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R计算mRNA和lncRNA之间的相关性+散点图

我们在做表达谱数据分析的时候,经常需要检测基因两两之间表达的相关性。特别是在构建ceRNA网络的时候,我们需要去检查构成一对ceRNA的mRNA和lncRNA之间的表达是否呈正相关。...前面给大家分享过R计算多个向量两两之间相关性,今天小编就给大家分享一个实际的应用案例,用R去批量的检测大量mRNA跟lncRNA之间表达的相关性,并绘制散点图。...<- expand.grid(deLNC, dePC) #第一列为lncRNA,第二列为mRNA names(combination)=c("lnc","pc") #通过循环来计算所有lncRNA和...& result$cor>0) #创建一个文件夹corplot来存放相关性图 dir.create("corplot") #循环画出显著相关的mRNA和lncRNA的相关性散点图 for(i in...参考资料: R计算多个向量两两之间相关性

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Java 中,如何计算两个日期之间的差距?

参考链接: Java程序计算两组之间的差异 今天继续分享一道Java面试题:  题目:Java 中,如何计算两个日期之间的差距? ...查阅相关资料得到这些知识,分享给大家:  java计算两个日期相差多少天小时分钟等    转载2016年08月25日 11:50:00  1、时间转换  data默认有toString() 输出格林威治时间...,比如说Date date = new Date(); String toStr = date.toString(); 输出的结果类似于: Wed Sep 16 19:02:36 CST 2012   ...1000* 24* 60* 60;     longnh = 1000* 60* 60;     longnm = 1000* 60;     // long ns = 1000;     // 获得两个时间的毫秒时间差异...计算差多少小时     longhour = diff % nd / nh;     // 计算差多少分钟     longmin = diff % nd % nh / nm;     // 计算差多少秒

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    入门 | 从PCC到MIC,一文教你如何计算变量之间的相关性

    幸运的是,有统计和计算方法可以用来识别带噪声和复杂的数据中的模式。...类似地,我们可以将数据向量表示为 n 维空间中的箭头(尽管当 n > 3 时不能尝试可视化)。 这些箭头之间的角度 ϴ 可以使用两个向量的点积来计算。定义为: ?...有盛行风向时,小船倾向于同向漂流 与之类似,无关变量可以被看作无盛行风向时随机漂流的小船;相关变量可以被看作在盛行风向影响下漂流的小船。在这个比喻中,风的强弱就代表着两个变量之间相关性的强弱。...这个经「洗牌」打乱的变量将被用于计算它和常变量间的距离相关性。这个过程将被执行多次,然后,结果的分布将与实际距离相关性(从未被「洗牌」的数据中获得)相比较。...这个例子中,P(X=H,Y=H) > P(X=H) × P(Y=H)。这表明两硬币全为正面的概率要大于它们的边缘分布之积。 联合分布和边缘分布乘积之间的散度越大,两个变量之间相关的可能性就越大。

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    JS中的变量和类型计算

    .=== 和 == 的选择 3.JS中有哪些内置函数 4.JS变量按存储方式分为哪些类型,并描述其特点 5.如何理解JSON 值类型和引用类型 值类型(boolean,string,number,null...引用类型分两块存储,先在堆中存储一个实际的值,再在栈中存储一个堆中值的引用地址,指向堆中的对象。...把a赋值给b是在栈中重新开辟一块空间存储的还是相同对象的引用地址,a和b存储的地址相同,指向的对象也相同。当对象值发生改变时,两者会同时改变。...:Math,JSON JS变量按存储方式分为哪些类型,并描述其特点 值类型何引用类型 如何理解JSON JSON是JS中的一个内置对象 区别 JS对象 {x:10} JSON对象 {'x':10} JSON...创设eval作用域 正常模式下,Javascript语言有两种变量作用域(scope):全局作用域和函数作用域。严格模式创设了第三种作用域:eval作用域。

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    数据挖掘|R-相关性分析及检验

    一 相关性分析 1.1 Pearson相关系数 度量两个连续变量之间的线性相关程度,需要两个变量的标准差都不为零。...可用于计算实验数据分析中的不同组学数据之间的相关性。 1.3 Kendall秩相关系数 也是一种非参数的等级相关度量,类似Spearman相关系数。对象是分类变量。...可以无序,性别(男、女)、血型(A、B、O、AB);可以有序,评分(优、中、差)等。...其中的x和y为要检验相关性的变量,alternative指定进行双侧检验或单侧检验(取值"two.side"、"less"或"greater"),method指定计算的相关类型("pearson"、 "...可得到矩阵数据集中两两变量之间得相关系数以及显著性检验得P值。 OK, 注意要根据变量的实际情况选择合适的相关系数以及显著性检验的计算方式。

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    “变量”和“常量”,计算机程序中的那个“量”是什么“量”

    无论是什么量,最终归为0 1 01 变量与常量中的“变”和“常” 数学概念解释的“常”和“变” 常量与变量是数学中反映事物量的一对范畴。...你只有确实掌握了“常”和“变”的要义,你在进行计算机编程的时候才知道哪些量该用常量、哪些该用变量。 计算机语言的“常”和“变” 以C语言为例,常量分直接常量和符号常量两种。...也就是说,计算机程序中的常量呢不会随着程序的执行而变化;而变量则随时都有可能变化。如下图所示,我们在定义变量的时候,只是申请了一个有名字的空间,程序在运行的过程中可能会放入符合类型的不同值。 ?...给定一个存储空间但里面的内容会随着时间的推移变化 02 变量与常量中的“量” 计算机语言中的量呢,其实可以理解为用来存放一些东西的空间。...这个区间里的内容,在程序运行的过程中可能变也可能不变,对应的就是常量或者变量。 ? C语言的数据类型

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    如何有效处理特征范围差异大且类型不一的数据?

    回答的结构如下: 移除不必要的数据,降低变量的维度。 对描述变量进行转化,使其适用于大部分的分类器。 分析数据之间的相关性,如共线性。如果有必要,进行特征选择。 归一化和标准化。...如下图所示,在除了预测值 (Target) 以外的 41 个值中,有两个变量 num_outbound_cmds 和 is_host_login 在整个数据集中取值唯一,应该被移除。...相关性图谱 (correlation matrix) 计算变量之间的相关性可以得到一个矩阵,用于描述每两个变量这件的相关性 (-1 代表负相关,0 代表无关,1 代表正相关)。...在可视化后 KDD99 数据的相关性图谱后可得到下图。 ? 做相关性图谱的原因是为了看一下是否存在大量的共线性 (colinearity)。...在这种方法中,我们仅通过评价不同变量之间的统计相关性来进行特征选择,如 Chi Squared 和 Pearson。

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    时间序列分析中的自相关

    我们不是测量两个随机变量之间的相关性,而是测量一个随机变量与自身变量之间的相关性。因此它被称为自相关。 相关性是指两个变量之间的相关性有多强。...如果值为1,则变量完全正相关,-1则完全负相关,0则不相关。 对于时间序列,自相关是该时间序列在两个不同时间点上的相关性(也称为滞后)。也就是说我们是在用时间序列自身的某个滞后版本来预测它。...数学上讲自相关的计算方法为: 其中N是时间序列y的长度,k是时间序列的特定的滞后。当计算r_1时,我们计算y_t和y_{t-1}之间的相关性。 y_t和y_t之间的自相关性是1,因为它们是相同的。...使用自相关性来度量时间序列与其自身的滞后版本的相关性。这个计算让我们对系列的特征有了一些有趣的了解: 季节性:假设我们发现某些滞后的相关性通常高于其他数值。这意味着我们的数据中有一些季节性成分。...总结 在这篇文章中,我们描述了什么是自相关,以及我们如何使用它来检测时间序列中的季节性和趋势。自相关还有其他用途。例如,我们可以使用预测模型残差的自相关图来确定残差是否确实独立。

    1.2K20

    如何用指标分析维度精准定位可视化图表?

    联系:数据之间的相关性 分布:指标里的数据主要集中在什么范围、表现出怎样的规律 比较:数据之间存在何种差异、差异主要体现在哪些方面 构成:指标里的数据都由哪几部分组成、每部分占比如何 接下来将依次介绍常用可视化图表类型...箱线图的绘制方法是:先找出一组数据的上边缘、下边缘、中位数和两个四分位数;然后,连接两个四分位数画出箱体;再将上边缘和下边缘与箱体相连接,中位数在箱体中间。...用两组数据构成多个坐标点,考察坐标点的分布,判断两变量之间是否存在某种关联或总结坐标点的分布模式。散点图将序列显示为一组点。值由点在图表中的位置表示。类别由图表中的不同标记表示。...分析维度:分布/联系 适用:存在大量数据点,结果更精准,比如回归分析 局限:数据量小的时候会比较混乱 相似图表: 气泡图:显示变量之间相关性的一种图表。与散点图类似。 ?...分析维度:构成 适用:有固定流程并且环节较多的分析,可以直观地显示转化率和流失率 局限:无序的类别或者没有流程关系的变量 文字云 展现文本信息,对出现频率较高的“关键词”予以视觉上的突出,比如用户画像的标签

    3.7K30

    python数据分析——在面对各种问题时,因如何做分析的分类汇总

    输入数据表部分内容展示如下: 想要知道某个函数的意思 相关性分析: 概念: 相关性分析:对两个变量或多个变量之间相关关系的分析。事物之间通常都存在一定的联系。...相关性分析是研究现象之间是否存在某种依存关系,对具体有依存关系的现象探讨相关方向及相关程度,是一种简单易行的测量定量数据之间关系情 况的分析方法,可以应用到所有数据的分析过程中。...测试及计算确定系数程序代码: 【例6】产品销量与广告的多元线性回归分析 一元回归分析的自变量只有一个,而如果有两个或两个以上自变量,就成为多元回归。...计算过程 决策树是数据挖掘中的经典方法,包括三个步骤: (1)特征选择:从训练数据的特征中选择一个特征作为当前节点的分裂标准,通常筛选跟分类结果相关性较高(分类能力较强)的特征。...,计算变量之间的距离及类间距离; (4)聚类(或分组):根据具体问题选择聚类方法,确定分类数量; (5)聚类结果评估:是指对聚类结果进行评估,外部有效性评估、内部有效性评估和相关性测试评估。

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    利用MATLAB进行金融数据分析与可视化

    利用MATLAB进行金融数据分析与可视化在当今快速发展的金融市场中,数据分析与可视化已经成为决策过程中的重要组成部分。MATLAB因其强大的计算能力和丰富的可视化工具,广泛应用于金融数据分析中。...本篇文章将探讨如何利用MATLAB进行金融数据的获取、分析及可视化,并通过代码实例进行详细说明。1. 引言金融数据分析是指对金融市场中的数据进行统计和计算,以揭示潜在的市场趋势和风险。...其他数据分析方法在金融数据分析中,除了基础的描述性统计和趋势分析外,还有许多其他分析方法可以使用。下面我们将探讨几种常见的分析技术。6.1 相关性分析相关性分析用于研究两个或多个变量之间的关系。...在金融分析中,通常用于评估不同股票之间的相关性,以判断投资组合的风险。...实际应用案例9.1 案例分析在实际应用中,我们可以结合多种分析方法来解决具体的金融问题。例如,可以使用回归分析评估某只股票的收益率与市场指数之间的关系,或者利用风险分析和时间序列预测制定投资策略。

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    期货大数据:从商品间相关系数挖掘市场宏观性趋势

    相关系数是用以反映变量之间相关关系密切程度的统计指标。相关系数是按积差方法计算,同样以两变量与各自平均值的离差为基础,通过两个离差相乘来反映两变量之间相关程度;着重研究线性的单相关系数。...相关系数 r的值介于–1 与+1之间,在二维线形条件下,当 r为1 时,表示两组变量为完全的正相关;r为-1时则表示完全负相关;r越靠近0轴,两组变量间相关性越弱。...一般情况下,除互补商品和互为替代品之间应该呈现强烈的正相关和强烈的负相关关系以外,其他品种间并没有属性上的内生性关联。叠加了大宗商品的成本链传导关系,大宗商品间应该普遍存在的是较弱的正相关关系。...图2 25个品种间相关性数据分析图 - 2010.1~2011.9 资料来源:和讯金融实验室 相关性规律对于对冲交易的指导意义 在图2中我们可以看到,在趋势较为强烈的情况下,各商品期货品种间表现出相当高的正相关性...从去年国庆至今没有出现过一次宏观性的趋势行情,表现在相关性数据序列上,从去年10月份以来整体都处于无序杂乱的状态。对于趋势性系统来说,这段时间确实是较为困难的时段。

    1.4K90

    统计计量 | 吸烟的人更长寿?冰淇淋销量越好溺亡人数越多?——相关分析概述

    2相关性描述方式 描述两个变量是否有相关性,常见的方式有:可视化相关图(典型的如散点图和列联表等等)、相关系数、统计显著性。...可视化的优点是:直观,但其缺点是:无法准确度量。比如腰围和脂肪比重,对体重的影响程度到底有多大?或者说,这两个因素中哪个因素对体重的影响会更大?...Spearman相关 当定距数据不满足正态分布,不能使用皮尔逊相关分析,这时,可以在相关分析中引入秩分,借助秩分实现相关性检验,即先分别计算两个序列的秩分,然后以秩分值代替原始数据,代入到皮尔逊相关系数公式中...数据序列通常来自对同一组样本的多次测量或不同视角的测量。 结论分析 在斯皮尔曼相关性分析中,也能够得到相关系数(r)和检验概率(Sig.),当检验概率小于0.05时,表示两列数据之间存在相关性。...在Kendall相关性检验中,其核心思想是检验两个序列的秩分是否一致增减。因此,统计两序列中的“一致对”和“非一致对”的数量就非常重要。

    1.3K40

    数据清洗与可视化:使用Pandas和Matplotlib的完整实战指南

    6.6 数据的相关性分析了解不同变量之间的相关性有助于揭示数据中的关系。...以下是计算销售与收入之间相关性的代码示例:correlation = df[['Sales', 'Revenue']].corr()print("销售与收入的相关性:")print(correlation...例如,通过计算各特征之间的相关性,我们可以选择最相关的特征进行模型训练:# 计算相关性矩阵correlation_matrix = df.corr()# 绘制相关性热力图plt.figure(figsize...饼图:直观展示不同类别在总体数据中的占比。高级可视化技术:直方图与密度图:展示数据的分布情况和密度分布,帮助理解数据的集中趋势。散点图矩阵:分析多变量之间的关系,发现变量间的相关性。...数据聚类:通过K-means等聚类算法识别数据中的自然群体。相关性分析:计算特征之间的相关性,优化特征选择和模型性能。实践经验:数据质量管理:确保数据的完整性和准确性是分析的基础。

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    AI论文速读 | 2024GinAR—变量缺失的端到端多元时序预测

    在 GinAR 中,它由两个关键组件组成,即插值注意力和自适应图卷积,以取代简单递归单元的全连接层,从而能够恢复所有缺失变量并重建正确的时空依赖关系,以对多元时间序列数据进行递归建模。...深度学习基础的插补方法: 结合时间序列的上下文信息和空间相关性来生成合理的缺失值。 GNN-based 方法: 结合GCN和序列模型来分析缺失数据和正常数据之间的时空依赖性,并恢复所有缺失数据。...其他相关研究: 时间序列分析: 包括时间序列的模式识别、异常检测和预测等。 图神经网络: 用于捕捉数据的空间相关性,包括图卷积网络(GCN)和其他图基模型。...GinAR包含两个关键组件: 插值注意力(Interpolation Attention, IA):用于生成正常变量和缺失变量之间的对应关系,并通过注意力机制恢复缺失变量。...自适应图卷积(Adaptive Graph Convolution, AGCN):用于重建所有变量之间的空间相关性。

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    探索数据之美:Seaborn 实现高级统计图表的艺术

    线性关系图线性关系图用于可视化两个变量之间的线性关系,并可以帮助我们观察到它们之间的趋势和相关性。Seaborn 中的 lmplot 函数可以绘制线性关系图,并且支持拟合线性回归模型。...简单多变量图简单多变量图是一种用于同时可视化多个变量之间关系的图表类型,通常用于观察变量之间的相关性和分布情况。...成对关系图成对关系图是一种用于可视化数据集中多个变量之间的关系的图表类型,通常用于观察变量之间的相关性和分布情况。...联合分布图:可视化两个变量之间的关系,并显示其单变量分布情况。线性关系图:展示两个变量之间的线性关系,并支持拟合线性回归模型。树地图:用于可视化层次结构数据的图表类型。...时间序列图:展示时间序列数据变化趋势的图表类型。分面绘图:用于同时可视化多个子数据集的图表类型。分类数据图:用于可视化分类变量之间关系的图表类型。分布对比图:用于比较不同组之间分布情况的图表类型。

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    相关性分析方法怎么选择_多个因素相关性分析

    有时候我们根据需要要研究数据集中某些属性和指定属性的相关性,显然我们可以使用一般的统计学方法解决这个问题,下面简单介绍两种相关性分析方法,不细说具体的方法的过程和原理,只是简单的做个介绍,由于理解可能不是很深刻...该系数的计算和检验为参数方法,适用条件如下: (适合做连续变量的相关性分析) (1)两变量呈直线相关关系,如果是曲线相关可能不准确。...(适合含有等级 变量或者全部是等级变量的相关性分析) 3、无序分类变量相关性   最常用的为卡方检验,用于评价两个无序分类变量的相关性。...根据卡方值衍生出来的指标还有列联系数、Phi、Cramer的V、Lambda系数、不确定系数等。 OR、RR也是衡量两变量之间的相关程度的指标。   ...卡方检验用于检验两组数据是否具有统计学差异,从而分析因素之间的相关性。

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    实现基于股票收盘价的时间序列的统计(用Python实现)

    2 收盘价基于时间序列的自相关性分析 相关性是指两组数据间是否有关联,即一组数据的变动是否会影响到另一组数据。而自相关性,则是指同一个时间序列上两个不同点的变量间是否有关联。...这里还是拿股票收盘价举例,在这个场景里,自相关性是指两个交易日的收盘价之间是否有关联性。...4 用热力图分析不同时间序列的相关性 之前是通过自相关系数和偏自相关系数来衡量单一时间序列里前后数据间的影响,在应用中,也会量化分析不同时间序列的相关性。...范例中,将首先从网络接口里抓取指定股票的数据,在此基础上计算股票间的相关度,并以热力图的形式直观地展示不同时间序列间相关性的效果。...,所以它和其它两个股票的相关性就很低。

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