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    Knowledge-based BERT: 像计算化学家一样提取分子特征的方法

    今天介绍一篇浙江大学智能创新药物研究院侯廷军教授团队、中南大学曹东升教授团队和腾讯量子计算实验室联合在Briefings in Bioinformatics发表的一篇论文“Knowledge-based BERT: a method to extract molecular features like computational chemists”。本文提出了一种新的预训练策略,通过学习由计算化学家预定义的分子特征和原子特征,使得模型能够像计算化学家一样从SMILES中提取分子特征。K-BERT在多个成药性数据集上表现了优异的预测能力。此外,由K-BERT 生成的通用指纹 K-BERT-FP 在 15个药物数据集上表现出与 MACCS 相当的预测能力。并且通过进一步预训练,K-BERT-FP还可以学习到传统二进制指纹(如MACCS和ECFP4)无法表征的分子大小和手性信息。

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