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蛋白ID转基因ID

将Ensembl 中的蛋白ID转化成基因ID,可以通过clusterProfiler这个包。...如以大鼠的基因与蛋白转化为例; 安装clusterProfiler与大鼠org.Rn.eg.db，如果是人的注释包为org.Hs.eg.db,小鼠的注释包为org.Mm.eg.db....clusterProfiler") BiocManager::install("org.Rn.eg.db") library(clusterProfiler) library(org.Rn.eg.db) 查看可以转化的ID...PFAM" "PMID" "PROSITE" "REFSEQ" [21] "SYMBOL" "UNIGENE" "UNIPROT" 将蛋白...ID转为基因ID: PROT2SYMBOL<-bitr(data$Protein.Group.Accessions,fromType = "ENSEMBLPROT",toType = "SYMBOL",

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RNA结合蛋白数据库

那么今天小编就来给大家推荐一个可用于RNA结合蛋白预测的数据库：RBPDB（http://rbpdb.ccbr.utoronto.ca/）。...该数据库是RNA结合实验的数据库，包括人、小鼠、蝇和蠕虫4类物种，总共包含272个RBPs的结合数据，包括71个具有位置权重矩阵格式的基序的结合数据，以及36组免疫沉淀实验获得的体内结合转录本序列。...这里我们以浏览蛋白为例，简要看一下结果的具体呈现形式。点击Browse/Search Genes。...可以发现，在结果页面中显示该数据库内所有RBP的信息，及通往其他数据库的超链接，可以查看和导出实验数据。单击列标签可以按降序或升序对列进行排序。...总的来说，该数据库的第三项功能用的较多。特别是想探究一个lncRNA可能的结合蛋白时，就派上用场啦。

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TCGA蛋白分析数据库

功能蛋白质组学是对蛋白质在功能活性水平（例如表达和修饰）的大规模研究。对诸如癌症等复杂疾病的研究表明，遗传改变并不能说明该疾病的所有原因。...该网站结合了反向蛋白质阵列（RPPA）和TCGA的蛋白质组数据库，可以后续结合TCGA的临床数据进行分析。 ?...每个体系都包括4个方面，基本操作一致，我们这里以肿瘤样本为例简要介绍一下该数据库的使用。点击View details。 ? 进入，可以发现具体包含4个在线分析工具： ?...包括数据集所含样本数目、样本来源、蛋白质数目等信息。点击Details列的Show，可以查看该数据集的详细信息。 ? 2. My Protein 蛋白在所有癌症的分布。...下表显示了蛋白质的详细信息，包括相应的基因、验证方式和抗体来源等。 ? 通过底部快速搜索栏进行快速定位，我们可以选择感兴趣的蛋白。

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HPA:人类蛋白图谱数据库

HPA全称是Human Protein Atls，利用转录组学和蛋白质组学技术，从RNA和蛋白水平研究人类不同组织和器官中的蛋白表达情况，网址如下 https://www.proteinatlas.org.../ 根据32个不同组织中蛋白编码基因的RNA_seq数据，将基因进行了分类，结果如下所示 ?...鉴于分泌蛋白，膜相关蛋白在病理生理学中的重要作用，将蛋白划分了下图所示的不同类别进行研究 ? 通过不同组织中的RNA_seq数据，分析了蛋白编码基因在不同组织中的富集情况，如下所示 ?...可以看到在脑组织中，膜香瓜蛋白较多，而在肺中，分泌蛋白较多。除了对不同组织/细胞中的蛋白表达进行比较分析，还进一步研究了不同肿瘤中蛋白的表达情况。在HPA中，又进一步划分成了以下3个子类 ? 1....通过HPA数据库，可以方便的探究蛋白编码基因在正常和肿瘤组织/器官中的表达情况。 ·end·

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蛋白家族信息查询数据库

对于单一蛋白功能检索的数据库有很多，例如：gene、uniprot这类的。但是有时候我们需要知道一类蛋白家族的功能的话。那该怎么办的呢？...数据库输入对于这个数据库而言，数据库提供了多种输入方式，我们可以: 1)输入序列来进行比对查看具体是哪个蛋白家族的；2)可以输入蛋白相关的结果：结构域; 3) 也可以通过检测词来检索符合要求的蛋白家族信息...想要构建好看的进化树数据库也提供的原始数据下载的地方。点击下载，然后用别的软件进行美化即可。相互作用关系蛋白与蛋白不是单独发挥作用的。...这里提供了蛋白的PDB ID号。如果想要基因名的话。就得转换一下了。数据库使用场景以上就是这个数据库的基本内容了。主要还是通过检索某一个特定结构域来获得相关的蛋白家族的信息。...如果有研究蛋白家族的同学可以尝试的使用一下这个数据库。算是一个很老派很经典的数据库了。

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COG:直系同源蛋白数据库

为了研究不同物种间保守的蛋白功能，进一步揭示其进化关系，1997年的时候科学家选取了七个完整基因组的蛋白序列，根据序列和功能相似性，将这些蛋白进行了分类。...每个COG是一组同源蛋白的集合，具有相同的生物学功能。...古菌中的同源蛋白簇简称为arCOG, 噬菌体中的同源蛋白簇简称为POG，感染真核生物的病毒中的同源蛋白簇简称为NCVOG，巨型病毒的同源蛋白簇简称为mimiCOG。在官网上，提供了下载功能。...MIIFKRHSQAILFSHNKQEKALLGIEGMHCEGCAIAIETALKNVKGIIDTKVNYSRGSAI VTFDDTLVSINDILEHYIFKVPSNYRAKLVSFIS 通过比对COG数据库...，可以确定蛋白质的功能。

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重置MySQL数据库评论ID

{id}，导致评论数据统计不正确（删除之后{id}空缺），还有一些“垃圾评论” 虽然删除了，但还是占用了{id}。...所以今天重设评论{id}值。...正文对于 MySQL 评论 ID，一般是自增长的主键，如果需要重设评论 ID，可以通过以下几步实现：首先备份数据库：在进行任何数据库操作之前，务必备份数据库，以防意外发生。...登录 MySQL 数据库：使用相应的 MySQL 客户端工具登录到数据库服务器。执行 SQL 语句：通过 SQL 语句来重设评论 ID。...执行之前，备份数据库，并谨慎操作，以免造成数据丢失或损坏。

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数据库 ID 生成方案：Redis

使用 Redis 来生成分布式 ID，其实和利用 Mysql 自增 ID 类似，可以利用 Redis 中的 incr 命令来实现原子性的自增与返回，比如： 127.0.0.1:6379> set id...1 // 初始化自增 ID 为1 OK 127.0.0.1:6379> incr id // 增加1，并返回 (integer) 2 127.0.0.1:6379> incr id // 增加...RDB 持久化相当于定时打一个快照进行持久化，如果打完快照后，连续自增了几次，还没来得及做下一次快照持久化，这个时候 Redis 挂掉了，重启 Redis 后会出现 ID 重复。...AOF 持久化相当于对每条写命令进行持久化，如果 Redis 挂掉了，不会出现 ID 重复的现象，但是会由于 incr 命令过多，导致重启恢复数据时间过长。

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蛋白质相互作用数据库

写在前面关于探究的蛋白质相互作用的数据库，之前介绍过STRING就是这样的数据库，为什么很多生信的文章都是使用STRING来探讨基因之间的相互作用关系，主要原因还是STRING支持输入多个基因，寻找多个基因之间的相关作用关系...这个数据库就是 BioGRID (https://thebiogrid.org/ , 点击阅读原文可直达数据库)。...在Interactors菜单下，可以看到与“YTHDF1”蛋白相互作用的全部基因，具体展现方式可以依据证据的多少或者字母顺序，也可看相互作用基因的转录后修饰信息。 ?...通过Network菜单，可以显示该蛋白质的相互作用网络，点击该网络内的任意节点或者连线，均可显示相关信息。 ? ?...絮絮叨叨之前有小伙伴提问说，多个蛋白相互作用的数据库获得的结果不一样怎么办？如果是相同的数据进行相同的分析的话，结果肯定是一样的。

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Pfam:蛋白质家族数据库简介

在蛋白质分子中，包含多个结构特异并且功能区里的区域，这些区域称之为domain， domain 可以看做蛋白质功能的基本单位，蛋白质的功能由包含的多个domain共同决定。...研究domain, 可以更好的研究蛋白质功能。 Pfam是蛋白质家族的数据库，根据多序列比对结果和隐马尔可夫模型，将蛋白质分为不同的家族。...网址如下 http://pfam.xfam.org/ 在该数据库中，提供了以下2个不同层级蛋白质家族信息。 1. family 每个family以PF编号唯一标识，示意如下 ?...除此以外，还提供了物种的蛋白质组信息，就是该物种内所有的蛋白质family 信息，示意如下 ? 以human为例，其蛋白质组的信息如下 ? 其实就是该物种的所有蛋白质对应的Pfam的集合。...该数据库最新版本为31.0, 于2017年3月更新，包含16712个蛋白质家族信息。

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蛋白质互作数据库汇总

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SPDB——单细胞蛋白组组数据库

article/52/D1/D562/7416372 网站：https://scproteomicsdb.com/ SPDB（Single-cell Proteomic DataBase）是一个全面的单细胞蛋白质组数据库...该数据库集成了来自12种基于抗体和基于质谱的技术的143个单细胞蛋白质组数据集，涵盖了超过3亿个细胞和超过8000种不同的蛋白质，涉及四个不同物种。...所有数据集都经过标准化处理流程，以统一的数据格式集成在数据库中。...此外，蛋白质探索模块提供了在至少一个数据集中检测到的蛋白质的详细信息，并允许用户直接探索相关数据集中相应蛋白质的表达。...单细胞蛋白质组视频单细胞蛋白质组学跟单细胞转录组学比起来，教程资料几乎是少的可怜。

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CORUM | 蛋白复合物查询数据库

在蛋白发生生物学功能的时候，经常是不同不同的蛋白组成不同的复合物来发挥作用的。我们在做一些基础实验的时候，经常也需要通过实验手段来确定和这个蛋白直接相关的其他蛋白。...所以今天就给大家介绍一个基于文件汇总的蛋白复合物查询数据库：CORUM: https://mips.helmholtz-muenchen.de/corum/# 背景数据集介绍为了保证蛋白复合物结果的准确性...，对于一些基于高通量测序获得的结果，作者并没有包含到其中， CORUM 的主要数据来源是那些基于基础实验而获得的蛋白复合物结果。...经过收集，作者得到了 4274 个蛋白复合体信息。各个版本之间数据的变化 ---- 数据库使用在 CORUM 当中，输入想要检索的蛋白名称就可以得到和这个蛋白有关的复合物结果。...如果想要了解确切的关于蛋白蛋白之间复合物信息的话，这样基于实验的结果相对来说要更准确一些。如果要说不足的话，也是目前 CORUM 3.0 是三年之前公布的。数据相对来说也不是很新了。

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数据库 ID 生成方案：数据库自增

创建一个数据库实例，在这个实例中新建一个单独的表：表结构如下： CREATE DATABASE `Test`; CREATE TABLE Test.test01 ( id bigint(20...) unsigned NOT NULL auto_increment, phone char(11) NOT NULL default '', PRIMARY KEY (id),...UNIQUE KEY uni_phone (phone) ) ENGINE=Innodb; 可以使用下面的语句生成并获取到一个自增ID begin; replace into test01(phone)...VALUES ('12300008888'); select last_insert_id(); commit; phone 的存在是为了方便插入数据，当插入数据成功时，就产生了自增 id，而对于插入

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浩鲸科技：为什么要用雪花ID替代数据库自增ID？

今天咱们来看一道数据库中比较经典的面试问题：为什么要使用雪花 ID 替代数据库自增 ID？同时这道题也出现在了浩鲸科技的 Java 面试中，下面我们一起来看吧。...4.为什么要使用雪花 ID 替代数据库自增 ID？数据库自增 ID 只适用于单机环境，但如果是分布式环境，是将数据库进行分库、分表或数据库分片等操作时，那么数据库自增 ID 就有问题了。...例如，数据库分片之后，会在同一张业务表的分片数据库中产生相同 ID（数据库自增 ID 是由每个数据库单独记录和增加的），这样就会导致，同一个业务表的竟然有相同的 ID，而且相同 ID 背后存储的数据又完全不同...所以为了解决这个问题，就必须使用分布式中能保证唯一性的雪花 ID 来替代数据库的自增 ID。5.扩展：使用 UUID 替代雪花 ID 行不行？...小结数据库自增 ID 只适用于单机数据库环境，而对于分库、分表、数据分片来说，自增 ID 不具备唯一性，所以要要使用雪花 ID 来替代数据库自增 ID。

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数据库 ID 生成方案：数据库多主模式

将两个数据库组成主从模式的集群，正常情况下，是可以解决数据库的可靠性问题，但如果主库挂掉后，数据没有及时同步到从库，这个时候就会出现 ID 重复的问题。...可以使用双主模式集群，也就是两个实例都能单独的生产自增ID，这样能够提高效率，不过就需要单独给每个数据库实例配置不同的起始值和自增步长。...序列如下： mysql01：起始值为1，步长为2，ID 生成的序列为：1,3,5,7,9,......mysql02：起始值为2，步长为2，ID 生成的序列为：2,4,6,8,10,... 实行这种方案后，就算其中某一台实例不能提供正常服务了，也不会完全影响整个系统。...假设要再增加新的实例，不仅要解决 ID 冲突的问题，而且还需要停止服务才能进行。为解决以上问题，后面还会继续介绍更常见的一些解决方案。

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浩鲸科技：为什么要用雪花ID替代数据库自增ID？

浩鲸科技的面试题如下：其他面试题相对来说比较简单，大部人题目都可以在我的网站上（www.javacn.site）找到答案，这里就不再赘述，咱们今天只聊“为什么要使用雪花 ID 替代数据库自增 ID...4.为什么要使用雪花 ID 替代数据库自增 ID？数据库自增 ID 只适用于单机环境，但如果是分布式环境，是将数据库进行分库、分表或数据库分片等操作时，那么数据库自增 ID 就有问题了。...例如，数据库分片之后，会在同一张业务表的分片数据库中产生相同 ID（数据库自增 ID 是由每个数据库单独记录和增加的），这样就会导致，同一个业务表的竟然有相同的 ID，而且相同 ID 背后存储的数据又完全不同...所以为了解决这个问题，就必须使用分布式中能保证唯一性的雪花 ID 来替代数据库的自增 ID。 5.扩展：使用 UUID 替代雪花 ID 行不行？...小结数据库自增 ID 只适用于单机数据库环境，而对于分库、分表、数据分片来说，自增 ID 不具备唯一性，所以要要使用雪花 ID 来替代数据库自增 ID。

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ThinkPHP 数据库查询是id大于等于

例如： $map['id'] = array('eq',100); 和下面的查询等效 $map['id'] = 100; 表示的查询条件就是 id = 100 NEQ：...不等于（）例如： $map['id'] = array('neq',100); 表示的查询条件就是 id 100 GT：大于（>）例如： $map['id']...= array('gt',100); 表示的查询条件就是 id > 100 EGT：大于等于（>=）例如： $map['id'] = array('egt',100);...表示的查询条件就是 id >= 100 LT：小于（<）例如： $map['id'] = array('lt',100); 表示的查询条件就是 id < 100 ELT：小于等于...（<=）例如： $map['id'] = array('elt',100); 表示的查询条件就是 id <= 100

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数据库ID生成器基准测试

实际上当初 flickr 就是这么干的，利用 LAST_INSERT_ID 返回最新插入的 id： mysql> CREATE TABLE `Tickets64` ( `id` bigint(20)...按照文档描述 LAST_INSERT_ID 支持表达式参数，如此说来我们可以通过它来自行维护 id，从而去掉对 auto_increment 的依赖，进而不再需要 REPLACE，直接 UPDATE 即可...id = LAST_INSERT_ID(id+1) WHERE name = 'global'; mysql> SELECT LAST_INSERT_ID(); 确定了解决方案，我琢磨着得 Benchmark...fmt.Printf("qps: %d [#/sec]\n", qps) fmt.Printf("tpq: %.3f [ms]\n", tpq) } 代码是用 Golang 写的，运行前记得在命令同级目录编辑好数据库配置文件...= LAST_INSERT_ID(id+1) WHERE name = 'global' " 结果令人大吃一惊，所谓的改进方案比原始方案慢得多！

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数据库 ID 生成方案：雪花算法

今天介绍的雪花算法：Snowflake，可以让负责生成分布式 ID 的每台机器在每毫秒内生成不一样的 ID。Snowflake 是 Twitter 开源的分布式 ID 生成算法，它不依赖数据库。...核心思想是：分布式 ID 固定是一个 long 型的数字，一个 long 型占8个字节，也就是64个bit，原始 Snowflake 算法中对于 bit 的分配如下图： ?...4096个 ID 根据这个算法的逻辑，只需要将这个算法用编程语言实现出来，封装为一个工具方法，那么各个业务应用可以直接使用该工具方法来获取分布式 ID，我们只需保证每个业务应用有自己的工作机器 ID 即可...，而不需要单独去搭建获取分布式 ID 的应用。...，原始的 Snowflake 算法需要人工去为每台机器指定一个机器 Id 并配置在某个地方，从而让 Snowflake 可以从此处获取机器 Id。

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