我尝试使用Bio和SeqIO打开一个包含多个序列的FASTA文件，编辑序列的名称以删除所有名称末尾的'.seq‘(>SeqID20.seq应该成为>SeqID20)，然后将所有序列写入一个新的FASTA文件，但我得到以下错误这是我开始时的</em
浏览 16提问于2018-07-24得票数 2
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我是个新手，使用biopython。我正在试着用biopython把字典写到一个文件里。下面是我的代码： with open("file_in.fasta") as original, open("file_out.fasta", "w") as corrected:
浏览 14提问于2020-01-27得票数 1
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我的工作是下一代测序(NGS) DNA分析。我正在使用SeqIO Biopython模块解析Fasta格式的DNA库。我只想过滤唯一的克隆(唯一的记录)。为此，我将使用以下python代码。str(record.seq) not in seen: unique_clones.append(record)
Se
浏览 22提问于2022-03-06得票数 1
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我有两个具有类似格式的文本文件。TACGGAGGATGCGAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTTTAAAGGGAGCGCAGACGGGACGTTAAGTCAGCTGTGAAAGTTTGGGGCTCAACCCTAAAACTGCTAGCGGTGAAATGCTTAGATATCGGGAGGAACTCCGGTTGCGAAGGCAGCATACTGGACTGCAACTGACGCTGATGCTCGAAAGTGTGGGTATCAAACAGG注意，关键的区别是每个条目的头我需要的是使用序列(例如TACGGAGGATGCGAG
浏览 2提问于2015-02-25得票数 2
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我正在使用Biopython在fasta文件中查找与包含选定ID的.txt文件中的ID匹配的序列。当手动搜索fasta文件中的ID名称时，我确实得到了匹配结果，但以下脚本没有找到/提取任何序列：for record in SeqIO.parse(input_filename, "fasta</em
浏览 16提问于2021-11-17得票数 0
好的，我需要从一个FASTA文件中提取序列的一部分，使用python (biopython，)
我需要从每个序列中获得前10个碱基，并将它们放在一个文件中，保存来自FASTA格式的序列信息。最坏的情况是，如果没有办法保存序列信息，我可以只使用碱基。感谢您所能提供的任何帮助。
浏览 0提问于2012-10-30得票数 4
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我是python的新手，我试着浏览了这里所有与我想要的相关的问题，但还没有得到答案。我想提取文件中具有特定fasta ID的连续fasta序列的块，并将序列写在单独的文件中。文件内容是异构的(在某些地方，fasta is后面没有序列)。，但物种和fasta ID的模式相同。例如，如果我想用ENS00000006
浏览 1提问于2013-11-21得票数 0
首先，我应该说我对Python和Biopython都是新手。我正在尝试将一个大的.fasta文件(具有多个条目)拆分为单个文件，每个文件都有一个条目。我的问题是，这个生成器将它们命名为"1.fasta“、”2.fast a“等，而我需要用一些标识符来命名它们，比如GI number。" % (i+1)outfile = "c:\python32\myfiles\%s.fasta" % (record_iter.<
浏览 2提问于2012-05-30得票数 0
from Bio import SeqIO
for i, batch in enumerate(batch_iterator(record_iter, 1000)): with open(filenam
浏览 0提问于2020-12-29得票数 1
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= SeqIO.parse(open("contigs.fasta"),'fasta')
# Write the chromosome namename +
浏览 14提问于2021-01-23得票数 1
我得到了一个我无法解决的问题:用户有一个由5个序列组成的输入DNA.txt文件。每个序列从相同的14个碱基对片段开始--一个应该被删除的排序适配器。编写一个程序，该程序将(a)修剪这个适配器并将已清理的序列写入一个新文件，(b)打印每个序列的长度。
实际上我是生物电影的新手。我想使用Seq模块中的strip()，但我不认为它会起作用。
浏览 4提问于2022-11-30得票数 0
我的代码适用于小的多序列文件，但我的大型主文件在分析了第16对之后将抛出以下回溯。)，所有这些都没有用。我已经尝试将大的主文件分成较小的批次，以便输入到分数计算方法中。在我使用完del文件之后，我尝试过在Oracle虚拟机上使用我的Ubuntu11.11(我通常在64位Windows 7中工作)。在BioPython中这在计算上是可行的吗？下面是我的代码，我<em
浏览 2提问于2012-06-01得票数 0
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在有三个文件的情况下： >TAIR:175_a >TAIR:175_bfilenames = ["file1","file2","file3"] f = SeqIO.parse(record, 'fasta')
ids.append(f.id</
浏览 25提问于2017-07-05得票数 0
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","fasta") Traceback (most recent call last): SeqIO.write(seq1,"region_AA_output1.fasta","fasta
浏览 4提问于2015-10-14得票数 1
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我正在写PDB蛋白序列片段fasta格式如下所示。('1ycq.fasta', 'w'), transfer_ids=['1YCQ:B'])AttributeError Traceback(rec.id, rec.seq, len(rec.seq))
浏览 2提问于2020-05-22得票数 3
使用biopython，如果基因名称存储在文本文件中，我如何从fasta文件中剪切出我感兴趣的基因？(f2, "fasta"): print genes[i] i=i+1 break
f3.write('\
浏览 0提问于2014-12-26得票数 1
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我有这样的数据：MSPWMKKVFLQCMPKLLMMRRTKYSLPDYDDTFVSNGYTNELEMSRDSLT>Px016979
MSPWMKKVFLQCMPKLLMMRRTKYSLPDYDDTFVSNGYTNELEMSRDSLTAALQSVRFIAQHIKDADKDNEVVEDWKFMSMVLDRFFLWLFTIACFVGTF
浏览 5提问于2015-09-24得票数 0
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第一个使用BioPython的是4.2秒，包含16281个序列，列为609列(PF00085格式为fasta格式)。Biopython的多序列比对对象的图腾方法耗费了大量的时间。我认为MSA对象的Numpy方法可能更有用、更快，例如，可以使用布尔numpy数组来选择特定的行和列。实际上，删除和选择列(例如，删除具有50%间隙的列)非常耗时，在<e
浏览 8提问于2012-11-25得票数 5
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使用Biopython为tRNAs导入fasta格式的基因组序列，我正在编写这个搜索脚本；当我搜索'AT‘时，在这里下载的文件中：；返回626个结果中的622个。在我想要排除的4项搜索中，“AT”序列实际上存在于tRNA 54中(如下所示)。为什么re.search()没有将此结果包含在622中？我不确定我是误用了re.search()还是字符串太长了？‘as’可以按该顺序出现字符串中的任何内容，如下所述：
浏览 1提问于2014-07-11得票数 0
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我对Python相当陌生，我正在尝试拆分一个文本文件，其中条目由两行组成，分批为max。400个物体
MVKFTAEELRGIMDKKNNIRNMSVIAHVD在Biopython中，有一个解析器SeqIO.parse，它允许作为一个由‘d和字符串组成的对象数
浏览 0提问于2019-04-24得票数 3
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