单原子酶(SAE)是一种新型、具有高效催化活性的纳米酶。近年来，研究表明SAE可通过改变细胞内的氧化还原平衡而用于肿瘤治。...中科大刘扬中教授和吴宇恩教授通过在中空ZIF中将单原子锰与氮原子进行配位，构建了聚乙二醇化的锰基SAE(Mn/PSAE)。...Mn/PSAE可通过类芬顿反应催化细胞内的H2O2转化为·OH，并且也能促进H2O2分解以产生O2，同时通过其类氧化酶活性而不断催化O2转化为细胞毒性·O2-。...因此，Mn/PSAE可以利用这些级联反应以高效产生活性氧(ROS)，进而有效地杀死肿瘤细胞。 此外，Mn/PSAE中的非晶态碳也具有优的异光热转换性能，可用于肿瘤光热治疗。
前言 使用命令行执行pytest用例的时候，会在 terminal 终端打印整个用例的测试结果： .代表通过的用例 F代表失败的用例 E代表异常的用例 如果我们不喜欢这种报告结果，可以通过 pytest_report_teststatus...钩子函数改变测试报告的内容，接下来试试吧.改成√，把F改成x，这样更直观。...pytest_report_teststatus pytest_report_teststatus(report, config): 返回各个测试阶段的result, 可以用when属性来区分不同阶段。..., 当 setup 出现异常的时候，用例才会Error,于是可以通过report.when == ‘setup’ 判断到前置操作的结果 # test_x.py import pytest # 作者-上海悠悠...hello world' ===================== 3 failed, 1 passed in 0.07 seconds ====================== skip的用例可以通过
在中国信通院组织的2024上半年“可信数据库”—文档数据库基础能力测试中，深圳钛铂数据有限公司（以下简称“钛铂数据”）旗下的钛铂分布式文档数据库（TapDB）顺利通过了所有测试项目，测试结果表明，该产品在文档数据库基本功能...>>> 想要了解更多技术细节，指路文末「阅读原文」《TapDB 技术白皮书》 本次测试依据《大数据 文档数据库技术要求与测试方法》（T/CCSA 471-2023）标准开展，覆盖了包括基本功能、兼容能力...TapDB 产品介绍 TapDB 是深圳钛铂数据有限公司拥有完全自主知识产权的，管理海量文档数据对象，同时适应于事务和分析场景的国产分布式文档数据库。...自动化部署及配置 通过可视化界面自动运行数据库管理任务，例如：部署、升级、扩容等；提供快速部署单机、副本集和分片集群的能力；集群的所有更新均以滚动方式应用，确保尽可能减少中断依赖于集群的应用程序。...集成监控和警告 通过数十个优化图表突出显示重要指标，从而获得丰富的性能可见性；轻松与现有的告警平台集成，并向各种端点发送自定义警报，以避免出现潜在问题。 6.
EHreact通过从已知酶反应和模板树的分组情况中可以推断有关酶活性位点的信息。EHreact采用启发式预测给定的酶在底物上的活性，其准确性和功能性优于现有方法。...如果原子映射未知，则通过反应解码器(RDT)自动计算，这是一种最先进的酶反应原子映射工具。在这种情况下，非原子映射的SMILES反应既可以有氢也可以没有氢。...2.5数据准备 作者从文献中手工提取了一系列关于各种酶的底物范围的实验研究，以及有机偶联反应的研究，来测试EHreact对有机、非酶促反应的性能。...所有的反应都通过RDT进行原子映射，并通过对每个类的所有反应运行EHreact进行校正，用一个偏差的反应中心标记反应，并手动校正原子映射。...原子的映射对于不在反应中心的原子是不显示的。输入的反应(a)被转换为它们各自的ITS(c)。迭代的子结构搜索生成所有模板的Hasse图(d)，该图由EHreact绘制(添加了两个反应模板图)重新打印。
目前虽然已有基于数据库和反应规则的生物合成路径预测工具，但由于本身已知的酶反应数量不足，且由于不同酶的催化杂泛性和专一性也不同，导致现有反应规则（模板）无法很好地反映酶的催化功能。...因此，对于以酶催化反应为主的生物合成来说，现有基于模板的方法给出的反应路径在实际中常常无法通过相应的酶来催化，并且对于许多生源合成步骤较长，结构较复杂的天然产物，并没有相似度较高的反应模板与之匹配。...对于多步骤生物反合成路线中的每个生物合成步骤，研究者们通过网站预先嵌入的酶预测工具Selenzyme和E-zyme进一步评估合成所需要的酶。...预测的反应途径将按照计算成本、长度和生物体特定的酶进行分类。 图3：BioNavi-NP网站输出结果示意图。...实验评估表明，BioNavi-NP模型在内部测试集及多个外部独立公共测试集上都显示出了优异的性能。网站工具的搭建以及酶预测工具的嵌入，使得研究者们能够便利地使用该工具进行合成生物学的研究。
众所周知，生物体内的新陈代谢是通过各种各样的化学反应来实现的。这些反应如果在体外进行，通常需要在高温、高压、强酸、强碱等剧烈条件下才能发生。...但在生物体内，新陈代谢反应却可以在极为温和的条件下高效进行，这主要归功于重要的有机催化剂——酶。...一直以来，人们在深入研究酶分子结构与功能的同时，也在持续探究酶促反应的影响因素。...研究酶促反应速率以及各种因素对酶促反应速率影响机制的科学，被称为「酶促反应动力学」，在研究中，酶在特定反应中的催化效率通常通过酶动力学参数 (enzyme kinetic parameters) 来衡量...该框架仅通过给定酶的氨基酸序列和底物的结构信息，就可以实现多种不同的酶动力学参数的预测。
该研究结合生成式扩散模型RFdiffusion与反应路径预组织评估工具PLACER，突破了传统酶设计在多步反应机制中的瓶颈，开发出催化效率接近天然酶的合成酶。...此前有研究通过简化机制（如使用高活性半胱氨酸替代丝氨酸）或绕过AEI步骤（如金属水解酶设计）取得部分进展，但催化效率（kcat/Km）仍低于10³ M⁻¹s⁻¹，且无法实现天然酶的多步反应机制。...PLACER在PDB基准测试中达到1.1 Å的平均RMSD精度，显著优于传统分子动力学模拟效率。...该研究为设计复杂多步反应酶提供了通用框架，标志着计算酶设计从单一过渡态优化迈向全反应路径工程的新阶段。...通过深度学习工具（如PLACER）对多步反应中间体的建模，能够揭示传统单态分析难以察觉的设计缺陷，从而加速功能酶的理性设计。
目前虽然已有基于数据库和反应规则的生物合成路径预测工具，但由于本身已知的酶反应数量不足，且由于不同酶的催化杂泛性和专一性也不同，导致现有反应规则（模板）无法很好地反映酶的催化功能。...因此，对于以酶催化反应为主的生物合成来说，现有基于模板的方法给出的反应路径在实际中常常无法通过相应的酶来催化，并且对于许多生源合成步骤较长，结构较复杂的天然产物，并没有相似度较高的反应模板与之匹配。...对于多步骤生物反合成路线中的每个生物合成步骤，研究者们通过网站预先嵌入的酶预测工具Selenzyme和E-zyme进一步评估合成所需要的酶。...预测的反应途径将按照计算成本、长度和生物体特定的酶进行分类。 图3....实验评估表明，BioNavi-NP模型在内部测试集及多个外部独立公共测试集上都显示出了优异的性能。网站工具的搭建以及酶预测工具的嵌入，使得研究者们能够便利地使用该工具进行合成生物学的研究。
这种方法通过数千种独特的酶促一步转化扩展了逆合成运动的空间，发现了合成或酶促搜索找不到的分子路线，并为其他路线设计了更短的路线。...作者通过去除生物辅助因子、将反应转换为标准化的SMILES字符串以及执行原子-原子映射来跟踪反应物中的哪些原子对应于每个反应产物中的哪些原子来处理反应数据。...在剩余的5506个酶促反应中（对应于4169个独特的反应模板），其中一些可能可以通过合成有机化学来实现。反应定义中省略了某些试剂、辅助因子和离去基团，因此可以将反应建模为单一产物。...作者证明了他的模型是这样，通过比较两个外部测试集的模型第1推荐分数：来自MOSES数据集的48869个小有机分子和45035分子注释为生物（天然产品）的ZINC目录，这些分子在训练中没有被任何模型看见。...通过比较 BKMS 反应数据集和先前从 Reaxys 中提取的反应模板集，作者发现酶促反应包括4196个独特的转化，而合成数据集则没有。
在对40个突变体的验证测试中,该平台展现出92.5%的预测准确率，计算预测结果与实验结果高度一致。使用NAC4ED自动确定单个酶突变体所需的时间仅为实验方法的1/764。...虽然这些基于“NAC”的计算在避免超高自由度的反应过渡态计算过于复杂问题的同时，保持了较高的精度，但如何基于“NAC”进行设计，通过计算残基突变与底物的相容性图谱，从而精准指导天然酶重塑过程的系统描述，...表1：近5年进行的酶研究的近攻击构象（NAC）参数 研究人员提出基于“NAC”的天然酶设计策略，通过对催化反应物理化学基础的精准分析，识别控制反应性能的活性构象，构建定量核心模型来控制特定性能，并结合催化距离或自由能进行合理设计...通过设计好的近攻击构象结构参数来确定底物与酶突变体的结合状态，从不同构象中选取接近过渡态中间体的复合态作为设计的出发点，可以准确表征酶突变体与底物反应状态之间的相互作用。...在实际应用中，研究人员建议用户针对特定系统进行定制的基准测试，以优化模拟设置。 图4：NAC4ED的准确性和效率验证。（A）里氏木霉(TrEH)环氧化物水解酶活性构象比的计算。
荧光素酶可以催化luciferin被氧化成oxyluciferin的反应，在luciferin被氧化的过程中会发出生物荧光，然后可以通过仪器测定luciferin氧化过程中释放的生物荧光。...3️⃣加入特定的荧光素酶底物，荧光素酶与底物反应，产生荧光，通过检测荧光的强度可以测定荧光素酶的活性，从而判断转录因子是否能与此靶启动子片段有作用。...，提供转录活力的内对照，使测试结果不受实验条件变化的干扰。...✅荧光素酶报告基因的优点 蛋白不需要翻译后加工，所以一旦翻译立即产生报告活性。 在所有的化学发光反应中，它的光产物具有最高的量子效率，因而非常灵敏。另外，在宿主细胞及检测试剂中均检测不到背景发光。...，以萤火虫萤光素酶为核心reporter，海肾荧光素酶作为内参，构建研究对象到相应位置，转染细胞，裂解细胞，分别加荧光素酶底物，用荧光测定仪检测荧光强度，通过数据得出基因表达量，从而确定构建序列的功能。
02 PCR扩增 PCR也即聚合酶链式反应（Polymerase Chain Reaction），是利用DNA聚合酶通过控制温度梯度来实现的一种DNA分子的胞外扩增。...常见的PCR的反应循环如下所示（具体温度和时间因酶而异）： 由于DNA聚合酶只能在5'端缺口添加碱基，故需要引物的帮助来进行复制，引物一般设计在可变区两端的保守区，并通过简并碱基的使用来增强其通用性。...由于高通量测序一次测序量很大，一般将多个样品混合在一起上机测序，为了对不同样品的序列进行区分，在合成引物时设计了特异性的barcode序列，通过PCR反应将barcode序列添加到样品所有小片段中，如下图所示...： 需要注意的是，实际的PCR反应不是一种指数扩增，扩增子的数目更趋近于S型曲线，随着反应进行，引物、dNTP不断被消耗，DNA聚合酶的活性也会降低，导致错配率升高等问题，因此PCR循环次数并不是越大越好...鸟枪法打断产生的小片段其序列长度服从正态分布，例如微生物基因组DNA经过90s超声波打断成约350bp的小片段，建库后的文库片段（加上接头为500bp左右）经Agilent 2100测试长度分布如下所示
荧光酶检测干扰主要分为两类：特异性抑制（即对荧光酶的特异性抑制，图2B）和非特异性干扰（使酶失活或通过光吸收衰减光信号）。...图3常见频繁命中化合物或子结构（A）荧光酶抑制剂、（B）自荧光化合物和（C）化学易反应化合物 4 自荧光化合物 通过荧光基团检测相关生物分子浓度是高通量筛选中另一重要检测手段。...5 化学易反应化合物 化学易反应化合物指要是指通过对靶点蛋白残基或对实验中亲核试剂进行氧化还原反应而呈现出阳性结果的化合物。...2004年，Hajduk等人通过一种核磁共振技术检测硫醇反应化合物，并将这些易反应化合物中的子结构总结成一套ALARM NMR筛选规则。...Yang等人发现一些FH具有相同或相似的骨架，例如2-氨基噻唑骨架化合物发现在测试的14个实验中均表现为阳性结果，之后其基于PubChem数据库中大量实验数据开发一种通过分子骨架预测化合物为FH可能性的方法
酶通过提供更舒适的过渡状态来催化反应：一个在立体化学、极性和电荷方面与过渡态互补的表面。酶与过渡态的结合是放能的，这种结合释放的能量降低了反应的活化能，大大提高了反应速率。...由于这些因素和第6章讨论的其他几个因素，许多酶催化反应的速度比非催化反应快106倍。 除了一些显著的例外，细胞催化剂是蛋白质。（如第26章和第27章所述，一些RNA分子具有酶活性。）...同样，除了少数例外，每种酶都催化一个特定的反应，而细胞中的每一个反应都是由不同的酶催化的。因此，每个细胞需要数千种不同的酶。...通过让特定的反应在特定时间以显著的速率进行，酶决定了物质和能量如何被引导到细胞活动中。...细胞中数以千计的酶催化化学反应在功能上被组织成许多连续反应序列，称为通路（pathways），其中一个反应的产物成为下一个反应的反应物。
酶影响反应速率，而不是平衡 一个简单的酶促反应可以写成 其中E、S和P表示酶、底物和产物；ES和EP是酶与底物和产物的瞬时复合物。...反应速度反映了活化能：活化能越高，反应速度越慢。降低活化能可提高反应速率。可以通过升高温度和/或压力来提高反应速率，从而增加具有足够能量来克服能量屏障的分子数量。...另外，也可以通过添加催化剂来降低活化能，提高反应速率（图 6-3）。 催化剂不会影响反应平衡。方程式 6-1 中的双向箭头说明了这一重要问题：任何催化 S → P 反应的酶也催化 P → S 反应。...本章开头介绍的反应过程：蔗糖和氧气转化为二氧化碳和水，可以说明反应速率和活化能之间的关系： 这种转化是通过一系列单独的反应进行的，ΔG′°非常大且为负值，平衡时蔗糖的含量可以忽略不计。...然而，在细胞中，蔗糖很容易在酶的催化下通过一系列反应分解成 CO2 和 H2O。这些酶不仅能加速反应，还能组织和控制反应，使释放出的大部分能量以其他化学形式回收，供细胞执行其他任务。
(3) 发光测定：通过发光测定监测 CaMKII-δ 磷酸转移酶活性 （注意：如果激酶反应不是在室温下进行，在加入 ADP-Glo™ 试剂之前，将板平衡至室温） 。...在该测定中，CaMKII-δ 的肽底物 (Autocamtide-3 ) 的磷酸化与 ATP 到 ADP 的转变酶促偶联。ADP-Glo 试剂用于终止激酶反应并去除未反应的 ATP。...加入激酶检测试剂终止 ATP 消耗反应并将 ADP 转化为 ATP，然后通过荧光素酶反应将 ATP 进一步转化为光。 图 2. 发光检测酶活性原理图。 二、细胞毒活性试验的 IC50 值，如何测？...03、IC50 值的数据计算 IC50 值的是通过剂量反应曲线 (Dose-Response Curve) 生成，具体方法可能因实验设计和使用的分析软件而有所不同，这需要进行一系列不同浓度的药物处理实验...▐ IC50 值的数据处理 实验设计：进行细胞或酶实验，将靶标 (如细胞系、酶等) 暴露于多个不同浓度的药物中。 记录数据：测量药物对靶标的抑制效果，例如细胞存活率、酶活性或代谢产物变化。
KEGG Reaction 是收录酶促反应相关信息的数据库，包含了所有代谢通路中的酶促反应和一些只在enzyme 数据库中有记录的酶促反应，每条记录用R Number 唯一标识。...每个字段的含义如下： Entry R00259 Name 名称 Definition 定义 Equation 表达式 Reation Class 分类信息 Enzyme 酶促反应对应的酶 Pathway...包含该反应的通路 Module 对应的module 数据库的信息 Orthology 酶对应的KO信息 other DBs 第三方数据库 这里有一个Reaction Class 的概念，kegg 根据反应两边化学物质转换的模式将酶促反应进行了分类...通过RDM 模型就能知道这个反应对应的Reaction Class。...总结 1.Reaction数据库记录了酶促反应的信息，每个反应用R Number 标识； 2.对于所有的酶促反应，kegg 通过RDM 模型对其进行了分类；
【来源】: ROS 主要在线粒体中产生，除细胞代谢外，ROS 还由特定的质膜氧化酶在生长因子和细胞因子的作用下产生，同时也可通过外部因素（如环境应激、辐射、药物等）引起增加。图 1....ROS：H2O2检测试剂：HKPerox-1，HKPerox-2H2O2 主要由 NADPH 氧化酶与超氧化物歧化酶、线粒体电子传递链和许多其他酶共同产生，是一种强双电子氧化剂，但其高活化能限制了其对少数生物靶标的反应性...它与谷胱甘肽、半胱氨酸和蛋氨酸的反应非常缓慢，但根据特定的蛋白质结构和环境，其对特定蛋白质中半胱氨酸的反应活性可大大提高到 10 M-1S-1 (约为蛋白质中平均半胱氨酸的 106 倍)，为 H2O2 ...ROS：HCLO检测试剂：HKOCl-3，HKOCl-4，HKOCl-4m次氯酸和次氯酸盐是细胞内重要的 ROS 之一，它由 H2O2 和 Cl- 通过髓过氧化物酶催化，HOCl 可以作为免疫防御系统破坏侵入性细菌...ONOO- 通过触发一系列分子级联反应，在介导凋亡细胞死亡、炎症、梗死扩大和血脑屏障破坏中发挥关键作用。图 7.
同传统电池的原理一样，电池内材料的化学反应是电池电力的来源，这里微生物细胞内的酶所带来的酶促反应（生物体内的化学反应）就决定着电力的稳定供应问题。...对此，主要研究者Seokheun Choi解释道：“微生物细菌细胞内的酶作为生物催化剂，会发生酶促反应，而活的细菌细胞环境可以保持稳定的酶活性。...这里，Choi又进一步指出：因为人体内细菌比正常的细胞还要多，所以可穿戴电子设备就可以直接使用细菌作为电池的电力来源，并且，实验中，研究人员测试了材料在扭曲、拉伸情况下的电力供应能力，结果发现这一材料的电力供应能力始终是稳定的...但仅仅有持续不断的电力供应是不够的，电池的性能取决于功率、容量、比能量和电阻等因素，所以该技术还需进一步的测试。
背景：酶设计的挑战与机遇 酶设计的核心目标是构建能够催化特定化学反应的蛋白质。...通过 RFdiffusion，研究者们从简单的活性位点描述出发，生成了一系列具有不同折叠结构的蛋白质。随后，利用 PLACER 对这些设计进行筛选，评估其在反应路径上的结构兼容性。...此外，通过对设计酶的进一步优化，研究者们还实现了更高的催化效率。例如，通过对 win 酶的重新设计，其催化效率提升了 15 倍以上，达到了 0.018 s−1 的周转率。...这些结果不仅证明了从头设计酶的可行性，还展示了通过计算方法优化酶活性的巨大潜力。...研究意义：为酶设计开辟新道路 这项研究的突破性在于，它不仅成功设计出了具有复杂活性位点的丝氨酸水解酶，还通过深度学习和计算工具实现了对多步反应机制的精确模拟和优化。
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