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想富集哪个通路就富集哪个通路？

》我提问：我拿到了2000个差异基因，然后去kegg富集，发现铁死亡通路不显著，然后我把2000个基因去跟铁死亡通路交集后的30个基因，然后拿30个基因去kegg富集，发现铁死亡通路这个时候显著了。...如果铁死亡通路在这个步骤中不显著，可能是因为这些基因在整个基因集的背景下对铁死亡通路的贡献不够突出。...交集分析： 将差异基因与铁死亡通路的基因集进行交集分析，是为了筛选出与铁死亡通路直接相关的基因子集。这个步骤有助于缩小分析范围，专注于可能在铁死亡通路中起关键作用的基因。...二次富集分析： 用交集后的30个基因进行KEGG富集分析，如果发现铁死亡通路显著，这表明这些基因在铁死亡通路中可能扮演重要角色。...由于基因数量减少，它们在富集分析中的统计权重可能会增加，使得通路的显著性更容易被检测到。 操作的合理性： 这种操作在逻辑上是合理的，尤其是当您有理由怀疑某个特定通路可能在您的数据集中起作用时。

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Wnt 信号通路介导胆碱通路抵御感染 | MedChemExpress

而发表在《Immunity》这篇文章中，作者发现在秀丽隐杆线虫的小肠上皮细胞中，毒蕈碱信号通路可以通过激活 Wnt 信号通路控制先天性防御的基因表达，将神经细胞的信号通路和肠道的先天免疫作用联系了起来[...综合以上结果，Staphylococcus aureus 的感染刺激 Ach 释放激活毒蕈碱信号通路，而毒蕈碱信号通路的又诱导 Wnt 信号通路的受体和配体的表达（图3）。...为了进一步研究 Wnt 信号通路对于抗感染的作用，作者敲除了 Wnt 信号通路受体 Frizzled 的编码基因 mig-1，与野生型相比毒蕈碱信号通路的抗菌作用被明显破坏。...证明毒蕈碱信号通路的抗菌作用下游需要通过 Wnt 信号通路，而 Wnt 信号通路在先天性免疫反应中也是必要的条件（图4）。...小M 的小思考： 毒蕈碱信号通路是神经细胞胆碱受体的重要信号通路，Wnt 信号通路在生物体内是高度保守的信号通路，可以调节小肠上皮细胞的分化等众多生物学过程。

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    Galaxy生信云|新增生存曲线绘制、肿瘤基因通路注释工具

    2023-10-26，Galaxy生信云平台 UseGalaxy.cn 新增 2 个工具。...肿瘤通路注释 Gene to oncogenic pathway mapper 指定基因所在的列，本工具可以将基因名转换成通路名（TCGA 10 条oncogenic通路和 TCGA 10 条DDR通路...注释前： 注释后： TCGA 10 条 oncogenic 通路： Cell_Cycle Hippo MYC NOTCH NRF2 PI3K TGF_Beta RTK_RAS TP53 WNT TCGA...10 条 DDR 通路： BER DR NHEJ NER MMR HR TLS FA NP Other 最后 谁不想点点鼠标就把活儿干了，早点下班不好吗？...Galaxy生信云平台 usegalaxy.cn 致力于降低生信分析门槛，将许多常见的生信分析都放到云上，用户无需安装本地软件或R包，只需要上传数据，点击鼠标即可进行生信分析

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    通路绘制软件介绍:PathwayMapper

    昨天我们介绍了两个基于现成数据库来可视化通路的工具。同时也说到这两个工具有两个不好的地方：1. 数据结果到处是png格式的；2.通路会显示所有相关的基因，有可能会造成可视化信息的混淆。...这个时候其实最好的就是自己来绘制通路图，所以这两天就给大家介绍了几个自定义可视化通路的工具。...对于通路的可视化，我们最常见的时候通过类似logFC这类的数据来进行基因的标注。但是对于突变的数据，也是可以标注的通路上的。例如下面这个图。...以上就是这个通路绘制工具的基本用法，如果有绘图通路的需要的同学可以试一下哈。对于这类的工具，这个只是可以画一些简单的通路图，但是对于通路当中的修饰比如磷酸化这些的，这个网站就不能标注出来了。...如果想要在通路当中把修饰情况标注出来，可以参考我们明天的帖子哈。

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    多巴胺通路与大脑关键区域

    多巴胺能神经元可以分为多个亚群，不同亚群的DA神经元可以通过五条神经投射通路向大脑的各个不同脑区进行投射（图4-10）：黑质--纹状体DA通路；中脑--边缘DA通路；中脑--皮质DA通路；结节--漏斗DA...通路和丘脑DA通路。...最近神经科学的进展提出了一些更新、更复杂的方法来看待精神分裂症的这些通路，在这里暂不讨论，我们首先考虑经典的通路。为什么按摩和瑜伽能让人放松？为什么焦虑过度的时候容易胃疼？...PARP-1/PARG-1偏好性地介导了TRPM2的配体ADPR的生成从而激活TRPM2(图3)，引起钙离子稳态失衡和活性氧产生并引发CED-9/FZO-1互作，进而介导线粒体过度融合和功能障碍(图4)，该通路是导致...图6 抑制TRPM2激活通路显著减轻帕金森病人多巴胺能神经元损伤 综上，该研究发现TRPM2在易感多巴胺能神经元亚群中选择性激活是导致易感性多巴胺神经元死亡的关键因素。

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    通路可视化软件介绍

    在昨天介绍的KEGG数据库当中，我们可以看到，对于基因通路的可视化，最简单的就是通过类似流程图一样的形式来进行可视化的。例如下面的自噬通路图。?...对于数据的输入，有两个选择，一种是我们想要标注某一通路当中具体的基因。另外一种是基于某一个连续性变化的数据，来通过颜色的变化动态的反映的通路图上。...另外对于通路的可视化，如果我们有想要可视化的通路，选择想要可视化的即可。如果没有想要看可以可视化哪些通路，我们选择Auto即可。 经过上面的输入。我们点击submit。这样我们就对通路进行了可视化。...另外上面的通路数据库都是基于现有通路的可视化的，我们得到的结果也是某一个通路当中所有的基因。其中有一些基因是我们不需要的，但是也在结果里面包括了。这样可能会造成图片信息的混乱。...这个时候，我们就需要自己来画通路数据库了。所以，明天我们就来介绍一个来自己画通路的工具。

    1.3K20

    TCGA中的致癌信号通路

    一些重要的信号通路在癌症中经常发生基因改变，如RTK/ RAS/MAP-Kinase通路，PI3K/Akt信号通路等。 TCGA先前的研究已经绘制出信号通路的改变景观。...结果解析 01 确定通路和改变 评估10个经常发生基因改变的典型信号通路（Figure 2，重点关注可能是癌症驱动因子或治疗靶点的通路基因）。...Figure 5显示了其他九个通路中最常见的基因改变频率。在某些通路中，改变发生在许多基因上，而在其他通路中，改变影响少数基因。 Figure 3. 通路改变频率。 Figure 4....九种信号通路中最常见的改变基因。 03 通路改变之间的互斥性和共发生性 单个肿瘤通常发生多种功能改变，影响的通路很多。...（A）通路内和（B）通路间基因改变的互斥性(紫色)和共发生性(绿色)。 （C）单个基因改变在PI3K和Nrf2通路上的共发生和互斥。 肿瘤亚型对PI3K和Nrf2通路共发生基因改变的破坏。

    1.2K30

    通路绘制软件介绍:PathwayMapper

    昨天我们介绍了两个基于现成数据库来可视化通路的工具。同时也说到这两个工具有两个不好的地方：1. 数据结果到处是png格式的；2.通路会显示所有相关的基因，有可能会造成可视化信息的混淆。...这个时候其实最好的就是自己来绘制通路图，所以这两天就给大家介绍了几个自定义可视化通路的工具。...对于通路的可视化，我们最常见的时候通过类似logFC这类的数据来进行基因的标注。但是对于突变的数据，也是可以标注的通路上的。例如下面这个图。 ?...以上就是这个通路绘制工具的基本用法，如果有绘图通路的需要的同学可以试一下哈。对于这类的工具，这个只是可以画一些简单的通路图，但是对于通路当中的修饰比如磷酸化这些的，这个网站就不能标注出来了。...如果想要在通路当中把修饰情况标注出来，可以参考我们明天的帖子哈。

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    靶向 TGF-β 信号通路 | MedChemExpress

    因此，四聚体复合物中的组合相互作用使通路变得复杂，如一种受体组合可结合不同的配体，配体和受体表达的模式通常决定了哪些受体被激活。...■ 经典/Smad 依赖信号途径 经典的信号转导通路的基本框架是高度保守的。...如 Varelas X 等人研究发现，Hippo 通路能够感知细胞密度，并通过调节转录调节因子 YAP/TAZ 的亚细胞定位来控制组织生长。...■ 靶向 TGF-β 通路 TGF-β 是一种普遍存在的多功能细胞因子，被认为是肿瘤发生发展的核心途径。因此，TGF-β 是一个非常理想的靶标。...小 M 相信随着技术的日益发展，如 PROTAC 等技术都将为靶向 TGF-β 信号通路提供更多的机会！ 图 7.

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    人类致癌通路的全面综述

    结果解析 01 癌症-通路关联关系总结 通过检索，有1008条通路被分进41条KEGG的通路。在接下来的分析中，主要关注了这41个KEGG通路，在本研究中被称为致癌通路。...接下来，重点研究了癌症与通路度在癌症-通路关系中的景观。每个通路的度被定义为其相关癌症类型的数量，而每个癌症的度是其相关通路的数量。...此外，其他已知的致癌通路如Wnt、P53、Notch和Ras通路也表现出较高的连通性。特别是，MAPK信号通路在这41种致癌通路中显示出最高的连通性，与多达40种癌症类型相关。...接下来，使用个性化通路分析方法pathifier，从表达水平的通路来评估致癌通路的生存相关性。...在上述八种通路中，PI3K-Akt信号通路和凋亡通路在癌症-通路关联网络中表现出较高的度 （Figure 1F）。

    1.5K40

    多巴胺通路与大脑关键区域

    多巴胺能神经元可以分为多个亚群，不同亚群的DA神经元可以通过五条神经投射通路向大脑的各个不同脑区进行投射（图4-10）：黑质--纹状体DA通路；中脑--边缘DA通路；中脑--皮质DA通路；结节--漏斗DA...通路和丘脑DA通路。...目前没有证据表明这种DA通路在精神分裂症中功能异常。三、黑质纹状体多巴胺通路黑质纹状体DA通路是从黑质区DA神经元发出传出神经纤维，投射到背侧纹状体的神经通路（图4-12）。...更复杂的模型见图4-13B~F所示的“直接”通路和“间接”通路。...正常情况下，该通路阻断运动（“stop”通路）（图4-13D）。多巴胺在间接通路中抑制D2受体的这种作用（图4-13F），这意味着对“stop”通路说“don’t stop”，或者“go more”。

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    wikipathway : 代谢通路专用数据库

    可以下载.gmt 格式的文件，这种文件保存了基因和pathway 之间的对应关系，但是基因ID 给的是Entrez ID; Pathway image files (SVG) 可以下载所有pathway的通路图...对于wikipathway 的通路图而言，有两个核心概念，基因产物(gene product) 和代谢物（Metabolites ）。...pathway 简单理解就是一些列的酶促反应，酶是基因的产物，而酶促反应的底物和产物都可以看做是代谢物； 在通路图中， 代谢物用蓝色表示， 基因产物用黑色表示， 代谢物A 到 代谢物B 用黑色箭头链接，...总结 wikipathway 是一个代谢通路的数据库，可以作为kegg pathway 的补充， wikipathway采用gpml格式存储pathway 中的interaction和 reaction...信息，代谢通路图中蓝色表示代谢物，黑色代表基因产物。

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