这是代码的一部分： Entrez.email = 'gandalf@rivendell.lotr' results = Entrez.read(handle)我想要的结果只有英文论文我查看了上的文档，但没有找到此过滤器的属性。
PubMed的手动
浏览 7提问于2016-08-03得票数 1
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我有一个Excel文件，其中给出了2000多个生物，其中每个生物都有一个关联的生物项目ID (如PRJNA12997)。我们的想法是使用这些I来获得序列，以便稍后与我在文本文件中的其他五个序列进行多重比对。
有没有人能帮我理解如何使用biopython来做这件事？至少是有生物项目ID的那部分。
浏览 0提问于2016-03-18得票数 1
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我使用Biopython试图检索与蛋白质对应的DNA序列，我有一个GI(71743840)，从NCBI页面这是非常容易的，我只需要寻找参考。我的问题是在python中编写代码时，使用ncbi获取实用程序，我无法找到一种方法来检索任何可以帮助我进入DNA的字段。handle = Entrez.efetch(db="nucleotide", id=blast_record.alignments[0].hit_id, rettype="gb&qu
浏览 2提问于2014-11-04得票数 1
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我想要获取特定期刊中与特定术语/主题相关的所有文章。到目前为止，我所尝试的是基于Marco Bonzanini编写的代码(包含原始代码的GitHub页面)。from Bio import Entrez
浏览 41提问于2019-02-01得票数 0
我只需要从NCBI (GenBank(full)格式)下载完整的基因组序列。我对“全基因组”而不是“全基因组”感兴趣。我的脚本：Entrez.email = "asiakXX@wp.pl"handle = Entrez.esearchproperty='complete genome' )#title='complete genome[title]')
re
浏览 4提问于2013-08-27得票数 3
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从下面的查询中获取摘要有问题esearch_query = Entrez.esearch(db="pubmed", term=papers from our search using the IDList pubmed_entry = Entrez.efetchPubDate‘：{u’‘Month’：'Oc
浏览 3提问于2017-08-31得票数 1
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这就是我想做的。我有一个基因的列表，例如: ITGB1，RELA，NFKBIAx = ['ITGB1', 'RELA', 'NFKBIA'] handle = Entrez.efetch(db="nucleotide", id=item ,rettype="gb")
recor
浏览 4提问于2012-11-26得票数 3
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我正在使用Python3.x的Biopython从PubMed数据库进行搜索。我正确地得到了搜索结果，但是接下来我需要提取搜索结果的所有日志名称(全名，而不仅仅是缩写)。我正在使用以下代码：from Bio import Medline
handle = Entrez.esearch只返回期刊的缩写(例如，N Engl J Med，而不是新英格兰医学杂志)。根据我使用手册PubMed
浏览 2提问于2017-10-04得票数 0
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下面是我的代码的一个小片段：search_phrase = 'Escherichia coli[organism]) AND (complete genome[keyword])'
handle = Entrez.esearch(db='nuccore', term=search_phrase,313848522’，‘309700213’，‘284919779’2152
浏览 1提问于2016-05-05得票数 1
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esearch, which will return species = species.replace(" ", "+").strip() """once we have the taxid, we can fetch the record"""
search = En
浏览 2提问于2013-05-12得票数 5
我想以fasta格式下载NCBI蛋白质数据库中的所有肽序列(即>和肽名，后面跟着肽序列)，我看到了一个描述肽是的网状术语，但我想不出如何将它合并。我写了这个：from Bio import Entrez
handle = Entrez.esearch(db=()out_handle.wri
浏览 2提问于2019-12-10得票数 1
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我想使用Biopython搜索Pubmed (代码在Biopython文档中)，并在Gtk.TextView中显示每个记录的结果(标题、作者、源)。如果有人知道为什么会这样，我会感谢你的帮助。 if row["DbName"]=="pubmed":
handl
浏览 5提问于2016-09-11得票数 0
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是否有一种方法，使用Biopython，了解数据库的更新状态？
handle = Entrez.esearch(db = "pubmed", term = 'Malaria')
浏览 2提问于2014-07-03得票数 1
我在Django应用程序中有一些代码，它执行以下操作，以获得DOI发布的Pubmed文章： Entrez.email = 'me@mydomain.com' record = Entrez.read(handle)return getPubmedArticle(request,record["
浏览 4提问于2015-06-09得票数 1
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我正在使用Entrez搜索Pubmed上的文章。是否可以使用Entrez来确定使用我的搜索参数找到的每篇文章的引用次数？如果没有，有没有其他方法可以使用？到目前为止，我在谷歌上搜索的结果并不多。注:引用次数(在我的上下文中)相关文章在其他文章中被引用的次数。我发现了一件事：，它可能表明我可以获得Pubmed DB中的文章的引文编号，但(对我来说)我不清楚如何使用它来确定每篇文章<e
浏览 12提问于2020-05-05得票数 0
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我正在写一个多语言词典应用程序。当用户选择一种语言来使用数据时，该语言应应用于每个页面，直到他们选择不同的语言为止。理想情况下，语言应该是URL的一部分，这样英语单词"double“和法语单词"double”的地址就会不同。也可以不指定语言，这样"double“将同时显示英语和法语单词。我还想同时过滤多个字段上的数据
浏览 2提问于2019-07-20得票数 0
我从NCBI下载了20个序列，我的任务是将它们与自身对齐，但是我需要分离数据，因为我使用了Entrez.efetch，，这样我就可以使用它来对齐，并且我无法将创建的唯一特定元素(id和序列)写入文件中。从输出中获取元素似乎非常困难，因为我在列表中有字典。所以我被困在这里，也许有人能给我一些建议，所有的帮助都会很感激。下面是我的代码和输出:I列表和(前5行)。from Bio import Entre
浏览 1提问于2022-04-08得票数 1
在加载时，API将给所有城市--比如说20个城市--我将把它们存储在redux中。现在，用户可以根据城市属性(例如:基于国家、大陆、语言等)筛选复选框或单选按钮。我的问题是，一旦一个过滤器被应用，只有那些符合标准将显示来自20个城市，只有3个显示。现在当过滤器被删除时，我想显示所有的20个城市，而不再次调用。我该怎么解决这个问题？
还如何应用多个过滤器？用户可以选择一个国家:美国和语言</e
浏览 3提问于2021-05-22得票数 0
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我正在构建一个使用BioPython的网页刮刀器，然后将结果保存在一个数据文件中。def fetch_details(id_list): Entrez.email = 't@gmail.com'
handle = Entrez.efetch当搜索函数中的retmax参数仅为15时，它就能正常工作。我得到了15张记录，我需要填写所有4条信息。但是，当我将它更改为16时，我会得到一个错误。=纸张‘M
浏览 6提问于2019-12-11得票数 1
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有蒸汽API端点，获取应用程序的详细信息，例如：
应用程序的ap磷脂- id -l-语言代码cc-货币代码过滤器-过滤器的结果，例如，我开始研究支持哪些语言并传递几个语言参数：
而且在某个时候，它只是停止了切换语言，并停留在英语(默认)或德语，如果我添加任何其他参数，而不是"en“。“过滤器”起
浏览 14提问于2021-11-06得票数 1
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