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    转录组分析 | fastqc进行质控与结果解读

    做转录组测序,通常公司是不给分析的,分析也要自己多花钱,当然不同公司收费不一样,有的可能带有简单的分析。之前测序的第一家公司给了简单的分析,后面换了一家测序公司,不给分析。所以我得自己分析啦,在分析的时候顺便写一下教程。分享给大家,要分析转录组数据,首先得知道测序原理【参考文章:illumina、Sanger、第三代和第四代测序技术原理】,还有就是了解生信分析中一些文件格式【参考文章:生信中常见的数据文件格式】,当然,还有其他一些生物背景知识,除此以外,还需要会Linux,这个是一个漫长的学习过程。本文就介绍转录组数据分析的第一步分析:质控,主要就是fastqc这个软件的使用和结果解读。

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    全长转录组 | 三代全长转录之circRNA(ONT )-- CIRI-long

    目前研究表明,在生物体内,circRNA主要通过其序列特征,发挥miRNA海绵、RNA-binding proteins (RBPs)海绵以及翻译短肽等生物学功能(1-2)。因此,确定其的全长序列,是进行circRNA功能研究的重要基础。由于目前对于circRNA的研究多采用二代测序的方法,而circRNA的内部序列与线性mRNA分子高度相似,单纯通过算法(识别反向剪切位点)很难区分来自环形RNA和线性RNA分子的读段,以及确定全长circRNA内部组成。近期的研究中利用了长读长测序技术,对circRNA的全长重构进行了尝试(3-4)。因此,目前研究方法对于circRNA结构的识别能力主要被二代测序的读长所限制,对于长度较长(>500bp)的circRNA分子,仍然缺少有效的全长重构手段。

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