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NAR | 中医科学院陈同等开发整合药用植物组学平台 IMP

，Nature communications, Protein & Cell, iMeta等高水平杂志以第一或通讯作者发表文章十余篇；开发在线绘图和分析平台 ImageGP、BIC、EVenn, 在线数据库平台...从事中药资源学与分子生药学研究。提出和发展了“分子生药学”学科，揭示和阐明了道地药材形成理论，建立珍稀濒危常用中药资源五种保护模式，组织实施第四次全国中药资源普查，摸清我国中药资源本底。...任中国中医科学院中药资源中心副主任，兼任中华中医药学会中药鉴定分会主任委员，中国中西医结合学会分子生药学专业委员会副主任委员，中国中药协会种子种苗专委会副主任委员，主要从事中药鉴定与分子生药学研究。...入选国家级科技创新领军人才、青年岐黄学者、中国药学发展奖杰出青年学者、中华中医药学会中青年创新人才，获国家自然科学基金优秀青年基金资助。...、中国中西医结合学会分子生药学专业委员会委员。

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Nucleic Acids Res | 药物靶标和转运体信息系统

在人工智能（AI）药学急速发展的今天，迫切需要药靶与转运体信息的累计，推进基于大数据的AI药学研究。...数据库网址如下：TTD（https://idrblab.org/ttd/）；VARIDT（https://idrblab.org/varidt/）。 ?...因而，《TTD》数据库提出了一套严格的基于“药、靶、病”三者关联的药靶确定新策略：药靶确定不仅要⑴考虑药对靶的活性，更要⑵用活体实验（如基因敲除等）验证药靶在疾病模型中的作用，还要⑶找到药对靶的作用能在疾病模型...针对这一问题，药物转运体可变性数据库（VARIDT）基于《TTD》和《ClinicalTrials.gov》的已批准和临床药物信息，开展了全面的药物转运体文献调研，首次发现所有FDA已批准药物仅被177...《TTD》主要由浙江大学药学院王云霞、张松和李丰成博士开发完成，《VARIDT》主要由浙江大学药学院殷佳依、孙文和李丰成博士开发完成。

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NAR | 整合药用植物组学平台 IMP中文教程（基因组更新到 466 个植物）

具体见 NAR | 中医科学院陈同等开发整合药用植物组学平台 IMP IMP 数据库基本介绍 数据平台访问地址https://www.bic.ac.cn/IMP/。...Table格式简洁明确地列出每条查询序列在数据库中的匹配序列，可以把匹配出的序列通过Send to功能发送到更多工具页面，快捷使用。...因为 BLAST自身的问题，如果用户选了多个数据库文件，当前会强制输出 Table 格式。正在根 BLAST 沟通中，还未解决。...任中国中医科学院中药资源中心副主任，兼任中华中医药学会中药鉴定分会主任委员，中国中西医结合学会分子生药学专业委员会副主任委员，中国中药协会种子种苗专委会副主任委员，主要从事中药鉴定与分子生药学研究。...入选国家级科技创新领军人才、青年岐黄学者、中国药学发展奖杰出青年学者、中华中医药学会中青年创新人才，获国家自然科学基金优秀青年基金资助。

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Nucleic Acids Res | 药物代谢酶的相互作用

近年来，DME的相互作用研究（包括微生物群系、人体蛋白、外源性物质与DME的相互作用）已经成为药学领域的前沿热点，被认为是决定药代动态调节和个体差异(Nature. 570: 462-7, 2019)、...enzymes”的研究成果(如下图)，构建了DME相互作用组数据库（https://idrblab.org/intede/）。...在数据的收集整理过程中，所有疾病按照最新版本的国际疾病分类规则（ICD-11）进行分类，全部数据涵盖了95种ICD-11标准化的疾病；实验数据囊括了Caco-2、HEK293、HepG2等289种细胞系；基于GEO数据库的芯片信息...5 研究总结 本研究构建的INTEDE数据库：（1）提供了目前最为全面的DME数据（不仅全面扩大了人体DME的数量，而且首次提供了人体微生物DME的信息）及其所代谢药物的详细信息；（2）从三个角度开展了对...本研究的共同第一作者为浙大药学院殷佳依、李丰成、周莹和牟敏杰。 ?

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腾讯云免费提供云超算能力 助力中大清华抗新冠病毒药物研发

目前，已向中山大学药学院罗海彬教授团队提供了批量GPU云服务器免费使用权，帮助该团队推进病毒药物的筛选工作；向北京生命科学研究所/清华大学生物医学交叉研究院的黄牛教授实验室提供了大量标准的CPU算力以及对象储存能力...入选科技部抗武汉病毒应急项目，中山大学药学院罗海彬教授团队负责遴选具有治疗作用的候选药物等工作。日前，罗海彬教授向腾讯提出紧急需求，亟需大量超算资源支持，做抵抗新型冠状病毒的药物筛选和病毒突变预测。...针对新型冠状病毒的多个靶点，黄牛教授实验室通过腾讯云秒级交付的海量高性能计算、存储资源，快速计算筛选数亿级别的化合物数据库，结合实验验证，来寻找新型结构类型的先导化合物，为下一步新药研发工作提供依据。

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国内首个可交互式计算的VR药物设计软件发布

近日，Oxford University Press网站报道了华东师范大学计算机学院何高奇副教授和华东理工大学药学院/华东师范大学人工智能新药创智中心李洪林教授课题组题为“VRPharmer: Bringing...这一创新研究历时5年，联合了华东师范大学计算机科学与技术学院和人工智能新药创智中心、华东理工大学计算机科学与工程系、药学院、上海市新药设计重点实验室、北京大学等多家科研单位合作完成。...（2）最优化模式则面向快速的小分子数据库筛选。该模式提供了交互式的分析面板，便于用户查看每一个分子与蛋白质的结合姿态和相应得分。...该系统目前已经安装在华东理工大学药学教学实验中心，参加了第22届工博会展览，并以沉浸式感受体验科学探究的过程与方法，成为华东师范大学科普工作站的高中生选修课题之一。

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投稿 | 揭秘仿药巨头TEVA的药品一致性诀窍，背后也是数据的功劳！

要完成仿制药的一致性评价，需要进行三个层次的一致性评价，即药学等效型(PE)、生物等效型(BE)和临床疗效等效型(TE)。...三者之间存在着一定的层次和相互关系，在这三个层次中，药学等效性是基础，只有药学等效性一致了，生物等效性一致性的可能性就会增强，进而才会有临床疗效等效性的可能，三者之间的关系如图1所示： ?...而药学等效性和生物等效性都满足要求，在BE试验成功的情况下，也并不意味着原研药和仿制药在临床疗效就一定相当，越来越多的文献报道证明，通过BE试验的部分仿制药临床疗效与原研药依然有差距。...综上所述，只有在药学等效性上的严格要求，才能尽可能地增加仿制药在年老患者、在体质虚弱患者体内生物利用度高的概率，从而弥补了“生物等效性试验的局限与不足”。...只要药学等效性比较得越充分、越多层次、多角度，多方面，就可使仿制药的内在品质无限趋近于原研药，从而实现仿制药的品质提升，因此，药学等效性是保证仿制药一致性评价的基石。

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Nucleic Acids Res | 人体微生物群的内外源调控图景

数据库中包含的所有微生物主要分布于人体肠道、皮肤、口腔等数十处位置，同时还系统整合了所有这些遗传因素的序列、基因位点等信息，为人体微生物群研究提供数据支持。...GIMICA平台由浙江大学药学院朱峰课题组，联合重庆医科大学唐静、丁裕斌和重庆大学薛伟伟团队合作开发，重庆医科大学武香露和浙江大学牟敏杰是本研究的共同第一作者。 ?...目前，已有多个数据库提供了肠道菌群与疾病关联、药物对肠道菌影响等信息。然而，这些数据库缺乏肠道菌如何改变外源性物质以及肠道菌在人体内的丰度等关键数据。...更重要的是，现有数据库仅覆盖7%的上市药物，这极大阻碍了菌群领域的研究发展。...MASI平台由新加坡国立大学药学系陈宇综课题组、复旦大学药学院鞠佃文课题组、江西农业大学陈伟平课题组合作开发，复旦大学曾贤副研究员负责了整个平台的研发。 ?

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Nature Protocols | 基于机器学习和并行计算的代谢组学数据处理新方法

基于代谢组学的高性价比特性，它被药学领域的研究者给予了厚望，有望加速新药开发的进程。然而，代谢组领域还面临着严重的信号处理与数据分析问题，对其在新药研发中的应用构成了巨大挑战。...这一方法实现了对药学领域常见的“时间序列”和“多分类”代谢组学问题的数据处理，对药物靶标发现、药物代谢、药物响应与疾病发生发展的病理学机制研究都具有重要的价值。...然而，在真实世界的药学研究中（如候选靶标的发现、药物敏感性研究等），还需要考虑对数据扰动的稳定性、样本量大小的敏感性等。...2针对药学问题，实现时间序列和多分类代谢组数据处理 时间序列和多分类问题是药学研究中的常见问题，因而已经成为当前药物代谢组学研究的前沿热点。...这一结果与排名靠后的流程（下图排名最后的五名）形成了鲜明的对比，证实了此研究开发的新方法在特定药学研究中的有效性。

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清华“神奇药水”登Nature：逆转干细胞分化，比诺奖成果更进一步，网友：不靠精子卵子就能创造生命了？！

清华大学药学院将这一成果评价为“标志着全新的生命创造研究领域”。 从数千种化学药物中筛选出3种 要理解这项研究的突破之处在哪，需要先了解一下干细胞。...成果来自清华药学院首任院长团队 开展这项研究的是清华大学药学院丁胜教授及其团队。 其中，丁胜教授、刘康助理研究员、马天骅副研究员为该论文共同通讯作者；胡妍妍、杨媛媛、谭彭丞为本文的共同第一作者。...△ 图源清华大学药学院：丁胜团队研究成果主要参与者合影 清华药学院成立于2015年12月，丁胜担任首位院长。

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喻志强于梦李爱民Bioactive Materials：CXCR4靶向脂质体调节乏氧和免疫抑制微环境用于索拉非尼耐药肝癌治疗

该研究共同第一作者为南方医科大学中西医结合医院博士后王月华和博士后王振杰，南方医科大学药学院于梦副教授、南方医科大学中西医结合医院李爱民院长为共同通讯作者，南方医科大学药学院喻志强教授为最后通讯作者。...2010年长崎大学药学院获药学博士, 2011年1月起在美国亚利桑那州立大学Sidney Hecht课题组开展博士后研究，主要研究博来霉素肿瘤药物合成和作用机制的研究。...国家自然科学基金评审专家；中国抗癌协会纳米肿瘤学会青年委员；中国生物医学工程委员会青年委员；中国药剂学专业委员会青年委员；中国化学快报编委；AJPS杂志青年编委；药学学报A/B青年编委；广东省精准医学运用学会纳米医学分会副主任委员

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基于Bert-NER构建特定领域中文信息抽取框架

然后将抽取后的多个三元组信息储存到关系型数据库（neo4j）中，便可得到一个简单的知识图谱。...7 1.3.1.4命名实体识别结果展示： 展示用例：屠呦呦，女，汉族，中共党员，药学家。1930年12月30日生于浙江宁波，1951年考入北京大学，在医学院药学系生药专业学习。...1930年12月30日'], ['LOCATION', '浙江宁波'], ['TIME', '1951年'], ['ORGANIZATION', '北京大学'], ['ORGANIZATION', '医学院药学系...1.4.2命名实体识别结果展示： 展示用例：屠呦呦，女，汉族，中共党员，药学家。1930年12月30日生于浙江宁波，1951年考入北京大学，在医学院药学系生药专业学习。...1930年12月30日'], ['LOCATION', '浙江宁波'], ['TIME', '1951年'], ['ORGANIZATION', '北京大学'], ['ORGANIZATION', '医学院药学

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清华药学院陈立功课题组揭示脂肪酸和胆固醇通路互作在肝细胞癌发生中的重要代谢调控机制

2019年4月6日，清华大学药学院陈立功课题组及其合作者在《Gut》 (胃肠肝脏学科期刊中的顶尖杂志)在线发表了题为《胆固醇生物合成支持由小鼠和人体内脂肪酸合成酶缺失引发的肝癌病变的继续生长》（Cholesterol...共同抑制脂肪酸和胆固醇合成阻止肝癌的发生 该论文核心通讯作者为清华大学药学院陈立功研究员， 旧金山加州大学 Xin Chen教授以及意大利萨萨里大学Diego F....Calvisi教授为共同通讯作者，药学院研究生池文娜、刘烨、马志龙和匡文华为本论文的重要合作作者，在脂质组学、机制分析和细胞模型建立上承担了重要的工作。

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清华丁胜团队Nature发文：孕育生命，不一定非要生殖细胞

---- 新智元报道   编辑：David Joey 【新智元导读】清华大学药学院丁胜团队Nature发文，让创造个体新生命成为可能，无需生殖细胞。...论文的共同通讯作者之一、清华大学药学院院长、拜耳特聘教授丁胜表示： 「这项研究表明，研究人员能够在实验室中保持诱导所产生细胞的全能性（胚内和胚外分化潜力），为后续研究提供一个稳定的系统，从而使更多关于生命起源的科学研究成为可能...丁胜，清华大学首任药学院院长、拜耳特聘教授。于1999年在加州理工学院获得化学学士学位，并于2003年在斯克里普斯研究所获得化学博士学位。...据清华大学药学院官网介绍，丁胜教授的研究成果主要有： 1、发现了一系列小分子化合物，能够在诱导多能干细胞（iPS细胞）产生的过程中，取代外源转录因子和显著提高重编程的效率/速度。

27030

李洪林团队发布分子切割算法MacFrag快速生成高质量药物片段

华东理工大学药学院上海市新药设计重点实验室/华东师范大学人工智能新药创智中心李洪林教授团队刁妍妍老师在Bioinformatics上发表了文章：MacFrag: segmenting large-scale...从ChEMBL数据库中随机选取大量分子数据集（数量从10000到100000不等）进行片段化，并统计不同方法的运行时间，每个实验重复3次，取平均值。...从ChEMBL数据库中收集到1 921 745个分子量低于1000的分子进行分子片段化，使用RDKit计算RO3相关的分子片段性质。...图4 MacFrag通过断裂大环键获得新颖独特的分子片段 研究总结 综上所述，该团队提出的MacFrag方法可以高效地枚举分子的片段空间，适用于大规模分子数据的片段化，尤其是那些包含大分子的数据库。...该工作的第一作者为华东理工大学药学院在职博士生刁妍妍，通讯作者为华东理工大学药学院李洪林教授，博士研究生胡枫和沈子豪参与了部分工作。相关算法已申请软件著作权保护。

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