蛋白id 数据库_r代码用于分析蛋白组学数据库_蛋白质序列的概率矩阵 - 腾讯云开发者社区 - 腾讯云

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蛋白ID转基因ID

将Ensembl 中的蛋白ID转化成基因ID,可以通过clusterProfiler这个包。...如以大鼠的基因与蛋白转化为例; 安装clusterProfiler与大鼠org.Rn.eg.db，如果是人的注释包为org.Hs.eg.db,小鼠的注释包为org.Mm.eg.db....clusterProfiler") BiocManager::install("org.Rn.eg.db") library(clusterProfiler) library(org.Rn.eg.db) 查看可以转化的ID...PFAM" "PMID" "PROSITE" "REFSEQ" [21] "SYMBOL" "UNIGENE" "UNIPROT" 将蛋白...ID转为基因ID: PROT2SYMBOL<-bitr(data$Protein.Group.Accessions,fromType = "ENSEMBLPROT",toType = "SYMBOL",

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RNA结合蛋白数据库

那么今天小编就来给大家推荐一个可用于RNA结合蛋白预测的数据库：RBPDB（http://rbpdb.ccbr.utoronto.ca/）。...该数据库是RNA结合实验的数据库，包括人、小鼠、蝇和蠕虫4类物种，总共包含272个RBPs的结合数据，包括71个具有位置权重矩阵格式的基序的结合数据，以及36组免疫沉淀实验获得的体内结合转录本序列。...这里我们以浏览蛋白为例，简要看一下结果的具体呈现形式。点击Browse/Search Genes。...可以发现，在结果页面中显示该数据库内所有RBP的信息，及通往其他数据库的超链接，可以查看和导出实验数据。单击列标签可以按降序或升序对列进行排序。...总的来说，该数据库的第三项功能用的较多。特别是想探究一个lncRNA可能的结合蛋白时，就派上用场啦。

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TCGA蛋白分析数据库

功能蛋白质组学是对蛋白质在功能活性水平（例如表达和修饰）的大规模研究。对诸如癌症等复杂疾病的研究表明，遗传改变并不能说明该疾病的所有原因。...该网站结合了反向蛋白质阵列（RPPA）和TCGA的蛋白质组数据库，可以后续结合TCGA的临床数据进行分析。 ?...每个体系都包括4个方面，基本操作一致，我们这里以肿瘤样本为例简要介绍一下该数据库的使用。点击View details。 ? 进入，可以发现具体包含4个在线分析工具： ?...包括数据集所含样本数目、样本来源、蛋白质数目等信息。点击Details列的Show，可以查看该数据集的详细信息。 ? 2. My Protein 蛋白在所有癌症的分布。...下表显示了蛋白质的详细信息，包括相应的基因、验证方式和抗体来源等。 ? 通过底部快速搜索栏进行快速定位，我们可以选择感兴趣的蛋白。

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蛋白家族信息查询数据库

对于单一蛋白功能检索的数据库有很多，例如：gene、uniprot这类的。但是有时候我们需要知道一类蛋白家族的功能的话。那该怎么办的呢？...数据库输入对于这个数据库而言，数据库提供了多种输入方式，我们可以: 1)输入序列来进行比对查看具体是哪个蛋白家族的；2)可以输入蛋白相关的结果：结构域; 3) 也可以通过检测词来检索符合要求的蛋白家族信息...想要构建好看的进化树数据库也提供的原始数据下载的地方。点击下载，然后用别的软件进行美化即可。相互作用关系蛋白与蛋白不是单独发挥作用的。...这里提供了蛋白的PDB ID号。如果想要基因名的话。就得转换一下了。 数据库使用场景以上就是这个数据库的基本内容了。主要还是通过检索某一个特定结构域来获得相关的蛋白家族的信息。...如果有研究蛋白家族的同学可以尝试的使用一下这个数据库。算是一个很老派很经典的数据库了。

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COG:直系同源蛋白数据库

为了研究不同物种间保守的蛋白功能，进一步揭示其进化关系，1997年的时候科学家选取了七个完整基因组的蛋白序列，根据序列和功能相似性，将这些蛋白进行了分类。...每个COG是一组同源蛋白的集合，具有相同的生物学功能。...古菌中的同源蛋白簇简称为arCOG, 噬菌体中的同源蛋白簇简称为POG，感染真核生物的病毒中的同源蛋白簇简称为NCVOG，巨型病毒的同源蛋白簇简称为mimiCOG。在官网上，提供了下载功能。...MIIFKRHSQAILFSHNKQEKALLGIEGMHCEGCAIAIETALKNVKGIIDTKVNYSRGSAI VTFDDTLVSINDILEHYIFKVPSNYRAKLVSFIS 通过比对COG数据库...，可以确定蛋白质的功能。

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HPA:人类蛋白图谱数据库

HPA全称是Human Protein Atls，利用转录组学和蛋白质组学技术，从RNA和蛋白水平研究人类不同组织和器官中的蛋白表达情况，网址如下 https://www.proteinatlas.org.../ 根据32个不同组织中蛋白编码基因的RNA_seq数据，将基因进行了分类，结果如下所示 ?...鉴于分泌蛋白，膜相关蛋白在病理生理学中的重要作用，将蛋白划分了下图所示的不同类别进行研究 ? 通过不同组织中的RNA_seq数据，分析了蛋白编码基因在不同组织中的富集情况，如下所示 ?...可以看到在脑组织中，膜香瓜蛋白较多，而在肺中，分泌蛋白较多。除了对不同组织/细胞中的蛋白表达进行比较分析，还进一步研究了不同肿瘤中蛋白的表达情况。在HPA中，又进一步划分成了以下3个子类 ? 1....通过HPA数据库，可以方便的探究蛋白编码基因在正常和肿瘤组织/器官中的表达情况。 ·end·

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重置MySQL数据库评论ID

{id}，导致评论数据统计不正确（删除之后{id}空缺），还有一些“垃圾评论” 虽然删除了，但还是占用了{id}。...所以今天重设评论{id}值。...正文对于 MySQL 评论 ID，一般是自增长的主键，如果需要重设评论 ID，可以通过以下几步实现：首先备份数据库：在进行任何数据库操作之前，务必备份数据库，以防意外发生。...登录 MySQL 数据库：使用相应的 MySQL 客户端工具登录到数据库服务器。执行 SQL 语句：通过 SQL 语句来重设评论 ID。...执行之前，备份数据库，并谨慎操作，以免造成数据丢失或损坏。

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蛋白质相互作用数据库

写在前面关于探究的蛋白质相互作用的数据库，之前介绍过STRING就是这样的数据库，为什么很多生信的文章都是使用STRING来探讨基因之间的相互作用关系，主要原因还是STRING支持输入多个基因，寻找多个基因之间的相关作用关系...这个数据库就是 BioGRID (https://thebiogrid.org/ , 点击阅读原文可直达数据库)。...在Interactors菜单下，可以看到与“YTHDF1”蛋白相互作用的全部基因，具体展现方式可以依据证据的多少或者字母顺序，也可看相互作用基因的转录后修饰信息。 ?...通过Network菜单，可以显示该蛋白质的相互作用网络，点击该网络内的任意节点或者连线，均可显示相关信息。 ? ?...絮絮叨叨之前有小伙伴提问说，多个蛋白相互作用的数据库获得的结果不一样怎么办？如果是相同的数据进行相同的分析的话，结果肯定是一样的。

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Pfam:蛋白质家族数据库简介

在蛋白质分子中，包含多个结构特异并且功能区里的区域，这些区域称之为domain， domain 可以看做蛋白质功能的基本单位，蛋白质的功能由包含的多个domain共同决定。...研究domain, 可以更好的研究蛋白质功能。 Pfam是蛋白质家族的数据库，根据多序列比对结果和隐马尔可夫模型，将蛋白质分为不同的家族。...网址如下 http://pfam.xfam.org/ 在该数据库中，提供了以下2个不同层级蛋白质家族信息。 1. family 每个family以PF编号唯一标识，示意如下 ?...除此以外，还提供了物种的蛋白质组信息，就是该物种内所有的蛋白质family 信息，示意如下 ? 以human为例，其蛋白质组的信息如下 ? 其实就是该物种的所有蛋白质对应的Pfam的集合。...该数据库最新版本为31.0, 于2017年3月更新，包含16712个蛋白质家族信息。

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蛋白质互作数据库汇总

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CORUM | 蛋白复合物查询数据库

在蛋白发生生物学功能的时候，经常是不同不同的蛋白组成不同的复合物来发挥作用的。我们在做一些基础实验的时候，经常也需要通过实验手段来确定和这个蛋白直接相关的其他蛋白。...所以今天就给大家介绍一个基于文件汇总的蛋白复合物查询数据库：CORUM: https://mips.helmholtz-muenchen.de/corum/# 背景数据集介绍为了保证蛋白复合物结果的准确性...，对于一些基于高通量测序获得的结果，作者并没有包含到其中， CORUM 的主要数据来源是那些基于基础实验而获得的蛋白复合物结果。...经过收集，作者得到了 4274 个蛋白复合体信息。各个版本之间数据的变化 ---- 数据库使用在 CORUM 当中，输入想要检索的蛋白名称就可以得到和这个蛋白有关的复合物结果。...如果想要了解确切的关于蛋白蛋白之间复合物信息的话，这样基于实验的结果相对来说要更准确一些。如果要说不足的话，也是目前 CORUM 3.0 是三年之前公布的。数据相对来说也不是很新了。

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SPDB——单细胞蛋白组组数据库

article/52/D1/D562/7416372 网站：https://scproteomicsdb.com/ SPDB（Single-cell Proteomic DataBase）是一个全面的单细胞蛋白质组数据库...该数据库集成了来自12种基于抗体和基于质谱的技术的143个单细胞蛋白质组数据集，涵盖了超过3亿个细胞和超过8000种不同的蛋白质，涉及四个不同物种。...所有数据集都经过标准化处理流程，以统一的数据格式集成在数据库中。...此外，蛋白质探索模块提供了在至少一个数据集中检测到的蛋白质的详细信息，并允许用户直接探索相关数据集中相应蛋白质的表达。...单细胞蛋白质组视频单细胞蛋白质组学跟单细胞转录组学比起来，教程资料几乎是少的可怜。

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数据库 ID 生成方案：Redis

使用 Redis 来生成分布式 ID，其实和利用 Mysql 自增 ID 类似，可以利用 Redis 中的 incr 命令来实现原子性的自增与返回，比如： 127.0.0.1:6379> set id...1 // 初始化自增 ID 为1 OK 127.0.0.1:6379> incr id // 增加1，并返回 (integer) 2 127.0.0.1:6379> incr id // 增加...RDB 持久化相当于定时打一个快照进行持久化，如果打完快照后，连续自增了几次，还没来得及做下一次快照持久化，这个时候 Redis 挂掉了，重启 Redis 后会出现 ID 重复。...AOF 持久化相当于对每条写命令进行持久化，如果 Redis 挂掉了，不会出现 ID 重复的现象，但是会由于 incr 命令过多，导致重启恢复数据时间过长。

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数据库 ID 生成方案：数据库自增

创建一个数据库实例，在这个实例中新建一个单独的表：表结构如下： CREATE DATABASE `Test`; CREATE TABLE Test.test01 ( id bigint(20...) unsigned NOT NULL auto_increment, phone char(11) NOT NULL default '', PRIMARY KEY (id),...UNIQUE KEY uni_phone (phone) ) ENGINE=Innodb; 可以使用下面的语句生成并获取到一个自增ID begin; replace into test01(phone)...VALUES ('12300008888'); select last_insert_id(); commit; phone 的存在是为了方便插入数据，当插入数据成功时，就产生了自增 id，而对于插入

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BioGRID:蛋白质相互作用数据库

BioGRID数据库是一个老牌经典的蛋白质相互作用数据库，在今年9月份刚刚分布了最新版本3.5.165，该版本从66,164篇文献中整理出了1,607,037个蛋白质相互作用，28,093个嵌合体信息以及...726,378个转录后修饰PTM信息，涵盖了多个物种，官网地址如下 https://thebiogrid.org/ 通过官网的检索功能，可以根据基因或者蛋白标识符进行检索，示意如下 ?...基本描述信息示意结果如下，包含了蛋白质的名称，别名，转录后修饰，即UBI对应的行，GO注释信息，和其他数据库的链接 ? 2. 统计信息示意如下，统计每种相互作用类型的数目和比例 ? 3....通过Network菜单，可以显示该蛋白质的相互作用网络，示意如下 ?...BioGRID数据库中的数据是免费开放下载的，下载链接如下 https://downloads.thebiogrid.org/BioGRID 和其他数据库类似，同时提供了TAB和XML格式供下载。

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SMART:蛋白质结构域数据库

SMART是蛋白结构域的数据库，该数据库最新版本为v8,收录了1300多个蛋白结构域信息，覆盖了来自uniprot, ensembl等多个数据库的蛋白。...通过右上角的Search SMART按钮，可以检索该数据库，支持以下蛋白名称和domain两种检索方式。...输入uniprot或者ensembl 数据库中的蛋白ID进行检索，示例如下，根据uniprot数据库中的蛋白IDC1S_HUMAN进行检索 http://smart.embl-heidelberg.de...ID=C1S_HUMAN 检索页面包含如下结果 1. domian 结构图 ?...蛋白质相互作用提供了来自STRING数据库的蛋白相互作用信息，示意如下 ? 3.

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benchmark | 蛋白相互作用数据库比较

这周一直都在更新关于相互作用预测方面的数据库介绍。加上之前介绍的一些相互作用预测数据库 1. [[BioGRID-蛋白，化学物质相互作用数据库 V4.4]] 2....[[ConsensusPathDB-综合性相互作用分析数据库]] 3. [[PINA-肿瘤相互作用分析数据库]] 4. [[STRING-蛋白相互作用数据库使用]] 5....可以输入单个蛋白，蛋白序列，多个蛋白，多个蛋白序列等等等等。同时在输入结果之后，可以提前选择目标物种。输出 ConsensusPathDB：结果输出最多。其中包括了多个方面的内容。...如果是输入单个蛋白的话，默认展示比较可信度最高的一些基因。而不是所有相关的基因。提供了检索数据下载的链接。...ConsensusPathDB: 则是一个蛋白质-蛋白质、遗传、代谢、信号、基因调控和药物-靶标相互作用的综合性数据库 总的来说以上就是四个工具的比较的结果了。

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人类蛋白免疫组化表达数据库

对于某一个蛋白免疫组化的结果呈现，数据库是分成了四个分类来呈现的，分别是：没有检测到、低表达、中表达以及高表达。、 ? 数据库使用 数据库的使用和基因的检索数据库是一样的。...我们只需要输入我们想要检索的蛋白名即可。例如我们这里输入：CD36。 ? 对于每一个蛋白的数据结果，数据库提供了多个模块来展示结果。首先我们看到的是一个汇总的界面，这里我们能看到这个蛋白的基本信息。...组织表达情况在组织表达情况当中，我们可以看到这个蛋白的不同在不同的正常组织当中mRNA和蛋白的表达情况。...蛋白表达定位情况在 CELL部分，我们可以看到这个蛋白在细胞当中的什么部位表达，通过蛋白的表达位置来确定这个蛋白可能具有的功能。 ? 3....数据库总结基本上这个数据库的使用就是这些。通过以上的查询，我们就可以了解我们目标蛋白在某一个癌种当中的表达情况怎么样了。

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数据库 ID 生成方案：数据库多主模式

将两个数据库组成主从模式的集群，正常情况下，是可以解决数据库的可靠性问题，但如果主库挂掉后，数据没有及时同步到从库，这个时候就会出现 ID 重复的问题。...可以使用双主模式集群，也就是两个实例都能单独的生产自增ID，这样能够提高效率，不过就需要单独给每个数据库实例配置不同的起始值和自增步长。...序列如下： mysql01：起始值为1，步长为2，ID 生成的序列为：1,3,5,7,9,......mysql02：起始值为2，步长为2，ID 生成的序列为：2,4,6,8,10,... 实行这种方案后，就算其中某一台实例不能提供正常服务了，也不会完全影响整个系统。...假设要再增加新的实例，不仅要解决 ID 冲突的问题，而且还需要停止服务才能进行。为解决以上问题，后面还会继续介绍更常见的一些解决方案。

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数据库ID生成器基准测试

实际上当初 flickr 就是这么干的，利用 LAST_INSERT_ID 返回最新插入的 id： mysql> CREATE TABLE `Tickets64` ( `id` bigint(20)...按照文档描述 LAST_INSERT_ID 支持表达式参数，如此说来我们可以通过它来自行维护 id，从而去掉对 auto_increment 的依赖，进而不再需要 REPLACE，直接 UPDATE 即可...id = LAST_INSERT_ID(id+1) WHERE name = 'global'; mysql> SELECT LAST_INSERT_ID(); 确定了解决方案，我琢磨着得 Benchmark...fmt.Printf("qps: %d [#/sec]\n", qps) fmt.Printf("tpq: %.3f [ms]\n", tpq) } 代码是用 Golang 写的，运行前记得在命令同级目录编辑好数据库配置文件...= LAST_INSERT_ID(id+1) WHERE name = 'global' " 结果令人大吃一惊，所谓的改进方案比原始方案慢得多！

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