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生信自动化流程搭建 06 | 指令

rellink 在发布目录中为每个过程输出文件创建一个相对的符号链接。 link 在发布的目录中为每个过程输出文件创建一个硬链接。 copy 将输出文件复制到发布的目录中。...当使用网格执行器启动管道时,这很有用,因为它允许通过在实际执行节点的本地磁盘中的临时目录中运行管道进程来减少NFS开销。仅将在流程定义中声明为输出的文件复制到管道工作区中。...stageInMode stageInMode指令定义如何将输入文件切入到流程工作目录中。允许以下值: 值 描述 copy 通过创建副本将输入文件暂存到流程工作目录中。...link 通过为每个输入文件创建(硬)链接,将输入文件暂存到流程工作目录中。 symlink 输入文件通过创建带有每个文件的绝对路径的符号链接而在过程工作目录中暂存(默认)。...rellink 通过创建具有每个文件的相对路径的符号链接,将输入文件暂存到流程工作目录中。

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Flink 实践教程-进阶(7):基础运维

流计算 Oceanus 以实现企业数据价值最大化为目标,加速企业实时化数字化的建设进程。 本文首先介绍了几种最常见、最基础的错误,用户在使用的时候可以尽量规避的问题。...在正式运行之前请检查:  类名是否有拼写错误 确定是否将相关的业务代码依赖打进 JAR 包中 基础运维 作业监控 流计算 Oceanus 提供强大的作业监控能力,我们可以通过【监控】项查看作业的各项指标...当然在控制台的作业列表界面,单击右上角的【云监控】,即可进入 云监控控制台 [3],查看更为详细的监控指标。在此还可以配置作业专属的 监控告警策略 [4]。...需尝试增加作业的算子并行度(CU)数和优化内存占用,避免内存泄露 JVM 退出等致命错误 进程退出码通常出现在以下关键字后,可以辅助定位 JVM 或 Akka 等发生了致命错误被强制关闭等的错误:exit...例如,declined 表示由于资源未到位(作业并未处于运行中)、个别算子已进入 FINISHED 状态、快照超时、快照文件不完整等原因,造成了快照的失败:Checkpoint was declined

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    Flink 实践教程:进阶7-基础运维

    在正式运行之前请检查: 类名是否有拼写错误 确定是否将相关的业务代码依赖打进 JAR 包中 基础运维 作业监控 流计算 Oceanus 提供强大的作业监控能力,我们可以通过【监控】项查看作业的各项指标...当然在控制台的作业列表界面,单击右上角的【云监控】,即可进入 云监控控制台 [3],查看更为详细的监控指标。在此还可以配置作业专属的 监控告警策略 [4]。...作业日志 在不同业务场景下可能出现不同的错误,常见的例如作业失败、OOM、JVM 退出等,具体可以参见 Oceanus 官网 日志诊断指南 [6]。...需尝试增加作业的算子并行度(CU)数和优化内存占用,避免内存泄露 JVM 退出等致命错误 进程退出码通常出现在以下关键字后,可以辅助定位 JVM 或 Akka 等发生了致命错误被强制关闭等的错误:exit...例如,declined 表示由于资源未到位(作业并未处于运行中)、个别算子已进入 FINISHED 状态、快照超时、快照文件不完整等原因,造成了快照的失败:Checkpoint was declined

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    谷歌大开“吃”戒的产物,Andriod O全球发布

    为降低功耗,无论应用的目标 SDK 版本为何,Android O Developer Preview 都会对后台应用检索用户当前位置的频率进行限制。...4、WebView 增强功能: 在 Android Nougat 中,我们针对 WebView 推出了一个可选的多进程模式,其将网页内容处理转移到一个隔离的进程中。...在 Android O 中,我们默认启用多进程模式,并添加一个 API,以便让您的应用可以处理错误和崩溃,从而增强安全性和提升应用稳定性。...⑤在应用正常处于前台之前,请推迟后台工作。 3、检查在您应用的清单中定义的广播接收器。 如果您的清单为显式广播声明了接收器,您必须予以替换。...可能的解决方法包括: ①通过调用 Context.registerReceiver() 而不是在清单中声明接收器的方式在运行时创建接收器。 ②使用计划作业检查条件是否会触发隐式广播。

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    Flink吐血总结,学习与面试收藏这一篇就够了!!!

    是一个有向有环图) AsyncDataStream(在DataStream上使用异步函数的能力) 处理数据API 处理数据API 核心抽象 环境对象 数据流元素 StreamRecord(数据流中的一条记录...结构 作业调度失败 失败异常分类 NonRecoverableError:不可恢复的错误。...此类错误意味着即便是重启也无法恢复作业到正常状态,一旦发生此类错误,则作业执行失败,直接退出作业执行 PartitionDataMissingError:分区数据不可访问错误。...下游Task无法读取上游Task产生的数据,需要重启上游的Task EnvironmentError:环境的错误。...如果提交失败,Flink应用会重启,并调用TwoPhaseCommitSinkFunction#recoverAndCommit方法尝试恢复并重新提交事务。 abort。一旦终止事务,删除临时文件。

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    GIT操作 之 错误集锦及解决方法

    新手在使用git的时候,难免会遇到一些不知所然的错误,在此文档,会收集常见的错误,并提供解决方法。欢迎大家进行检索,也可以一起进行补充。...解决方法: 这个错误是提示本地仓库为空,也就是说你还没有添加add和提交commit文件,自然就没有什么可以push的了。...origin git@github.com:celineWong7/chosen-demo.git #添加本地文件(工作区)到暂存区 git add ./ #将暂存区的文件提交到本地仓库 git...切换分支失败 执行代码: git checkout branchA 错误提示: error: cannot stat ‘file’: Permission denied 解决方法: 这种错误一般是该分支上的文件被电脑占用...解决方法是退出各类和分支上文件相关编辑器、浏览器、资源管理器等,再进行切换 . 4. git pull失败 执行代码: git pull 错误提示: git branch --set-upstream-to

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    教程|你不知道的监控项预处理流程逻辑

    该图没有显示有条件的方向变化、错误处理或循环。预处理管理器的本地数据缓存也没有显示,因为它不直接影响数据流。此图的目的是显示监控项价值处理中涉及的流程及其交互方式。 数据收集从数据源的原始数据开始。...此时数据流停止,直到历史缓存的下一次同步(当历史同步器进程执行数据同步时)。 同步过程从数据规范化开始,将数据存储在 Zabbix 数据库中。...如果数据规范化失败(例如,当文本值无法转换为数字时),监控项可以将其状态更改为不支持。 正在处理收集的数据 - 检查触发器,如果监控项不支持,则更新监控项配置等。...预处理管理器可以在单项模式或批量模式下从本地数据缓存中刷新值(用于依赖项和批量接收的值)。 预 处 理 进 程 Zabbix server 配置文件允许用户设置预处理工作进程的数量。...Warning:太多的数据收集进程(轮询器、无法访问的轮询器、ODBC 轮询器、HTTP 轮询器、Java 轮询器、pingers、陷阱器、代理轮询器)连同 IPMI 管理器、SNMP 陷阱器和预处理进程可能会耗尽预处理管理器的每个进程的文件描述符限制

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    安全蓝队 : windows日志检索和分析

    前言 在运维工作过程中,如若windows服务器被入侵,往往需要检索和分析相应的安全日志。...以下将分别介绍: 事件类型 应用程序日志 包含由应用程序或系统程序记录的事件,主要记录程序运行方面的事件,例如数据库程序可以在应用程序日志中记录文件错误,程序开发人员可以自行决定监视哪些事件。...失败审核 失败的审核安全登录尝试,例如用户试图访问网络驱动器失败,则该尝试会被作为失败审核事件记录下来。...它通过系统服务和驱动程序实现记录进程创建、文件访问以及网络信息的记录,并把相关的信息写入并展示在 windows 的日志事件里。 sysmon 特点是用完整的命令行记录子进程和父进程的创建行为。...使用 sha1(默认),MD5,SHA256 或 IMPHASH 记录进程镜像文件的 hash 值。可以同时使用多个 hash,包括进程创建过程中的进程 GUID。

    3.7K21

    dify 1.4.2 版本深度解析:性能飞跃、功能革新与稳定性全面升级,打造企业级AI开发新标杆

    文件上传鲁棒性提升: • 修复多文件扩展名映射问题,上传自定义文件时无需担心识别错误或格式冲突。 6....平行工作流稳定化 • 修复 401 鉴权错误,并排查并行模式下的用户上下文隔离问题,确保多线程/多进程执行无缝对接。 2....Celery 进程内存泄露修复 • 关闭作业后正确释放资源,保障长时间高并发任务调度不会占满内存,运维成本进一步下降。 5....SMTP 邀请与认证优化 • 修复邮件邀请过程中因认证失败导致的邀请链接无法发送问题,内部日志与告警更细致,第二时间定位邮件外发故障。 3....DevOps 与监控提升 • Weave Tracing + W&B 集成后,在云环境的微服务链路中插入采集节点,全链路监控与可视化报表即可上线。运维团队可快速定位瓶颈,自动化告警。

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    ELK Stack 核心原理深度剖析:从日志流转到可视化的全链路机制

    》中详细解析,此处聚焦其在 ELK 场景中的关键机制:近实时(NRT)写入:日志通过 Logstash 写入 ES 后,默认 1 秒内可被检索,满足 “实时监控” 需求(如实时查看系统错误日志);倒排索引...例如,查询 “包含‘数据库连接失败’的错误日志”,ES 可在毫秒级返回所有匹配结果;分片与副本:将日志索引拆分为多个主分片,分布在不同节点,提升写入和查询吞吐量;同时创建副本分片,确保节点宕机时日志不丢失...(1)索引模式(Index Pattern):关联 ES 索引与 KibanaKibana 无法直接识别 ES 中的索引,需通过 “索引模式” 建立映射:创建索引模式:用户需指定 ES 中的索引匹配规则...: "数据库连接失败"),Kibana 向 ES 发送查询请求,ES 通过倒排索引快速返回匹配的日志详情;指标聚合:在 “Visualize” 页面创建图表,例如 “按小时统计错误日志数”,Kibana...ES 的@timestamp字段,且时区统一为 UTC(或业务所需时区),避免 “日志时间与系统时间差 8 小时” 的问题;字段映射统一:在 ES 中预先定义索引的映射(Mapping),例如将user_id

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    基于Apache Parquet™的更细粒度的加密方法

    例如,如果我们丢失了密钥,所有相关的加密数据都将无法破译。 此外,Parquet 加密将处于所有数据访问的关键路径; 一个简单的错误可能会导致业务中断。...如果用户没有该密钥的权限,则会收到“拒绝访问”异常,并且用户的查询将失败。在某些情况下,用户可以有一个像“null”这样的屏蔽值。换句话说,用户在没有密钥权限的情况下无法读取数据。...在下一节中,我们还将此插件称为加密属性和密钥检索器或交错加密检索器。 现在的问题是加密检索器如何知道哪个列将由哪个密钥加密。 该信息存储在标记存储系统中。...在读取路径上,加密元数据存储在每个文件(格式)中,并且 Parquet™ 库使用它来确定要检索什么密钥来解密数据。 KMS 客户端包含相同的插件。 如果用户对密钥具有权限,则数据将被解密为明文。...开销被评估为“增加的时间”与 Spark 作业的总持续时间,我们认为这是更接近真实用户场景的评估。 基准测试工作的一个挑战是读取或写入文件的存储延迟不固定。

    2.4K30

    flink分析之Task的生命周期

    背景 之前有想过系统地来一番flink源码分析系列,谁曾想工作中需要完成的需求有些多,完整的flink源码分析系列只能一再往后拖了。...此方法的职责是将Operator的当前状态存储到指定的状态后端,当作业在失败后继续执行时,将从该后端检索Operator。...每个有状态Operator都应该覆盖这个方法,并且应该包含状态初始化逻辑,无论是第一次执行作业时,还是任务从失败中恢复或使用保存点时。...检查点: 前面我们看到,在initializeState()期间,以及在从失败中恢复的情况下,任务及其所有Operator和函数检索在失败前的最后一个成功检查点期间持久化到稳定存储的状态。...简而言之,称为CheckpointBarriers的特殊元素由作业的源任务定期注入到输入数据流中,并随实际数据从源迁移到sink。

    1.8K40

    Redis 源码 bug 深入定位过程分享

    然而,当系统配置中"vm.overcommit_memory = 0",且系统内存不足以fork子进程时,AOF重写就无法启动,而此之前已打开的pipe也永远不会关闭,并在下一次尝试AOF重写时又创建新的...因为当时所有作业已经跑完,Redis中数据为空,所以这些指标正常。 然后查看Redis服务的log,果然Redis的log频繁报错如下图。日志很直接的给出了client连接失败的原因是FD太大。...: 在离线作业运行过程中,随着list中数据量增加,Redis内存占用逐渐增加; 当系统剩余内存不足以fork子进程时,AOF重写子进程启动失败,此时错误log为“Can't rewrite append...”; 与此同时,随着离线作业的完成,内存占用已经下降,但由于fd不足,AOF重写子进程还是不能启动; 注意到,被client长连接占用的socket fd在此过程中是一直没有释放的。...在rewriteAppendOnlyFileBackground方法中我们注意到如果fork失败,过程就直接退出了。

    6.8K31

    Apache Spark:来自Facebook的60 TB +生产用例

    我们是如何为该job扩展Spark的? 当然,为这么大的管道运行单个Spark job在第一次尝试时甚至在第10次尝试时都没正常运行。...使 PipedRDD对fetch失败更有鲁棒性(SPARK-13793):PipedRDD 以前的实现不够强大,无法处理由于节点重启而导致的获取失败,并且只要出现获取失败,该作业就会失败。...我们在 PipedRDD 中进行了更改,优雅的处理获取失败,使该作业可以从这种类型的获取失败中恢复。...在 Spark 中每个阶段的最大允许的获取失败次数是硬编码的,因此,当达到最大数量时该作业将失败。我们做了一个改变,使它是可配置的,并且在这个用例中将其从 4 增长到 20,从而使作业更稳健。...在完成所有这些可靠性和性能改进之后,我们很高兴地报告我们为我们的一个实体排名系统构建和部署了更快,更易管理的管道,并且我们提供了在Spark中运行其他类似作业的能力。

    1.5K20

    Agent设计模式——第 12 章:异常处理和恢复

    要使 AI Agent 在各种现实世界环境中可靠运行,它们必须能够管理不可预见的情况、错误和故障。...例如,如果初始尝试失败并引发异常,反思过程可以分析失败原因,并使用改进的方法(如优化提示词)重新尝试任务,以解决错误。...数据处理 Agent:负责处理一批文档的 Agent 可能会遇到损坏的文件。它应该跳过损坏的文件,记录错误,继续处理其他文件,并在结束时报告跳过的文件,而不是停止整个过程。...为什么:异常处理和恢复模式为构建强大和有弹性的 AI Agent 提供了标准化的解决方案。它为它们配备了预测、管理和从操作失败中恢复的 Agent 能力。...异常处理和恢复模式的实际应用在多个领域中得到说明,展示了其在处理现实世界复杂性和潜在失败方面的相关性。这些应用展示了为 AI Agent 配备异常处理能力如何有助于它们在动态环境中的可靠性和适应性。

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    StarRocks学习-进阶

    在导入流程中主要负责导入执行计划的生成和导入任务的调度工作。 BE:Backend,StarRocks系统的计算和存储节点。在导入流程中主要负责数据的 ETL 和存储。...提交的作业将异步执行,用户可通过 SHOW LOAD 命令查看导入结果。 Broker Load适用于源数据在Broker进程可访问的存储系统(如HDFS)中,数据量为几十GB到上百GB。...用户通过 HTTP 协议发送请求将本地文件或数据流导入到 StarRocks中,并等待系统返回导入的结果状态,从而判断导入是否成功。...过大的导出会导致更多的垃圾文件和更高的重试成本。 如果表数据量过大,建议按照分区导出。 在 Export 作业运行过程中,如果 FE 发生重启或切主,则 Export 作业会失败,需要用户重新提交。...当 Export 运行完成后(成功或失败),FE 发生重启或切主,则SHOW EXPORT展示的作业的部分信息会丢失,无法查看。

    3.5K30

    【图解】Kubernetes Deployment 故障排查指南

    K8sMeetup 3个步骤排查 kubernetes Deployment 故障 在深入探究有故障的 Deploymen 时,必须明确 Kubernetes 是如何工作的。...下面是最常见的错误以及解决方法。 ImagePullBackOff 当 Kubernetes 无法检索 Pod 中某一个容器的镜像时会报这个错。...通常,在如下情况下容器无法启动: 应用程序中存在错误,阻止了容器的启动; 容器配置有误:StackOverFlow 上这个问题就是如此 https://stackoverflow.com/questions...你应该尝试检索容器日志,查看为什么容器无法启动。如果你无法查看日志是因为容器重启得太快了,可以用如下命令: ? 这个命令将打印前一个容器的错误消息。...当“就绪”探针失败时,则 Pod 未连接到服务,并且没有流量转发到该实例。 就绪探针故障是应用程序相关的错误,因此应该检查 kubectl describe 中的“事件”以验证错误。

    3.5K30

    Hadoop 版本 生态圈 MapReduce模型

    , 用于可靠的存储海量数据; -- MapReduce : 分布式处理数据模型, 可以运行于大型的商业云计算集群中; -- Pig : 数据流语言 和 运行环境, 用来检索海量数据集; -- HBase...用于构建分布式应用, 避免应用执行失败带来的不确定性损失; -- Sqoop : 该工具可以用于 HBase 和 HDFS 之间的数据传输, 提高数据传输效率; -- Common : 分布式文件系统,...和 输出, IO类型可以由程序员进行选择; -- 两个函数 : map 函数 和 reduce 函数; MapReduce作业组成 : 一个MapReduce 工作单元, 包括 输入数据, MapReduce...的输出直接输出到 HDFS中; -- reduce数量 : reduce数量是特别指定的, 在配置文件中指定; MapReduce数据流框图解析 : -- 单个MapReduce的数据流 :..., 也没有使用JNI编程; -- 工作原理 : Pipes 使用套接字作为 map 和 reduce 函数 进程之间的通信;

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    聊一聊大数据的问题和缺陷

    大数据失败的例子 也许最大的和最知名的大数据失败案例是在谷歌公司的2013年流感趋势。谷歌于2008推出这项服务,目的是预测25个国家的流感疫情。逻辑很简单:在特定区域分析谷歌关于流感的搜索查询。...在2013年流感高峰期,谷歌预测的流感的趋势悲惨地失败了。事实上,这个数字是惊人的140%。原因是算法有缺陷,没有考虑到几个因素。...例如,如果人们搜索“冷”或“发烧”这样的词,这并不一定意味着他们正在寻找流感样症状。他们可能一直在寻找季节性的疾病。对于谷歌流感趋势不幸的是,它无法从这场灾难中恢复过来,最终导致了2013年的崩溃。...大数据失败的原因 谷歌流感趋势的失败并不是唯一的灾难。人们不可能列出这些年来所有大数据的错误,然而,分析失败是很重要的,因为可以吸取教训,不要在功能上重复错误。...组织应该尝试设法让员工自由地尝试数据。事实上,最重要的大数据技术是开源的,这个“开始小,失败快”的方法得到了加强。而且,很多平台可以立即以经济实惠的方式访问云服务,从而进一步降低了试用和错误的方法。

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    DevOps工程师:30多个面试问题及解答

    DevOps 的三个最重要的 KPI 是什么? 下面列出了几个 DevOps KPI: 平均减少从故障中恢复所需的时间。 增加部署的频率。 降低部署失败率。 15. Ansible 是如何工作的?...由于 Ansible 的无代理特性,无需在托管远程节点的服务器上进行安装。因此,无需在管理远程节点时运行任何后台进程。...此过程重点关注与最早可能的软件发布相关的商业风险。 使用一组通过/失败位置作为指导,此过程使开发人员能够确定他们创建的功能是否没有错误。 18.解释Jenkins的主从架构。...git commitgit commit -a git commit -m “” 在暂存区域中创建文件的记录或快照。...git status 列出需要提交的每个文件。 git rm 文件名> 从当前工作目录中删除一个或多个文件并将其暂存。 git show 显示提交的元数据和内容更改。

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