,客户端服务端各持一组,理论上可以达到安全,但实际HTTPS并未采用,因为非对称加密耗时十分大    证书:    单有混合加密技术,看似已经保证了传输的安全性

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    Oracle数据库的安全性措施概述

    对于基本表Oracle支持三个级别的安全性:表级、行级和列级。  ...(2)行级安全性   Oracle行级安全性由视图实现。用视图定义表的水平子集,限定用户在视图上的操作,就为表的行级提供了保护。视图上的授权与回收与表级完全相同。  ...在Oracle中,表、行、列三级对象自上而下构成一个层次结构,其中上一级对象的权限制约下一级对象的权限。...用户级审计是任何Oracle用户可设置的审计,主要是用户针对自己创建的数据库表或视图进行审计,记录所有用户对这些表或视图的一切成功和(或)不成功的访问要求以及各种类型的SQL操作。  ...类似的,用户还可以利用触发器进一步细化审计规则,使审计操作的粒度更细。

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    【自己动手画CPU】存储系统设计

    ,可一次性提供一个汉字的256位点阵显示信息,右侧是实际显示区域,用于观测汉字显示是否正常。...计数器模块的使能端受命中信号驱动,缺失时使能端无效,计数器不计数,等待系统将待请求数据所在块从二级存储器中调度到 cache 后才能继续计数。...计数器模块的使能端受命中信号驱动,缺失时使能端无效,计数器不计数,等待系统将待请求数据所在块从二级存储器中调度到 cache 后才能继续计数。...计数器模块的使能端受命中信号驱动,缺失时使能端无效,计数器不计数,等待系统将待请求数据所在块从二级存储器中调度到 cache 后才能继续计数。...计数器模块的使能端受命中信号驱动,缺失时使能端无效,计数器不计数,等待系统将待请求数据所在块从二级存储器中调度到 cache 后才能继续计数。

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    计算机结构 cheatsheet

    CPU访问主存时,Cache控制器会检查所有Cache行,看是否有与主存块匹配的标记 冲突概率最低,实现复杂,硬件开销大,因为需要比较所有Cache行的标记。...访问Cache时可能需要较长的时间,因为需要搜索整个Cache空间 组相联映像(Set Associative Mapping) Cache行被分为若干组,主存的块首先映射到一个特定的组,然后在该组内寻找空闲的行来存储...通常主存块号的一部分用于确定组号,另一部分与Cache行内的标记进行比较 当多个主存块映射到同一组时在组内竞争行,不同组之间不会有冲突 虚存 CPU访问虚拟地址,空间大于主存的物理地址 页式page:固定页长...,操作系统任务调度属于资源共享 计算机安全 信息安全的基本要素: 保密性:信息不被未授权的第三方获取 完整性:信息不被篡改 可用性:系统能够正常工作可访问 可控性:信息在传输范围和存放空间内的可控 不可否认性...:参与者无法否认或抵赖,可审查性 计算机的安全等级 加密技术: 对称:AES(高级加密标准)DES(数据加密标准)3DES(三重数据加密算法) 非对称: RSA(基于密钥的长度和大数分解) 椭圆曲线加密

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    【21】进大厂必须掌握的面试题-65个SQL面试

    主键 是一列(或列的集合)或一组列的唯一标识表中的每一行。 唯一标识表中的一行 不允许为空值 示例-在学生表中,Stu_ID是主键。 Q8。 什么是约束?...一些优点是: 更好的数据库组织 表格越多行越少 高效的数据访问 更大的查询灵活性 快速查找信息 实施安全性更容易 易于修改 减少冗余和重复数据 更紧凑的数据库...SQL中的组功能有什么需求? 组函数在一组行上工作,并且每个组返回一个结果。一些常用的组函数是:AVG,COUNT,MAX,MIN,SUM,VARIANCE。 Q34。什么是关系,它们是什么?...此递归函数或过程可帮助程序员多次使用同一组代码。 Q40。什么是SQL中的CLAUSE? SQL子句通过为查询提供条件来帮助限制结果集。子句有助于从整个记录集中过滤行。...使用它的原因如下: 限制对数据的访问。 使复杂的查询变得简单。 确保数据独立性。 提供相同数据的不同视图。 Q56。什么是存储过程?

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    计算机三级(数据库)备考题目知识点总结

    1.DBAS需求分析阶段的一项重要工作是分析DBAS应具有的性能指标,主要包括:①数据操作响应时间,或数据访问响应时间;②系统吞吐量,即指系统在单位时间内可以完成的数据库事务或查询的数量;③允许并发访问最大用户数...自主存取控制很灵活,但在采用自主存取控制策略的数据库中,这种由授权定义的存取限制很容易被旁路,使系统无法对抗对数据库的恶意攻击。因此,在要求保证更高程度的安全性系统中采用了强制存取控制的方法。...数据库级的安全性通过用户身份认证和授予用户相应系统权限来保证,而表级、行级、列级的安全性是通过授予或回收对象特权保证的。...ORDER BY子句可确定在特定分区中为行分配唯一ROW_NUMBER的顺序。 NTILE():将有序分区中的行分发到指定数目的组中。各个组有编号,编号从一开始。...对于每一个行,NTILE 将返回此行所属的组的编号。

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    ML.NET介绍:最常使用的数据结构IDataView

    开放组件系统:虽然ML.NET代码有一个越来越大的IDataView组件库,但是可以在其他代码库中实现与这些组件互操作的其他组件。 Cursoring:通过行游标顺序访问视图的行。...要访问视图中的数据,可以通过调用GetRowCursor方法从视图中获取行游标。行游标是视图中单个行(即当前行)上的可移动窗口。行游标提供当前行的列值。光标的MoveNext()方法前进到下一行。...注意,行游标不是线程安全的;它应该在单个执行线程中使用。但是,多个游标可以在相同或不同的线程上同时活动。 延迟计算:当只请求列的一个子集或行的一个子集时,可以并且通常避免对其他列和行的计算。...某些转换、加载器和缓存场景的计算可能是推测性的或急切的,但默认情况下只执行所请求的列和行所需的计算。 不可变性和可重复性:视图提供的数据是不可变的,执行的任何计算都是可重复的。...Clustering 对一组对象进行分组,使同一组(称为集群)中的对象比其他组中的对象更相似的ML任务。这是一个探索性的任务。它不跨特定标签对项目进行分类。

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