如果您是Raspberry Pi的初学者，并且正在寻找一个简单的硬件项目，那么不就对了。本教程将向您展示开发一种基于python的机器人，避免障碍物和自由导航。 障碍避免机器人是相当普遍和容易。在这里，您可以使用该项目将对象避免功能添加到您的机器人。或者只是使用它来开始混淆Python和Raspberry Pi上的硬件外设。该系统使用IR模块来检测物体，但是稍后我们将进入技术方面。所以，如果你有一个raspberry pi，并希望建立一个基于硬件使用它的东西，只需向下滚动，玩得开心:)。查看底部的视频，看看
参考我五年前介绍过的 CNS图表复现08—肿瘤单细胞数据第一次分群通用规则，这3大单细胞亚群构成了肿瘤免疫微环境的复杂。绝大部分文章都是抓住免疫细胞亚群进行细分，包括淋巴系（T,B,NK细胞）和髓系（单核，树突，巨噬，粒细胞）的两大类作为第二次细分亚群。但是也有不少文章是抓住stromal 里面的 fibro 和endo进行细分，并且编造生物学故事的。而且我们已经积累了心肝脾肺肾等多个器官的上皮细胞的细分亚群， 以及免疫细胞里面的髓系和B细胞细分亚群：
这个纯粹就是生物信息学领域的“马太效应”，大家都用monocle2做拟时序，所以后来者就简单的追随即可，而且绝大部分人其实并不关心算法细节，仅仅是为了做拟时序而做，那么就无所谓选择哪个软件了。我们也简单的展示了目前的可以做拟时序分析的软件的测评，详见：拟时序的多种算法大比拼（拟时序一本通03） 。但是，测评归测评，最终大家还是得使用monocle2做拟时序分析，所以不得不把重点放它的细节剖析上面，我们后面也会介绍一下其它软件和方法：
本文介绍由北京卫生服务与输血医学研究所、北京放射医学研究所的Xiaochen Bo研究员团队和Hebing Chen研究员团队联合发表在Nature Machine Intelligence的研究成果。作者开发了一个名为DeepTFni的新计算方法，可在scATAC-seq数据上推测转录因子调控网络(TRN)。通过使用图神经网络，DeepTFni在TRN推测中具有出色的性能，且该方法适用于有限细胞数目情况。此外，通过应用DeepTFni，作者识别了组织发育和肿瘤发生中的枢纽TF，并揭示了混合表型急性白血病相关基因对TRN发生显着改变，而在信使RNA水平上仅存在中度差异。DeepTFni网络服务器易于使用，并为几种流行的细胞系提供预测的TRNs。
本期小编一共为大家统计了94篇6月份发表的9分以上单细胞测序相关文章，其中影响因子15.0以上的文章有41篇！
肿瘤是复杂的生态系统，其中异质恶性细胞与免疫细胞和非免疫细胞相互作用，形成肿瘤微环境 (TME) 的复杂细胞网络。由于骨髓细胞构成免疫细胞的关键细胞成分，这些免疫细胞渗透到肿瘤中并在调节肿瘤炎症和血管生成中发挥重要作用。针对骨髓细胞的几种治疗方法正在研究中，但对骨髓细胞的异质性的研究仍然较少。
原文题目为：A single-cell atlas of the peripheral immune response in patients with severe COVID-19
意义：提供了单细胞分辨率的人血细胞转录图谱，从而为探索生理和病理造血提供了全面的参考。
指外PBMC（peripheral blood mononuclear cell，外周血单核细胞），指外周血中具有单个核的细胞，包含淋巴细胞、单核细胞等。外周血中除单个核细胞外，还包含无核的血小板和成熟的红细胞，多核的粒细胞(granulocytes) 。
肺癌是一种异质性疾病，包括不同的组织病理学亚型。除了腺癌和鳞状细胞癌外，2021 年 WHO 分类还包含肺神经内分泌肿瘤 (NEN) 类别。其中包括高级别神经内分泌癌 (NEC)、小细胞肺癌 (SCLC) 和大细胞神经内分泌癌 (LCNEC) 以及肺的低级别和中级别神经内分泌肿瘤 (NET)，也分别称为典型类癌和非典型类癌。
最近的技术进步使得在单个细胞中进行全基因组RNA分析成为可能，这种技术被称为单细胞转录组测序（scRNA-seq）。肝脏组织的scRNA-seq主要包括肝脏组织被解离，单细胞被捕获，RNA测序等工作流程。
文章标题：《Single-Cell Genomics Reveals a Novel Cell State During Smooth Muscle Cell Phenotypic Switching and Potential Therapeutic Targets for Atherosclerosis in Mouse and Human》
每个人的时间精力有限，必须优先阅读相关文献，开设这个栏目也是希望为大家推荐高质量的单细胞相关文献。如果大家对单细胞转录组感兴趣可以关注一下，哪怕每天只学一点点，积土成山，积水成渊。
做拟时序分析是为了探索自己感兴趣的几种细胞之间的发育关系，一般不是用全部类型的细胞来做的。例如本例中选择了CD14和CD16单核细胞。
脑膜是中枢神经系统 (CNS) 的一部分，由三层屏障组成，分为硬脑膜、蛛网膜和软脑膜。这些膜可以防止来自可能影响脑实质的外围的潜在威胁。最近的研究表明脑膜驻留细胞和浸润免疫细胞在生理条件下和病理不同刺激下均会对大脑造成显著影响。
文章标题：《Regulation of heterotopic ossification by monocytes in a mouse model of aberrant wound healing》
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当你的才华还撑不起你的野心时，请潜下心来，脚踏实地，跟着我们慢慢进步。不知不觉在单细胞转录组领域做知识分析也快两年了，通过文献速递这个栏目很幸运聚集了一些小伙伴携手共进，一起成长。
APOBEC（载脂蛋白B mRNA编辑酶，催化多肽样）家族介导的突变在癌症中广泛存在。
在胚胎发育过程中，造血干细胞(HSCs)需要快速分化为成熟的血细胞。我们目前对胎儿造血干细胞和祖细胞(HSPC)的了解主要是通过小鼠和体外模型系统来推进的。关于人类发育过程中的造血调控仍不明确。
今天给大家介绍美国加利福尼亚大学Jingyi Jessica Li教授等人发表在Nature Communications上的一篇文章 “An accurate and robust imputation method scImpute for single-cell RNA-seq data” 。新兴的单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 技术能够在单细胞水平研究转录组学情况。但是ScRNA-seq数据分析由于过多的零计数而变得复杂，也就是所谓的“dropout”事件，这是由于单个细胞内测序的mRNA量过少。 本文提出了scImpute，一种统计方法，可以准确而可靠地估算出scRNA-seq数据中的“dropout”。 scImpute自动识别可能的“dropout”，并且仅对这些值执行插补，而不会对其余数据引入新的偏差。scImpute还可以检测离群细胞并将其排除在插补之外。根据在模拟的和真实的人类和小鼠scRNA-seq数据中进行评估，表明scImpute是一种有效的工具，可识别可能的“dropout”，增强细胞亚群的聚集，提高差异表达分析的准确性，并有助于基因表达动力学的研究。
为了阐明先天性和适应性宿主免疫系统是如何恶化COVID-19免疫病理。本文使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）结合T细胞受体测序（TCR-seq）和B细胞受体测序（BCR-seq）共同绘制了COVID-19肺炎的全面深度免疫图谱，分析了31例轻症或危重症COVID-19患者的支气管肺泡灌洗液（BAL）样本，同时与非COVID-19肺炎和正常肺的BAL进行了比较。构建了T细胞、单核细胞到巨噬细胞的轨迹，该研究为区分非特异性肺局部炎症信号和COVID-19特异性肺部相关免疫变化提供了可靠的依据。
癌症免疫治疗已经彻底改变了癌症治疗的方式，免疫治疗很大程度上依赖于对肿瘤微环境(TME)免疫景观的全面理解。单细胞转录组分析提供了一种方式，全方面研究这些肿瘤微环境（TME）中的免疫细胞。
人类免疫缺陷病毒 1 型(HIV-1) 是获得性免疫缺陷综合征 (AIDS) 的病原体，结核分枝杆菌(Mtb) 是结核病 (TB) 的专性病原体，艾滋病和结核病仍然是全球主要的健康威胁。HIV-1和Mtb之间的协同作用导致免疫功能进一步恶化并大大提高死亡率；此外，Mtb 感染是 HIV-1 感染者死亡的主要原因。与未感染 HIV-1 的人相比，HIV-1 感染者的活动性结核病例发生率更高（~26 倍）。
2023开年，百创智造重磅发布7个物种（牡蛎，许氏平鮋，黄颡鱼，鳖，鸡，大鼠，人）共计14个样品的PBMC数据。涵盖了无脊椎，鱼类，爬行，禽类，哺乳动物多个类型的物种。这一发布成果是国内国产单细胞平台首次发布成体系的免费PBMC数据，可供任何科研人员免费下载使用。
今天给大家介绍由中国科学院大学Lifei Wang等人在《nature machine intelligence》上发表了一篇名为“An interpretable deep-learning architecture of capsule networks for identifying cell-type gene expression programs from single-cell RNA sequencing data”的文章。文中提出了一个使用胶囊网络（称为scCapsNet）的可解释的深度学习体系结构。胶囊结构（代表一组特定对象属性的神经元向量）捕捉层次关系。通过利用竞争性单细胞类型识别，scCapsNet模型能够进行特征选择以识别编码不同亚细胞类型的基因组。将RNA表达特征有效地整合到scCapsNet的参数矩阵中，实现了亚细胞类型识别。
题目：A single-cell survey of cellular hierarchy in acute myeloid leukemia 发表期刊：Journal of Hematology & Oncology (IF:23.2) 发表年份：2020-09
首先，不管是Windows还是Linux版本CoreCLR的编译，都是在Windows10上进行的。
Cut&Tag 相较于 Chip-seq 来说整体步骤简单，耗时比较短。文章中是这么描述的：” 靶向和标记切割(CUT&Tag) 是一种抗体导向的原位染色质分析策略，正在迅速取代基于免疫沉淀的方法 ” 。而是否能够完全取代个人拙见肯定是需要基于做的实验吧，各有利弊。
1 Using ROS with Docker in macOS： https://www.xiaokeyang.com/blog/using_ros_with_docker_in_macos
今天介绍的是一篇纯生信分析的单细胞数据挖掘的文献，分析方法是单细胞分析中比较常规的方法（单细胞图谱，细胞通讯），不过有疾病之间的差异比较。
过敏性肺炎(Hypersensitivity pneumonitis, HP)是易感和致敏个体吸入多种抗原引起的肺泡炎症或间质纤维化的复杂综合征，可以分为纤维化和非纤维化 HP。纤维化过敏性肺炎（FHP） 是一种致命的间质性肺病，但与特发性肺纤维化（ IPF） 相比，它仍然未被充分研究和了解。基因组指导的治疗仍然无法用于恶化的FHP 患者，这些患者的临床预后极差。毫无疑问，迫切需要表征FHP 的核心分子特征，以发现新兴的生物标志物和治疗靶点。
3月30~31日，由北京大学天然药物及仿生药物国家重点实验室主办的2018基因编辑学术研讨会将在京举行。届时众多一线科研工作者将聚集于此共襄学术盛宴。 2018基因编辑技术期待进展一览 王皓毅 中国科学院动物研究所 CRISPR-Cas9在动物模型构建、T细胞治疗以及基因表达调控中的应用 高效精确的基因工程技术对于发展基因治疗，建立细胞和动物疾病模型具有极为重要的价值。近年来特异性定点核酸酶的研究取得了长足的进步。为了突破传统基因打靶方法的局限，我们率先通过受精卵注射CRISPR-Cas9一步获得多基
程序性细胞死亡 (Programmed cell death, PCD) 是多细胞生物中，由基因调控的细胞自杀过程，对多细胞生物的发育、体内稳态和完整性至关重要。PCD 的研究涉及多个领域，如免疫、神经系统发育、癌症、感染等。常见的 PCD 有细胞凋亡 (Apoptosis)、自噬 (Autophagy) 和焦亡 (Pyroptosis)，以及近年发现的铁死亡 (Ferroptosis) 。
今天一起来看一篇文献，听听故事～也学学如何讲故事（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8551404/）
文章标题：Key Cell Types and Biomarkers in Heart Failure Identified through Analysis of Single-Cell and Bulk RNA Sequencing Data【整合单细胞和bulk RNA数据确定心力衰竭中的关键细胞类型和生物标志物】
成人的消化道中聚集着大量的免疫细胞，既有髓系又有淋巴系的细胞。大部分肠道疾病，尤其是炎症性肠病（IBD），都涉及到免疫系统。过去认为，肠道中的免疫细胞是来自于骨髓造血干细胞（HSCs）。但是，近年来的动物研究表明，很多器官在胚胎发育中的纳入的组织驻留型巨噬细胞是独立于HSC的，来自于胎儿前巨噬细胞。小鼠小肠和结肠含有稳定的、自我更新巨噬细胞群，这些巨噬细胞既有来自于胚胎祖细胞，也有来自于HSC。胎儿结肠中组织驻留巨噬细胞的胚胎发育过程目前还没有报道。
To define the cell populations that drive joint inflammation in rheumatoid arthritis (RA), we applied single-cell RNA sequencing (scRNA-seq), mass cytometry, bulk RNA sequencing (RNA-seq) and flow cytometry to T cells, B cells, monocytes, and fibroblasts from 51 samples of synovial tissue from patients with RA or osteoarthritis (OA). Utilizing an integrated strategy based on canonical correlation analysis of 5,265 scRNA-seq profiles, we identified 18 unique cell populations. Combining mass cytometry and transcriptomics revealed cell states expanded in RA synovia: THY1(CD90)+HLA-DRAhi sublining fibroblasts, IL1B+ pro-inflammatory monocytes, ITGAX+TBX21+ autoimmune-associated B cells and PDCD1+ peripheral helper T (TPH) cells and follicular helper T (TFH) cells. We defined distinct subsets of CD8+ T cells characterized by GZMK+, GZMB+, and GNLY+ phenotypes. We mapped inflammatory mediators to their source cell populations; for example, we attributed IL6 expression to THY1+HLA-DRAhi fibroblasts and IL1B production to pro-inflammatory monocytes. These populations are potentially key mediators of RA pathogenesis.
升主动脉（Aorta ascendens）为主动脉与左心室交接的部分，始于第三肋间软骨下缘，并沿胸骨左半边上行。升主动脉有左冠状动脉和右冠状动脉两分支，供应心脏养分，之后主干会接至主动脉弓。
背景：重症的可靠预后生物标志物可作为重症 COVID-19 复发的早期指标，以及对患者进行抗病毒治疗的分类。
SARS-CoV-2病毒的免疫反应失调是COVID-19重症的原因。然而，与免疫病理相关的免疫信号知之甚少。在这里，该项研究使用多组学单细胞分析来探讨COVID-19稳定或进展期住院患者的动态免疫反应和探索V(D)J库，并评估托珠单抗的细胞效应。基因表达和细胞系蛋白标记的协调分析显示，S100Ahi/HLA-DRlo经典的单核细胞和激活的LAG-3T细胞是进展性疾病的标志，并分别强调了骨系细胞和T细胞上MHC-II/LAG-3的异常相互作用。该项研究还发现，在扩大的效应细胞CD8+ 克隆、未突变的IGHG+ B细胞克隆和具有稳定体细胞超突变频率的突变B细胞克隆中，T细胞受体储备出现倾斜。总之，该项研究深入的免疫分析揭示了在进展期COVID-19中先天和适应性免疫相互作用的非同步性。
题目：Development of a four-gene prognostic model for clear cell renal cell carcinoma based on transcriptome analysis
解释任何单细胞测序数据的起点都是对给定数据集中的细胞簇进行注释。由于缺乏专门设计的工具以及在单细胞ATAC-seq数据中使用不直观的顺式和跨式调控元素（unintuitive cis- and trans-regulatory ），因此单细胞ATAC-seq数据中的细胞类型标注具有挑战性。本技术说明探索并演示了三种不同的策略，这些策略对于在单个细胞ATAC-seq数据中标注细胞类型所需的生物信息学专业知识的数量有所不同。
近日，研究人员发现了 Spectre CPU 漏洞的一种新变种，能通过基于浏览器的代码利用。研究人员使用 Firefox 的 JavaScript 引擎 SpiderMonkey 52.7.4 对英特尔的 Haswell 和 Skylake 处理器，以及 AMD 的 Ryzen 处理器成功执行了 SplitSpectre 攻击。不过用户无需担心，现有的 Spectre 缓解方法也能阻止 SplitSpectre 攻击。
文章标题：《Cerebrospinal fluid immune dysregulation during healthy brain aging and cognitive impairment》
近日，Science Bulletin杂志在线发表了题为“Single cell atlas of domestic pig cerebral cortex and hypothalamus”的研究论文，首次报道了家猪脑组织单细胞转录组图谱（包含额叶、顶叶、颞叶、枕叶和下丘脑的32,250个单细胞），为使用家猪进行人类神经系统疾病研究以及动物模型的构建提供了重要的参考信息。
用VS2017打开一个以前用VS2010写的asp.net项目后，设置好发布选项（发布到文件夹），发布的时候报错如图：
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