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生信技能树七天学习小组 Day4笔记——R语言基础

(1)此时颜色不会传达关于变量的信息,仅仅改变图的外观(2)手动设置图形属性时,是将其作为几何对象函数的一个参数,位置在aes()函数的外面(3)图形属性要是有意义的值,例如颜色名称是一个字符串color...其实是因为代码错误咯,color="blue"跑到aes里面啦!mpg中的哪些变量是分类变量?哪些变量是连续变量?当调用mpg时,如何才能看到这些信息?...空白单元代表没有drv值和cyl值对应的组合(3)以下代码会绘制出什么图?“.”的作用是什么?...facet_grid()只会是单列或者单行,不需要nrow和ncol这两个参数。(6)在使用函数facet_grid()时,一般应该将具有更多唯一值的变量放在列上。为什么这么做呢?...哪些参数可以控制它的行为?(5)在比例条形图中,我们需要设定group = 1,这是为什么呢?换句话说,以下两张图会有什么问题?

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    R for data science (第一章) ②

    要在两个变量的组合上构建绘图,请将facet_grid()添加到绘图调用中facet_grid()的第一个参数也是一个公式。 这次公式应该包含两个用〜分隔的变量名。 ?...例如,条形图使用条形图,折线图使用线条图,箱形图使用箱形图格栅等。 散点图打破了这一趋势; 他们使用点geom。 如上所述,您可以使用不同的geom来绘制相同的数据。...geom_smooth()将为您映射到linetype的变量的每个唯一值绘制一个不同的线型,具有不同的线型。...在这里,geom_smooth()根据他们的drv值将汽车分成三行,描述汽车的动力传动系统。 一行描述具有4值的点,一行描述具有f值的点,并且一行描述具有r值的点。...对于这些geoms,您可以将组审美设置为分类变量以绘制多个对象。 ggplot2将为分组变量的每个唯一值绘制一个单独的对象。

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    ggplot2--R语言宏基因组学统计分析(第四章)笔记

    在散点图中,随机抖动点以减少过度绘制 尺度:每个几何属性都有一个函数,称为尺度;比例控制从数据到几何属性的映射,以确保数据值对该几何属性有效。此外,在统计变换之前执行缩放。...例如,在连续情况下,用刻度填充直方图或密度图;在离散情况下,比例用于填充直方图或条形图,或者在映射颜色、大小或形状时用于散点图。我们需要知道,映射到变量的美学属性取决于所使用的geom()函数。...刻面是在一个图中绘制多个图形。faceting的功能类似于lattice包中的panel。它经常出现在微生物组学研究的出版物上。在ggplot2中,刻面可以通过两种主要方式执行:网格刻面和包裹刻面。...使用facet_grid(公式)在栅格中绘制多个图 数据根据两个或多个变量分成亚组,facet_grid(公式)函数用来生成grid faceting。...公式可以是x~y,这表示将绘图分割成变量x的每个值的一行和变量y的每个值的一列。实现facet_grid(x~y)函数将生成一个矩阵,其中的行和列由x和y的可能组合组成。公式可以是x~.

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    R语言从入门到精通:Day17 (ggplot2绘图)

    这里,变量wt的值映射到沿x轴的距离,变量mpg的值映射到沿y轴的距离。...小面化指的是在单独、并排的图形上显示观察组。ggplot2包在定义组或面时使用因子(factor)(主要涉及函数facet_grid())。 ggplot2很强大,能够创建各种各样的信息图。...下面通过数据集Salaries中的性别和学术等级分组,绘制获得博士学位年数与薪水的关系图(图7)。 图7,博士毕业年数和薪水的散点图 ? 代码中还提供了条形图的分组绘图,留给大家自己尝试。...图10,语法facet_grid(var~.)示意图 ?...在基础图形中,函数par()被用来调整图形参数,ggplot2中则有自己的函数来完成这些改动,比如前面例子中已经出现过的函数labs()。

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    (数据科学学习手札38)ggplot2基本图形简述

    = 'bottom')+ labs(title='堆积面积图')+ theme(plot.title = element_text(hjust=0.5)) h 2.3 bar()   基础的条形图我们前面一篇中已经涉及到了...,stat = 'identity')+ labs(title='消费水平')+ theme(plot.title=element_text(hjust=0.5)) p   可以看出这时我们的堆叠条形图便而可以看作离散的堆积面积图...: library(ggplot2) library(reshape2) #载入数据 data <- airquality #统计缺失值位置并保存为矩阵 na.count <- is.na(data[...~variable) p 2.5 density()与density2d()   很多时候当我们获取的数据集样本数量足够时,通常我们可以绘制密度估计图来大致描述数据集数据的分布,ggplot2中当然提供了这类方法...= rownames(mtcars))) p + geom_text() 对出现标签遮挡的情况进行抹除(不建议使用): p + geom_text(check_overlap = TRUE)

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    缺失值可视化Python工具库:missingno

    missingno提供了一个灵活且易于使用的缺少数据可视化工具和实用程序的小型工具集,使你可以快速直观地概述数据集的完整性。...[](https://my-wechat.oss-cn-beijing.aliyuncs.com/image_20200403162803.png) 绘制缺失值条形图 条形图提供与矩阵图相同的信息,但格式更简单...绘制缺失值热力图 missingno相关性热力图可以显示无效的相关性:一个变量的存在或不存在如何强烈影响的另一个的存在。...数值为0:变量缺失值出现或不出现彼此没有影响。 热力图非常适合于选择变量对之间的数据完整性关系,但是当涉及到较大的关系时,其解释力有限,并且它不特别支持超大型数据集。...,在绝对数量,记录多久是“不匹配”或提交错误的文件,也就是说,如果您愿意,则必须填写或删除多少个值。

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    了解绘制条形图和折线图的细节

    本章将以ggplot2为主进行学习啦~~ ---- 3.1 绘制基本条形图 Q:当你有一个包含两列的数据框,一列为x轴上的位置,一列为y轴上的对应高度,基于此如何绘制条形图?...Q:如何绘制基于某些分类变量的簇状条形图?...,即c52的d21 #又缺失项时(没有值或者NA),结果会略去不绘,同时相近的条形会自动填充到相应位置 3.3 绘制频数条形图 Q:如果每行数据对应一个样本那么如何针对样本频数绘制条形图?...(0.7)) #width与dodge的默认值都为0.9,以下四条命令时等价的 geom_bar(position='dodge') geom_bar(width=0.9,position=position_dodge...scale_fill_brewer(palette = 'Pastel1') 3.8 绘制百分比堆积条形图 Q:如何绘制可展示百分比的堆积条形图?

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    R语言绘图之ggplot2

    当我们看到很多优美的绘图时,你是否会有据为己有的冲动?我反正是有的。那么今天我们就为大家介绍一下目前在R语言中流行的绘图包ggplot2。...,由斜率和截距指定 geom_area 面积图(即连续的条形图) geom_bar 条形图 geom_bin2d 二维封箱的热图 geom_blank 空的几何对象,什么也不画 geom_boxplot...绘制Q-Q图 stat_quantile 连续的分位线 stat_smooth 添加平滑曲线 stat_spoke 绘制有方向的数据点(由x和y指定位置,angle指定角度) stat_sum 绘制不重复的取值之和...等尺度坐标(斜率为1) coord_flip 翻转笛卡儿坐标 coord_map 地图投影 coord_polar 极坐标投影 coord_trans 变换笛卡儿坐标 分面函数 描述 facet_grid...使用xlim()和ylim()来设置连续型坐标轴的最小值和最大值 coord_cartesian(xlim=c(0,100),ylim=c(0,100)) guides:调整所有的text。

    5.6K10

    我们分析了复仇者联盟系列所有台词,看看英雄们最爱说什么?没有剧透!

    1、美国队长:以你的名字呼唤你-钢铁侠! ? 作为联盟的老大哥,美国队长超爱喊别人的名字。并且我们发现,他口中最经常出现的名字是就是钢铁侠。此外,还经常点名的是Sam,和Strucker。 ?...spiderman`="#A23A37", `thor`="#323D41", `ultron` ="#64727D", `vision` ="#81414F" ) 绘制条形图...具体做法是将透明的条形图全覆盖,然后从端点向里绘制白色的条形图,注意条形图是能够遮挡图片的。 ?...在数据框架中,用达到总最大值所需的余数来补充数值,这样当将值和余数组合在一起时,就会形成长度一致的线条组合。...这会将“amount”和“remaining”折叠成一个名为“variable”的列,指示它是哪个值,另一列“value”包含每个值中的数字。

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    教程 | 5种快速易用的Python Matplotlib数据可视化方法

    更多的箱体或柱体能给我们提供更多的信息,但同样也会引入噪声并使我们观察到的全局分布图像变得不太规则。而更少的箱体将给我们更多的全局信息,我们可以在缺少细节信息的情况下观察到整体分布的形状。...然后我们循环地遍历每一个组,并在 X 轴上绘制柱体和对应的值,每一个分组的不同类别将使用不同的颜色表示。 ? 分组条形图 堆叠条形图非常适合于可视化不同变量的分类构成。...绘制该图的代码与分组条形图有相同的风格,我们循环地遍历每一组,但我们这次在旧的柱体之上而不是旁边绘制新的柱体。 ?...我们可能需要清晰地可视化标准差,也可能出现中位数和平均值差值很大的情况(有很多异常值),因此需要更细致的信息。还可能出现数据分布非常不均匀的情况等等。 箱线图可以给我们以上需要的所有信息。...Matplotlib 函数 boxplot() 为 y_data 的每一列或 y_data 序列中的每个向量绘制一个箱线图,因此 x_data 中的每个值对应 y_data 中的一列/一个向量。 ?

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    5 种快速易用的 Python Matplotlib 数据可视化方法

    更多的箱体或柱体能给我们提供更多的信息,但同样也会引入噪声并使我们观察到的全局分布图像变得不太规则。而更少的箱体将给我们更多的全局信息,我们可以在缺少细节信息的情况下观察到整体分布的形状。...然后我们循环地遍历每一个组,并在 X 轴上绘制柱体和对应的值,每一个分组的不同类别将使用不同的颜色表示。 分组条形图 堆叠条形图非常适合于可视化不同变量的分类构成。...绘制该图的代码与分组条形图有相同的风格,我们循环地遍历每一组,但我们这次在旧的柱体之上而不是旁边绘制新的柱体。...我们可能需要清晰地可视化标准差,也可能出现中位数和平均值差值很大的情况(有很多异常值),因此需要更细致的信息。还可能出现数据分布非常不均匀的情况等等。 箱线图可以给我们以上需要的所有信息。...Matplotlib 函数 boxplot() 为 y_data 的每一列或 y_data 序列中的每个向量绘制一个箱线图,因此 x_data 中的每个值对应 y_data 中的一列/一个向量。

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    干货 :搞定高质量数据可视化的20条建议

    四种类型的图表应用:关系、比较、构成、分布 02 根据数据的正负值确定正确的绘图方向 当使用水平条图表时,请注意要在基线的左边绘制负值,在右边绘制正值。 不要在基线的同一侧绘制负值和正值。...正值和负值在X轴和Y轴上的映射 03 柱状图的起点要从0基线开始 截断数据会导致错误的表述。 在下面的例子中,通过左边的图表,你可以很快得出B值是D值的3倍多的结论。...两个垂直条形图,一个基线起始点为0,一个基线起始点为375 04 线形图可以使用自适应的Y轴刻度 对于折线图来说,如果总是将Y轴的显示起点限制在0,可能会使图表折线显示上缺少起伏,几乎是平坦的。...用户可能会认为连接“标记”的线上的每个点都代表了当时的收入值,而实际上在那个特定时间的真实收入数字是未知的。 在这种情况下,使用垂直条形图可能是一个更好的选择。...左边水平条形图顺序随机,右边从最大值到最小值排序 13 细细的圈状图表缺乏可读性 一般来说,饼状图不是可读性最好的图表,因为很难直观对比相似的数值。

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    让数据图表发挥更大的价值 | 20条实用建议

    四种类型的图表应用:关系、比较、构成、分布 02. 根据数据的正负值确定正确的绘图方向 当使用水平条图表时,请注意要在基线的左边绘制负值,在右边绘制正值。、 不要在基线的同一侧绘制负值和正值。...正值和负值在X轴和Y轴上的映射 03. 柱状图的起点要从0基线开始 截断数据会导致错误的表述。 在下面的例子中,通过左边的图表,你可以很快得出B值是D值的3倍多的结论。...线形图可以使用自适应的Y轴刻度 对于折线图来说,如果总是将Y轴的显示起点限制在0,可能会使图表折线显示上缺少起伏,几乎是平坦的。...用户可能会认为连接“标记”的线上的每个点都代表了当时的收入值,而实际上在那个特定时间的真实收入数字是未知的。 在这种情况下,使用垂直条形图可能是一个更好的选择。 06....左边水平条形图顺序随机,右边从最大值到最小值排序 13. 细细的圈状图表缺乏可读性 一般来说,饼状图不是可读性最好的图表,因为很难直观对比相似的数值。

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    搞定高质量数据可视化的20条建议

    四种类型的图表应用:关系、比较、构成、分布 02 根据数据的正负值确定正确的绘图方向 当使用水平条图表时,请注意要在基线的左边绘制负值,在右边绘制正值。 不要在基线的同一侧绘制负值和正值。...正值和负值在X轴和Y轴上的映射 03 柱状图的起点要从0基线开始 截断数据会导致错误的表述。 在下面的例子中,通过左边的图表,你可以很快得出B值是D值的3倍多的结论。...两个垂直条形图,一个基线起始点为0,一个基线起始点为375 04 线形图可以使用自适应的Y轴刻度 对于折线图来说,如果总是将Y轴的显示起点限制在0,可能会使图表折线显示上缺少起伏,几乎是平坦的。...用户可能会认为连接“标记”的线上的每个点都代表了当时的收入值,而实际上在那个特定时间的真实收入数字是未知的。 在这种情况下,使用垂直条形图可能是一个更好的选择。...左边水平条形图顺序随机,右边从最大值到最小值排序 13 细细的圈状图表缺乏可读性 一般来说,饼状图不是可读性最好的图表,因为很难直观对比相似的数值。

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    【数据分析】数据缺失影响模型效果?是时候需要missingno工具包来帮你了!

    数据探索和预处理是任何数据科学或机器学习工作流中的重要步骤。在使用教程或训练数据集时,可能会出现这样的情况:这些数据集的设计方式使其易于使用,并使所涉及的算法能够成功运行。...然而,在现实世界中,数据是混乱的!它可能有错误的值、不正确的标签,并且可能会丢失部分内容。 丢失数据可能是处理真实数据集时最常见的问题之一。...数据丢失的原因很多,包括传感器故障、数据过时、数据管理不当,甚至人为错误。丢失的数据可能以单个值、一个要素中的多个值或整个要素丢失的形式出现。...条形图 条形图提供了一个简单的绘图,其中每个条形图表示数据帧中的一列。条形图的高度表示该列的完整程度,即存在多少个非空值。...当一行的每列中都有一个值时,该行将位于最右边的位置。当该行中缺少的值开始增加时,该行将向左移动。 热图 热图用于确定不同列之间的零度相关性。换言之,它可以用来标识每一列之间是否存在空值关系。

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