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任意癌症任意基因突变与否分组转录组测序差异分析

somatic突变信息,只需要结合两者理论上是可以完成任意癌症任意基因突变与否分组转录组测序差异分析。...,比如STK11基因就可以成功把病人分组: 27 STK11-MUT tumors (with SFE) were compared with the 203 STK11-WT tumors (without...SFE) 这个时候两个分组样品数量是不平衡,但是研究者们仍然是使用了limmavoom算法做转录组测序差异分析,如下所示差异基因火山图: 使用了limmavoom算法做转录组测序差异分析...学徒作业 从UCSCXENA浏览器里面选择NSCLC里面的LUAD数据集 然后下载LUADsomatic突变信息maf文件 以及下载LUAD表达量矩阵counts文件 接着针对STK11...基因把LUAD区分成为突变与否 最后根据STK11基因与否分组信息进行差异分析,火山图和热图展示,富集分析等等

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完成任意癌症任意基因突变与否分组转录组测序差异分析

区分成为突变与否 最后根据STK11基因与否分组信息进行差异分析,火山图和热图展示,富集分析等等 两种maf文件处理方式 如何找到somatic突变信息maf文件,仍然是从UCSCXENA浏览器里面选择...需要根据突变信息对上面的表达量矩阵进行分组,所以是: rm(list = ls()) library(data.table) load(file = 'input/symbol_matrix.Rdata...'control') table(group_list) save(symbol_matrix,group_list,file = 'symbol_matrix.Rdata') 有了表达量矩阵和分组信息...DEG_deseq2 = na.omit(DEG) save(DEG_deseq2, file = 'DEG_deseq2.Rdata' ) 大家赶快使用上面的代码去测试一下其它癌症吧,任意癌症任意基因突变与否分组都可以...其它看癌症突变全景图方式 下面的网页链接里面的癌症缩略词替换即可访问任意癌症突变全景图: http://firebrowse.org/iCoMut/?

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基于深度学习特征提取匹配

以前做跟踪和3-D重建,首先就得提取特征。特征点以前成功就是SIFT/SURF/FAST之类,现在完全可以通过CNN模型形成特征图来定义。...---- 特征匹配 MatchNet【3】 MatchNet由一个深度卷积网络组成,该网络从补丁中提取特征,并由三个全连接层组成网络计算所提取特征之间相似性。...如图是UCN和传统方法比较:各种类型视觉对应问题需要不同方法,例如用于稀疏结构SIFT或SURF,用于密集匹配DAISY或DSP,用于语义匹配SIFT flow或FlowWeb。....||1是估计对应图和GT对应图之间L1距离,M(l)gt 是GT二值掩码(匹配掩码),表示源图像每个像素在目标是否具有对应关系。...除了DGC-Net生成像素对应图之外,还直接预测每个对应置信度。具体来说,通过添加匹配(matchability)分支来修改DGC-Net结构。

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基于深度学习特征提取匹配

计算机视觉需要图像预处理,比如特征提取,包括特征点,边缘和轮廓之类。以前做跟踪和3-D重建,首先就得提取特征。...特征匹配 MatchNet【3】 MatchNet由一个深度卷积网络组成,该网络从补丁中提取特征,并由三个全连接层组成网络计算所提取特征之间相似性。...如图是UCN和传统方法比较:各种类型视觉对应问题需要不同方法,例如用于稀疏结构SIFT或SURF,用于密集匹配DAISY或DSP,用于语义匹配SIFT flow或FlowWeb。....||1是估计对应图和GT对应图之间L1距离,M(l)gt 是GT二值掩码(匹配掩码),表示源图像每个像素在目标是否具有对应关系。...除了DGC-Net生成像素对应图之外,还直接预测每个对应置信度。具体来说,通过添加匹配(matchability)分支来修改DGC-Net结构。

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leetcode 通配符匹配_匹配任意一个字符通配符是

大家好,又见面了,我是你们朋友全栈君。 给定一个字符串 (s) 和一个字符模式 § ,实现一个支持 ‘?’ 和 ‘*’ 通配符匹配。 ‘?’ 可以匹配任何单个字符。...‘*’ 可以匹配任意字符串(包括空字符串)。 两个字符串完全匹配才算匹配成功。 说明: s 可能为空,且只包含从 a-z 小写字母。 p 可能为空,且只包含从 a-z 小写字母,以及字符 ?...示例 2: 输入: s = "aa" p = "*" 输出: true 解释: '*' 可以匹配任意字符串。 示例 3: 输入: s = "cb" p = "?...可以匹配 'c', 但第二个 'a' 无法匹配 'b'。...或者p[j] == s[i]的话,那么p[j]一定要匹配字母,如果p[j] 是一个字母且p[j] != s[i]那么匹配失败,如果p[j] == ‘*’的话那么可以选择匹配一个字符或者不匹配

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用正则表达式匹配3任意倍数

正则表达式能匹配3任意倍数?(注意是任意倍数) ,我曾经也很震惊,但确实可以。...258]|[147][0369]*[147])([0369]|[258][0369]*[147])*([147]|[258][0369]*[258]))*$ 先给出答案,上面这个正则表达式确实能够匹配任意...3着倍数,再次强调是任意,它确实能匹配任意长度3倍数(严谨一点应该是正整数倍,这里不再细究)。...在正则表达式对应DFA中如果当前状态是终止状态,说明正则表达式匹配成功。...彩蛋 这里分别列一下能匹配1-6任意倍数正则表达式。为什么不列更多,因为后面生成正则表达式已经越来越长了,列不下了,7就已经几千个字符了,有兴趣大家可以自己跑下上面代码生成下。

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使用opencv中匹配点对坐标提取方式

在opencv中,特征检测、描述、匹配都有集成函数。vector<DMatch bestMatches;用来存储得到匹配点对。那么如何提取出其中坐标呢?...int index1, index2; for (int i = 0; i < bestMatches.size(); i++)//将匹配特征点坐标赋给point { index1 = bestMatches.at...<< keyImg2.at(index2).pt.x << " " << keyImg2.at(index2).pt.y << endl; } 补充知识:OpenCV 如何获取一个连通域中所有坐标点...cvFindContours(gray,storage,&first_contour,sizeof(CvContour),CV_RETR_LIST); //Ncontour为cvFindContours函数返回轮廓个数...cvReleaseImage(&img); cvReleaseImage(&gray); cvDestroyWindow("contours"); return 0; } 以上这篇使用opencv中匹配点对坐标提取方式就是小编分享给大家全部内容了

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热图中分组与聚类不匹配问题

分组与聚类不匹配问题,是没错,但不好解释问题。 期待:tumor normal 各成一簇 实际上,不一定。...成一簇:说明画热图基因在两个分组间有明显表达模式 不成一簇:说明画热图基因在两个分组间表达模式不是特别明显 换一组基因或者增删基因 可能改变聚类结果。...分组和聚类是两件独立事情,聚类是以样本为单位,而不是以分组为单位。每个样本属于那个分组信息是已知。...希望各成一簇,两个选择: 1.增删、换基因 2.取消聚类- cluster_cols = F a.前提:矩阵列顺序是先tumor后normal,或者先normal后tumor i.不聚类时,热图列顺序与矩阵列顺序完全匹配...# 如何调整表达矩阵列顺序

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特征提取、特征描述、特征匹配通俗解释

特征匹配(Feature Match)是计算机视觉中很多应用基础,比如说图像配准,摄像机跟踪,三维重建,物体识别,人脸识别,所以花一些时间去深入理解这个概念是不为过。...本文希望通过一种通俗易懂方式来阐述特征匹配这个过程,以及在过程中遇到一些问题。 首先我通过几张图片来指出什么是特征匹配,以及特征匹配过程。 图像一:彩色圆圈为图像特征点 ? 图像二: ?...图像一与图像二匹配: ?...对话3: 小白和小黑:那我们看到就是同一个特征了。 上述三个对话其实分别代表这特征提取,特征描述和特征匹配。...那么什么样描述是一个好描述呢,就要提到我们为什么要描述特征了?我们描述特征是为了能够更好匹配特征,使得我们认为描述相同特征是同一个特征是可信(概率高)。

2.3K20

一日一技:自动提取任意信息通用爬虫

首先打开Linkedin,随便找一个招聘岗位,如下图所示: 然后,我们直接使用GPT从这里提取信息: 对应Prompt为: 你是一个数据提取小助手,能够从一大段招聘相关文本中提取有用信息并以JSON...{经过清洗网页源代码或者文本} 请从上面的文本中,提取招聘相关信息,返回数据格式如下: {"title": "岗位名称", "full_time": "是否为全职", "employee_num"...清洗干净以后,我们再使用XPath:normalize-space(string())提取出页面上文本,把文本发给GPT,就可以正常解析内容了。...具体清洗代码,大家可以在GNE源代码[1]可以看到详细清洗步骤和流程。...以后做通用爬虫,唯一技术挑战就是怎么获取到网页源代码。只要有了源代码,剩下事情交给大模型就好了。 有一个好爬虫代理,就能爬取绝大多数网站。

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图片相似性匹配特征提取方法综述

八年计算机视觉算法经验,博士期间主要研究面向视频特征提取和内容识别算法。入职以来主要负责部门内基于大规模图像和视频检索、匹配恶意内容过滤算法。...一、引言 图片相似性匹配,即对比两张图片相似程度,可以用于图片搜索、聚类、版权保护、恶意图片过滤等应用。本文主要介绍用于图片相似性匹配特征各类特征提取方法。...下面本文着重介绍用于各个层次图片相似性匹配技术特征提取方法。...总结 本文将图片相似性从不同抽象层次归纳为四个级别,即从精确视觉相似到局部、抽象语义相似,并介绍了不同层次相似性匹配常用特征提取方法。...在实际业务场景中,不同应用需要不同抽象形式相似性匹配标准,且需针对具体业务需求进行算法选择和优化,且需要额外考虑特征提取匹配等环节时间和空间复杂度。

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Go语言中使用正则提取匹配字符串

我们在做爬虫过程中,需要对爬取到内容处理,比如说提取出我们需要内容和文本,比如城市信息、人员信息等等,除了字符串查找外,使用正则匹配是比较优雅和方便方案。...这篇文章,主要以提取URL中日期和文章名为例,来举例说明如何使用正则提取字符串。...从这个URL我们可以看到有年月日日期信息,还有最后面的文章名称信息,这样一个URL,我们如何从中得到这些信息呢?这就要用到正则表达式分组了。...正则表达式分组,以括号()表示,每一对括号就是我们匹配一个文本,可以把他们提取出来。...golang-goquery-examples-selector.html 2018 01 20 golang-goquery-examples-selector FindStringSubmatch方法是提取匹配字符串

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高级性能测试系列《13.察看结果树中显示顺序、 响应提取--json提取器》

目录 一、注意 二、察看结果树中显示顺序 三、响应提取--json提取器(上) 1.绝对路径写法 2.相对路径写法 一、注意 1.察看结果树中,请求显示红色或绿色。...二、察看结果树中显示顺序 1.最重要点:察看结果树中显示顺序,是根据收到响应先后顺序显示,是先收到先显示。 jmeter中取样器执行顺序:在没有逻辑控制器控制时,顺序是从上往下。...会出现取样器执行顺序与察看结果树中显示顺序不一致。 例如跑步,我是第一个冲出起跑线,但是我速度不是最快,最终跑到终点线时候,我可能不是最早到达终点线。...多个用户在进行这件事,别的人登录做完了,就显示在你这个人注册前面去了。 三、响应提取--json提取器(上) 响应提取:response提取。...运行结果 运行结果:json提取器有提取到值 4)如果json提取器放在两个取样器外面,只能提取到第二个取样器响应结果值: 运行结果 运行结果 所以,用json提取时候,不建议直接添加到外层

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C++ OpenCV特征提取之KAZE和AKAZE匹配

前言 前面我们通过两章《C++ OpenCV特征提取之KAZE检测》《C++ OpenCV特征提取之AKAZE检测》介绍了KAZE和AKAZE特征子描述,今天我们就来做一下KAZE和AKAZE特征匹配...KAZE描述子代码直拷贝过来,所以我这就直接贴过来了,我们一会儿会在这个代码基础上进行修改匹配。...---- KAZE 然后定义KAZE匹配方法,把src1和src2找到keypoints都存到descriptor里面。 ? ---- 再用Flann方式进行匹配 ?...---- 画出匹配关键点 ? 到这里我们先运行一下看看效果 ? 可以看出画上对应匹配非常多,这样应该是不对,所以我们还是要用到前面章节学到,需要寻找最好匹配。...---- 我们写入再找到最好匹配代码加进去,然后在drawmatch里面改为画上最好匹配代码 ? ? 然后重新显示一下效果 ? 这次可以看到寻找最好匹配后,不会像刚才那样感觉匹配非常乱了。

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mybatis如何直接 执行传入任意sql语句 并按照顺序取出查询结果集 mybatis如何直接 执行传入任意sql语句 并按照顺序取出查询结果集

mybatis如何直接 执行传入任意sql语句 并按照顺序取出查询结果集 需求: 1.直接执行前端传来任何sql语句,parameterType="String", 2.对于任何sql语句,其返回值类型无法用...resultMap在xml文件里配置或者返回具体bean类型,因此设置resultType="java.util.Map",但是Map并不保证存入取出顺序一致, 因此设置resultType="java.util.LinkedHashMap...",为保证查询字段值有序(存入与取出顺序一致)所以采用LinkedHashMap。...sql); 相匹配xml文件: ${sql} 这样配置时,会出现:there no getter sql in java.lang.String 异常,因此sql改成value,便不会报错。

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python用re.sub实现分组匹配和替换(及问答系统中应用)

上面一行匹配模式print (\S*)中,括号括起部分匹配内容就被识别为匹配组1。而下一行替换模式中,$1就指代了匹配组1内容。...所以在这个例子里,匹配组1匹配内容是“123”,而在替换时,“123”就替换了$1对应位置。 有时候,我们可能需要从一句话中提取多个分组,并且替换其中全部,或者仅仅是部分几组。...回答这个问题,要求我们把其中“曹丕”和“父亲”提取出来(有时候也可以提取“谁”,用于限定答案范围必须是一个人),然后就可以利用这两个条件在知识库中查找答案。...这样,这个问题就转化为用正则表达式提取其中三个分组。下面是我为此写一个正则表达式: import re quest = "曹丕父亲是谁?"...曹丕父亲是曹操 这就意味着我们需要保留前两个分组,而把第三个分组用查找到答案替换掉,假设已经查到答案,方法如下: ans = "曹操" re.sub(template,r"\1\2是%s" % ans

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对深度可分离卷积、分组卷积、扩张卷积、转置卷积(反卷积)理解

1.1 标准卷积与深度可分离卷积不同 用一张来解释深度可分离卷积,如下: 可以看到每一个通道用一个filter卷积之后得到对应一个通道输出,然后再进行信息融合。...1.3 深度可分离卷积优点 可以看出运用深度可分离卷积比普通卷积减少了所需要参数。重要是深度可分离卷积将以往普通卷积操作同时考虑通道和区域改变成,卷积先只考虑区域,然后再考虑通道。...实现了通道和区域分离。...2.1 什么是分组卷积 在说明分组卷积之前我们用一张图来体会一下一般卷积操作。...这里我们假设输出和输出分辨率是不变。主要看这个过程是一气呵成,这对于存储器容量提出了更高要求。 但是分组卷积明显就没有那么多参数。先用图片直观地感受一下分组卷积过程。

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