个人观点仅供参考 ❞ 案例1 rlang::last_trace() 没有明显的错误出现，但是却有跟rlang相关的字符，这多半是tidyverse版本的问题，此时重新安装tidyverse即可 案例...hoursPerDayCombined ~ Category + Subcategory, : could not find function "voronoi_treemap" 遇到上述情况多半是未加载需要的包...，可通过网络检索该函数即可得知所对应的R包 案例3 ❝一堆警告信息就是报错不出图，遇到这种情况多半是所使用的R包作者进行了更新，这种情况尤其是在「github」上发布的R包常出现，因此可去作者github...❞ 案例4 ❝毫无头绪的报错，数据处理后就是无结果反馈。这种情况就比较复杂了，有可能是R包之间函数冲突，有可能是版本问题，更甚者是电脑性能的问题。...下面举个实际例子来进行说明 ❞ 案例图 此图为小编2023年9月25日公众号发布的一篇文档图，此次在原有代码的基础上做了简化，代码如下 加载R包 library(tidyverse) library(ggtext
将ggplot2列入Depends会让你的包在被加载/测试的同时加载ggplot2。这会让其他想要使用你包的人通过::使用你的函数而无需加载它。...同样地，导入ggplot2全部450个导出对象到你的命名空间会让分离你的包和ggplot2包的责任变得困难，特别是读者会搞不清这些函数到底来自哪里。 我个人碰到过很多这种情况。...实际上，如上所说，这一方面会让使用者懵逼，另一方面会造成开发病毒式感染，既不方便调试错误， 想要使用你的包开发的人又不得不将你的包列入Depends。...特别的，不要使用aes_()或aes_string()，它们已经过时了，未来的版本中将不再支持。 这里有一些删减，没有特别的意义。...如果没有，则会将主题对象存储在编译后的包的字节码中，而该字节码可能与安装的ggplot2不一致！
而如果是linux平台下或者包安装路径并没有“.RLibrary”之类的文件夹， 那么注意R包的安装或者载入过程中是否出现如下warnning或error： Error in completeSublasses...如果大家搜索过这个错误会发现遇到这个问题的人还挺多的，而且看起来他们的解决方案相对是没有切合问题本质或者是比较偶发的解决方案：如重新安装一个R包，修改R包的载入顺序等等。...或Rstudio项目，且上次退出时保存过R数据，而且大概率是你这些R数据直接/间接依赖了一个dbplyr包，如果全新打开一个R界面则这个错误并不会出现。...所以我们可以知道这个报错的原因是dbplyr作为一个被依赖包，却滞后于依赖包的顺序被加载，因此这个错误很好修复，保证优先加载dbpyr： 在Rprofile.site文件中加入library(dbplyr...Tips: 由于一些编译型R包可能也在安装时载入R，为避免可能的编译错误，建议将这所code的输出隐藏，比如我的Rprofile.site文件中是添加的如下代码： suppressWarnings(library
这个现象在tidyverse系列包中大量存在，而且很多时候这个特性都可以简化操作。rlang包中有对这个“冻结”特性的诸多处理机制，其中比较有意思的是下面的几个特殊操作符。 !!和!!!...代表立即执行和拆解执行 其实如果要将冻结的变量重新解除冻结，可以使用!!操作符来处理。这是一个rlang包中定义的一个操作符函数。...操作在tidyverse系列包中很常见，比如可以将因子变量的水平值重新编码的函数fct_recode： ### 定义一个因子变量 test_factor <- factor(letters[1:5])...var_name := 1))) #错误: `:=` can only be used within a quasiquoted argument #Run `rlang::last_error()`...var_name := 1))) #$test #[1] 1 列表可以使用list2函数，但是如果是向量的话，rlang包是没有c2函数的，这个时候可以先用list2处理，然后unlist函数转换为向量
参见：https://mp.weixin.qq.com/s/oxElKitqQjwtD8HkpKk_JQ 虽然说世界上没有两片相同的叶子，但却有几万个张伟，无数个小明。...R 包也一样，有时候明明我需要用的是xx 包的xx 函数，却被R 误当作aa 包的xx 函数。虽然它们都叫做xx 函数，但功能却是大相径庭。 这时候有两种应对的思路。...我们可以参照： 将conflicted 包加载在启动配置中。...Run `rlang::last_error()` to see where the error occurred. 这时候我们可以先看看环境中哪些包有该撞名的函数： ?...这个时候直接重新加载一下dplyr 包，优先级就上来了。报错也就轻松解决了。
官方网站 ❝https://pak.r-lib.org/ ❞ 举个例子： ❝如:安装Bioconductor上的DEseq2，但是对于初学者往往只知install.packages(),这样就会存在错误...❞ BiocManager::install("DEseq2") pak::pkg_install("DEseq2") 安装R包 library(tidyverse) install.packages....tar.gz") # 解释包之间依赖关系 pak::pkg_deps_explain("tibble","rlang") 开发版包安装 ❝安装github上的包最主要的问题也许就是找到正确的安装命令...，需要知道「作者名/包名」，但是往往初学者无法找到正确的官方网址，那么使用packagefinder包则可以正确找到网址。...pak::pkg_deps("teunbrand/ggh4x") # 查看所需的依赖包 ❝使用pak包安装会有数据缓存保留，有需要可以清理节省空间。
，但是我没有找到作图用到的原始数据。...之前出推文介绍过patternplot这个R包画带有底纹的柱形图，但是他的代码和ggplot2的格式区别还挺大的。...最近又发现了一个R包ggpattern，画带有底纹的柱形图或者给柱形图添加图片都非常方便。...按照提示运行rlang::last_error(),返回内容 rlang_error> Don't know the function for pattern point Backtrace...目前还看不懂报错原因 接下来模仿一下论文中的Figure1b 首先是随便构造一份数据,部分如下 读取数据集，然后把x列和y列粘贴到一起 library(readxl) library(tidyverse
前沿的机器学习 机器学习模型可以胜过传统的计量经济学模型，这并没有什么新奇的，但是作为研究的一部分，我想说明某些模型为什么以及如何进行分类预测。...初始化 首先加载一系列程序包，然后新建一个logistic函数，以便稍后将log-odds转换为logistic概率函数。...（每个组合一个列表），并用合成数据（或每个变量组合的最小值到最大值的数据）给列表赋值。...也就是说它将整个背景颜色染成蓝色或红色，并进行了许多错误分类。在某些图中，神经网络可以实现完美的分类，而在另一些图中则做出了奇怪的决策边界---神经网络很有趣。...这些问题主要归因于安装lightgbm软件包和软件包版本。使用以下软件包版本（即使用最新的软件包版本），代码正常运行。
今天的任务是学习R包。以dplyr包的安装加载和使用为例进行学习，因为R包之间的使用是相通的，掌握了一个，后面的可以通过具体代码的学习进行使用。...dplyr这个包我以前没有接触过，从这个入手，又能学习到新东西真不错。一、软件的安装镜像设置就是为了加快R包的安装下载速度，节约时间。...Sepal.Length的数据vars 命名为varsselect(test...、dplyr两个实用技能3.1管道操作 %>% (cmd/ctr + shift + M)加载tidyverse包后才可用 %>% install.packages("tidyverse")library...))哪些报错了，哪些目前可以使用，在加载时展示出来，如果暂时不需要用到，也没有Error就可以往后继续进行。
R 语言数据处理的核心利器：dplyr 包 在 R 语言中进行数据处理，dplyr 包是不可或缺的工具。它是 tidyverse 系列包中的一员，提供了一套简洁、一致的函数，让数据操作变得直观高效。...(rename()) 将 DiseaseStatus 列重命名为 Diagnosis： patient_data_renamed <- rename(patient_data, Diagnosis =...缺失值替换 (replace_na()) tidyr 包（也是 tidyverse 的一部分）中的 replace_na() 函数可以方便地替换缺失值。...将 TumorSize 列中的缺失值（NA）替换为 0： library(tidyr) # 需要加载 tidyr 包 patient_data_na_replaced tidyverse 自动加载）。
using 加载R包 using函数是我写在$HOME/.Rprofile中的函数，因此每次打开R就能使用。...using的功能是一次加载多个包，并且使用了suppressPackageStartupMessages函数，因此不会显示加载包过程中的信息。...使用pak管理R包，可以从Bioconductor、CRAN、Github、本地、URL安装R包，解决了R包安装需要多个不同R包去安装的问题。...") pak查寻依赖包 只能查CRAN 或 Bioconductor的包的依赖 pak::pkg_deps("tibble") ✔ Updated metadata database: 7.30 MB...├─pkgconfig 2.0.3 ✨ ⬇ (unknown size) ├─rlang └─vctrs Key: ✨ new | ⬇ download 一个文件夹中的依赖关系 这个tree实在太长了
可是万万没想到，居然报错了，大概意思就是只有字符串能够转换为symbol，这就奇怪了，同样的代码在站长的机器上跑就没有错误呀。...下图是站长机器上跑的结果，确实没有报错： 站长这里画图函数用的是ggstatsplot::ggscatterstats，上回的那个图也是用的这个包，这时候我突然发现一个小细节，站长画的小提琴图的中位数只有数字...，而我画的图前面有个u=，如图： 于是我看了一下我的ggstatsplot包的版本，Ver 0.2.0，然后问了站长，原来他的是Ver 0.0.9，难道是包版本的原因导致出错了？...)函数在转化字符串的时候，会先判断参数时候是函数，说到这里是不是有点晕了，直接看例子吧： 看到没有，如果rlang::ensym( ) 里面即使放一个向量也是不可以的，必须是字符串，而rlang ::...那么推测原因，ggstatsplot包之前的版本用的是 rlang :: sym ( ) 函数，而新版本的时候作者脑子抽风改成了 rlang::ensym ( )。 那么问题找到了，该怎么办呢？
以下是两种方法的示例： 使用ggplot2包绘制箱线图 首先，确保你已经安装并加载了ggplot2包： install.packages("ggplot2") # 如果你还没有安装ggplot2包 library...在使用ggstatsplot包绘制图形时遇到"Error in select(): ! Names must be unique."的错误，这通常意味着在数据处理过程中，列名或其他标识符出现了重复。...如果需要从函数参数中动态选择列，可以使用rlang包中的sym()或!!操作符来避免非预期的列名重复问题。...在这种情况下，尝试减少数据点的数量，或者检查数据框确保没有重复的列名，可能会有所帮助。...同时，确保你的ggstatsplot包是最新版本，因为软件更新可能包含错误修复。
安装和加载R包设置镜像、安装、加载（以dplyr包为例）options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) install.packages.../rlang/ -I/usr/local/include -fPIC -Wall -g -O2 -c rlang.c -o rlang.oclang -mmacosx-version-min=...versicolor52 6.4 versicolor101 6.3 virginicaselect(test,Sepal.Length)意为筛选出，test数据框中列名为...7.052 6.4101 6.3按列名筛选select(test, Petal.Length, Petal.Width)意为筛选出，test数据框中列名为Sepal.Length...1.4 versicolor4 6.4 3.2 4.5 1.5 versicolor4.arrange(),按某1列或某几列对整个表格进行排序
今天继续学习R语言基础的R包使用，以R包：dplyr为例 数据准备 01 R包的安装 install.packages(“dplyr”) 或BiocManager::install(“dplyr”)...#务必要打引号 02 R包的调用/加载 library(dplyr) 或require(dplyr) #这里不用引号 部分人可能会因为镜像的问题失败，解决方法https://mp.weixin.qq.com...dplyr五个基础函数 1. mutate() 增加列 mutate(test, new = Sepal.Length * Sepal.Width) #增加名为“new”的一列 2.select...) 2.管道操作 %>%（CTRL+SHIFT+M） 加载任意一个tidyverse包都可以使用管道符号，啥是tidyverse包呢？...tidyverse是一个汇总包，一包更比6包强，用于数据清洗、转换、可视化等。
github-R-code.txt https://github.com/jmzeng1314/GEO/blob/master/task1-check-specific-genes/step3-DEG.R DESeq2帮助文档 我的R...语言版本是3.6.1 安装分析过程需要用的的R包 DESeq2 差异表达分析 BiocManager::install("DESeq2") 使用library(DESeq2)加载的时候遇到报错 ：载入了名字空间...‘rlang’ 0.4.0，但需要的是>= 0.4.2 解决办法：将rlang包手动删除，rlang所在的路径是\R-3.6.1\library\rlang。...然后使用命令install.packages("rlang")重新安装就可以了 pasilla 使用这个R包中的数据 BiocManager::install("pasilla") 读入数据 library...image.png 绘制火山图学到的新的ggplot2知识点 theme_bw(base_size=20)改变了图片中整体字体的大小 theme(plot.title = element_text(size
包spatstat升级了，这是一个分析空间数据的R包，在Seurat中是分析空间转录组数据的支持包，对应的主要函数是Seurat::RunMarkVario()。...这个工作已经由Seurat的开发者完成了，当然可能提交到CRAN还需要一点时间，但是根据Github上面的信息，应该已经同步好了。 修改Seurat的命名空间。...不推荐，这种方法是不在命名空间文件中出现spatstat，因为目前我还没有空间数据，我不用它为什么要加载它呢？当然，这要求懂一些R包构建的基本知识，不然，不知道修改哪里呀。...所以，在安装R包之前要知道这个包在那个仓库放着的，百度R包名字即可。 R包的基本形态有以下几种： ? 这些都对应一个文件，可以在.libPath()输出的路径下查看。...对我们普通用户来说只是安装加载使用，而对开发者而言，决定开源以后，就像第一次送孩子进学校：他和老师和同学处的好吗？
回顾 单细胞RNA-seq分析介绍 单细胞RNA-seq的设计和方法 从原始数据到计数矩阵 学习目标 了解R言语使用的各种数据类型和数据结构 在R中使用函数并了解如何获取有关参数的帮助 使用dplyr包中的管道...加载库并读入数据，同时并思考以下问题 加载tidyverse 库 使用read.csv()读取所下载的文件并保存为counts object/variable 函数的语法是什么？...为每列创建vectors/factors(提示：您可以键入每个vectors/factors，如果您希望更快速的创建，可以尝试使用rep()函数) 将它们放到一个数据框中，这个数据框命名为meta 使用...对象的tibble 并将其命名为meta_tb（确保不会丢失行名！）...+ 6 xlab("Genotype") + 7 theme(plot.title = element_text(hjust=0.5, size = rel(2))) 为下游分析做准备 许多不同的统计工具或分析包都希望作为输入的所有数据都在列表结构中
文件名错误：文件名或扩展名输入错误（如应为"data.txt"却输入"txt"）。权限问题：文件被其他程序占用，或用户无读取权限。解决方法：使用getwd()和setwd()确认并设置正确的工作目录。...找不到函数（Error: could not find function "gather"）可能原因：未加载包：函数所属的包未通过library(tidyr)加载。...不存在包（Error: 不存在叫‘tidyverse’这个名字的程辑包）可能原因：包未安装：从未安装过tidyverse。安装失败：网络问题或依赖包缺失导致安装未完成。...拼写错误：包名输入错误（如tidyverse误写为tydiverse）。4. 找不到对象（Error: object 'x' not found）可能原因：对象未创建：变量x未被赋值或创建。...作用域问题：在函数内尝试访问全局变量（或反之）。拼写错误：对象名拼写不一致（如创建X却调用x）。数据框列名错误：尝试用$访问不存在的列（如df$x但df无x列）。
数据描述 数据来源是我编写的R包learnasreml中的fm数据集。...r$> library(learnasreml) r$> data(fm) r$> head(fm) 「我们的目的：」 ❝提取fm的TreeID，Rep，dj，dm，h3，并重命名为：ID,...，然后还要重命名，比较麻烦。...只是单独的修改名称，并没有提取出来。...❞ 哪怕你再次载入tidyverse包，也不行： 载入dplyr包，也不行： 「MASS就是这么豪横。」
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