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    Day3-Bran

    R语言基础安装R和Rstudio搜索官网(镜像网站下载更快)在没有基础的情况下,不要改安装地址要在属性-安全-权限中打开完全控制什么是R和RstudioR本质是一种编程语言。...是统计计算和绘图的环境,汇集了许多函数编程语言是一种非自然的语言,用来人和机器的沟通。缺点:页面太简陋,不方便直接使用。...Rstudio用于在终端使用R页面组成脚本编辑器控制台environment空间/图片/帮助/包reprinted from wechat公众号:生信星球设置页面R语言基本操作用Rproject管理工作目录工作目录就是默认的读取和存储位置显示文件列表...dir() :显示工作目录list.files():显示工作目录中的对象加减乘除赋值的运算结果赋值给x删除变量rm(b):删除b变量rm(list = ls()) :清空所有变量列出历史命令history()点击历史标签清空控制台ctrl+l

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    2024年09月_生信入门班_微信群答疑笔记

    经排查:Rstudio和working direction都放在桌面上以后,可以双击打开.Rproj 【R入门】像“exp”这样的在环境面板里有的数据,如果我们要用的话其实不需要再额外读取了哈 你的exp...找不到一个函数,不是因为没有加载相应的包吗?所以你去查一下来出自谁的包,出自哪个包,去加载一下不就好了。 【R实战】请问读取GSE13355的数据后,结果是否正常?...【R实战】这种数据是不是被标准化的数据呀? 是的。...【R绘图】绘图这一步经常会遇到:因plot窗口太小无法显示图片 点“Zoom”,依然不显示图片 根据Kimi提示,用ggsave()限制图片大小后保存,可以解决,但麻烦 怎么设置Rstudio,可以直接在...【R入门】我在读取数据时遇到这个报错,请问应该怎么解决呀 我的电脑内存是8GB 数据比较大,电脑内存有限,试试把一些不需要用到的程序先关掉,再重新读取。通常来说,8GB内存对于生信分析不太够用。

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    【数据分析 R语言实战】学习笔记 第二章 数据的读取与保存

    2.1数据读取 2.1.1读取内置数据集 R本身提供了超过50个数据集,同时在功能包(包括标准功能包)中附带了更多的数据集。R自身提供的数据集存放在自带的datasets程序包中。...Excel数据 在R中打开Excel表格数据有多种方式,最简单的一种是从剪贴板中读取数据。...RODBC中与SQL相关的函数 ? (2)通过RMySQL/DBI读取数据库 (3)通过RJDBC读取数据库 2.1.6读取网页数据 R中的程序包XML为读写XML文档提供了通用的工具。...,例如要向cat.txt中存储数据,参数file指定被写入的文件,如果指定的文件已经存在则原来内容将被覆盖。...> a=file("C:/Program Files/RStudio/2.txt") 2.2.2保存为文本文件 通常我们会把R中的向量、矩阵、数据框和列表等对象写入一个文本文件中并保存起来,例如扩展名为

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    学习R语言,一篇文章让你从懵圈到入门

    在实际工作中,每个数据科学项目各不相同,但基本都遵循一定的通用流程。...中文介绍可参考这里 readxl:读取Microsoft Excel电子表格数据 openxlsx:读取Microsoft Excel电子表格数据 googlesheets:读取google电子表格数据...haven:读取SAS,SPSS和Stata统计软件格式的数据 httr:从网站开放的API中读取数据 rvest:网页数据抓取包 xml2:读取HTML和XML格式数据 webreadr:读取常见的...BigQuery的R包 PivotalR:用于读取Pivitol(Greenplum)和HAWQ数据库中的数据 dplyr:提供了一个访问常见数据库的接口 data.table:data.table包的...RStudio Server Open Source:开源免费的RStudio服务器 RStudio Server Professional:商业版RStudio服务器 devtools:一个让开发R包变得简单的工具集

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    学习R语言,一篇文章让你从懵圈到入门

    在实际工作中,每个数据科学项目各不相同,但基本都遵循一定的通用流程。具体如下: ?...中文介绍可参考这里 readxl:读取Microsoft Excel电子表格数据 openxlsx:读取Microsoft Excel电子表格数据 googlesheets:读取google电子表格数据...haven:读取SAS,SPSS和Stata统计软件格式的数据 httr:从网站开放的API中读取数据 rvest:网页数据抓取包 xml2:读取HTML和XML格式数据 webreadr:...Google BigQuery的R包 PivotalR:用于读取Pivitol(Greenplum)和HAWQ数据库中的数据 dplyr:提供了一个访问常见数据库的接口 data.table:data.table...RStudio Server Open Source:开源免费的RStudio服务器 RStudio Server Professional:商业版RStudio服务器 devtools:一个让开发

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    RStudio发布新接口,在R语言中使用TensorFlow

    R语言是一种自由软件编程语言与操作环境,主要用于统计分析、绘图、数据挖掘、机器学习等。今日RStudio发布博文称,已为TensorFlow创建了R接口,使R用户能方便的使用TensorFlow。...在过去的一年中,我们一直在努力为Google的开源机器学习框架TensorFlow创建R接口。我们之所以如此关注它,最重要的是TensorFlow为深度学习应用提供了最先进的基础设施。...在谷歌开源后的这两年里,TensorFlow迅速成为机器学习从业者和研究人员的首选框架。...除了TensorFlow的各种R接口之外,还有一些工具有助于训练的工作流程,包括在RStudio IDE中对训练指标的实时反馈: ?...为了解决这个问题,我们提供了多种在云中使用GPU的方法,包括: cloudml包,一个接到谷歌的托管机器学习引擎的R接口。

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    学习R语言,一篇文章让你从懵圈到入门

    在实际工作中,每个数据科学项目各不相同,但基本都遵循一定的通用流程。...中文介绍可参考这里 readxl:读取Microsoft Excel电子表格数据 openxlsx:读取Microsoft Excel电子表格数据 googlesheets:读取google电子表格数据...haven:读取SAS,SPSS和Stata统计软件格式的数据 httr:从网站开放的API中读取数据 rvest:网页数据抓取包 xml2:读取HTML和XML格式数据 webreadr:...Google BigQuery的R包 PivotalR:用于读取Pivitol(Greenplum)和HAWQ数据库中的数据 dplyr:提供了一个访问常见数据库的接口 data.table:data.table...RStudio Server Open Source:开源免费的RStudio服务器 RStudio Server Professional:商业版RStudio服务器 devtools:一个让开发

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    生信星球学习小组Day4-R语言基础 Jerry

    今天是学习小组学习的第4天,主要是学习了解R语言 1. R和Rstudio的安装 用户名需要是英文 下载R和Rstudio 2....认识R和Rstudio R是一种编程语言,也是统计计算和绘图的环境,它汇集了许多处理数据的函数,能够提供强大的功能 R语言软件界面简陋,通常不直接使用,而是用图形界面的Rstudio RStudio是免费提供的开源集成开发环境...RStudio提供了一个具有很多功能的环境,使R更容易使用,是在终端中使用R的绝佳选择。 图片 图文来自微信公众号生信星球 3....Rproject管理工作目录 工作目录是默认的读取和储存位置,这样R语言就能和一个文件夹进行互动,不会导致脚本、文件、图片各种乱跑,找不到 b....赋值 <- 赋值符号,alt 与 -可以实现相同操作 赋值后,赋值的变量会显示在右上角的框,Environment里的Value列表里 e.

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    从R迁移到Python过程中需要知道的几个包

    我一直认为编程语言的能力取决于它的软件库,因此本文将着重介绍我经常使用的一些关于机器学习算法的 R 包和 Python 中的替代包。...Python 中的scikit-learn 软件包则完美地解决了这个问题,scikit-learn 为许多常用的机器学习算法提供了一套相同的 API 接口。...该库中实现了数据框的功能和其他的一些常用操作方法,它基本包含了 reshape/reshape2 和 plyr/dplyr 中的精华之处。...Python 中拥有正则表达式库re,和一个内置的字符串软件包 string。 RStudio -> Rodeo ? 对于许多用户来说,RStudio 是 R 语言中一款非常友好的编辑器。...在 R 语言中,我们可以利用 knitr 来创建可重复的可视化分析报告,RStudio 中很早就包含了这个功能。在 Python 中,最相近的软件库是 Jupyter。

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    从 R 迁移到 Python 过程中你需要知道的几个软件库

    我一直认为编程语言的能力取决于它的软件库,因此本文将着重介绍我经常使用的一些关于机器学习算法的 R 包和 Python 中的替代包。...Python 中的scikit-learn 软件包则完美地解决了这个问题,scikit-learn 为许多常用的机器学习算法提供了一套相同的 API 接口。...该库中实现了数据框的功能和其他的一些常用操作方法,它基本包含了 reshape/reshape2 和 plyr/dplyr 中的精华之处。...Python 中拥有正则表达式库re,和一个内置的字符串软件包 string。 RStudio -> Rodeo 对于许多用户来说,RStudio 是 R 语言中一款非常友好的编辑器。...Knitr -> Jupyter 在 R 语言中,我们可以利用 knitr 来创建可重复的可视化分析报告,RStudio 中很早就包含了这个功能。

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    工具 | 如何在Python中调用R语言包?

    Python又是当下最流行的编程软件之一,Python也是开源的,包含了非常丰富的第三方库(如机器学习算法),那么如何让Python和R共同工作呢?利用Python中的rpy2包就可以实现这一想法。...加载rpy2与rpy2包的内容 rpy2,可以实现使用python读取R的对象、调用R的方法以及Python与R数据结构转换等。 (1)加载rpy2 ? rpy2包里面包含下面的内容: ?...如何使用ry2 (1)在Python中加载R软件包 需要用到robjects中的packages里面的importr函数,我们以R中的stats包和ggplot2包为例,ggplot2是R中超级强大的绘图包...通过r实例,我们可以读取R的内置变量、调用R的函数、甚至,直接把它当作R的解析器来用。 ? 上面用了三种方式来访问R对象中的pi,分别把r实例当作字典,把r实例当作方法,把r实例当作一个类对象。...总结 本文主要介绍了利用rpy2包在Python中访问R语言包和函数,其中最重要的子包是robjects,可以生成R中的数据结构;最重要的实例是rojects.r(' '),可以通过三种方式访问R中的数据和函数

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    R语言入门之数据的导入和导出

    第一部分 导入数据(Importing Data) 在我们平时的研究工作中,经常使用的是逗号分隔文件(.csv文件)、制表符分隔文件(.tsv文件)和空格分隔文件(.txt文件)。...直接高效读取以.gz结尾的压缩文件 一般在R中可以使用gzfile()的方式读取压缩文件,但如果使用data.table包里的fread()函数则可以大大提高工作效率。...具体方法如下: #安装并加载data.table包 #使用fread()函数读取文件,这里参数和之前的一致 #唯一的不同就是fread()可以直接读取压缩文件 install.packages(‘data.table...Exporting Data) 在R语言中有很多方法可以导出各种类型的数据,但常用的文件格式也就第一部分中主要涉及的三类,即逗号分割文件、制表符分隔文件以及空格分隔文件。...function()的方法 (2)推荐刚入门的小伙伴下载Rstudio,使用起来很方便 (3)data.table这个包的一些功能可能依赖其它包,需要将其依赖包也安装上

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    从 R 绘图入门看 R 语言学习方法论

    另外,从科研成果的落地实践角度来讲,好的临床数据分析的成果能迅速地在实践中起指导作用,这样也更容易带动大家做研究的兴趣。...以项目的方式管理代码 从功能上讲,在 RStudio 中创建一个项目,其实就是创建一个新的文件夹并将其定义为工作目录,这样生成的所有文件将被放在这个目录中。...、haven:读取数据 dplyr、tidyr、dbplyr, dtplyr:整理和查询数据 stringr:处理字符串 ggplot2:绘图 lubridate:处理日期和时间 purrr:处理list...事实上,copy 只在第一层,你只是学会了「如何快速使用 R 绘图」,并没有做到「如何快速学会 R 绘图」,更重要的点是在于套自己数据的过程中,学习别人写代码的逻辑和习惯,思考每一行代码背后的用处,及时做好笔记和注释...90% 的问题完全可以靠自己去解决,「学会自己解决问题」也是研究生训练中重要的一课。 查看帮助文档 在 R 语言内,我们可以使用内置的帮助系统。例如,?plot 命令查看绘图功能的文档。

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    Day 4 R语言基础

    认识R和RstudioR是一种编程语言,也是统计计算和绘图的环境,它汇集了许多函数,能够提供强大的功能。R语言软件界面简陋,通常不直接使用,而是用图形界面的Rstudio。...RStudio是免费提供的开源集成开发环境(IDE)。RStudio提供了一个具有很多功能的环境,使R更容易使用,是在终端中使用R的绝佳选择。...图片各窗口的功能如下:1.控制台(左下窗口):脚本运行和结果展示2.脚本编辑器(左上窗口):在处理数据时,通常会编写一份脚本文件,即一组命令的集合来表示整个操作过程的逻辑流,该脚本文件可以直接读取并由R...5.文件窗口(files)(右下窗口):展示了当前文件夹中的文件列表。6.绘图窗口(plots)(右下窗口):用来展示R代码生成的图形。...R语言基本操作3.1 利用Rproject管理工作目录所谓工作目录就是默认的读取和储存位置,也就是说,R语言只能和一个文件夹进行互动,这个文件夹非常重要,做不好就会导致你的脚本、文件、图片各种乱跑,找不到

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    R语言基础

    准备工作安装R和Rstudio此处注意,如果电脑的用户名是中文,需要改成英文才能安装Rstudio查看用户名是中文还是英文:1.在开始菜单中找到控制面板2.在控制面板中找到“用户帐户”并进入,在“用户帐户...3.在“管理本地用户和组”中找到当前用户的用户名,就可以看到用户名是英文还是中文了下载R和Rstudiob站有教程,暂时不需要装R包什么是RR是一种编程语言,也可以统计计算、绘图,它汇集了很多函数RStudio...(左上窗口)在处理数据时,通常会编写一份脚本文件,即一组命令的集合来表示整个操作过程的逻辑流,该脚本文件可以直接读取并由R引擎执行。...5.文件窗口(files)(右下窗口)展示了当前文件夹中的文件列表。6.绘图窗口(plots)(右下窗口)用来展示R代码生成的图形。...iris$Sepal.Length表示iris数据框的Sepal.Length这一列数据。

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