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R语言从入门到精通：Day8

其中par()图形参数mfrow=c(nrows, ncols) 来创建按行填充的、行数为nrows、列数为ncols的图形矩阵。...另外，可以使用 mfcol=c(nrows, ncols) 按列填充矩阵。 下面是两张函数 par() 中mfrow参数的实例。 ?...基本图形主要包括了点图、条形图、箱线图、饼图、扇形图和核密度图等，这些图形的目的主要有两点：将数据的分布可视化展示、对数据进行跨组比较。下面就从条形图开始介绍基本图形的绘制。...图7:堆砌条形图和分组条形图 为了方便大家重复图形绘制过程，上面图形中展示的数据都是来自包vcd ，大家在运行代码前安装vcd包即可。...小提琴图 还有一种常见又美观的图形——箱线图（小提琴图是一种特殊的箱线图），其实我们在图形组合中也见过了，绘制方法为函数 boxplot()。小提琴图的绘制方法为vioplot()。

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52个数据可视化图表鉴赏

4.条形图 条形图是一种用矩形表示分组数据的图表，矩形条的长度与其表示的值成比例。可以垂直或水平绘制条形图。垂直条形图有时也称为折线图。图表的一个轴显示要比较的特定类别，另一个轴表示离散值。...6.箱线图 （不同专业录取分数线箱线图） 在描述性统计中，箱线图是通过四分位数以图形方式描述数据的一种方便方法。方框图从方框（晶须）垂直延伸的线，表示上四分位数和下四分位数之外的可变性。...19.交叉表 交叉表将来自一个或多个来源的数据组合和/或汇总为简明格式，以供分析或报告。交叉表显示两个或多个变量的联合分布，它们通常以矩阵中列联表的形式表示。...除了常规堆叠图表的不同线段高度外，Mekko图表的列宽也不同。列宽按比例缩放，使总宽度与所需图表宽度匹配。...颜色可用于突出显示层次分组或特定类别。 40.桑基图 桑基图，即桑基能量分流图，也叫桑基能量平衡图。

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stamp 分组比较

并且可以实时生成可视化的结果，包括条形图，箱线图，热图，PCA，散点图，带误差条的条形图等。...，如下图所示，其中前面几列是物种分类的层级，可以有多列，这里是两列 phyla（门）和 genera（属）。...spf 格式文件 3.2 metadata 分组信息 由于是要进行分组比较，因此需要一个分组信息列表，这个需要人为填写。分组信息至少需要两列，第一列样品名，第二列分组信息。...热图：显示每个 Features 在样品中丰度的比例，优热在于不仅显示所有样本的丰度值，更可以对行 Features 和列样品进行聚类显示之间的关系； 箱线图：简单快速显示组内数据分布。...箱线图展示三种肠型中拟杆菌的相对丰度分布和整体统计 P 值 主成分分析 PCA：散点图在低维空间显示高维数据间主要差异； Post-hoc 图：多组统计检验的无效假设(如 ANOVA

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「R」ggplot2数据可视化

其所属的分组不由它们在矩阵中的位置决定，而是在一个单独的列中指定。 术语 数据是我们想要可视化的对象。它包含了若干变量，变量存储于数据框的每一列。...Salaries by Rank.png 该图显示了不同学术地位对应薪水的缺口箱线图。实际的观察值（教师）是重叠的，因而给予一定的透明度以避免遮挡箱线图。它们还抖动以减少重叠。...singer_combine_fig.png 箱线图展示了在singer数据框中每个音部的25%,50%,75%分位数得分和任意的异常值。...scale_y_discrete() breaks=对因子的水平进行放置和排序，labels=指定这些水平的标签，limits=表示哪些水平应该展示 coord_filp() 颠倒x轴和y轴 我们将这些函数应用一个分组箱线图中...，其中包含按学术等级和性别分组的薪资水平，代码如下： data(Salaries, package='car') library(ggplot2) ggplot(data=Salaries, aes(x

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天天Get 新技能！！

=c(2,2)) #图形按照2行2列排列 > hist(mtcars$mpg)#简单直方图 > hist(mtcars$mpg,breaks=12,col="red",xlab = "Miles Per...并列箱线图进行跨组比较： 箱线图可以展示单个变量或分组变量，使用格式； boxplot（formula，data=dataframe） 其中formula是公式，dataframe是代表数据的数据框，...公式y ~ A*B 将为类别型变量A和B所有水平的两两组合生成值型变量y的箱线图。 添加参数varwidth=TRUE将使箱线图的宽度与其样本大小的平方根成正 比。...还可以通过多个分组因子绘制箱线图，不同缸数和不同变速箱类型的车型绘制了每加仑汽油行驶英里数的箱线图： > mtcars > mtcars > boxplot(mpg~am.f*cyl.f,data=mtcars...一个字符型向量(color)被添加到到了数据框 x中，根据cyl的值，它所含的值为"red"、"blue"或"darkgreen“，此外，各数据点的标签取自数据框的行名（车辆型号），数据点根据气缸数量进行分组

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爱数课实验 | 使用线性判别分析来预测客户流失

5.3 语音邮件数量按客户是否流失分组箱线图 ig =plt.figure(figsize=(6,4),dpi= 120)#figsize设置图形大小，dpi设置图形分辨率 sns.boxplot(x=...('语音邮件数量')#设置y轴标签 plt.title('语音邮件数量按客户是否流失分组箱线图')#设置标题 分析语音邮件数量与客户是否流失的关系，从语音邮件数量按客户是否流失分组箱型线中可以看出，...5.4 白天总费用按客户是否流失分组箱线图 ig =plt.figure(figsize=(6,4),dpi= 120)#figsize设置图形大小，dpi设置图形分辨率 sns.boxplot(x='...')#设置标题 分析白天总费用与客户是否流失的关系，从白天总费用按客户是否流失分组箱线图中可以看出，那些流失客户的白天总费用相较于未流失客户比较高。...')#设置标题 分析客户服务电话数量与客户是否流失的关系，从客户服务电话数量用按客户是否流失分组箱线图可以看出，客户流失的客户服务电话数量相对较高。

1.1K30

【Python】5种基本但功能非常强大的可视化类型

如果你喜欢其中一个用于数据可视化任务的库的话，我以前曾用Seaborn和ggplot2写过类似的文章。我建议你仔细检查一下，因为在同一个任务上比较不同的工具和框架会帮助你学得更好。...数据帧由100行和5列组成。它包含datetime、categorical和numerical值。 1.折线图 折线图显示了两个变量之间的关系。其中之一通常是时间。...4.箱线图 箱线图提供了变量分布的概述。它显示了值是如何通过四分位数和离群值展开的。 我们可以使用Altair的mark_boxplot函数创建一个箱线图，如下所示。...例如，我们可以使用条形图来可视化按week分组的“val3”列。我们先用pandas库计算。...第一行从date列中提取周。第二行将“val3”列按周分组并计算总和。 我们现在可以创建条形图。

2.1K20

50种常见Matplotlib科研论文绘图合集！赶紧收藏~~

np.r_是按列连接两个矩阵，就是把两矩阵上下相加，要求列数相等，类似于pandas中的concat()。...groupby操作涉及拆分对象，应用函数和组合结果的某种组合。这可用于对这些组上的大量数据和计算操作进行分组。 reset_index重置DataFrame的索引，并使用默认值。...然而，箱线图有助于精确定位 X 和 Y 的中位数、第25和第75百分位数。...27、包点+箱形图 （Dot + Box Plot） 包点+箱形图 （Dot + Box Plot）传达类似于分组的箱形图信息。此外，这些点可以了解每组中有多少数据点。...如果要素（数据集中的列）无法区分组（cyl），那么这些线将不会很好地隔离，如下所示。 50、平行坐标 （Parallel Coordinates） 平行坐标有助于可视化特征是否有助于有效地隔离组。

4K20

R语言从入门到精通：Day17 (ggplot2绘图)

函数ggplot()虽然设置图形，但没有自己的视觉输出，而是使用一个或多个几何函数向图中添加了几何对象(简写为geom)，包括点、线、条、箱线图和阴影区域。...函数ggplot()指定要绘制的数据源和变量，几何函数则指定这些变量如何在视觉上进行表示(使用点、条、线和阴影区)。表1列出了几种常见的几何函数（目前有37个几何函数可供使用）。 表1，几何函数 ?...举个最简单的例子，函数geom_boxplot()可以绘制箱线图，如图4。 图4，箱线图示例 ? 每个几何函数都有一组自己的选项，可以通过帮助文档来了解，我们也给大家列出了一些常见选项。...图6中将小提琴图和箱线图结合起来，这对于基础图形来说，就很难实现了。 表2，几何函数中的常见选项 ? 图5，展示常见选项的图例 ? 图6，小提琴图和箱线图的组合 ?...ggplot2中改变图案中特定元素的方法很多，其中，函数theme()能帮助我们调整字体、背景或者颜色等，我们可以将自己定义好的theme保存起来，这样可以使我们的图有鲜明的个人风格（如图15，代码已提供

5.1K31

3分和30分文章差距在哪里？

(A) 箱线图展示宏基因组CAZYome基因Shannon多样性按季节变化和与现代人比较； (B) PCA分析CAZYome表明哈扎人与现代间此类基因显著差异即为样品间主要差异; (C) 动植物碳水化合物...当然也可自学差异箱线图绘制。 图3. 不同地区人肠道菌群样式与生活方式相关 哈扎人与HMP 16S扩增子公共大数据的比较，进一步强调大尺度上的国家、年龄与菌群的关系。...(A) 主图为基于Bray-Curtis距离的PCoA；上图为PCoA1轴坐标按地理分组绘制箱线图并排序，展示地区不同生活方式是菌群差异的最主要因素；左图为PCoA2轴坐标按年龄分组，尤其是存在有婴儿数据与成人差异较大要特别注意...点评：(A) PCoA和箱线图在本领域最常用，想要展示传递丰富信息得靠你的科学问题和实验设计，具体绘图和组合的技术障碍，可以在培训班中解决。...样品都是13年3月至14年9月采集的，直到17年4月19日投稿，项目从采样至投稿历时超过5年，其中样品测序和数据分析也近4年，现在呈现在我们面前的结果一定是经历上百次反复计算和优化而来的，可以想像作者们为这个项目花费了多少精力了心血

1.3K80

表达矩阵转换为数据框画图

主要介绍使用pivot_longer进行长宽数据转换，这两个函数都是来自于tidyr包 问题背景 现在有一个表达矩阵，要画箱线图 但是，上面表格不满足向ggplot2画箱线图的函数传递参数的需求，要变换成数据框把所有数字变成一列传递给...首先行列转置 把原来的行名变成第一列 把原来的列名变成第二列 就变成数据框形式了。也就是把宽数据变成长数据。 代码如何实现？...rownames_to_column() %>% # 行名变成一列 mutate(group = rep(c("control","treat"),each = 3)) # 按test的分组新加一列分组...= "gene", # 列名归为gene列 values_to = "count") # 数据归为count列 library(ggplot2) p = ggplot(...pdat,aes(gene,count))+ geom_boxplot(aes(fill = group))+ theme_bw() p 按位置找要变形的行写成下面这样也是可以的 pdat =

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R语言入门之箱线图（重要内容）

箱线图 在科研工作中，箱线图是一种常用且重要的统计图。在R语言里我们可以针对单一变量绘制箱线图，也可以针对分组后的变量绘制。...其中主要的函数是boxplot(x, data=)，这里x是一个公式，参数data=则代表提供绘图数据的数据框。...常用的公式是y~group,这里group是用来进行分组的变量，y是纵坐标的数据，这样便可以对分组变量绘制出箱线图了。...上面的函数将汽车按照气缸数（cyl）分组后绘制每加仑英里数（mpg）的箱线图，从图中可以看出来，cyl大的汽车，mpg偏小。 2....关于箱线图的其它选项 在“sfsmisc”包中，boxplot.matrix()函数可以针对矩阵的行元素绘制箱线图（传统箱线图是用列元素绘制的），而“gplots”包里的boxplot.n()函数则可以注释上样本量信息

3.1K30

这3个Seaborn函数可以搞定90%的可视化任务

其中一个流行的是Seaborn，这是一个用于Python的统计数据可视化库。 我最喜欢Seaborn原因是它巧妙的语法和易用性,通过Seaborn我们只用3个函数就可以创建普通的图表。...让我们使用relplot函数创建一个线图。我们可以画出每天的总销售额。第一步是按日期对销售进行分组，然后计算总和。...现在我们可以创建直线图了。...与使用方框不同，条形图用一个点表示每个数据点。因此，它就像数字和分类变量的散点图。 让我们为branch和total列创建一个条形图。...这是一种plto和kde的组合。因此，它提供了一个变量分布的概述。 例如，我们可以为前面示例中的strip plot所使用的列创建小提琴图。我们需要做的就是改变kind参数。

1.3K20

R绘图笔记 | 一般的散点图绘制

car包中的scatterplot()函数增强了散点图的许多功能，它可以很方便地绘制散点图，并能添加拟合曲线、边界箱线图和置信椭圆，还可以按子集绘图和交互式地识别点。...重要参数： formula # 模型公式；类似y~x，如果按组绘制，则类似y~x|z，其中z为分组变量； data # 为模型公式中变量来源的数据集； subset # 指定筛选数据子集； x, y #...分别表示水平（x轴）和垂直（y轴）坐标的数字向量； boxplots # 如为x，则在下方绘制水平x轴的边界箱线图；如为y，则在左边绘制垂直y轴的边界箱线图； # 如为xy，则在水平和垂直轴上都绘制边界箱线图...，直接指定绘制颜色；分组时，设置参数长度应等于组数的颜色向量； pch # 点的绘图符号；分组时默认按顺序使用字符； library(car) scatterplot(Volume ~ Girth, data...## 部分参数解释 data, x, y # data指数据框，x、y为数据框中用来绘制图形的变量 combine # 逻辑词，默认FALSE，仅当y是包含多个变量的向量时使用；如为TRUE，则创建组合面板图

5.1K20

数据视化的三大绘图系统概述：base、lattice和ggplot2

cloud() z ~ x*y|A 三维线框图 wireframe() z ~ y*x 条形图 barchart() x ~ A或A ~ x 箱线图 bwplot() x ~ A或A ~ x 点图...主要变量即为图形的两个坐标轴，其中y在纵轴上，x在横轴上。变形：单变量绘图，用 ~ x 即可；三维绘图，用z ~ x*y；多变量绘图，使用数据框代替y ~ x即可。...（因子） index.cond 列表，设定面板的展示顺序 key(或auto.key) 函数，添加分组变量的图例符号 layout 两元素数值型向量，设定面板的摆放方式（行数和列数）；如有需要，可以添加第三个元素...，并将图形放置到第一列第一行中；第二个plot()函数将图形放置到第一列第二行中，由于plot()函数默认启动新的页面，因此使用newpage = FALSE选项。...分面（Facet）：很多时候需要将数据按某种方法分组分别作图。

4.4K30

R语言学习 - 箱线图（小提琴图、抖动图、区域散点图）

箱线图 箱线图是能同时反映数据统计量和整体分布，又很漂亮的展示图。在2014年的Nature Method上有2篇Correspondence论述了使用箱线图的好处和一个在线绘制箱线图的工具。...就这样都可以发两篇Nature method，没天理，但也说明了箱线图的重要意义。 下面这张图展示了Bar plot、Box plot、Volin plot和Bean plot对数据分布的反应。...http://www.nature.com/nmeth/journal/v11/n2/full/nmeth.2811.html 一步步解析箱线图绘制 假设有这么一个基因表达矩阵，第一列为基因名字，后面几列为样品名字...还有Jitter plot (这里使用的是ggbeeswarm包) library(ggbeeswarm) # 为了更好的效果，只保留其中一个样品的数据 # grepl类似于Linux的grep命令，获取特定模式的字符串...绘制单个基因 (A)的箱线图 为了更好的展示效果，下面的矩阵增加了样品数量和样品的分组信息。

4.4K100

从箱线图到统计指标表

箱线图的“须”（即线的部分）则表示数据的整体分布范围，通常定义为1.5倍的四分位距（IQR，即Q3-Q1），超过这个范围的点通常被视为异常值。...在比较两组数据时，我们通常关注的是中位数（即箱线图的中线）是否有显著差异，以及数据的分布是否不同。如果两个组的箱线图有显著的差异，这可能表明基因在这两个组中的表达有显著差异。...---- 其实从箱线图到如上所示的各种统计指标表，比较陌生的是最后两列统计学指标（Sensitivity和Specificity）而已。...前面的两个分组的内部的样品数量，每个分组的平均值中位值最大值最小值都很容易计算，最后两列统计学指标其实涉及到了一个机器学习的概念了，同样的，可以先问一下chatGPT它的定义，概念，以及应用。...，其中包含两列：表达量（expression）和分组（group） data <- data.frame( expression = rnorm(200), # 这里我们只是生成了一些随机数据

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R in action读书笔记（4）-第六章：基本图形（下）

6.3直方图 hist() 其中的x是一个由数据值组成的数值向量。参数freq=FALSE表示根据概率密度而不是频数绘制图形。参数breaks用于控制组的数量。...使用格式为: sm .density .compare(x, factor) 其中的x是一个数值型向量，factor是一个分组变量。...6.5.1使用并列箱线图进行跨组比较 箱线图可以展示单个变量或分组变量。...使用格式为: boxplot(formula，data=data framel) 其中的formula是一个公式，dataframe代表提供数据的数据框（或列表）。...一个示例公式为y ~ A，这将为类别型变量A的每个值并列地生成数值型变量y的箱线图。公式y ~ A*B则将为类别型 变量A和B所有水平的两两组合生成数值型变量y的箱线图。

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