接下来，我就为大家分享几个我在工作当中最常用来做数据分析用到的包，dplyr和data.table，我保证你get到这两个包后，就再也不想用R里面自带的基础包函数进行数据分析了！！...找到合适的packages并学习使用它，绝对会让我们数据分析工作事半功倍！ 我们有没有发现dylyr包中函数使用的一些规律？ 有的！...data.table包 dplyr已经可以满足我们数据分析工作中大部分的需求，后来该包的作者又开发了一个炫酷吊炸天的包“data.table” 如果你的日常处理数据在几万到十几万行，那么用dplyr...使用by 这还只是小试牛刀，你忘了我们还有个by吗！！ DT[,.(mean_age=mean(age),sum_sale=sum(sales)),by=....以上讲的这些只是我工作中data.table用得最多的功能，它的强大之处还远远不止这些！如果你想深入，可以去官网下载文档，你绝对值得拥有！
通过纠正拼写错误。 > rnorm(1) [1] -0.7503872 CASE 2 : 或者（在大多数情况下）您忘记了加载包含该函数的软件包。...Correction : library(dplyr) CASE 2 : 该软件包尚未安装。 Correction : 在终端中启动install.packages("dplyr")将解决此问题。...在上面的示例中，df是一个函数，而不是数字，从而导致错误。 7. Problem with `filter()` input `..1`....在错误消息中包含解决方案。 Correction : 在错误消息中已经给出了如何校正的方法。您只输入了一个=，但条件必须用==编写。...不应在您的 shiny 应用程序中同时使用observe()和reactive()（有时间的话我们将讨论这个问题..）
undefined表格文件需要赋值，读取参数不同导致读取结果不同，不能在后续代码中同等处理。Rdata可以保存多个变量，下次使用只需要一次load可以的到多个数据。...，小洁老师曾经讲过的点，我又犯了是a是赋值符号，我这样写a错误。...循环跑4次，i在第一次循环是1，第二次是2.。。...表达矩阵需要变化3.2.1 初始的表达矩阵：3.2.2 转置（行变列，列变行）3.2.3 把原来的行名变成第一列3.2.4 变形（宽变长）一定要先单独学会某个包/函数，才能应用它吗？不一定！...表达矩阵：一行是一个基因在所有样品里的表达，一列是一个样本里所有基因的表达。在表达矩阵中，寻找在不同组有表达差异的基因。
题目 在Oracle中，使用了如下的语句创建用户LHRLDD，则对于该用户而言，以下说法错误的是（） CREATE USER LHRLDD IDENTIFIED BY LHRLDD; A、该用户的口令为...LHRLDD B、LHRLDD的默认表空间为USERS C、LHRLDD的临时表空间为TEMP D、使用UPDATE命令可以修改LHRLDD的口令 A 答案 答案：D。...在创建用户的时候若省略了默认表空间及临时表空间的话，则可以通过查询系统表SYS.PROPS$表来获取默认值，如下所示： SELECT * FROM PROPS$ D WHERE D.NAME IN ('...DEFAULT_TEMP_TABLESPACE', 'DEFAULT_PERMANENT_TABLESPACE'); 更改密码需要使用ALTER USER来更改，选项描述错误，所以，本题的答案为D。
这里我们使用dplyr包操作2013年纽约市的航班起飞数据集（2013）。 准备 这部分我们聚焦于如何使用dplyr包，除ggplot2的另一个tidyverse核心成员。...## lag(): dplyr, stats 注意一下你导入tidyverse包时给出的冲突信息（Conflicts），它告诉你dplyr覆盖了R基础包中的函数。...，这里适配地显示了在一个屏幕前几行和所有的列（我们可以使用View(flights）在Rstudio中查看数据集的所有信息。...如果你是初学R，一个常见的错误是用=而不是==来检测相等。...另一个你在使用==时可能遭遇的常见问题是浮点数。
)示例数据直接使用内置数据集iris的简化版:test dplyr五个基础函数library(dplyr)创建一个示例数据框data dplyr包，其语法更加简洁明了，通常使用管道操作符%>%进行链式调用。...，其中x和y是要合并的两个数据框，by是指定用于合并的列名。merge()函数是基础R中的函数，其语法为merge(x, y, by = NULL, ...)...包依赖：inner_join()函数属于dplyr包，因此需要先加载dplyr包才能使用。merge()函数是基础R的一部分，无需额外加载包即可使用。...性能差异：在大型数据集上，dplyr包的函数通常比基础R函数的执行速度更快，因此inner_join()可能在某些情况下比merge()更高效。
写了这个包，把base R中的正则表达式函数全都用统一的名称给命名了一遍，它也就成了stringr的基础。很自然的，在第二次上这门课的时候，我就使用stringr教学生了。...这样就可以避免两者在相同函数上的不同实现（implementation），大大方便广大使用者。所以显然，两者是合作的关系。...你在使用其它tidyverse包的过程中也许已经接触了这些规范。我推崇这些规范，是因为他们真的在你的工作中起作用。就stringr而言，我认为以下两种这样的“规范”是最值得一提的。...我的哲学是：每个stringr都只做“一小件事”，如果要完成复杂的字符串处理，那么就把这些函数组合起来（大猫：这个思想在dplyr中甚至在SQL数据库中有着充分体现，好处能够让编程的学习更加容易，然而很不幸...（大猫：在英语中，verse有融会贯通、技艺高超的意思） ” 啊……额……哈哈哈哈我绝逼不可能事先有这么大的野心的啊！你知道他们一开始是怎么统称我开发的这些工具的吗？Hadley-verse！
数据分析：宏基因组数据的荟萃分析介绍宏基因组数据的荟萃分析是一种综合多个独立宏基因组研究结果的方法，目的是揭示不同人群或样本中微生物群落的共同特征和差异。...meta 包中的 metagen 函数用于进行宏基因组数据的荟萃分析，其核心原理是综合多个独立研究的结果，以评估不同组别间在微生物群落组成上的差异性，并得出更加全面和可靠的结论。...荟萃分析结果的合并：使用加权平均或基于模型的方法将不同研究的效应量合并，得出综合效应量估计。置信区间和显著性检验：计算合并效应量的置信区间，并进行显著性检验，以评估组间差异是否具有统计学意义。...ANCOMBC分析使用ANCOMBC方法对每个研究的gender（male vs female）进行差异分析，获得每个数据集的差异分析结果即每个物种的效应值和效应值标准误差。...数据分析：宏基因组数据的荟萃分析添加图片注释，不超过 140 字（可选）结果：两种方法筛选到的重复差异物种仅仅只有一个Hungatella hathewayi，这提示我们在筛选差异微生物的时候选择方法的重要性
假如将新的单细胞数据集整合到现有数据中，使用这些FCS方法需要重新计算每个细胞的基因集富集分数。这个步骤可能是繁琐且资源密集的。...； AUCell 基于单个样本中的基因表达排名,使用曲线下面积来评估输入基因集是否在单个样本的前5%表达基因内富集； UCell 基于单个样本的基因表达排名，使用Mann-Whitney U统计量计算单个样本的基因集富集分数...使用全局表达谱对差异分数进行标准化。 标准化这一步容易受样本构成的影响。 JASMINE 根据在单个细胞中表达基因中的基因排名和表达基因中基因集的富集度计算近似平均值。...因此，我们通过RobustRankAggreg包中的秩聚合算法(robust rank aggregation, RRA)对差异分析的结果进行评估，筛选出在6种方法中表现出相似的富集程度的差异基因集。...，红色代表上调的差异基因集，蓝色代表下调的差异基因集；中间的柱形图代表每个亚群中不同方法中上调、下调和没有统计学意义的基因集的比例； 2）局部展示 ①密度散点图 密度散点图将基因集的富集分数和细胞亚群在低维空间的投影结合起来
功能扩展：Monocle3 新增细胞聚类、差异基因模块分析等功能，但部分功能（如细胞类型注释）仍依赖外部工具。为何更多人仍用Monocle2？...学习成本与兼容性：Monocle3 的API与Monocle2差异较大，需重新学习，且早期版本存在文档不完善和运行错误问题，导致用户回流。官网显示还是测试阶段不稳定。...Monocle2最新版本发布在2024年3月，因此如果现在搭建一个新的单细胞分析环境，安装Monocle2后使用是会报错的，主要的报错来自依赖的igraph包的更新，因此这里我们可以把Monocle2调用...igraph的函数替换成最新的，比如****报错：nei()函数改成.nei() 报错：dfs()函数的参数neimode改为mode 警告：dplyr::select_改为dplyr::select...如果还有新的报错，我会更新monocle2的安装包，可以使用以下代码安装，安装包可以扫码加我进群获取（见简介）install.packages('remotes')remotes::install_local
培训时，同一段代码，大家都运行的好好的，而你却出现问题了，一般都是考虑包里的函数冲突了。这时需要一个个去排查到底是哪个函数发生了冲突，有没有更好的办法呢？.../conflicted") 加载包后，存在冲突的函数会无法运行 并且提供了两种解决方法，都在错误提示中。...（学程序语言，看错误提示并且能理解错误提示很重要） library(conflicted) library(dplyr) filter(mtcars, cyl == 8) #> Error: [conflicted...如果只用到了filter函数，dyplr包都不用显示加载。 另外，在Rstuido中，还会有函数自动补全功能，输入dplyr::后会列出这个包里面所有外部可用函数。...相对应的还有dplyr:::可以调用dplyr中没有export出的函数。
常见的应用在监督学习算法中的是计算平均绝对误差（MAE）、平均平方差（MSE）、标准平均方差（NMSE）和均值等，这些指标计算简单、容易理解；而稍微复杂的情况下，更多地考虑的是一些高大上的指标，信息熵、...mdply函数，是在plyr包中的apply家族，可以依次执行自编函数。而普通的apply家族（apply、lapply）大多只能执行一些简单的描述性函数。...代码中运用了dplyr包，这个包是数据预处理、清洗非常好用的包，升级版plyr包。...group_by()与summarise函数有着非常好的配合，先分组生成group_by格式的文件（dplyr包中必须先生成这个格式的文件），然后进行分组计数。 一共125个案例，如下图。 ?...，其实就是进行单因子方差分析，在进行方差分析之前首先要检验方差齐性，因为在方差分析的F检验中，是以各个实验组内总体方差齐性为前提的； 方差齐性通过后进行方差分析，如果组间差异显著，再通过多重比较找出哪些组之间存在差异
，蛮适合我们的人工智能大模型答疑的专辑，所以我也视频演练了一下； 第一次提问：在r编程语言里面绘制一个箱线图 在R语言中，你可以使用ggplot2包来绘制箱线图，或者使用基础图形系统中的boxplot(...根据你的具体需求和偏好选择使用哪一种。 第二次提问；还有ggpubr包，ggstat等吗 在R语言中，除了ggplot2包之外，还有几个扩展包可以用于绘制包含统计信息的图形，包括箱线图。...在使用ggstatsplot包绘制图形时遇到"Error in select(): ! Names must be unique."的错误，这通常意味着在数据处理过程中，列名或其他标识符出现了重复。...根据搜索结果，这个问题可能与数据处理方式有关，尤其是在使用dplyr包的select()函数时。 解决这个问题的一种方法是确保在进行选择操作时，所选的列名是唯一的。...同时，确保你的ggstatsplot包是最新版本，因为软件更新可能包含错误修复。
如果你的数据已经存储在一个外部文件中（如CSV、Excel或RData），你需要使用适当的R函数（如read.csv(), readxl::read_excel(), load()等）将其加载到R环境中...()等函数）或进行变量选择（使用子集选择或dplyr包的select()函数）。...在R中，你可以使用aov()函数来执行方差分析。这个函数需要一个公式，该公式描述了你要分析的数值型变量和分类变量之间的关系。...aov函数运行单因素方差分析 (公式是：Y是检验变量，X是分组变量)；再使用summary函数获取单因素方差分析的结果。...F值越大，自变量引起的变化越有可能是真实的，而不是偶然的； Pr(>F)列是F统计量的p值。这表明，如果组均值之间没有差异的原假设成立，那么从检验中计算出的F值发生的概率大小。
就是因为考虑到绝大部分小伙伴是Python和R编程语言的二选一，所以为了自己的工具使用更广泛，很多开发者会特意分发不同版本的软件。...acc=GSE119931，是一个表观调控的项目，其中转录组数据部分样品信息如下所示： 1、首先加载示例数据 作者已经对此数据集进行了预处理，并放到了包中： # 加载 inputs_dir 中，我们将使用人类权重（也提供了其他生物体的权重），并且我们将使用按p值排名的前500个responsive genes。...以下是每个通路的简要描述： 雄激素（Androgen）：参与男性生殖器官的生长和发育。 表皮生长因子受体（EGFR）：在哺乳动物细胞中调节生长、存活、迁移、凋亡、增殖和分化。...WNT 信号通路：在发育过程中调节器官形态发生和组织修复。
通俗的来说，这个R包就是整合了6种富集分析方法并对结果再次打分取交集，获取在这6种方法中均表现相似的基因集。...ucell.MaxRank = NULL, kcdf = 'Gaussian')min.cells = 3: 指定最少需要多少个细胞表达某个基因才能将其包括在分析中...这里设置为 NULL，表示不使用自定义基因集。msigdb = T: 指定是否使用 MSigDB（Molecular Signatures Database）中的基因集。T 表示使用。...在 MSigDB 中，“H” 表示 hallmark 基因集，这是一组预先定义的基因集，用于捕捉广泛生物学过程中的特征。...geneid = "symbol": 指定基因ID类型，这里使用的是基因符号（symbol），即基因的标准命名。
大家好，我是飞哥呀。 我们知道，R语言学习，80%的时间都是在清洗数据，而选择合适的数据进行分析和处理也至关重要，如何选择合适的列进行分析，你知道几种方法？...数据描述 数据来源是我编写的R包learnasreml中的fm数据集。...❞ 哪怕你再次载入tidyverse包，也不行： 载入dplyr包，也不行： 「MASS就是这么豪横。」...像这种情况，解决办法有两种： 5.1 绝对引用函数 即使用select时，要用dplyr::select a3 = a2 %>% dplyr::select(ID,F1,y1,y2,y3) 这样也比较麻烦...5.2 放到环境变量中 「推荐的方法：」 r$> select = dplyr::select r$> a3 = a2 %>% select(ID,F1,y1,y2,y3) 推荐在载入包时，将下面代码放在开头
今天继续学习R语言基础的R包使用，以R包：dplyr为例 数据准备 01 R包的安装 install.packages(“dplyr”) 或BiocManager::install(“dplyr”)...:102),] 这里的“,”怎么理解呢，在我们上一期推文中提到，提取元素时z[x,y]指代提取z中第x行，第y列，如果我们只需要提取行，则应该写作z[x,],同理，如果只需要提取列，应该写作z[,y]...，啥是tidyverse包呢？...其核心包有ggplot、readr、tibble、purrr、 tidyr 、dplyr、ggplot、forcats 和stringr8个. 我们这里用的是dplyr包，因此可以使用管道。...经过这几期的R语言基础，你应该能够入门R了，渐渐的也要自己去学会看帮助文档，去搜报错，还记得怎么搜命令和R包的帮助文档吗？ ?
目前课程的主要方向是 科研、统计、地理相关的学术性图形绘制方法，后续也会增加商务插图、机器学等、数据分析等方面的课程。课程免费新增，这点绝对良心！...「ggstatsplot」 ggstatsplot包介绍 ggstatsplot是一个基于ggplot2的可视化工具包，旨在简化统计分析和数据可视化的过程。...ggstatsplot中的图形旨在显示有关单个变量或两个变量之间的统计信息，这些信息通常需要使用多个图形和函数才能获取。...：用于显示变量的分布情况，可以显示不同组之间的差异； 直方图：用于显示数据的分布情况，可以自定义分组宽度等参数； QQ图：用于检查数据是否服从正态分布。...更多关于该工具包的使用语法和可视化案例，可参考ggstatsplot官网[1]
，我也是:)，精通专业知识，理解R语言的标准数据结构，但是缺乏正规编程训练，你是这样的吗？...，我也是:)，精通专业知识，理解R语言的标准数据结构，但是缺乏正规编程训练，你是这样的吗？...lapply()与vapply()一致，dplyr::select()与dplyr::filter()也是.purr中是map_dbl()代替Map()，flatten_df()代替unlist()。...函数闭包可以提供更高级别的缓存，R中 函数闭包是包含函数及函数所依赖的环境对象（包围环境）。...windows需要使用Rtools: 或者修改R.environ文件中的R_COMPILE_PKGS设为正整数并指定从source安装 install.packages("ggplot2", type=
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