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关键词

ceRNA调控机制简介

和ncRNA等概念不同,ceRNA并不是代表某种特定类型的RNA,而是一种调控机制。 在ceRNA的概念中有两个关键词,竞争和内源,内源指的是这个调控机制本来在生物体内就存在,而竞争就是这个调控机制的核心。 miRNA可以和靶标mRNA结合,抑制其翻译或者导致mRNA降解,从而实现转录后调控基因表达的功能。 基于miRNA负调控靶标RNA分子的理论,科学家提出了ceRNA调控机制的模型,示意如下 ? 从上面的模型可以看出,ceRNA调控机制中有两个关键点,首先两个RNA分子能够结合的miRNA必须有交集,只有这样才形成了竞争关系,其次构成ceRNA调控关系的RNA分子其表达量是正相关关系。

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YARN资源调度

这种作业要求有一定量的资源保证,如统计值计算、垃圾数据分析等 ---- 基本架构 资源调度是YARN中最核心的组件之一,且是插拔式的,它定义了一整套接口规范以便用户可按照需要实现自己的调度 YARN 自带FIFO、Capacity Scheduler和Fair Scheduler三种常用资源调度,当然,用户可按照接口规范编写一个新的资源调度,并通过简单的配置使它运行起来 YARN的资源管理实际上是一个事件处理 通常而言,资源管理需要为每个Application维护一个独立的数据结构,以便于统一管理和资源分配。 中的资源调度资源分配给各个ApplicationMaster 第二层中,ApplicationMaster再进一步将资源分配给它的内部任务 YARN的资源分配过程是异步的,也就是说,资源调度资源分配给一个应用程序后 资源管理和调度均由调度完成,管理员可在调度中设置每个队列的资源容量,每个用户资源量等信息,而调度则按照这些资源约束对应用程序进行调度 参考:《Hadoop 技术内幕:深入解析 YARN 架构设计与实现原理

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    SCREEN: 候选顺式调控元件

    SCREEN是一个可以搜寻和可视化候选顺式调控元件的网站。其中顺式作用元件是由ENCODE中的数据中得到的。在首页搜索框中可以根据位置、基因名字或者SNP ID的名字搜索。 ?

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    AS3资源加载

    最近鼓捣除了一个加载。可以分布式地加载文本文件以及SWF文件。本人将它写成了一个Flex库。本着共同进步的目的,我将其分享出来。 ? 测试结果 : ? 控制台: ? 测试资源: ? 关于 Flash(SWF)美术资源的介绍: ? ? flash.system.ApplicationDomain; import flash.utils.ByteArray; import iface.IResLoader; /**  * 图片加载 Function; private var _nextCallBack : Function; /**  * @param $callBack : 回调函数  * @param $url : img资源位置 _url+"] = 是否有资源正在加载 :" + $arr[0] + " , 当前加载的url :" + $arr[1] ); break; case "OPEN": trace

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    利用机器学习了解基因调控

    这种错位意味着生物学家发现很难解释基因调控是如何发生的。现在他们开发的新方法,可以弥合计算工具与生物学家的想法之间的鸿沟。 利用这些数据,生物学家可以制作出人工神经网络,以预测哪些分子在称为基因调控的过程中控制特定基因。 ? 细胞并不需要所有蛋白质。相反,它们依靠复杂的分子机制根据需要打开或关闭产生蛋白质的基因。 Kinney说:了解基因调控的原理通常是开发针对疾病的分子疗法的前提。以上这些努力强调了如何优化现代工业AI技术以用于生命科学。

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    chipBase:转录因子调控网络数据

    首先对来自10个物种一万多个样本的chip_seq数据进行分析,通过peak caling得到转录因子在基因组上的结合区域,同时提供了UCSC基因组浏览可视化和motif分析。 最后根据来自TCGA数据库和GTEx项目约2万例样本的转录组结果,对转录因子和调控基因的相关性进行分析。该网站提供了以下几个主要功能 1. 查看转录因子和基因间的调控网络 提供了转录因子与非编码RNA和蛋白编码基因之间的调控关系,以lncRNA为例,检索框如下 ? Regulator 输入感兴趣的基因,查看有哪些转录因子可能调控该基因,以TP53为例,示意如下 ? 点击factor可以查看对应的详细结果,示意如下 ? 3. 通过chip_base, 可以方便的查看转录因子与基因间的调控关系,还可以进一步结合转录组的共表达分析对结果进行筛选。

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    资源服务被黑排查

    一.简介 环境: 资源服务是Nginx和php组成的服务,用户可以http://192.168.1.100/one.jpg方式获取图片。 只有负载均衡服务才有外网地址,并且防火墙只允许80端口访问。 起因: 早上10点半,在查看资源服务的文件目录时,发现多了一个pc.php,问了一圈发现没人知道这个文件。 2.查看2台资源服务的日志,查看负载均衡的也行。 可以发现POST提交了脚本,GET去获取脚本,因为资源服务是安装了php的,访问pc.php,nginx会默认交给php-fpm去执行脚本,从而触发脚本,就像访问https://www.baidu.com 三.解决办法 这次只到资源服务也是因为大体策略做的没问题,对方顶多是传个脚本而没法做更多操作,本次问题很清晰是程序没有做上传限制导致的,禁用post传送文件即可,也可以在nginx上配置禁止执行php

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    控制浏览缓存资源

    浏览有默认的缓存机制,不同的浏览,缓存头是不一样的 设置编码,调用setContentType()方法,参数:”text/html;charset=utf-8” 关闭缓存,调用setHeader()

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    BigData--Yarn资源调度

    Yarn资源调度 YARN主要由ResourceManager、NodeManager、ApplicationMaster和Container等组件构成 1、YARN架构 ? 4、资源调度 Hadoop作业调度主要有三种:FIFO、Capacity Scheduler和Fair Scheduler。 1)先进先出调度(FIFO) ? 2)容量调度(Capacity Scheduler) ? 1、支持多个队列,每个队列可配置一定的资源量,每个队列采用FIFO调度策略。 2、为了防止同一个用户的作业独占队列中的资源,该调度会对同一用户提交的作业所占资源量进行限定。 3)公平调度(Fair Scheduler) ? 支持多队列多用户,每个队列中的资源量可以配置,同一队列中的作业公平共享队列中所有资源。 在同一个队列中,job的资源缺额越大,越先获得资源优先执行。

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    chipBase:转录调控数据库

    转录调控是生命活动中重要的调控机制,通过chip_seq数据,我们可以得到转录因子或者组蛋白修饰和基因之间的调控关系。 通过转录因子结合位点,可以进一步分析结合区域的motif, 还可以通过peak区域的基因注释,得到转录因子和各种基因之间的调控关系。 通过chip_seq数据分析转录因子与基因的调控关系,实际上是通过对peak区间进行基因注释得到的,由于结合位点位于基因的附近,所以通常会指定一个区域,比如上下游各延伸1kb, 如果两个区间重叠,就认为二者之间存在一个调控关系 检索结果示意如下,给出了转录因子CTCF所有可能调控的lncRNA ? 通过Regulator菜单,可以检索调控某个基因的所有转录因子,以TP53为例,检索结果示意如下 ? ChIP-Function 对转录因子所有调控的靶基因,进行GO富集分析,结果示意如下 ? 2.

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    基因调控网络 (Gene Regulatory Network) 01

    今天说一说基因调控网络 (Gene Regulatory Network) 01,希望能够帮助大家进步!!! 本文为入门级的基因调控网络文章,主要介绍一些基本概念及常见的GRN模型。 概念:基因调控网络 (Gene Regulatory Network, GRN),简称调控网络,指细胞内或一个基因组内基因和基因之间的相互作用关系形成的网络,特指基因调控 (gene regulation 5、贝叶斯网络模型 以贝叶斯定理和假设为理论基础,用有向无环图 (DAG) 的形式表示随机变量间的概率关系,网络中每个基因是一个节点,每个调控关系是一条边。 构建GRN模型时可参考的一些经验:GRN是稀疏的,也就是并不是所有基因之间都有相互作用关系 [3];基因调控网络的大多数变量是连续的,粗糙的离散化会丢失信息,精细的离散化参数太多,最好直接用连续变量 [ 雷耀山,史定华,王翼飞.基因调控网络的生物信息学研究[J].自然杂志,2004(01):7-12.

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    蜜蜂性别调控又有新机制?

    阐释miRNA调控m6A进而影响蜜蜂的性别决定? m6A影响雄性生殖腺发育也早有报道。 结合单碱基分辨率的 m6A-miCLIP 测序发现, Mettl3 介导的 m6A 修饰调控精子发生相关基因的可变剪接,从而导致精子发生过程异常。

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    超级增强子相关调控分析

    在基因转录调控方面,基因的启动区域会受到转录因子的调控,进而影响基因的功能。这样和转录因子结合的区域,我们称之为增强子。而超级增强子的话,则是包含了很多的增强子的区域。 这段区域密集的收到转录因子的调控,这样就更加影响基因的变化了。 我们点击Detail可以查看详细结果,可以看到不同细胞系当中调控的结果。我们可以改变不同的细胞系,查看不同疾病当中的调控网络。 ? 在这个数据结果里面,还提供了UCSC的基因浏览的功能。当然如果觉得可视化不好看的话,可以使用我们介绍的基因浏览:基因还有浏览? ? 关于这个数据库主要的功能就是这么三个。 数据库总结 对于基因的转录调控,已经研究这么多年了。而超级增强子的概念也是近几年才提出来的,所以也还算一个稍微新的点子,所以如果实验设计当中有转录调控的这个实验。要不考虑考虑超级增强子?

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    表观调控13张图之三。。。

    可以看出 Spps 和 Pho 共同调控许多基因,说明这两基因有一定的关系。

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    Linux教学资源服务构建

    ,运用课程所学知识,构建一种基于 Linux 系统的教学资源服务。 教师可以把资源上传到服务,供学生下载,可以把教学大纲、课件、资料都上传到服务,上课时可以从服务直接下载到教室电脑,学生也可以上传作业,供给老师批改,从而让教师教学更加便利。 1.2 需求分析 服务主要实现教学资源共享以及学生作业上传两大功能,并且能针对教师和学生所用账号,对资源共享和学生作业两个目录进行权限控制,使得教师可以上传、下载、删除其资源共享和学生作业目录下的内容 总结 5.1完成的任务情况和心得体会 教学资源服务主要的功能基本实现。资源共享需要解决文件的存取、查找浏览等问题。 利用FTP进行文件的传输,Web服务建立目录浏览界面,实现了教学资源共享及学生作业上传的两大功能。

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    摩擦力的调控——应变工程

    作为基础研究人员,研究如何调控摩擦力的大小,使之更好的造福人们的生活,显得尤为重要。 No.1 应变调控摩擦力 宏观尺度超润滑具有巨大的应用前景,并且近些年来实现了碳纳米管宏观尺度的超润滑,然而在工业生产和微纳米器件中,界面摩擦才是主导因素,这就要求实现至少有两个维度处于宏观尺度的超润滑 近来,清华大学李群仰等在先前工作的基础上,通过应变改变了石墨烯片层与压头之间的接触质量,进而实现摩擦力的调控,达到超润滑状态,相关工作在PNAS发表(Tuning friction to a superlubric

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    GENIE3||基因调控网络推断

    GENIE3是一种从基因表达数据推断基因调控网络的方法。它训练预测数据集中每个基因表达的随机森林模型,并将转录因子(TF)的表达用作输入。 GENIE3利用回归树从表达数据推断基因调控网络(以加权邻接矩阵的形式)。 weightMat[1:5,1:5] ?

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    多基因转录因子调控网络预测

    整体转录因子调控网络 整体调控网络是以网格的形式展示所有输入基因的相互作用。这个数据结果是基于RNA-seq数据的共表达分析得到的。我们可以通过网络图选择不同数据的结果。 转录因子之间调控网络 这个数据库还可以看我们得到的转录因子之间是否存在相互作用关系。进而了解在在调控网络当中的目标转录因子,是否存在调控关系。 ? 在转录因子之间调控网络的中,鼠标放到网络节点上,还能看到具体的调控的上下游关系以及相关的数据库。 ? 核心转录因子相关数据可视化 Bar Chart展示了核心转录因子在各个数据库所占的比重。 数据库总结: 对于多基因转录因子调控网络预测而言,这个数据库由于结合了多个数据库的结果,所以准确性还是很高的。 想要知道这些基因共同受到那些转录因子调控。这个数据库倒是一个很好的选择。

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    融合基因调控预测可视化网站

    融合基因相关调控的注释 这个数据库对于融合基因从DNA水平、mRNA水平再到蛋白水平的功能都进行了注释,其中功能的注释使用的也是其他的数据库来进行预测的。 转录因子调控:转录因子注释使用的是TRRUST2数据库。 miRNA调控: 作者使用TargetScan (release 7.2)来对基因的是否收到miRNA调控进行注释。作为经常使用的miRNA靶标预测的数据库,结果还是挺准确的。 ? 在DNA水平,我们看到转录因子对于基因的调控情况。 ? 在mRNA水平,可以看到miRNA对于mRNA的调控情况. ? 蛋白方面,可以看到蛋白的特征。 ? 另外,这个数据库主要还是来预测融合基因基因调控的变化,对于其基因特征的变化,可以通过FusionGDB来进行查看,而且这个数据库也提供了数据库的连接。 ?

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    转录调控必知数据库:ENCODE

    之前我们在介绍很多转录调控相关的数据库的时候,都会提到这些数据库包含了ENCODE数据库。那么ENCODE数据库是什么样的数据库呢? 按照上图的展示,目前的ENCODE通过多种测序数据来反应基因组变化的过程,分别是通过 Hi-C 来观察三维基因组 ATAC-seq/chip-seq 研究基因的转录调控 甲基化芯片来研究甲基化的调控作用 类似很多转录调控数据库也是在ENCODE数据库获得目标原始数据后,进行分析后构建的自己数据库。 对于数据的peak文件,可以通过基因浏览来进行查看。我们之前介绍过一个好看的基因浏览。ENCODE默认的是UCSC的基因浏览,可以点击 Visualize来进行查看。 ? 但是如果是想要直接检索转录调控的结果的话,可以使用一些基于ENCODE数据分析完的数据库例如:我们之前介绍的Chea3[数据库推荐]多基因转录因子调控网络预测或者Cistrome等只要提到ENCODE数据的这些转录因子调控数据库

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