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使用MEME-ChIP挖掘序列中的de novo motif

MEME-ChIP是一款综合性的motif分析软件,集成了以下几款软件 MEME DREME CentriMo Tomtom FIMO SpaMo 适用于分析数据量较大的序列上的motif信息。...在线工具的网址如下 http://meme-suite.org/tools/meme-chip 只需要提供输入序列就可以了 ?...命令行版本的基本用法如下 meme-chip \ -meme-p 6 \ -oc out_dir \ -db JASPAR2018_CORE_non-redundant.meme \ input.fna...其中-meme-p指定运行MEME时的线程数,MEME这个软件的运行速度减慢,多线程可以提高运行速度,-db参数指定已知motif的数据库,在该软件的官网提供了motif的数据库供下载。...相比MEME和DREME, MEME-ChIP功能更加的强大。 ·end· —如果喜欢,快分享给你的朋友们吧— 扫描关注微信号,更多精彩内容等着你!

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windows下直接跑MEME suite?对!任何人都可以。

MEME suite是一个motif挖掘和分析工具。...我之所以这么说,可以看我QQ空间几年前写的perl one-liner日志,里面是一些我现在不太看得上的,但是可以完成很多事情的,单行命令。...Windows下直接运行MEME suite 课题组最近做了一些测序,需要做类似的分析。我个人的建议是,把序列抓出来,然后到MEME suite官网跑一下看看。结果是什么?无尽地等待!...MEME suite网页分析常常需要排队,且每次排队可能是一两天。解决的办法只有两个: 上服务器,命令行运行 让其他人上服务器,命令行运行 而我变成了上面的其他人。...[n52fb0p08e.png] 使用MEME,任何平台都可以 注:如果是linux或者Mac,需要自行安装好MEME suite....

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异步爬虫实践攻略:利用Python Aiohttp框架实现高效数据抓取

Aiohttp框架介绍 Aiohttp是一个基于异步IO的HTTP客户端/服务器框架,专门用于处理HTTP请求和响应。它结合了Python的协程技术,提供了非常便捷的方式来实现异步HTTP请求。...通过以下命令安装Aiohttp和asyncio: pip install aiohttp pip install asyncio 二、Aiohttp通过代理访问HTTPS网页 有时候我们需要通过代理来访问...使用Aiohttp可以简便地实现这个需求,以下是一个示例代码:这段代码展示了如何利用Aiohttp通过代理访问HTTPS网页,从而让数据抓取更加灵活多样。...import aiohttp async def fetch(url, proxy): async with aiohttp.ClientSession() as session:...connector = aiohttp.TCPConnector(limit=100, ssl=False) proxy_auth = aiohttp.BasicAuth(proxyUser

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aiohttp 了解下

本文内容是介绍一个强大的异步 I/O 操作的库 —— aiohttp。 1 aiohttp 介绍 说到 aiohttp ,不得不说下 asyncio 。...从名字中,我们可知 aiohttp 是分为服务器端和客户端,专门异步处理 HTTP 的请求。 2 aiohttp 安装 安装 aiohttp 可以通过 pip 方式安装,在终端中执行安装命令即可。...4 aiohttp 基本用法 我们使用 aiohttp 以 GET 方式向httpbin.org网站发起一个 HTTP 请求。因为是 aiohttp 是异步处理 HTTP 请求。...使用 aiohttp 发起一个 HTTP 请求,具体编写可以分为以下几步: 1)使用 async 定义异步函数 2)通过 aiohttp.ClientSession 获取一个 session 对象 3)...说句实话,aiohttp 跟 Requests 的用法大同小异。如果你已经学会了 Requests 库,很快就能掌握 aiohttp 的用法。

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利用aiohttp异步爬虫实现网站数据高效抓取

本文将介绍如何利用aiohttp异步爬虫技术实现网站数据抓取,以及其在实际应用中的优势和注意事项。...一、aiohttp简介 aiohttp是一个基于asyncio的异步HTTP客户端/服务器框架,它提供了一种简单而强大的方式来处理异步HTTP请求。...通过利用Python的async/await语法,aiohttp可以实现高效的异步网络通信,非常适合构建异步爬虫。...三、利用aiohttp实现异步爬虫 首先安装aiohttp,我们需要安装aiohttp库,可以通过pip命令进行安装: 巴什 复制 pip install aiohttp 编写异步爬虫代码接下来的数据...以下是一个简单的示例代码,用于利用aiohttp实现异步爬虫网站: Python 复制 import aiohttp import asyncio async def fetch(session,

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异步爬虫实践攻略:利用Python Aiohttp框架实现高效数据抓取

Aiohttp框架介绍Aiohttp是一个基于异步IO的HTTP客户端/服务器框架,专门用于处理HTTP请求和响应。它结合了Python的协程技术,提供了非常便捷的方式来实现异步HTTP请求。...通过以下命令安装Aiohttp和asyncio:pip install aiohttppip install asyncio二、Aiohttp通过代理访问HTTPS网页有时候我们需要通过代理来访问HTTPS...使用Aiohttp可以简便地实现这个需求,以下是一个示例代码:这段代码展示了如何利用Aiohttp通过代理访问HTTPS网页,从而让数据抓取更加灵活多样。...= aiohttp.TCPConnector(limit=100, ssl=False) proxy_auth = aiohttp.BasicAuth(proxyUser, proxyPass...接下来,编写 Python 程序,利用 Aiohttp 发送异步请求获取历史文章列表数据。

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强大的异步爬虫 with aiohttp

看到现在网络上大多讲的都是requests、scrapy,却没有说到爬虫中的神器:aiohttp aiohttp 介绍 aiohttp是什么,官网上有这样一句话介绍:Async HTTP client...重点来了,aiohttp是异步的。在python3.5中,加入了asyncio/await 关键字,使得回调的写法更加直观和人性化。...而aiohttp是一个提供异步web服务的库,asyncio可以实现单线程并发IO操作。...我们现在使用的aiohttp是异步的,简单来说,就是不需要等待,你尽管去下载网页就好了,我不用傻傻的等待你完成才进行下一步,我还有别的活要干。这样就极大的提高了下载网页的效率。...阻塞的代码包括: 访问文件、数据库或者Web 产生新的进程并需要处理新进程的输出,如运行shell命令 执行系统层次操作的代码,如等待系统队列 代码实例 这里是使用aiohttp的一个爬虫实例 import

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异步爬虫实战:实际应用asyncio和aiohttp库构建异步爬虫

Python中的asyncio和aiohttp库提供了强大的异步爬虫支持,使得开发者能够轻松构建高效的异步爬虫。什么是异动爬虫?为什么要使用自动爬虫?...如何使用asyncio和aiohttp库构建异步爬虫?一、准备工作在开始编写代码之前,我们需要安装相应的库。...使用以下命令来安装asyncio和aiohttp库:pip install asyncio aiohttp二、导入库和设置代理在编写代码时,我们需要导入之前提高所需的库,并设置代理信息,异步爬虫可以同时发送多个请求...在这个函数中,我们将使用aiohttp库提供的ClientSession类来发送请求,并设置代理信息。...async def main(): async with aiohttp.ClientSession() as session: url = "https://www.zhihu.com

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Python3网络爬虫实战-2、请求库安

验证安装 配置完成之后,就可以在命令行下直接执行 geckodriver 命令测试。 命令行下输入: geckodriver 这时控制台应该有类似输出,如图 1-20 所示: ?...Aiohttp 就是这样一个提供异步 Web 服务的库,从 Python3.5 版本开始,Python 中加入了 async/await 关键字,使得回调的写法更加直观和人性化,Aiohttp的异步操作借助于...相关链接 官方文档:http://aiohttp.readthedocs.io... GitHub:https://github.com/aio-libs/a......安装 推荐使用 Pip 安装,命令如下: pip3 install aiohttp 另外官方还推荐安装如下两个库,一个是字符编码检测库 cchardet,另一个是加速 DNS 解析库 aiodns,安装命令如下...测试安装 安装完成之后,可以在 Python 命令行下测试。

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如何使用MacC2对macOS进行后渗透漏洞利用

MacC2 MacC2是一款基于Python开发的macOS后渗透漏洞利用工具,该工具使用的是Objective-C调用或Python代码库,而并非命令行执行。.../install_docker_linux.sh 接下来,运行下列命令。...服务器需要监听的端口号: 工具将生成一个十六进制编码的Payload,存储在一个名为macro.txt的本地文件中,它能够连接至你的MacC2服务器,主机名、IP和端口均对应用户的设置: Docker将会安装aiohttp.../cedowens/MacC2.git 由于MacC2服务器使用了aiohttp库来进行网络通信,因此我们要先安装aiohttp: pip install aiohttp python3 -m pip...MacC2_client.py脚本: python MacC2_client.py 此时在服务器端,你将看到传入的连接: MacC2使用 收到连接之后,我们可以在服务器端使用“help”命令来获取内置可用的命令列表

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使用 SSH 连接到 GitHub(多帐号)

首先,你需要通过以上命令生成 SSH 密钥对。当然,将上面的邮箱地址改为你自己在 GitHub 上的邮箱地址。然后,如果你是第一次生成的话,一路回车即可(口令 passphrase 非必须)。...最后,如果你 git clone 或 git remote add 的是 HTTPS 的地址[1],那么要修改仓库的远程仓库链接地址为 SSH 地址,比如: 1 ~/hugo-theme-meme $...git remote set-url origin git@github.com:reuixiy/hugo-theme-meme.git 此外,当你本地第一次连接 GitHub 的服务器时,可能会有警告信息...User git IdentityFile ~/.ssh/id_rsa_yixiuer 类似,修改下相应仓库的远程仓库链接地址,比如: 1 2 3 4 5 # 帐号一 ~/hugo-theme-meme...$ git remote set-url origin git@reuixiy.github.com:reuixiy/hugo-theme-meme.git # 帐号二 ~/yixiuer.me $

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Asyncpy协程爬虫框架

Asyncpy是我基于asyncio和aiohttp开发的一个轻便高效的爬虫框架,采用了scrapy的设计模式,参考了github上一些开源框架的处理逻辑。...pypi.org/project/asyncpy/ asyncpy的架构及流程 安装需要的环境 python版本需要 >=3.6 依赖包: [ ‘lxml’, ‘parsel’,‘docopt’, ‘aiohttp...’] 安装命令: pip install asyncpy 如果安装报错: ERROR: Could not find a version that satisfies the requirement asyncpy...点击Download files,下载完成之后使用cmd安装: pip install asyncpy-版本-py3-none-any.whl 创建一个爬虫文件 在命令行输入asyncpy --version...创建demo文件,使用cmd命令: asyncpy genspider demo 全局settings settings配置 简介 CONCURRENT_REQUESTS 并发数量 RETRIES 重试次数

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