因此,我正在尝试建立一个数据库,其中包含名称、卡路里和蛋白质列。下面是create语句:
public class SQLHelp extends SQLiteOpenHelper{
static final String DATABASE_NAME = "Food.db";
static final String TABLE_FOOD = "food";
static final String NAME_COLUMN = "FoodName";
static final String CALORIE_COLUMN
我有一个用蛋白质id填充的数组,并且我在字典中有蛋白质名称和id。我要打印出它在阵列上的每一个蛋白质。这是我用来做这件事的方法,但它不够快,不能做大量的蛋白质。
string txt= "****** ID : {0} , Protien Name : {1} ******";
for (int i = 0; i < codonarray.Length; i++)
{
if (codonarray[i] != null)
{
if (dictionaryproteins.TryGetValue(codonarray[i], out myva
我有两张桌子,Proteins和Species。Protein将Species.Id作为外键约束。当我插入数据时,我知道蛋白质所属物种的名称,但不知道Id。因此,我执行以下操作:
PreparedStatement query = connection.prepareStatement(
"SELECT Id FROM Species WHERE ShortName = ?");
query.setString(1, protein.getSpecies().getShortName());
ResultSet result = quer
我刚开始使用python,所以我在编写脚本方面非常困难。
所以,我需要的是对两个文件进行比较。一个文件包含数据库中的所有蛋白质,另一个文件只包含另一个文件中的一些蛋白质,因为它属于一个有机体。所以我需要知道这个数据库中有哪些蛋白质存在于我的生物体中。为此,我想建立一个像矩阵一样的输出,0和1指的是数据库中的每一种蛋白质,这些蛋白质可能存在于我的有机体中,也可能不在我的体内。
有人知道我该怎么做吗?我试着用这样的方法
$ cat sorted.a
A
B
C
D
$ cat sorted.b
A
D
$ join sorted.a sorted.b | sed 's/^/1 /'
所以我有一个程序,它从数据库中获取一堆序列,并将它们下载到一个fasta文件中。问题是这些序列可能是蛋白质,也可能是dna。我正在将大的fasta文件分成许多小的fasta文件,一旦我有了序列,我需要它们都是蛋白质。所以我想测试每一个,看看它是否是蛋白质。
如果它们都是蛋白质,我很好,如果它们都是dna,我有一个优雅的方法来翻译它们,但我需要找到一种方法来测试每个新的fasta文件,翻译它,并让翻译取代dna文件
这是我到目前为止所知道的:
from Bio import Entrez, SeqIO
from Bio.Seq import Seq
record_iter = SeqIO.
我有一个代表蛋白质的ID代码。有一个叫做InterPro的网站,用来处理蛋白质相关的信息。该网站的URL包含该特定代码。通过更改URL中的代码,我可以获得有关任何蛋白质的信息。我用perl开发了一个脚本,用于直接从web获取信息。我使用了以下代码
my $uniprot= "P15700";
my $resp= '';
my $url= "http://wwwdev.ebi.ac.uk/interpro/ISearch?query=$uniprot+";
my $file = "$uniprot";
蛋白质-蛋白质相互作用网络是已知的。它是一个无向图。网络的每一行都是这样的(蛋白质2-蛋白质6),它代表蛋白质2和蛋白质6之间的相互作用。
networks:
Protein 2 - Protein 6
Protein 4 - Protein 5
Protein 6 - Protein 5
Protein 5 - Protein 7
...
在这个网络中,一些蛋白质的功能是已知的,功能相似的蛋白质往往是相关的。
The function of some proteins:
Protein 2,Func_002
Protein 2,Func_007
Protein 2,Func_008
Prot